SAXSdb — 6n13

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase parkin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	ubiquitin × 1 （P0CG47） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3 × 1 （P68036） phosphoubiquitin × 1 （P0CG48） ZINC ION × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRKN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–322； UniProt 144–465

ubiquitin

Homo sapiens

UniProt P0CG47

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	E3 ubiquitin-protein ligase parkin × 1 （O60260） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3 × 1 （P68036） phosphoubiquitin × 1 （P0CG48） ZINC ION × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3

Homo sapiens

UniProt P68036

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	E3 ubiquitin-protein ligase parkin × 1 （O60260） ubiquitin × 1 （P0CG47） phosphoubiquitin × 1 （P0CG48） ZINC ION × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UB2L3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–156； UniProt 1–154

phosphoubiquitin

Homo sapiens

UniProt P0CG48

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	E3 ubiquitin-protein ligase parkin × 1 （O60260） ubiquitin × 1 （P0CG47） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3 × 1 （P68036） ZINC ION × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6n13
沉积日期 deposition_date	2018-11-08
结构标题 title	UbcH7-Ub Complex with R0RBR Parkin and phosphoubiquitin
关键词 keywords	E3 enzyme, protein degradation, mitochondrial protein, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6n13__assembly_1__model_10

Assembly 1 · Model 10 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6n13__assembly_1__model_10 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6n13__assembly_1__model_10 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.13 Å
Rg（电子密度）	30.33 Å
总 Rg	31.00 Å
原子数	6124
残基数	627
排除体积	88411 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6n13__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	2	`6n13__assembly_1__model_2`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	3	`6n13__assembly_1__model_3`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	4	`6n13__assembly_1__model_4`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	5	`6n13__assembly_1__model_5`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	6	`6n13__assembly_1__model_6`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	7	`6n13__assembly_1__model_7`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	8	`6n13__assembly_1__model_8`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	9	`6n13__assembly_1__model_9`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	10	`6n13__assembly_1__model_10`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase parkin
分子量 formula_weight	36050.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.31
突变 mutation	Q347C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	61240

NSFYVYCKGPCQRVQPGKLRVQCSTCRQATLTLTQGPSCWDDVLIPNRMSGECQSPHCPGTSAEFFFKCGAHPTSDKETSVALHLIATNSRNITCITCTDVRSPVLVFQCNSRHVICLDCFHLYCVTRLNDRQFVHDPQLGYSLPCVAGCPNSLIKELHHFRILGEEQYNRYQQYGAEECVLQMGGVLCPRPGCGAGLLPEPDCRKVTCEGGNGLGCGFAFCRECKEAYHEGECSAVFEASGTTTQAYRVDERAAEQARWEAASKETIKKTTKPCPRCHVPVEKNGGCMHMKCPQPQCRLEWCWNCGCEWNRVCMGDHWFDV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ubiquitin
分子量 formula_weight	8576.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3
分子量 formula_weight	18078.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.23
突变 mutation	C17S, C86K, C137S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GHMAASRRLMKELEEIRKSGMKNFRNIQVDEANLLTWQGLIVPDNPPYDKGAFRIEINFPAEYPFKPPKITFKTKIYHPNIDEKGQVKLPVISAENWKPATKTDQVIQSLIALVNDPQPEHPLRADLAEEYSKDRKKFSKNAEEFTKKYGEKRPVD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	phosphoubiquitin
分子量 formula_weight	8656.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d6n13a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d6n13c_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6n13d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6n13C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

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UbcH7-Ub Complex with R0RBR Parkin and phosphoubiquitin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase parkin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

phosphoubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6n13__assembly_1__model_10

6n13__assembly_1__model_10 | I(q)

6n13__assembly_1__model_10 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (2)