SAXSdb — 6mio

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription initiation factor TFIID subunit 14

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–137	片段：YEATS domain residues 1-137	Histone H3K9pr × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；46% PEG600 (v/v) and 0.2 M citric acid (pH 6.0)	分辨率 1.85 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6MIO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2L7E The structure of a domain from yeast 提交 2010-12-08	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–123（123 aa）片段：YEATS domain residues 1-123	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.12；压力 ambient NMR样品组成 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3QRL Crystal Structure of the Taf14 YEATS domain 提交 2011-02-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–137（137 aa）片段：YEATS Domain (UNP Residues 1-137)	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；42.5% (v/v) PEG-600, 100 mM Sodium Citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.235
5D7E Crystal structure of Taf14 YEATS domain in complex with H3K9ac 提交 2015-08-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–137（137 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；0.2 M sodium citrate and 48% PEG600 (v/v)	分辨率 1.90 Å R-free 0.218
5IOK Crystal structure of Taf14 YEATS domain in complex with histone H3K9cr 提交 2016-03-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–137（137 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；44% PEG600 (v/v) and 0.2 M citric acid (pH 6.0)	分辨率 2.22 Å R-free 0.239
5SVA Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex 提交 2016-08-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：40-meric	链 n 1–244（244 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 15.30 Å
6LQZ Solution structure of Taf14ET-Sth1EBMC 提交 2020-01-15	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 174–244（71 aa）片段：Taf14ET	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Taf14ET, 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Sth1EBMC, 20 mM Phosphate buffer, 100 mM sodium chloride, 1 % v/v inhabitor cocktail, 0.04 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6MIN Crystal structure of Taf14 YEATS domain G82A mutant in complex with histone H3K9cr 提交 2018-09-19	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–137（137 aa）片段：YEATS domain residues 1-137	突变：G82A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；44% PEG600 (v/v) and 0.2 M citric acid (pH 6.0)	分辨率 1.90 Å R-free 0.256
6MIP Crystal structure of Taf14 YEATS domain G82A mutant 提交 2018-09-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–137（137 aa）片段：YEATS domain residues 1-137	突变：G82A	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；48% PEG600 with 0.2 M sodium citrate (pH 6.0)	分辨率 2.00 Å R-free 0.219
6MIQ Crystal structure of Taf14 YEATS domain in complex with histone H3K9bu 提交 2018-09-19	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–137（137 aa）片段：YEATS domain residues 1-137	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；44% PEG600 (v/v) and 0.2 M citric acid (pH 6.0)	分辨率 1.75 Å R-free 0.218
7F4A Crystal structure of Taf14 YEATS domain in complex with H3K9bz peptide 提交 2021-06-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–137（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；289 K；48% PEG 600, 0.04M citric acid	分辨率 2.00 Å R-free 0.204
7UHE Taf14 ET domain in complex with C-terminal tail of Taf2 提交 2022-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 168–243（76 aa）片段：ET domain 链 C 168–243（76 aa）片段：ET domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；296 K；2.4 M sodium malonate	分辨率 1.66 Å R-free 0.234
8U77 Crystal structure of Taf14 in complex with Yng1 提交 2023-09-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 176–243（68 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；40% PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M LiSO4	分辨率 1.93 Å R-free 0.221
8U77 Crystal structure of Taf14 in complex with Yng1 提交 2023-09-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 176–243（68 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；40% PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M LiSO4	分辨率 1.93 Å R-free 0.221
8U77 Crystal structure of Taf14 in complex with Yng1 提交 2023-09-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 176–243（68 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；40% PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M LiSO4	分辨率 1.93 Å R-free 0.221
8U77 Crystal structure of Taf14 in complex with Yng1 提交 2023-09-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 176–243（68 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；40% PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M LiSO4	分辨率 1.93 Å R-free 0.221
9UUO The NuA3 histone acetyltransferase complex 提交 2025-05-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 1–244（244 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.68 Å
9UUS The NuA3 histone acetyltransferase complex bound to acetyl-CoA and H3 tail 提交 2025-05-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 1–244（244 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 ACO ACETYL COENZYME *A × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9VKW Cryo-EM structure of the NuA3 complex bound to Ace-coenzyme A 提交 2025-06-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 1–244（244 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 ACO ACETYL COENZYME *A × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.13 Å

共 15 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TAF14_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–142； UniProt 1–137

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6mio
沉积日期 deposition_date	2018-09-19
结构标题 title	Crystal structure of Taf14 YEATS domain in complex with histone H3K9pr
关键词 keywords	Transcription, Epigenetic, Histone reader; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.92 Å
零角强度 I(0) i0	5021740.00
分子量 molecular_weight	16929.0 kDa
排除体积 excluded_volume	21519 Å³
包络体积 envelope_volume	24778 Å³
水化壳体积 shell_volume	13148 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.0 Å
壳层 Rg shell_rg	21.90 Å
包络 Rg envelope_rg	17.36 Å
形状 Rg shape_rg	16.88 Å
总 Rg total_rg	17.94 Å
总原子数 total_atoms	1199
残基数 n_residues	147
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.8 Å
Rg (实空间) rg_real	17.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0220e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.8630e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5022000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7712
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.485
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.147
角度范围 angular_range	— – 0.4500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1219000.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.710; Stabil: 0.995; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.906; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transcription initiation factor TFIID subunit 14
分子量 formula_weight	16180.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1390

GPLGSMVATVKRTIRIKTQQHILPEVPPVENFPVRQWSIEIVLLDDEGKEIPATIFDKVIYHLHPTFANPNRTFTDPPFRIEEQGWGGFPLDISVFLLEKAGERKIPHDLNFLQESYEVEHVIQIPLNKPLLTEELAKSGST

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H3K9pr
分子量 formula_weight	874.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

XQTARXST

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	180

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6mioA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1970 — YEATS domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	113.211 Å
晶胞边长 b length_b	113.211 Å
晶胞边长 c length_c	26.237 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	37.057 Å
R 因子 r_factor	0.1873
R_work r_work	0.1823
R_free r_free	0.2319

fit	/app/data/saxs_computation/mi/6mio/6mio.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mi/6mio/6mio.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mi/6mio/6mio.dat

Crystal structure of Taf14 YEATS domain in complex with histone H3K9pr

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription initiation factor TFIID subunit 14

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)