8v8d

Alpha7-nicotinic acetylcholine receptor time resolved bound to epibatidine and PNU-120596 asymmetric state 2

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 139.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8v8d
沉积日期 deposition_date	2023-12-05
结构标题 title	Alpha7-nicotinic acetylcholine receptor time resolved bound to epibatidine and PNU-120596 asymmetric state 2
关键词 keywords	ION CHANNEL, MEMBRANE PROTEIN, NICOTINIC RECEPTOR; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.99 Å
零角强度 I(0) i0	661360000.00
分子量 molecular_weight	222570.0 kDa
排除体积 excluded_volume	282710 Å³
包络体积 envelope_volume	372110 Å³
水化壳体积 shell_volume	73867 Å³
包络直径 envelope_diameter	143.5 Å
壳层 Rg shell_rg	47.18 Å
包络 Rg envelope_rg	41.46 Å
形状 Rg shape_rg	41.00 Å
总 Rg total_rg	41.28 Å
总原子数 total_atoms	31091
残基数 n_residues	1886
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	139.8 Å
Rg (实空间) rg_real	41.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6140e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1870e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	661300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8562
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.447
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.256
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	117300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.754; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.865

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7,Soluble cytochrome b562
分子量 formula_weight	67220.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	31156

EFQRKLYKELVKNYNPLERPVANDSQPLTVYFSLSLLQIMDVDEKNQVLTTNIWLQMSWTDHYLQWNVSEYPGVKTVRFPDGQIWKPDILLYNSADERFDATFHTNVLVNSSGHCQYLPPGIFKSSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDLQMQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLACGRMACAGAMADLEDNWETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKATPPKLEDKSPDSPEMKDFRHGFDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTRNAYIQKYLSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSSAWSHPQFEKGSGEGRGSLLTCGDVEENPG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 4 non-polymer

描述 description	EPIBATIDINE
分子量 formula_weight	208.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	N-(5-Chloro-2,4-dimethoxyphenyl)-N'-(5-methyl-3-isoxazolyl)-urea
分子量 formula_weight	311.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.31 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	33508

fit	/app/data/saxs_computation/v8/8v8d/8v8d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v8/8v8d/8v8d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v8/8v8d/8v8d.dat