8wdt

Crystal structure of the human adenosine A2A receptor in complex with photoresponsive ligand photoNECA(blue)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 154.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wdt
沉积日期 deposition_date	2023-09-16
结构标题 title	Crystal structure of the human adenosine A2A receptor in complex with photoresponsive ligand photoNECA(blue)
关键词 keywords	G-protein coupled receptor, GPCR, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.30 Å
零角强度 I(0) i0	95421100.00
分子量 molecular_weight	80424.0 kDa
排除体积 excluded_volume	101210 Å³
包络体积 envelope_volume	138380 Å³
水化壳体积 shell_volume	31869 Å³
包络直径 envelope_diameter	153.8 Å
壳层 Rg shell_rg	39.54 Å
包络 Rg envelope_rg	42.10 Å
形状 Rg shape_rg	42.22 Å
总 Rg total_rg	42.37 Å
总原子数 total_atoms	5656
残基数 n_residues	734
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	154.8 Å
Rg (实空间) rg_real	42.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.5420e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7970e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	95340000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6371
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	28.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.664
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.333
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5164000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.350; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.230; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Adenosine receptor A2a
分子量 formula_weight	39114.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5667

MKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDGAPPIMGSSVYITVELAIAVLAILGNVLVCWAVWLNSNLQNVTNYFVVSLAAADIAVGVLAIPFAITISTGFCAACHGCLAIACFVLVLTQSSIFSLLAIAIDRYIAIRIPLRYNGLVTGTRAKGIIAICWVLSFAIGLTPMLGWNNCGQPKEGKQHSQGCGEGQVACLFEDVVPMNYMVYFNFFLCVLVPLLLMLGVYLAIFLAARRQAKQMESQPLPGERARSTLQKEVHAAKSLAIIVGLFALCWLPLHIINCFTFFCPDCSHAPLWLMYAAIVLSHTNSVVNPFIYAYRIREFRQTFRKIIRSHVLRQQEPFKAHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	Antibody Fab fragment light chain
分子量 formula_weight	23356.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DIVMTQSPAIMSASPGEKVTITCSASSSVTYMHWFQQKPGTSPKLWIYSTSNLASGVPARFSGSGSGTSYSLTISRMEAEDAATYYCQQRSTYPLTFGAGTKLELRRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

Entity 3 polymer

描述 description	Antibody Fab fragment heavy chain
分子量 formula_weight	24314.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

EVQLQQSGPELVKPGASVKISCKTSGYTFTEFTMHWVKQSHGKSLEWIGGIDPHNGDTSYNQKFKGKATLTVDKSSSTAYMDLRSLTSEDSAVYYCTRDYYDYHYWYFDVWGAGTTVTVSSAKTTAPSVYPLAPVCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVTSSTWPSQSITCNVAHPASSTKVDKKIEPRGPT

Entity 4 non-polymer

描述 description	(2S,3S,4R,5R)-5-(6-amino-2-((E)-phenyldiazenyl)-9H-purin-9-yl)-N-ethyl-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-carboxamide
分子量 formula_weight	412.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	372.640 Å
晶胞边长 b length_b	52.520 Å
晶胞边长 c length_c	63.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.79 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.340 Å
最低分辨率 resolution_low	46.420 Å
R 因子 r_factor	0.2194
R_work r_work	0.2141
R_free r_free	0.2659

fit	/app/data/saxs_computation/wd/8wdt/8wdt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wd/8wdt/8wdt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wd/8wdt/8wdt.dat

Crystal structure of the human adenosine A2A receptor in complex with photoresponsive ligand photoNECA(blue)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)