6qx2

3.4A structure of benzoisoxazole 3 with S.aureus DNA gyrase and DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B

Staphylococcus aureus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA gyrase subunit A × 2 （Q99XG5） ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 2 (2~{R})-2-[[5-(2-chlorophenyl)-1,2-benzoxazol-3-yl]oxy]-2-phenyl-ethanamine × 2	与全部聚合物一致
3	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA gyrase subunit A × 2 （Q99XG5） ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 1 (2~{R})-2-[[5-(2-chlorophenyl)-1,2-benzoxazol-3-yl]oxy]-2-phenyl-ethanamine × 2	与全部聚合物一致
4	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA gyrase subunit A × 2 （Q99XG5） ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 1 DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B × 1 （P66937,Q6GKU0） ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 1 (2~{R})-2-[[5-(2-chlorophenyl)-1,2-benzoxazol-3-yl]oxy]-2-phenyl-ethanamine × 2	与全部聚合物一致
5	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA gyrase subunit A × 2 （Q99XG5） ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 1 DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B × 1 （P66937,Q6GKU0） (2~{R})-2-[[5-(2-chlorophenyl)-1,2-benzoxazol-3-yl]oxy]-2-phenyl-ethanamine × 2	与全部聚合物一致
6	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA gyrase subunit A × 2 （Q99XG5） ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 2 DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B × 1 （P66937,Q2FKQ1） (2~{R})-2-[[5-(2-chlorophenyl)-1,2-benzoxazol-3-yl]oxy]-2-phenyl-ethanamine × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GYRB_STAAU
Isoform	—
PDB实体	1, 3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–128； UniProt 416–543 作者链 S； PDB构建体 1–128； UniProt 416–543 作者链 b； PDB构建体 1–128； UniProt 416–543 作者链 s； PDB构建体 1–128； UniProt 416–543 作者链 D； PDB构建体 1–127； UniProt 417–543 作者链 U； PDB构建体 1–127； UniProt 417–543 作者链 m； PDB构建体 1–127； UniProt 417–543

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B

Staphylococcus aureus

UniProt P66936

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA gyrase subunit A × 2 （Q99XG5） DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B × 1 （P0A0K8,Q6GKU0） ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 2 (2~{R})-2-[[5-(2-chlorophenyl)-1,2-benzoxazol-3-yl]oxy]-2-phenyl-ethanamine × 2	与全部聚合物一致
3	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA gyrase subunit A × 2 （Q99XG5） DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B × 1 （P0A0K8,Q6GKU0） ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 1 (2~{R})-2-[[5-(2-chlorophenyl)-1,2-benzoxazol-3-yl]oxy]-2-phenyl-ethanamine × 2	与全部聚合物一致
4	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA gyrase subunit A × 2 （Q99XG5） ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 1 DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B × 1 （P66937,Q6GKU0） ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 1 (2~{R})-2-[[5-(2-chlorophenyl)-1,2-benzoxazol-3-yl]oxy]-2-phenyl-ethanamine × 2	与全部聚合物一致
6	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA gyrase subunit A × 2 （Q99XG5） ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 2 DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B × 1 （P66937,Q2FKQ1） (2~{R})-2-[[5-(2-chlorophenyl)-1,2-benzoxazol-3-yl]oxy]-2-phenyl-ethanamine × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GYRB_STAAM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 129–186； UniProt 581–638 作者链 S； PDB构建体 129–186； UniProt 581–638 作者链 b； PDB构建体 129–186； UniProt 581–638 作者链 s； PDB构建体 129–186； UniProt 581–638

DNA gyrase subunit A

Staphylococcus aureus

UniProt Q99XG5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B × 1 （P0A0K8,P66936） DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B × 1 （P0A0K8,Q6GKU0） ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 2 (2~{R})-2-[[5-(2-chlorophenyl)-1,2-benzoxazol-3-yl]oxy]-2-phenyl-ethanamine × 2	与全部聚合物一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 2 DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B × 1 （P66937,Q2FKQ1） DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B × 1 （P66937,Q2FKQ1） (2~{R})-2-[[5-(2-chlorophenyl)-1,2-benzoxazol-3-yl]oxy]-2-phenyl-ethanamine × 2	与全部聚合物一致
3	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B × 1 （P0A0K8,P66936） DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B × 1 （P0A0K8,Q6GKU0） ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 1 (2~{R})-2-[[5-(2-chlorophenyl)-1,2-benzoxazol-3-yl]oxy]-2-phenyl-ethanamine × 2	与全部聚合物一致
4	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B × 1 （P0A0K8,P66936） ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 1 DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B × 1 （P66937,Q6GKU0） ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 1 (2~{R})-2-[[5-(2-chlorophenyl)-1,2-benzoxazol-3-yl]oxy]-2-phenyl-ethanamine × 2	与全部聚合物一致
5	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B × 1 （P0A0K8,Q6GKU0） ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 1 DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B × 1 （P66937,Q6GKU0） (2~{R})-2-[[5-(2-chlorophenyl)-1,2-benzoxazol-3-yl]oxy]-2-phenyl-ethanamine × 2	与全部聚合物一致
6	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B × 1 （P0A0K8,P66936） ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 2 DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B × 1 （P66937,Q2FKQ1） (2~{R})-2-[[5-(2-chlorophenyl)-1,2-benzoxazol-3-yl]oxy]-2-phenyl-ethanamine × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GYRA_STAAN
Isoform	—
PDB实体	2, 6
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–490； UniProt 2–491 作者链 C； PDB构建体 1–490； UniProt 2–491 作者链 L； PDB构建体 1–490； UniProt 2–491 作者链 R； PDB构建体 1–490； UniProt 2–491 作者链 T； PDB构建体 1–490； UniProt 2–491 作者链 a； PDB构建体 1–490； UniProt 2–491 作者链 c； PDB构建体 1–490； UniProt 2–491 作者链 j； PDB构建体 1–490； UniProt 2–491 作者链 l； PDB构建体 1–490； UniProt 2–491 作者链 r； PDB构建体 1–490； UniProt 2–491 作者链 t； PDB构建体 1–490； UniProt 2–491 作者链 J； PDB构建体 1–480； UniProt 11–491

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B

Staphylococcus aureus

UniProt Q6GKU0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B × 1 （P0A0K8,P66936） DNA gyrase subunit A × 2 （Q99XG5） ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 2 (2~{R})-2-[[5-(2-chlorophenyl)-1,2-benzoxazol-3-yl]oxy]-2-phenyl-ethanamine × 2	与全部聚合物一致
3	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B × 1 （P0A0K8,P66936） DNA gyrase subunit A × 2 （Q99XG5） ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 1 (2~{R})-2-[[5-(2-chlorophenyl)-1,2-benzoxazol-3-yl]oxy]-2-phenyl-ethanamine × 2	与全部聚合物一致
4	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B × 1 （P0A0K8,P66936） DNA gyrase subunit A × 2 （Q99XG5） ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 1 (2~{R})-2-[[5-(2-chlorophenyl)-1,2-benzoxazol-3-yl]oxy]-2-phenyl-ethanamine × 2	与全部聚合物一致
5	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA gyrase subunit A × 2 （Q99XG5） ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 1 (2~{R})-2-[[5-(2-chlorophenyl)-1,2-benzoxazol-3-yl]oxy]-2-phenyl-ethanamine × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GYRB_STAAR
Isoform	—
PDB实体	3, 9, 11
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 130–188； UniProt 580–638 作者链 U； PDB构建体 130–188； UniProt 580–638 作者链 m； PDB构建体 130–188； UniProt 580–638 作者链 d； PDB构建体 130–181； UniProt 586–637 作者链 k； PDB构建体 129–188； UniProt 581–640

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B

Staphylococcus aureus

UniProt P66937

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
2	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA gyrase subunit A × 1 （Q99XG5） ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 2 DNA gyrase subunit A × 1 （Q99XG5） (2~{R})-2-[[5-(2-chlorophenyl)-1,2-benzoxazol-3-yl]oxy]-2-phenyl-ethanamine × 2	与全部聚合物一致
4	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B × 1 （P0A0K8,P66936） DNA gyrase subunit A × 2 （Q99XG5） ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 1 (2~{R})-2-[[5-(2-chlorophenyl)-1,2-benzoxazol-3-yl]oxy]-2-phenyl-ethanamine × 2	与全部聚合物一致
5	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA gyrase subunit A × 2 （Q99XG5） DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B × 1 （P0A0K8,Q6GKU0） ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 1 (2~{R})-2-[[5-(2-chlorophenyl)-1,2-benzoxazol-3-yl]oxy]-2-phenyl-ethanamine × 2	与全部聚合物一致
6	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B × 1 （P0A0K8,P66936） DNA gyrase subunit A × 2 （Q99XG5） ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 2 (2~{R})-2-[[5-(2-chlorophenyl)-1,2-benzoxazol-3-yl]oxy]-2-phenyl-ethanamine × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GYRB_STAAN
Isoform	—
PDB实体	5, 7, 9, 11, 12
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–128； UniProt 416–543 作者链 M； PDB构建体 1–127； UniProt 417–543 作者链 d； PDB构建体 1–127； UniProt 417–543 作者链 k； PDB构建体 1–128； UniProt 416–543 作者链 u； PDB构建体 1–127； UniProt 417–543

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B

Staphylococcus aureus

UniProt Q2FKQ1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
2	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA gyrase subunit A × 1 （Q99XG5） ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 2 DNA gyrase subunit A × 1 （Q99XG5） (2~{R})-2-[[5-(2-chlorophenyl)-1,2-benzoxazol-3-yl]oxy]-2-phenyl-ethanamine × 2	与全部聚合物一致
6	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B × 1 （P0A0K8,P66936） DNA gyrase subunit A × 2 （Q99XG5） ;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 2 (2~{R})-2-[[5-(2-chlorophenyl)-1,2-benzoxazol-3-yl]oxy]-2-phenyl-ethanamine × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GYRB_STAA3
Isoform	—
PDB实体	5, 7, 12
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 129–187； UniProt 581–639 作者链 M； PDB构建体 130–189； UniProt 580–639 作者链 u； PDB构建体 130–187； UniProt 580–637

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6qx2
沉积日期 deposition_date	2019-03-06
结构标题 title	3.4A structure of benzoisoxazole 3 with S.aureus DNA gyrase and DNA
关键词 keywords	Inhibitor, DNA complex, isomerase; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6qx2__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6qx2__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6qx2__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.07 Å
Rg（电子密度）	36.85 Å
总 Rg	37.20 Å
原子数	11160
残基数	1375
排除体积	195090 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6qx2__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6qx2__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6qx2__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6qx2__assembly_4__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`6qx2__assembly_5__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`6qx2__assembly_6__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
分子量 formula_weight	20846.7 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.3,5.99.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,S,b,s
原子数 atom_count	68236

GKLADCSSKSPEECEIFLVEGDSAGGSTKSGRDSRTQAILPLRGKILNVEKARLDRILNNNEIRQMITAFGTGIGGDFDLAKARYHKIVIMTDADVDGAHIRTLLLTFFYRFMRPLIEAGYVYIAQPPKGLGEMNADQLWETTMNPEHRALLQVKLEDAIEADQTFEMLMGDVVENRRQFIEDNAV

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA gyrase subunit A
分子量 formula_weight	55537.3 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.3
突变 mutation	123 phosphotyrosine
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	11

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,L,R,T,a,c,j,l,r,t

AELPQSRINERNITSEMRESFLDYAMSVIVARALPDVRDGLKPVHRRILYGLNEQGMTPDKSYKKSARIVGDVMGKYHPHGDSSIYEAMVRMAQDFSYRYPLVDGQGNFGSMDGDGAAAMRYTEARMTKITLELLRDINKDTIDFIDNYDGNEREPSVLPARFPNLLANGASGIAVGMATNIPPHNLTELINGVLSLSKNPDISIAELMEDIEGPDFPTAGLILGKSGIRRAYETGRGSIQMRSRAVIEERGGGRQRIVVTEIPFQVNKARMIEKIAELVRDKKIDGITDLRDETSLRTGVRVVIDVRKDANASVILNNLYKQTPLQTSFGVNMIALVNGRPKLINLKEALVHYLEHQKTVVRRRTQYNLRKAKDRAHILEGLRIALDHIDEIISTIRESDTDKVAMESLQQRFKLSEKQAQAILDMRLRRLTGLERDKIEAEYNELLNYISELETILADEEVLLQLVRDELTEIRDRFGDDRRTEIQLG

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
分子量 formula_weight	21111.0 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.3,5.99.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,U,m

KLADCSSKSPEECEIFLVEGDSAGGSTKSGRDSRTQAILPLRGKILNVEKARLDRILNNNEIRQMITAFGTGIGGDFDLAKARYHKIVIMTDADVDGAHIRTLLLTFFYRFMRPLIEAGYVYIAQPPTGYKGLGEMNADQLWETTMNPEHRALLQVKLEDAIEADQTFEMLMGDVVENRRQFIEDNAV

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ;
分子量 formula_weight	6151.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F,N,O,W,e,n,v,w

GAGCGTACGGCCGTACGCTT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	synthetic construct

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
分子量 formula_weight	21009.9 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.3,5.99.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

GKLADCSSKSPEECEIFLVEGDSAGGSTKSGRDSRTQAILPLRGKILNVEKARLDRILNNNEIRQMITAFGTGIGGDFDLAKARYHKIVIMTDADVDGAHIRTLLLTFFYRFMRPLIEAGYVYIAQPPKGLGEMNADQLWETTMNPEHRALLQVKLEDAIEADQTFEMLMGDVVENRRQFIEDNAVY

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA gyrase subunit A
分子量 formula_weight	54370.0 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

ERNITSEMRESFLDYAMSVIVARALPDVRDGLKPVHRRILYGLNEQGMTPDKSYKKSARIVGDVMGKYHPHGDSSIYEAMVRMAQDFSYRYPLVDGQGNFGSMDGDGAAAMRYTEARMTKITLELLRDINKDTIDFIDNYDGNEREPSVLPARFPNLLANGASGIAVGMATNIPPHNLTELINGVLSLSKNPDISIAELMEDIEGPDFPTAGLILGKSGIRRAYETGRGSIQMRSRAVIEERGGGQRIVVTEIPFQVNKARMIEKIAELVRDKKIDGITDLRDETSLRTGVRVVIDVRKDANASVILNNLYKQTPLQTSFGVNMIALVNGRPKLINLKEALVHYLEHQKTVVRRRTQYNLRKAKDRAHILEGLRIALDHIDEIISTIRESDTDKVAMESLQQRFKLSEKQAQAILDMRLRRLTGLERDKIEAEYNELLNYISELETILADEEVLLQLVRDELTEIRDRFGDDRRTEIQLG

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
分子量 formula_weight	21274.2 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.3,5.99.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

KLADCSSKSPEECEIFLVEGDSAGGSTKSGRDSRTQAILPLRGKILNVEKARLDRILNNNEIRQMITAFGTGIGGDFDLAKARYHKIVIMTDADVDGAHIRTLLLTFFYRFMRPLIEAGYVYIAQPPTGYKGLGEMNADQLWETTMNPEHRALLQVKLEDAIEADQTFEMLMGDVVENRRQFIEDNAVY

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ;
分子量 formula_weight	5846.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	V,o

GAGCGTACGGCCGTACGCT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	synthetic construct

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
分子量 formula_weight	20363.2 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.3,5.99.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

KLADCSSKSPEECEIFLVEGDSAGGSTKSGRDSRTQAILPLRGKILNVEKARLDRILNNNEIRQMITAFGTGIGGDFDLAKARYHKIVIMTDADVDGAHIRTLLLTFFYRFMRPLIEAGYVYIAQPPTGMNADQLWETTMNPEHRALLQVKLEDAIEADQTFEMLMGDVVENRRQFIEDNA

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPTPAPCPGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ;
分子量 formula_weight	5204.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	f

GCGTACGGCCGTACGCT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	synthetic construct

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
分子量 formula_weight	21081.0 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.3,5.99.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	k

GKLADCSSKSPEECEIFLVEGDSAGGSTKSGRDSRTQAILPLRGKILNVEKARLDRILNNNEIRQMITAFGTGIGGDFDLAKARYHKIVIMTDADVDGAHIRTLLLTFFYRFMRPLIEAGYVYIAQPPKGLGEMNADQLWETTMNPEHRALLQVKLEDAIEADQTFEMLMGDVVENRRQFIEDNAVYA

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
分子量 formula_weight	21011.9 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.3,5.99.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	u

KLADCSSKSPEECEIFLVEGDSAGGSTKSGRDSRTQAILPLRGKILNVEKARLDRILNNNEIRQMITAFGTGIGGDFDLAKARYHKIVIMTDADVDGAHIRTLLLTFFYRFMRPLIEAGYVYIAQPPTGYKGLGEMNADQLWETTMNPEHRALLQVKLEDAIEADQTFEMLMGDVVENRRQFIEDNA

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	(2~{R})-2-[[5-(2-chlorophenyl)-1,2-benzoxazol-3-yl]oxy]-2-phenyl-ethanamine
分子量 formula_weight	364.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

▶

晶胞边长 a length_a	187.640 Å
晶胞边长 b length_b	410.120 Å
晶胞边长 c length_c	93.940 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	120.22 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	22

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	162.150 Å
R 因子 r_factor	0.1779
R_work r_work	0.1763
R_free r_free	0.2083

3.4A structure of benzoisoxazole 3 with S.aureus DNA gyrase and DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA gyrase subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6qx2__assembly_3__model_1

6qx2__assembly_3__model_1 | I(q)

6qx2__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer