6mup

CENP-A nucleosome bound by two copies of CENP-C(CD) and two copies CENP-N(NT)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3-like centromeric protein A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1-C × 2 （Q93077） Histone H2B type 2-F × 2 （Q5QNW6） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 Centromere protein C × 2 （Q03188） Centromere protein N × 2 （Q96H22）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CENPA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–102； UniProt 38–139 作者链 E； PDB构建体 1–102； UniProt 38–139

Histone H4

Homo sapiens

UniProt P62805

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3-like centromeric protein A × 2 （P49450） Histone H2A type 1-C × 2 （Q93077） Histone H2B type 2-F × 2 （Q5QNW6） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 Centromere protein C × 2 （Q03188） Centromere protein N × 2 （Q96H22）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–94； UniProt 9–102 作者链 F； PDB构建体 1–94； UniProt 9–102

Histone H2A type 1-C

Homo sapiens

UniProt Q93077

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3-like centromeric protein A × 2 （P49450） Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2B type 2-F × 2 （Q5QNW6） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 Centromere protein C × 2 （Q03188） Centromere protein N × 2 （Q96H22）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A1C_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–105； UniProt 14–118 作者链 G； PDB构建体 1–105； UniProt 14–118

Histone H2B type 2-F

Homo sapiens

UniProt Q5QNW6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3-like centromeric protein A × 2 （P49450） Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1-C × 2 （Q93077） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 Centromere protein C × 2 （Q03188） Centromere protein N × 2 （Q96H22）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B2F_HUMAN
Isoform	Q5QNW6-2
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–92； UniProt 34–125 作者链 H； PDB构建体 1–92； UniProt 34–125

Centromere protein C

物种未注明

UniProt Q03188

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3-like centromeric protein A × 2 （P49450） Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1-C × 2 （Q93077） Histone H2B type 2-F × 2 （Q5QNW6） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 Centromere protein N × 2 （Q96H22）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CENPC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–20； UniProt 518–537 作者链 L； PDB构建体 1–20； UniProt 518–537

Centromere protein N

Homo sapiens

UniProt Q96H22

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3-like centromeric protein A × 2 （P49450） Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1-C × 2 （Q93077） Histone H2B type 2-F × 2 （Q5QNW6） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 Centromere protein C × 2 （Q03188）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CENPN_HUMAN
Isoform	Q96H22-3
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212 作者链 N； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6mup
沉积日期 deposition_date	2018-10-23
结构标题 title	CENP-A nucleosome bound by two copies of CENP-C(CD) and two copies CENP-N(NT)
关键词 keywords	centromere, CENP-A, kinetochore, nucleosome, NUCLEAR PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6mup__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6mup__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6mup__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.13 Å
Rg（电子密度）	41.62 Å
总 Rg	42.07 Å
原子数	15803
残基数	1518
排除体积	263110 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6mup__assembly_1__model_1`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3-like centromeric protein A
分子量 formula_weight	11993.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	15803

HQHSRRRQGWLKEIRKLQKSTHLLIRKLPFSRLAREICVKFTRGVDFNWQAQALLALQEAAEAFLVHLFEDAYLLTLHAGRVTLFPKDVQLARRIRGLEEGL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	10604.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

KGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A type 1-C
分子量 formula_weight	11494.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

KAKSRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B type 2-F
分子量 formula_weight	10249.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

RKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (147-MER)
分子量 formula_weight	45141.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

ATCAAATATCCACCTGCAGATTCTACCAAAAGTGTATTTGGAAACTGCTCCATCAAAAGGCATGTTCAGCTCTGTGAGTGAAACTCCATCATCACAAAGAATATTCTGAGAATGCTTCCGTTTGCCTTTTATATGAACTTCCTCGAT

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (147-MER)
分子量 formula_weight	45582.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

ATCGAGGAAGTTCATATAAAAGGCAAACGGAAGCATTCTCAGAATATTCTTTGTGATGATGGAGTTTCACTCACAGAGCTGAACATGCCTTTTGATGGAGCAGTTTCCAAATACACTTTTGGTAGAATCTGCAGGTGGATATTTGAT

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Centromere protein C
分子量 formula_weight	2508.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L

TKSRRISRRPSDWWVVKSEE

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Centromere protein N
分子量 formula_weight	25052.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N

MDETVAEFIKRTILKIPMNELTTILKAWDFLSENQLQTVNFRQRKESVVQHLIHLCEEKRASISDAALLDIIYMQFHQHQKVWDVFQMSKGPGEDVDLFDMKQFKNSFKKILQRALKNVTVSFRETEENAVWIRIAWGTQYTKPNQYKPTYVVYYSQTPYAFTSSSMLRRNTPLLGQALTIASKHHQIVKMDLRSRYLDSLKAIVFKQYNQT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	6mupA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6mupB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6mupC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6mupD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6mupE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6mupF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6mupG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6mupH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

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分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	188995

CENP-A nucleosome bound by two copies of CENP-C(CD) and two copies CENP-N(NT)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3-like centromeric protein A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A type 1-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B type 2-F

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Centromere protein C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Centromere protein N

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6mup__assembly_1__model_1

6mup__assembly_1__model_1 | I(q)

6mup__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains