9n26

DNA gyrase complexed with uncleaved DNA and Compound 148 to 1.96 A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 115.7 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9n26
沉积日期 deposition_date	2025-01-27
结构标题 title	DNA gyrase complexed with uncleaved DNA and Compound 148 to 1.96 A resolution
关键词 keywords	Bacterial DNA Gyrase, Inhibitor, NBTI, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.73 Å
零角强度 I(0) i0	869513000.00
分子量 molecular_weight	152700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	143510 Å³
包络体积 envelope_volume	268860 Å³
水化壳体积 shell_volume	59640 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.1 Å
壳层 Rg shell_rg	44.02 Å
包络 Rg envelope_rg	36.45 Å
形状 Rg shape_rg	36.79 Å
总 Rg total_rg	36.93 Å
总原子数 total_atoms	11463
残基数 n_residues	1382
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.7 Å
Rg (实空间) rg_real	36.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.6950e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3390e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	869600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9074
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.120
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.615
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha	64930000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.950; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.944

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA gyrase subunit B fusion with DNA gyrase subunit A
分子量 formula_weight	78166.1 kDa
EC 编号 ec_number	5.6.2.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	12100

GMDVASLPGKLADCSSKSPEECEIFLVEGDSAGGSTKSGRDSRTQAILPLRGKILNVEKARLDRILNNNEIRQMITAFGTGIGGDFDLAKARYHKIVIMTDADVDGAHIRTLLLTFFYRFMRPLIEAGYVYIAQPPTGYKGLGEMNADQLWETTMNPEHRALLQVKLEDAIEADQTFEMLMGDVVENRRQFIEDNAVYANLDFAELPQSRINERNITSEMRESFLDYAMSVIVARALPDVRDGLKPVHRRILYGLNEQGMTPDKSYKKSARIVGDVMGKYHPHGDSSIYEAMVRMAQDFSYRYPLVDGQGNFGSMDGDGAAAMRFTEARMTKITLELLRDINKDTIDFIDNYDGNEREPSVLPARFPNLLANGASGIAVGMATNIPPHNLTELINGVLSLSKNPDISIAELMEDIEGPDFPTAGLILGKSGIRRAYETGRGSIQMRSRAVIEERGGGRQRIVVTEIPFQVNKARMIEKIAELVRDKKIDGITDLRDETSLRTGVRVVIDVRKDANASVILNNLYKQTPLQTSFGVNMIALVNGRPKLINLKEALVHYLEHQKTVVRRRTQYNLRKAKDRAHILEGLRIALDHIDEIISTIRESDTDKVAMESLQQRFKLSEKQAQAILDMRLRRLTGLERDKIEAEYNELLNYISELETILADEEVLLQLVRDELTEIRDRFGDDRRTEIQLG

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APGPCPCPGPTPAPGPGPGPCPCPCPTPAPCPGPGPCPT)-3') ;
分子量 formula_weight	6136.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D

AGCCGTAGGGCCCTACGGCT

Entity 3 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	N-{(2r,5r)-2-[2-(6-methoxyquinolin-4-yl)ethyl]-1,3-dioxan-5-yl}-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzothiazine-6-carboxamide
分子量 formula_weight	479.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	603

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	92.937 Å
晶胞边长 b length_b	92.937 Å
晶胞边长 c length_c	405.763 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.963 Å
最低分辨率 resolution_low	29.697 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1705
R_free r_free	0.2167

fit	/app/data/saxs_computation/n2/9n26/9n26.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n2/9n26/9n26.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n2/9n26/9n26.dat

DNA gyrase complexed with uncleaved DNA and Compound 148 to 1.96 A resolution

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)