6p9o

Poliovirus 135S-like expanded particle in complex with a monoclonal antibody directed against the N-terminal extension of capsid protein VP1

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 98.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VP1

物种未注明

UniProt P03300

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 180 PDB 声明:180-meric(180) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 580–881 链 2; UniProt 70–341 片段:UNP residues 580-881 片段:UNP residues 70-341 VP3 × 60 (Q8QYM4) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 580–881 链 2; UniProt 70–341 片段:UNP residues 580-881 片段:UNP residues 70-341 VP3 × 1 (Q8QYM4) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 15 PDB 声明:pentadecameric(15) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 580–881 链 2; UniProt 70–341 片段:UNP residues 580-881 片段:UNP residues 70-341 VP3 × 5 (Q8QYM4) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明:octadecameric(18) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 580–881 链 2; UniProt 70–341 片段:UNP residues 580-881 片段:UNP residues 70-341 VP3 × 6 (Q8QYM4) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 580–881 链 2; UniProt 70–341 片段:UNP residues 580-881 片段:UNP residues 70-341 VP3 × 1 (Q8QYM4) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 80 个其他 PDB 条目、246 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_POL1M
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 1; PDB构建体 1–302; UniProt 580–881 作者链 2; PDB构建体 1–272; UniProt 70–341

VP3

物种未注明

UniProt Q8QYM4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 180 PDB 声明:180-meric(180) 与蛋白拷贝数一致 链 3; UniProt 342–579 片段:UNP residues 342-579 VP1 × 60 (P03300) VP2 × 60 (P03300) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 3; UniProt 342–579 片段:UNP residues 342-579 VP1 × 1 (P03300) VP2 × 1 (P03300) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 15 PDB 声明:pentadecameric(15) 与蛋白拷贝数一致 链 3; UniProt 342–579 片段:UNP residues 342-579 VP1 × 5 (P03300) VP2 × 5 (P03300) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明:octadecameric(18) 与蛋白拷贝数一致 链 3; UniProt 342–579 片段:UNP residues 342-579 VP1 × 6 (P03300) VP2 × 6 (P03300) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 3; UniProt 342–579 片段:UNP residues 342-579 VP1 × 1 (P03300) VP2 × 1 (P03300) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8QYM4_9ENTO
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 3; PDB构建体 1–238; UniProt 342–579

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6p9o

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6p9o
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6p9o
沉积日期 deposition_date2019-06-10
结构标题 titlePoliovirus 135S-like expanded particle in complex with a monoclonal antibody directed against the N-terminal extension of capsid protein VP1
关键词 keywordsVirus-antibody complex, poliovirus, cell-entry intermediate, expanded virus, VIRUS; VIRUS
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.83
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.10
零角强度 I(0) i086066100.00
分子量 molecular_weight74155.0 kDa
排除体积 excluded_volume93117 ų
包络体积 envelope_volume116480 ų
水化壳体积 shell_volume33839 ų
包络直径 envelope_diameter103.4
壳层 Rg shell_rg35.58
包络 Rg envelope_rg29.91
形状 Rg shape_rg29.08
总 Rg total_rg29.78
总原子数 total_atoms10354
残基数 n_residues662
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax98.5
Rg (实空间) rg_real29.89
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.67
I(0) (实空间) i0_real8.6070e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.86
I(0) (倒空间) i0_reciprocal86060000.0000
解质量估计 total_estimate0.8856
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary33.5
偏度 Skewness skewness0.409
峰度 Kurtosis kurtosis-0.311
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha17420000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.883; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.886

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6p9o3_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id6p9o100
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id6p9o200
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id6p9o300
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)