SAXSdb — 6nz0

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 120	Capsid protein VP1 × 60 （P03135） MAGNESIUM ION × 60 water × 60	待复核
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Capsid protein VP1 × 1 （P03135） MAGNESIUM ION × 1 water × 1	待复核
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	Capsid protein VP1 × 5 （P03135） MAGNESIUM ION × 5 water × 5	待复核
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Capsid protein VP1 × 6 （P03135） MAGNESIUM ION × 6 water × 6	待复核
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Capsid protein VP1 × 1 （P03135） MAGNESIUM ION × 1 water × 1	待复核

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	K319L_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 Z； PDB构建体 4–290； UniProt 311–597

Capsid protein VP1

Adeno-associated virus - 2

UniProt P03135

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 120	Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein × 60 （Q8IZA0） MAGNESIUM ION × 60 water × 60	待复核
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein × 1 （Q8IZA0） MAGNESIUM ION × 1 water × 1	待复核
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein × 5 （Q8IZA0） MAGNESIUM ION × 5 water × 5	待复核
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein × 6 （Q8IZA0） MAGNESIUM ION × 6 water × 6	待复核
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein × 1 （Q8IZA0） MAGNESIUM ION × 1 water × 1	待复核

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAPSD_AAV2S
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–735； UniProt 1–735

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6nz0
沉积日期 deposition_date	2019-02-12
结构标题 title	Cryo-EM structure of AAV-2 in complex with AAVR PKD domains 1 and 2
关键词 keywords	AAV, AAVR, receptor, coreceptor, VIRUS, KIAA0319L, PKD, parvovirus; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6nz0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6nz0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6nz0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	115.30 Å
总 Rg	115.60 Å
原子数	284460
残基数	35640
排除体积	4991000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6nz0__assembly_1__model_1`	240-meric （240）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6nz0__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`6nz0__assembly_3__model_1`	eicosameric （20）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`6nz0__assembly_4__model_1`	24-meric （24）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`6nz0__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein
分子量 formula_weight	31837.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z
原子数 atom_count	4884

MASVSAGESVQITLPKNEVQLNAYVLQEPPKGETYTYDWQLITHPRDYSGEMEGKHSQILKLSKLTPGLYEFKVIVEGQNAHGEGYVNVTVKPEPRKNRPPIAIVSPQFQEISLPTTSTVIDGSQSTDDDKIVQYHWEELKGPLREEKISEDTAILKLSKLVPGNYTFSLTVVDSDGATNSTTANLTVNKAVDYPPVANAGPNQVITLPQNSITLFGNQSTDDHGITSYEWSLSPSSKGKVVEMQGVRTPTLQLSAMQEGDYTYQLTVTDTIGQQATAQVTVIVQPENNK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Capsid protein VP1
分子量 formula_weight	82077.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MAADGYLPDWLEDTLSEGIRQWWKLKPGPPPPKPAERHKDDSRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNEADAAALEHDKAYDRQLDSGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVEEPVKTAPGKKRPVEHSPVEPDSSSGTGKAGQQPARKRLNFGQTGDADSVPDPQPLGQPPAAPSGLGTNTMATGSGAPMADNNEGADGVGNSSGNWHCDSTWMGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSQSGASNDNHYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTQNDGTTTIANNLTSTVQVFTDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMVPQYGYLTLNNGSQAVCRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFTFSYTFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTNTPSGTTTQSRLQFSQAGASDIRDQSRNWLPGPCYRQQRVSKTSADNNNSEYSWTGATKYHLNGRDSLVNPGPAMASHKDDEEKFFPQSGVLIFGKQGSEKTNVDIEKVMITDEEEIRTTNPVATEQYGSVSTNLQRGNRQAATADVNTQGVLPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGHFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPANPSTTFSAAKFASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYNKSVNVDFTVDTNGVYSEPRPIGTRYLTRNL

来源 Source

来源生物 organism	Adeno-associated virus - 2
通用名 common_name	isolate Srivastava/1982
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	648242
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	143

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d6nz0a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family family	b.121.5.2 — Parvoviridae-like VP

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6nz0A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	30 — Empty Capsid Viral Protein 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Parvovirus coat protein VP1/VP2

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	21373

Cryo-EM structure of AAV-2 in complex with AAVR PKD domains 1 and 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Capsid protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6nz0__assembly_1__model_1

6nz0__assembly_1__model_1 | I(q)

6nz0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of AAV-2 in complex with AAVR PKD domains 1 and 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Capsid protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6nz0__assembly_1__model_1

6nz0__assembly_1__model_1 | I(q)

6nz0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)