9j9z

Cryo-EM structure of Outward state Anhydromuropeptide permease (AmpG) complex with GlcNAc-1,6-anhMurNAc

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 130.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Muropeptide transporter,Soluble cytochrome b562

Yokenella regensburgei

UniProt A0AB38FS76

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 5–198 链 A; UniProt 203–490 突变:G50W/L269W anti-BRIL Fab Heavy chain × 1 anti-BRIL Fab Nanobody × 1 anti-BRIL Fab Light chain × 1 2YP (2R)-2-[[(1R,2S,3R,4R,5R)-4-acetamido-2-[(2S,3R,4R,5S,6R)-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6,8-dioxabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]oxy]propanoic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.97 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0AB38FS76_9ENTR
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–194; UniProt 5–198 作者链 A; PDB构建体 302–589; UniProt 203–490

Muropeptide transporter,Soluble cytochrome b562

Yokenella regensburgei

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 27–127 突变:G50W/L269W anti-BRIL Fab Heavy chain × 1 anti-BRIL Fab Nanobody × 1 anti-BRIL Fab Light chain × 1 2YP (2R)-2-[[(1R,2S,3R,4R,5R)-4-acetamido-2-[(2S,3R,4R,5S,6R)-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6,8-dioxabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]oxy]propanoic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.97 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 714 个其他 PDB 条目、822 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C562_ECOLX
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 199–299; UniProt 27–127

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9j9z

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9j9z
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9j9z
沉积日期 deposition_date2024-08-23
最后修订 last_revision2025-07-16
结构标题 titleCryo-EM structure of Outward state Anhydromuropeptide permease (AmpG) complex with GlcNAc-1,6-anhMurNAc
关键词 keywordsAmpG, MFS, Anhydromuropeptide permease, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.34
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.26
零角强度 I(0) i0221084000.00
分子量 molecular_weight125070.0 kDa
排除体积 excluded_volume158350 ų
包络体积 envelope_volume215290 ų
水化壳体积 shell_volume46991 ų
包络直径 envelope_diameter136.7
壳层 Rg shell_rg43.80
包络 Rg envelope_rg37.97
形状 Rg shape_rg38.27
总 Rg total_rg38.62
总原子数 total_atoms8820
残基数 n_residues1146
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax130.8
Rg (实空间) rg_real38.40
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.10
I(0) (实空间) i0_real2.2110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.6940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.37
I(0) (倒空间) i0_reciprocal221100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8171
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary41.5
偏度 Skewness skewness0.309
峰度 Kurtosis kurtosis-0.486
角度范围 angular_range— – 0.2050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha22600000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.883; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)