6nya

Crystal Structure of ubiquitin E1 (Uba1) in complex with Ubc3 (Cdc34) and ubiquitin

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 152.3 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-activating enzyme E1 1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 11–1024	片段：residues 11-1024	Ubiquitin × 1 （A0A1D6RLC6） Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa × 1 （P14682） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG 3,350, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5	分辨率 2.06 Å R-free 0.217
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 11–1024	片段：residues 11-1024	Ubiquitin × 1 （A0A1D6RLC6） Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa × 1 （P14682） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG 3,350, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5	分辨率 2.06 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6NYA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3CMM Crystal Structure of the Uba1-Ubiquitin Complex 提交 2008-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 10–1024（1015 aa）片段：Residues 10-1024	未记录	PRO PROLINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；L-proline, PEG 5000 MME, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.247
3CMM Crystal Structure of the Uba1-Ubiquitin Complex 提交 2008-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 10–1024（1015 aa）片段：Residues 10-1024	未记录	PRO PROLINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；L-proline, PEG 5000 MME, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.247
4NNJ Crystal structure of Uba1 in complex with ubiquitin-AMP and thioesterified ubiquitin 提交 2013-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 9–1024（1016 aa）片段：UNP residues 9-1024 链 C 9–1024（1016 aa）片段：UNP residues 9-1024	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 29 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；15% (w/v) polyethylene glycol 3350, 100mM lithium sulfate and 100mM BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.201
5L6H Uba1 in complex with Ub-ABPA3 covalent adduct 提交 2016-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1024（1024 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 7 6O2 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[6-[(3-ethynylphenyl)amino]purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl sulfamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.218
5L6H Uba1 in complex with Ub-ABPA3 covalent adduct 提交 2016-05-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–1024（1024 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 6O2 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[6-[(3-ethynylphenyl)amino]purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl sulfamate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.218
5L6I Uba1 in complex with Ub-MLN4924 covalent adduct 提交 2016-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1024（1024 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 8 GOL GLYCEROL × 9 B39 [(1S,2S,4R)-4-{4-[(1S)-2,3-dihydro-1H-inden-1-ylamino]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl}-2-hydroxycyclopentyl]methyl sulfamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350	分辨率 2.76 Å R-free 0.220
5L6I Uba1 in complex with Ub-MLN4924 covalent adduct 提交 2016-05-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–1024（1024 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 8 GOL GLYCEROL × 7 B39 [(1S,2S,4R)-4-{4-[(1S)-2,3-dihydro-1H-inden-1-ylamino]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl}-2-hydroxycyclopentyl]methyl sulfamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350	分辨率 2.76 Å R-free 0.220
5L6J Uba1 in complex with Ub-MLN7243 covalent adduct 提交 2016-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1024（1024 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 7 61T [(1~{R},2~{R},3~{S},4~{R})-2,3-bis(oxidanyl)-4-[[2-[3-(trifluoromethylsulfanyl)phenyl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl]amino]cyclopentyl]methyl sulfamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350	分辨率 2.68 Å R-free 0.224
5L6J Uba1 in complex with Ub-MLN7243 covalent adduct 提交 2016-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–1024（1024 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 9 61T [(1~{R},2~{R},3~{S},4~{R})-2,3-bis(oxidanyl)-4-[[2-[3-(trifluoromethylsulfanyl)phenyl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl]amino]cyclopentyl]methyl sulfamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350	分辨率 2.68 Å R-free 0.224
5TR4 Structure of Ubiquitin activating enzyme (Uba1) in complex with ubiquitin and TAK-243 提交 2016-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 9–1024（1016 aa）片段：residues 9-1024	突变：N471M, K519R	61T [(1~{R},2~{R},3~{S},4~{R})-2,3-bis(oxidanyl)-4-[[2-[3-(trifluoromethylsulfanyl)phenyl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl]amino]cyclopentyl]methyl sulfamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；70 mM Na malonate pH 6.0, 70 mM malic acid, 70 mM Na citrate, 10-15% peg-3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.256
5TR4 Structure of Ubiquitin activating enzyme (Uba1) in complex with ubiquitin and TAK-243 提交 2016-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 9–1024（1016 aa）片段：residues 9-1024	突变：N471M, K519R	61T [(1~{R},2~{R},3~{S},4~{R})-2,3-bis(oxidanyl)-4-[[2-[3-(trifluoromethylsulfanyl)phenyl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl]amino]cyclopentyl]methyl sulfamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；70 mM Na malonate pH 6.0, 70 mM malic acid, 70 mM Na citrate, 10-15% peg-3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.256
6ZHS Uba1 bound to two E2 (Ubc13) molecules 提交 2020-06-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1024（1024 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；273 K；ammonium sulfate, HEPES, PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.275
6ZHT Uba1-Ubc13 disulfide mediated complex 提交 2020-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 25–1024（1000 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 12 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；273 K；ammonium nitrate, CHES, PEG 4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.263
6ZHU Yeast Uba1 in complex with Ubc3 and ATP 提交 2020-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1024（1024 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium chloride, PEG 3350	分辨率 3.18 Å R-free 0.263
6ZHU Yeast Uba1 in complex with Ubc3 and ATP 提交 2020-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–1024（1024 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium chloride, PEG 3350	分辨率 3.18 Å R-free 0.263
6ZHU Yeast Uba1 in complex with Ubc3 and ATP 提交 2020-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–1024（1024 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium chloride, PEG 3350	分辨率 3.18 Å R-free 0.263
6ZHU Yeast Uba1 in complex with Ubc3 and ATP 提交 2020-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–1024（1024 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium chloride, PEG 3350	分辨率 3.18 Å R-free 0.263
6ZQH Yeast Uba1 in complex with ubiquitin 提交 2020-07-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1024（1024 aa）	未记录	BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium formate, PEG 3350	分辨率 2.03 Å R-free 0.227
6ZQH Yeast Uba1 in complex with ubiquitin 提交 2020-07-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–1024（1024 aa）	未记录	BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 GOL GLYCEROL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium formate, PEG 3350	分辨率 2.03 Å R-free 0.227
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 11–1024（1014 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8	分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 11–1024（1014 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8	分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 11–1024（1014 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8	分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 11–1024（1014 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8	分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 11–1024（1014 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8	分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 U 11–1024（1014 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8	分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 11–1024（1014 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8	分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 11–1024（1014 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8	分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7ZH9 Uba1 in complex with ATP 提交 2022-04-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1024（1024 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 10 K POTASSIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% PEG 3350	分辨率 1.72 Å R-free 0.206

共 12 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBA1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–1017； UniProt 11–1024 作者链 D； PDB构建体 4–1017； UniProt 11–1024

Ubiquitin

Triticum aestivum

UniProt A0A1D6RLC6

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 77–152	片段：residues 77-152 突变：K6R, K11R, K27R, K29R, K33R, K48R, K63R	Ubiquitin-activating enzyme E1 1 × 1 （P22515） Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa × 1 （P14682） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG 3,350, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5	分辨率 2.06 Å R-free 0.217
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 77–152	片段：residues 77-152 突变：K6R, K11R, K27R, K29R, K33R, K48R, K63R	Ubiquitin-activating enzyme E1 1 × 1 （P22515） Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa × 1 （P14682） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG 3,350, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5	分辨率 2.06 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A1D6RLC6_WHEAT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 10–85； UniProt 77–152 作者链 E； PDB构建体 10–85； UniProt 77–152

Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P14682

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 3–195	片段：residues 3-195	Ubiquitin-activating enzyme E1 1 × 1 （P22515） Ubiquitin × 1 （A0A1D6RLC6） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG 3,350, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5	分辨率 2.06 Å R-free 0.217
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 3–195	片段：residues 3-195	Ubiquitin-activating enzyme E1 1 × 1 （P22515） Ubiquitin × 1 （A0A1D6RLC6） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG 3,350, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5	分辨率 2.06 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6NYA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6NYD Crystal Structure of S. cerevisiae Ubc3 (Cdc34) 提交 2019-02-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 3–195（193 aa）片段：residues 3-195	未记录	ZN ZINC ION × 4 ACT ACETATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.06 M zinc acetate, 0.108mM sodium cacodylate, 14.4% PEG 8,000, 20% glycerol	分辨率 1.65 Å R-free 0.199
6ZHU Yeast Uba1 in complex with Ubc3 and ATP 提交 2020-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–295（295 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium chloride, PEG 3350	分辨率 3.18 Å R-free 0.263
6ZHU Yeast Uba1 in complex with Ubc3 and ATP 提交 2020-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–295（295 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium chloride, PEG 3350	分辨率 3.18 Å R-free 0.263
6ZHU Yeast Uba1 in complex with Ubc3 and ATP 提交 2020-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–295（295 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium chloride, PEG 3350	分辨率 3.18 Å R-free 0.263
6ZHU Yeast Uba1 in complex with Ubc3 and ATP 提交 2020-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–295（295 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium chloride, PEG 3350	分辨率 3.18 Å R-free 0.263
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 3–195（193 aa）	突变：A141K	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8	分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 3–195（193 aa）	突变：A141K	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8	分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 3–195（193 aa）	突变：A141K	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8	分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 3–195（193 aa）	突变：A141K	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8	分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 T 3–195（193 aa）	突变：A141K	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8	分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 V 3–195（193 aa）	突变：A141K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8	分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 3–195（193 aa）	突变：A141K	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8	分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 3–195（193 aa）	突变：A141K	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8	分辨率 3.42 Å R-free 0.246

共 3 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBC3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 5–197； UniProt 3–195 作者链 F； PDB构建体 5–197； UniProt 3–195

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6nya
沉积日期 deposition_date	2019-02-11
结构标题 title	Crystal Structure of ubiquitin E1 (Uba1) in complex with Ubc3 (Cdc34) and ubiquitin
关键词 keywords	;CONFORMATIONAL CHANGE, THIOESTER, ADENYLATION, THIOESTER TRANSFER, TRANSTHIOESTERIFICATION, ATP-BINDING, UBIQUITIN E2-BINDING, UBIQUITINATION, LIGASE, LIGASE-TRANSFERASE complex ;; LIGASE/TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.80 Å
零角强度 I(0) i0	1145760000.00
分子量 molecular_weight	281200.0 kDa
排除体积 excluded_volume	352180 Å³
包络体积 envelope_volume	471400 Å³
水化壳体积 shell_volume	85534 Å³
包络直径 envelope_diameter	167.9 Å
壳层 Rg shell_rg	50.80 Å
包络 Rg envelope_rg	44.82 Å
形状 Rg shape_rg	44.81 Å
总 Rg total_rg	45.01 Å
总原子数 total_atoms	19796
残基数 n_residues	2466
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	152.3 Å
Rg (实空间) rg_real	44.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1460e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2700e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1146000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8679
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	52.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.393
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.222
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	201800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.809; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.858

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin-activating enzyme E1 1
分子量 formula_weight	113704.2 kDa
EC 编号 ec_number	6.2.1.45
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	20705

GAMAGEIDESLYSRQLYVLGKEAMLKMQTSNVLILGLKGLGVEIAKNVVLAGVKSMTVFDPEPVQLADLSTQFFLTEKDIGQKRGDVTRAKLAELNAYVPVNVLDSLDDVTQLSQFQVVVATDTVSLEDKVKINEFCHSSGIRFISSETRGLFGNTFVDLGDEFTVLDPTGEEPRTGMVSDIEPDGTVTMLDDNRHGLEDGNFVRFSEVEGLDKLNDGTLFKVEVLGPFAFRIGSVKEYGEYKKGGIFTEVKVPRKISFKSLKQQLSNPEFVFSDFAKFDRAAQLHLGFQALHQFAVRHNGELPRTMNDEDANELIKLVTDLSVQQPEVLGEGVDVNEDLIKELSYQARGDIPGVVAFFGGLVAQEVLKACSGKFTPLKQFMYFDSLESLPDPKNFPRNEKTTQPVNSRYDNQIAVFGLDFQKKIANSKVFLVGSGAIGCEMLKNWALLGLGSGSDGYIVVTDNDSIEKSNLNRQFLFRPKDVGKNKSEVAAEAVCAMNPDLKGKINAKIDKVGPETEEIFNDSFWESLDFVTNALDNVDARTYVDRRCVFYRKPLLESGTLGTKGNTQVIIPRLTESYSSSRDPPEKSIPLCTLRSFPNKIDHTIAWAKSLFQGYFTDSAENVNMYLTQPNFVEQTLKQSGDVKGVLESISDSLSSKPHNFEDCIKWARLEFEKKFNHDIKQLLFNFPKDAKTSNGEPFWSGAKRAPTPLEFDIYNNDHFHFVVAGASLRAYNYGIKSDDSNSKPNVDEYKSVIDHMIIPEFTPNANLKIQVNDDDPDPNANAANGSDEIDQLVSSLPDPSTLAGFKLEPVDFEKDDDTNHHIEFITACSNCRAQNYFIETADRQKTKFIAGRIIPAIATTTSLVTGLVNLELYKLIDNKTDIEQYKNGFVNLALPFFGFSEPIASPKGEYNNKKYDKIWDRFDIKGDIKLSDLIEHFEKDEGLEITMLSYGVSLLYASFFPPKKLKERLNLPITQLVKLVTKKDIPAHVSTMILEICADDKEGEDVEVPFITIHL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin
分子量 formula_weight	9821.1 kDa
突变 mutation	K6R, K11R, K27R, K29R, K33R, K48R, K63R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MHHHHHHGAMQIFVRTLTGRTITLEVESSDTIDNVRARIQDREGIPPDQQRLIFAGRQLEDGRTLADYNIQRESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Triticum aestivum
通用名 common_name	Wheat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4565
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa
分子量 formula_weight	22427.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.23
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

GAMASRKSTASSLLLRQYRELTDPKKAIPSFHIELEDDSNIFTWNIGVMVLNEDSIYHGGFFKAQMRFPEDFPFSPPQFRFTPAIYHPNVYRDGRLCISILHQSGDPMTDEPDAETWSPVQTVESVLISIVSLLEDPNINSPANVDAAVDYRKNPEQYKQRVKMEVERSKQDIPKGFIMPTSESAYISQSKLDEPES

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	21

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	909

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d6nyab1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d6nyab2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6nyac_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6nyae1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d6nyae2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6nyaf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	6nyaA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1

结构域编号 domain_id	6nyaA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12550 — Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 2

结构域编号 domain_id	6nyaA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain

结构域编号 domain_id	6nyaA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	6nyaA05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2660 — Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain

结构域编号 domain_id	6nyaA06
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	290 — Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Ubiquitin-activating enzyme E1, UFD domain

结构域编号 domain_id	6nyaB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6nyaC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	6nyaD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1

结构域编号 domain_id	6nyaD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12550 — Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 2

结构域编号 domain_id	6nyaD03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain

结构域编号 domain_id	6nyaD04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	6nyaD05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2660 — Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain

结构域编号 domain_id	6nyaD06
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	290 — Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Ubiquitin-activating enzyme E1, UFD domain

结构域编号 domain_id	6nyaE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6nyaF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	126.445 Å
晶胞边长 b length_b	68.544 Å
晶胞边长 c length_c	171.721 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.72 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.065 Å
最低分辨率 resolution_low	117.035 Å
R 因子 r_factor	0.1875
R_work r_work	0.1872
R_free r_free	0.2168

fit	/app/data/saxs_computation/ny/6nya/6nya.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ny/6nya/6nya.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ny/6nya/6nya.dat

Crystal Structure of ubiquitin E1 (Uba1) in complex with Ubc3 (Cdc34) and ubiquitin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-activating enzyme E1 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)