6n3s

Crystal structure of apo-cruzain

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 84.9 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cruzipain

Trypanosoma cruzi

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 123–337	突变：0	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；1.26 M NaH2PO4.H2O 0.14 M K2HPO4	分辨率 1.19 Å R-free 0.165
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 123–337	突变：0	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；1.26 M NaH2PO4.H2O 0.14 M K2HPO4	分辨率 1.19 Å R-free 0.165

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6N3S	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AIM CRUZAIN INHIBITED BY BENZOYL-TYROSINE-ALANINE-FLUOROMETHYLKETONE 提交 1997-04-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–337（215 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：213 STOP	ZYA BENZOYL-TYROSINE-ALANINE-FLUORO-METHYL KETONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 vapor diffusion - hanging drop - seeding；pH 5.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.8M NA CITRATE, PH 5.5. THE HANGING DROPS WERE MICRO-SEEDED., vapor diffusion - hanging drop - seeding	分辨率 2.00 Å R-free 0.247
1EWL CRYSTAL STRUCTURE OF CRUZAIN BOUND TO WRR-99 提交 2000-04-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–337（215 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	R99 N-[3-CARBOXY-2-HYDROXY-PROPIONYL]-D-HOMOPHENYLALANYL-AMINO-2-METHYLBUTANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；292 K；0.9M NaCitrate, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
1EWM THE CYSTEINE PROTEASE CRUZAIN BOUND TO WRR-112 提交 2000-04-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–337（215 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	RL2 N-[3-CARBOXY-2-HYDROXY-PROPIONYL]-L-HOMOPHENYLALANYL-AMINO-2-METHYLBUTANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；0.9M NaCitrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.00 Å R-free 0.206
1EWO THE CYSTEINE PROTEASE CRUZAIN BOUND TO WRR-204 提交 2000-04-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–337（215 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	VSC N-[N'-BENZYLOXYCARBONYL-PHENYLALANINYL]-3-AMINO-5-PHENYL-PENTANE-1-SULFONIC ACID PHENYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；0.8M NaCitrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.10 Å R-free 0.262
1EWP CRUZAIN BOUND TO MOR-LEU-HPQ 提交 2000-04-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–337（215 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	0I5 N-[(3S)-1-fluoro-2-oxo-5-phenylpentan-3-yl]-N~2~-(morpholin-4-ylcarbonyl)-L-leucinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；292 K；0.8M NaCitrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.75 Å R-free 0.206
1F29 CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF CRUZAIN BOUND TO A VINYL SULFONE DERIVED INHIBITOR (I) 提交 2000-05-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–337（215 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	VS1 3-[[N-[MORPHOLIN-N-YL]-CARBONYL]-PHENYLALANINYL-AMINO]-5- PHENYL-PENTANE-1-SULFONYLBENZENE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；Sodium Citrate; micro seeding, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.15 Å R-free 0.208
1F29 CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF CRUZAIN BOUND TO A VINYL SULFONE DERIVED INHIBITOR (I) 提交 2000-05-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 123–337（215 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	VS1 3-[[N-[MORPHOLIN-N-YL]-CARBONYL]-PHENYLALANINYL-AMINO]-5- PHENYL-PENTANE-1-SULFONYLBENZENE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；Sodium Citrate; micro seeding, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.15 Å R-free 0.208
1F29 CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF CRUZAIN BOUND TO A VINYL SULFONE DERIVED INHIBITOR (I) 提交 2000-05-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 123–337（215 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	VS1 3-[[N-[MORPHOLIN-N-YL]-CARBONYL]-PHENYLALANINYL-AMINO]-5- PHENYL-PENTANE-1-SULFONYLBENZENE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；Sodium Citrate; micro seeding, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.15 Å R-free 0.208
1F2A CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF CRUZAIN BOUND TO A VINYL SULFONE DERIVED INHIBITOR (II) 提交 2000-05-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–337（215 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	VS2 3-[N-[BENZYLOXYCARBONYL]-PHENYLALANINYL-AMINO]-5-PHENYL-PENTANE-1-SULFONYLMETHYLBENZENE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；sodium citrate; micro seeding, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.219
1F2B CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF CRUZAIN BOUND TO VINYL SULFONE DERIVED INHIBITOR (III) 提交 2000-05-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–337（215 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	VS3 3-[N-[BENZYLOXYCARBONYL]-PHENYLALANINYL-AMINO]-5-PHENYL-PENTANE-1-SULFONIC ACID 4-NITRO-PHENYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；Sodium citrate; micro seeding, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.203
1F2C CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF CRYZAIN BOUND TO VINYL SULFONE DERIVED INHIBITOR (IV) 提交 2000-05-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–337（215 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	VS4 3-[[N-[4-METHYL-PIPERAZINYL]CARBONYL]-PHENYLALANINYL-AMINO]-5-PHENYL-PENTANE-1-SULFONIC ACID BENZYLOXY-AMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；Sodium Citrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.226
1ME3 High Resolution Crystal Structure Analysis Of Cruzain non-covalently Bound To A Hydroxymethyl Ketone Inhibitor (II) 提交 2002-08-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–337（215 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	P10 [1-(3-HYDROXY-2-OXO-1-PHENETHYL-PROPYLCARBAMOYL)2-PHENYL-ETHYL]-CARBAMIC ACID PYRIDIN-4-YLMETHYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；291 K；0.6 - 1.0 M Sodium Citrate, pH 6.8, temperature 291K	分辨率 1.20 Å R-free 0.135
1ME4 High Resolution Crystal Structure Analysis Of Cruzain non-covalently Bound To A Hydroxymethyl Ketone Inhibitor (I) 提交 2002-08-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–337（215 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	T10 [1-(1-BENZYL-3-HYDROXY-2-OXO-PROPYLCARBAMOYL)-2-PHENYL-ETHYL]-CARBAMIC ACID BENZYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；0.6 - 1.0 M Sodium Citrate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.20 Å
1U9Q Crystal structure of cruzain bound to an alpha-ketoester 提交 2004-08-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 123–337（215 aa）片段：catalytic domain	未记录	186 [1-(1-METHYL-4,5-DIOXO-PENT-2-ENYLCARBAMOYL)-2-PHENYL-ETHYL]-CARBAMIC ACID BENZYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.6-1M NaCitrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.30 Å R-free 0.218
2AIM CRUZAIN INHIBITED WITH BENZOYL-ARGININE-ALANINE-FLUOROMETHYLKETONE 提交 1997-04-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–337（215 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：GLY 213 STOP	ZRA BENZOYL-ARGININE-ALANINE-FLUORO-METHYL KETONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 vapor diffusion -hanging drop -microseeding；pH 5；0.9 M NACITRATE, PH 5.0. CRYSTALS WERE PRODUCED BY MICROSEEDING HANGING DROPS, vapor diffusion -hanging drop -microseeding	分辨率 2.20 Å R-free 0.249
2OZ2 Crystal structure analysis of cruzain bound to vinyl sulfone derived inhibitor (K11777) 提交 2007-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 123–337（215 aa）片段：CRUZAIN (Residues 123-337) 链 C 123–337（215 aa）片段：CRUZAIN (Residues 123-337)	未记录	SO4 SULFATE ION × 16 D1R NALPHA-[(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)CARBONYL]-N-{(1S)-3-PHENYL-1-[2-(PHENYLSULFONYL)ETHYL]PROPYL}-L-PHENYLALANINAMIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；291.15 K；pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K	分辨率 1.95 Å R-free 0.207
2OZ2 Crystal structure analysis of cruzain bound to vinyl sulfone derived inhibitor (K11777) 提交 2007-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 123–337（215 aa）片段：CRUZAIN (Residues 123-337) 链 C 123–337（215 aa）片段：CRUZAIN (Residues 123-337)	未记录	SO4 SULFATE ION × 8 D1R NALPHA-[(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)CARBONYL]-N-{(1S)-3-PHENYL-1-[2-(PHENYLSULFONYL)ETHYL]PROPYL}-L-PHENYLALANINAMIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；291.15 K；pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K	分辨率 1.95 Å R-free 0.207
3HD3 High resolution crystal structure of cruzain bound to the vinyl sulfone inhibitor SMDC-256047 提交 2009-05-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–337（215 aa）片段：cruzain mature domain	突变：S49A, S172G	25B (1R,2R)-2-[(4-chlorophenyl)carbonyl]-N-{(1S)-1-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]pentyl}cyclohexanecarboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 EOH ETHANOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1M Sodium HEPES pH 7.5, 2% PEG 400, 2.0M Ammonium sulfate, 30% Ethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.75 Å R-free 0.176
3HD3 High resolution crystal structure of cruzain bound to the vinyl sulfone inhibitor SMDC-256047 提交 2009-05-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 123–337（215 aa）片段：cruzain mature domain	突变：S49A, S172G	25B (1R,2R)-2-[(4-chlorophenyl)carbonyl]-N-{(1S)-1-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]pentyl}cyclohexanecarboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1M Sodium HEPES pH 7.5, 2% PEG 400, 2.0M Ammonium sulfate, 30% Ethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.75 Å R-free 0.176
3I06 Crystal structure of cruzain covalently bound to a purine nitrile 提交 2009-06-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–337（215 aa）片段：resudues 123-337	未记录	QL2 6-[(3,5-difluorophenyl)amino]-9-ethyl-9H-purine-2-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M Tris, 2.0 M NH4H2PO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.10 Å R-free 0.142
3IUT The Crystal Structure of Cruzain in Complex with a Tetrafluorophenoxymethyl Ketone Inhibitor 提交 2009-08-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–337（215 aa）片段：UNP residues 123-337	突变：S49A, S172G	KB2 (3S)-3-(4-{(1S)-1,2-dimethyl-1-[(quinolin-6-ylmethyl)amino]propyl}-1H-1,2,3-triazol-1-yl)heptan-2-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；294 K；20 % PEG 3000, 100mM sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.20 Å R-free 0.153
3KKU Cruzain in complex with a non-covalent ligand 提交 2009-11-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–337（215 aa）	未记录	B95 N-[2-(1H-benzimidazol-2-yl)ethyl]-2-(2-bromophenoxy)acetamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 Z22 S-methyl methanesulfonothioate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M Tris pH 8.5, 2.0 M NH4H2PO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.28 Å R-free 0.144
3LXS Crystal structure analysis of cruzain bound to vinyl sulfone derived inhibitor (WRR483) 提交 2010-02-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–337（215 aa）片段：Cruzain mature domain	未记录	4MC (Z)-N-(5-GUANIDINO-1-OXO-1-(5-PHENYL-1-(PHENYLSULFONYL)PENT-1-EN-3-YLAMINO)PENTAN-2-YL)-4-METHYLPIPERAZINE-1-CARBOXAMID E × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；1.26M Ammonium sulfate, 0.2M Lithium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K	分辨率 1.50 Å R-free 0.158
3LXS Crystal structure analysis of cruzain bound to vinyl sulfone derived inhibitor (WRR483) 提交 2010-02-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 123–337（215 aa）片段：Cruzain mature domain	未记录	4MC (Z)-N-(5-GUANIDINO-1-OXO-1-(5-PHENYL-1-(PHENYLSULFONYL)PENT-1-EN-3-YLAMINO)PENTAN-2-YL)-4-METHYLPIPERAZINE-1-CARBOXAMID E × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；1.26M Ammonium sulfate, 0.2M Lithium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K	分辨率 1.50 Å R-free 0.158
4KLB Crystal Structure of Cruzain in complex with the non-covalent inhibitor Nequimed176 提交 2013-05-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–337（215 aa）片段：CRUZAIN MATURE DOMAIN, UNP residues 123-337	未记录	1RV 2-{[(1H-1,2,4-triazol-5-ylsulfanyl)acetyl]amino}thiophene-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；290 K；0.1M Bicine pH 9.0, 1.6M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.0K	分辨率 2.62 Å R-free 0.239
4KLB Crystal Structure of Cruzain in complex with the non-covalent inhibitor Nequimed176 提交 2013-05-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 123–337（215 aa）片段：CRUZAIN MATURE DOMAIN, UNP residues 123-337	未记录	1RV 2-{[(1H-1,2,4-triazol-5-ylsulfanyl)acetyl]amino}thiophene-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；290 K；0.1M Bicine pH 9.0, 1.6M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.0K	分辨率 2.62 Å R-free 0.239
4KLB Crystal Structure of Cruzain in complex with the non-covalent inhibitor Nequimed176 提交 2013-05-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 123–337（215 aa）片段：CRUZAIN MATURE DOMAIN, UNP residues 123-337	未记录	1RV 2-{[(1H-1,2,4-triazol-5-ylsulfanyl)acetyl]amino}thiophene-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；290 K；0.1M Bicine pH 9.0, 1.6M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.0K	分辨率 2.62 Å R-free 0.239
4KLB Crystal Structure of Cruzain in complex with the non-covalent inhibitor Nequimed176 提交 2013-05-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 123–337（215 aa）片段：CRUZAIN MATURE DOMAIN, UNP residues 123-337	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；290 K；0.1M Bicine pH 9.0, 1.6M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.0K	分辨率 2.62 Å R-free 0.239
4KLB Crystal Structure of Cruzain in complex with the non-covalent inhibitor Nequimed176 提交 2013-05-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 123–337（215 aa）片段：CRUZAIN MATURE DOMAIN, UNP residues 123-337	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；290 K；0.1M Bicine pH 9.0, 1.6M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.0K	分辨率 2.62 Å R-free 0.239
4PI3 Crystal structure analysis of cruzain bound to vinyl sulfone analog of WRR-483 (WRR-666) 提交 2014-05-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 122–337（216 aa）片段：UNP residues 122-337	未记录	2V5 N-[(2S)-5-(carbamimidamidooxy)-1-oxo-1-{[(1E,3S)-5-phenyl-1-(phenylsulfonyl)pent-1-en-3-yl]amino}pentan-2-yl]-4-methylpiperazine-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Magnesium acetate, 30% (+/-)-2-Methyl-2,4-Pentanediol and 0.1 M Sodium cacodylate	分辨率 1.27 Å R-free 0.197
4PI3 Crystal structure analysis of cruzain bound to vinyl sulfone analog of WRR-483 (WRR-666) 提交 2014-05-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 122–337（216 aa）片段：UNP residues 122-337	未记录	2V5 N-[(2S)-5-(carbamimidamidooxy)-1-oxo-1-{[(1E,3S)-5-phenyl-1-(phenylsulfonyl)pent-1-en-3-yl]amino}pentan-2-yl]-4-methylpiperazine-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Magnesium acetate, 30% (+/-)-2-Methyl-2,4-Pentanediol and 0.1 M Sodium cacodylate	分辨率 1.27 Å R-free 0.197
4QH6 Crystal structure of cruzain with nitrile inhibitor N-(2-AMINOETHYL)-NALPHA-BENZOYL-L-PHENYLALANINAMIDE 提交 2014-05-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–337（215 aa）	未记录	33L N-(2-aminoethyl)-Nalpha-benzoyl-L-phenylalaninamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；0.1M Hepes pH 7.5, 1.2M K/Na tartrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.0K	分辨率 3.13 Å R-free 0.244
4QH6 Crystal structure of cruzain with nitrile inhibitor N-(2-AMINOETHYL)-NALPHA-BENZOYL-L-PHENYLALANINAMIDE 提交 2014-05-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 123–337（215 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；0.1M Hepes pH 7.5, 1.2M K/Na tartrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.0K	分辨率 3.13 Å R-free 0.244
4QH6 Crystal structure of cruzain with nitrile inhibitor N-(2-AMINOETHYL)-NALPHA-BENZOYL-L-PHENYLALANINAMIDE 提交 2014-05-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 123–337（215 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；0.1M Hepes pH 7.5, 1.2M K/Na tartrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.0K	分辨率 3.13 Å R-free 0.244
4QH6 Crystal structure of cruzain with nitrile inhibitor N-(2-AMINOETHYL)-NALPHA-BENZOYL-L-PHENYLALANINAMIDE 提交 2014-05-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 123–337（215 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；0.1M Hepes pH 7.5, 1.2M K/Na tartrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.0K	分辨率 3.13 Å R-free 0.244
4QH6 Crystal structure of cruzain with nitrile inhibitor N-(2-AMINOETHYL)-NALPHA-BENZOYL-L-PHENYLALANINAMIDE 提交 2014-05-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 123–337（215 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；0.1M Hepes pH 7.5, 1.2M K/Na tartrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.0K	分辨率 3.13 Å R-free 0.244
4W5B Crystal structure analysis of cruzain with Fragment 1 (N-(1H-benzimidazol-2-yl)-1,3-dimethyl-pyrazole-4-carboxamide) 提交 2014-08-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–337（215 aa）片段：UNP residues 123-337	未记录	3H5 N-(1H-benzimidazol-2-yl)-1,3-dimethyl-1H-pyrazole-4-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.0 and 1.6 M of Na/K Tartrate	分辨率 2.70 Å R-free 0.254
4W5B Crystal structure analysis of cruzain with Fragment 1 (N-(1H-benzimidazol-2-yl)-1,3-dimethyl-pyrazole-4-carboxamide) 提交 2014-08-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 123–337（215 aa）片段：UNP residues 123-337	未记录	3H5 N-(1H-benzimidazol-2-yl)-1,3-dimethyl-1H-pyrazole-4-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.0 and 1.6 M of Na/K Tartrate	分辨率 2.70 Å R-free 0.254
4W5B Crystal structure analysis of cruzain with Fragment 1 (N-(1H-benzimidazol-2-yl)-1,3-dimethyl-pyrazole-4-carboxamide) 提交 2014-08-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 123–337（215 aa）片段：UNP residues 123-337	未记录	3H5 N-(1H-benzimidazol-2-yl)-1,3-dimethyl-1H-pyrazole-4-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.0 and 1.6 M of Na/K Tartrate	分辨率 2.70 Å R-free 0.254
4W5C Crystal structure analysis of cruzain with three Fragments: 1 (N-(1H-benzimidazol-2-yl)-1,3-dimethyl-pyrazole-4-carboxamide), 6 (2-amino-4,6-difluorobenzothiazole) and 9 (N-(1H-benzimidazol-2-yl)-3-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazole-4-carboxamide). 提交 2014-08-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 122–337（216 aa）片段：UNP residues 122-337	突变：C25S	3H5 N-(1H-benzimidazol-2-yl)-1,3-dimethyl-1H-pyrazole-4-carboxamide × 1 3H6 N-(1H-benzimidazol-2-yl)-3-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazole-4-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Hepes pH 7.5, 1.2M K/Na Tartrate	分辨率 3.27 Å R-free 0.236
4W5C Crystal structure analysis of cruzain with three Fragments: 1 (N-(1H-benzimidazol-2-yl)-1,3-dimethyl-pyrazole-4-carboxamide), 6 (2-amino-4,6-difluorobenzothiazole) and 9 (N-(1H-benzimidazol-2-yl)-3-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazole-4-carboxamide). 提交 2014-08-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 122–337（216 aa）片段：UNP residues 122-337	突变：C25S	3H7 4,6-difluoro-1,3-benzothiazol-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Hepes pH 7.5, 1.2M K/Na Tartrate	分辨率 3.27 Å R-free 0.236
4W5C Crystal structure analysis of cruzain with three Fragments: 1 (N-(1H-benzimidazol-2-yl)-1,3-dimethyl-pyrazole-4-carboxamide), 6 (2-amino-4,6-difluorobenzothiazole) and 9 (N-(1H-benzimidazol-2-yl)-3-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazole-4-carboxamide). 提交 2014-08-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 122–337（216 aa）片段：UNP residues 122-337	突变：C25S	3H5 N-(1H-benzimidazol-2-yl)-1,3-dimethyl-1H-pyrazole-4-carboxamide × 1 3H7 4,6-difluoro-1,3-benzothiazol-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Hepes pH 7.5, 1.2M K/Na Tartrate	分辨率 3.27 Å R-free 0.236
4W5C Crystal structure analysis of cruzain with three Fragments: 1 (N-(1H-benzimidazol-2-yl)-1,3-dimethyl-pyrazole-4-carboxamide), 6 (2-amino-4,6-difluorobenzothiazole) and 9 (N-(1H-benzimidazol-2-yl)-3-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazole-4-carboxamide). 提交 2014-08-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 122–337（216 aa）片段：UNP residues 122-337	突变：C25S	3H7 4,6-difluoro-1,3-benzothiazol-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Hepes pH 7.5, 1.2M K/Na Tartrate	分辨率 3.27 Å R-free 0.236
4W5C Crystal structure analysis of cruzain with three Fragments: 1 (N-(1H-benzimidazol-2-yl)-1,3-dimethyl-pyrazole-4-carboxamide), 6 (2-amino-4,6-difluorobenzothiazole) and 9 (N-(1H-benzimidazol-2-yl)-3-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazole-4-carboxamide). 提交 2014-08-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 122–337（216 aa）片段：UNP residues 122-337	突变：C25S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Hepes pH 7.5, 1.2M K/Na Tartrate	分辨率 3.27 Å R-free 0.236
4XUI Crystal structure analysis of cruzain bound to the no-covalent analog of WRR-483 (WRR-669) 提交 2015-01-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 122–337（216 aa）片段：UNP residues 122-337	未记录	2VC N-[(2S)-5-(carbamimidamidooxy)-1-oxo-1-{[(1E,3S)-5-phenyl-1-(pyrimidin-2-ylsulfonyl)pent-1-en-3-yl]amino}pentan-2-yl]-4-methylpiperazine-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；1.6 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Sodium chloride and 0.1 M HEPES	分辨率 2.51 Å R-free 0.189
4XUI Crystal structure analysis of cruzain bound to the no-covalent analog of WRR-483 (WRR-669) 提交 2015-01-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 122–337（216 aa）片段：UNP residues 122-337	未记录	2VC N-[(2S)-5-(carbamimidamidooxy)-1-oxo-1-{[(1E,3S)-5-phenyl-1-(pyrimidin-2-ylsulfonyl)pent-1-en-3-yl]amino}pentan-2-yl]-4-methylpiperazine-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；1.6 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Sodium chloride and 0.1 M HEPES	分辨率 2.51 Å R-free 0.189
4XUI Crystal structure analysis of cruzain bound to the no-covalent analog of WRR-483 (WRR-669) 提交 2015-01-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 122–337（216 aa）片段：UNP residues 122-337	未记录	2VC N-[(2S)-5-(carbamimidamidooxy)-1-oxo-1-{[(1E,3S)-5-phenyl-1-(pyrimidin-2-ylsulfonyl)pent-1-en-3-yl]amino}pentan-2-yl]-4-methylpiperazine-1-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；1.6 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Sodium chloride and 0.1 M HEPES	分辨率 2.51 Å R-free 0.189
6O2X Structure of cruzain bound to MMTS inhibitor 提交 2019-02-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–337（215 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；1.26 M NaH2PO4, 0.14 M K2HPO4, with no other salts, no buffer	分辨率 1.19 Å R-free 0.177
6O2X Structure of cruzain bound to MMTS inhibitor 提交 2019-02-25	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 123–337（215 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；1.26 M NaH2PO4, 0.14 M K2HPO4, with no other salts, no buffer	分辨率 1.19 Å R-free 0.177
6UX6 Cruzain covalently bound by a vinylsulfone compound 提交 2019-11-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–337（215 aa）	未记录	TM8 Nalpha-[(benzyloxy)carbonyl]-N-[(2S)-1-phenyl-4-(phenylsulfonyl)butan-2-yl]-L-phenylalaninamide × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；Bis-Tris, PEG3350	分辨率 1.94 Å R-free 0.269
7JUJ Cruzain bound to Gallinamide inhibitor 提交 2020-08-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–337（215 aa）	未记录	GN9 gallinamide A, bound form × 1 K POTASSIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.7；296 K；0.82 M Potassium phosphate, pH 9.7; 0.01 M Betaine hydrochloride	分辨率 2.20 Å R-free 0.267
7JUJ Cruzain bound to Gallinamide inhibitor 提交 2020-08-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 123–337（215 aa）	未记录	GN9 gallinamide A, bound form × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.7；296 K；0.82 M Potassium phosphate, pH 9.7; 0.01 M Betaine hydrochloride	分辨率 2.20 Å R-free 0.267
7JUJ Cruzain bound to Gallinamide inhibitor 提交 2020-08-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 123–337（215 aa）	未记录	GN9 gallinamide A, bound form × 1 K POTASSIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.7；296 K；0.82 M Potassium phosphate, pH 9.7; 0.01 M Betaine hydrochloride	分辨率 2.20 Å R-free 0.267
7JUJ Cruzain bound to Gallinamide inhibitor 提交 2020-08-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 123–337（215 aa）	未记录	GN9 gallinamide A, bound form × 1 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.7；296 K；0.82 M Potassium phosphate, pH 9.7; 0.01 M Betaine hydrochloride	分辨率 2.20 Å R-free 0.267
7JUJ Cruzain bound to Gallinamide inhibitor 提交 2020-08-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 123–337（215 aa）	未记录	GN9 gallinamide A, bound form × 1 K POTASSIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.7；296 K；0.82 M Potassium phosphate, pH 9.7; 0.01 M Betaine hydrochloride	分辨率 2.20 Å R-free 0.267
7JUJ Cruzain bound to Gallinamide inhibitor 提交 2020-08-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 123–337（215 aa）	未记录	GN9 gallinamide A, bound form × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.7；296 K；0.82 M Potassium phosphate, pH 9.7; 0.01 M Betaine hydrochloride	分辨率 2.20 Å R-free 0.267
7S18 Crystal structure of cruzain with gallinamide analog from 2-biaryl series 提交 2021-09-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–337（215 aa）	未记录	83E N,N-dimethyl-L-valyl-L-leucyl-N-[(3S)-6-{(2S)-2-[([1,1'-biphenyl]-4-yl)methyl]-3-methoxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}-6-oxo-1-phenylhexan-3-yl]-L-leucinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；296 K；3.2 M Sodium Chloride; 0.1 M Sodium Citrate pH 5.3; 0.01 M Sarcosine	分辨率 2.14 Å R-free 0.289
7S19 Crystal structure of cruzain with gallinamide analog from 2-indolyl series 提交 2021-09-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–337（215 aa）	未记录	83K N,N-dimethyl-L-valyl-L-leucyl-N-[(3S)-6-{(2S)-2-[(1H-indol-3-yl)methyl]-3-methoxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}-6-oxo-1-phenylhexan-3-yl]-L-leucinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；296 K；800mM Potassium Phosphate, pH 8.0; 100mM Calcium Chloride; Betaine hydrochloride	分辨率 2.08 Å R-free 0.248

共 30 个其他 PDB 条目、58 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYSP_TRYCR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–215； UniProt 123–337 作者链 B； PDB构建体 1–215； UniProt 123–337

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6n3s
沉积日期 deposition_date	2018-11-16
结构标题 title	Crystal structure of apo-cruzain
关键词 keywords	apo cruzain, hydrolase, protease, thiol protease; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.13 Å
零角强度 I(0) i0	38591200.00
分子量 molecular_weight	45845.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56297 Å³
包络体积 envelope_volume	66382 Å³
水化壳体积 shell_volume	22596 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.3 Å
壳层 Rg shell_rg	31.41 Å
包络 Rg envelope_rg	26.04 Å
形状 Rg shape_rg	26.12 Å
总 Rg total_rg	26.71 Å
总原子数 total_atoms	5978
残基数 n_residues	430
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	84.9 Å
Rg (实空间) rg_real	26.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4460e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	38590000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6552
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.473
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.511
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.817; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.145; Positv: 1.000; Valcen: 0.805; Smooth: 0.823

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cruzipain
分子量 formula_weight	22715.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.51
突变 mutation	0
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6596

APAAVDWRARGAVTAVKDQGQCGSCWAFSAIGNVECQWFLAGHPLTNLSEQMLVSCDKTDSGCSGGLMNNAFEWIVQENNGAVYTEDSYPYASGEGISPPCTTSGHTVGATITGHVELPQDEAQIAAWLAVNGPVAVAVDASSWMTYTGGVMTSCVSEQLDHGVLLVGYNDSAAVPYWIIKNSWTTQWGEEGYIRIAKGSNQCLVKEEASSAVVG

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma cruzi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5693
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	514

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6n3sa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.1 — Papain-like

结构域编号 domain_id	d6n3sb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.1 — Papain-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6n3sA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	6n3sB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	32.830 Å
晶胞边长 b length_b	72.210 Å
晶胞边长 c length_c	79.820 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.53 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.193 Å
最低分辨率 resolution_low	34.920 Å
R 因子 r_factor	0.1393
R_work r_work	0.1379
R_free r_free	0.1652

fit	/app/data/saxs_computation/n3/6n3s/6n3s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n3/6n3s/6n3s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n3/6n3s/6n3s.dat