6r74

N-terminally reversed variant of FimA E. coli

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 69.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type-1 fimbrial protein, A chain

Escherichia coli

UniProt P04128

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 42–182 未记录 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 3.1;298 K;45% NH4SO2 and 0.1M Sodium Malonate buffer pH 3.1 分辨率 1.81 Å R-free 0.219

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIMA1_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 19–159; UniProt 42–182

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6r74

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6r74
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6r74
沉积日期 deposition_date2019-03-28
结构标题 titleN-terminally reversed variant of FimA E. coli
关键词 keywords;FimA, pilus, monomer, subunit, pili, synthetic, construct, main structural subunit, high resolution, STRUCTURAL PROTEIN, N terminus, reversed ;; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.30
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.71
零角强度 I(0) i05916440.00
分子量 molecular_weight16160.0 kDa
排除体积 excluded_volume19539 ų
包络体积 envelope_volume23097 ų
水化壳体积 shell_volume12529 ų
包络直径 envelope_diameter68.1
壳层 Rg shell_rg21.73
包络 Rg envelope_rg17.60
形状 Rg shape_rg16.55
总 Rg total_rg17.94
总原子数 total_atoms2193
残基数 n_residues157
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax69.1
Rg (实空间) rg_real18.48
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.62
I(0) (实空间) i0_real5.9160e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.5450e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.46
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5916000.0000
解质量估计 total_estimate0.7732
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.7
偏度 Skewness skewness0.652
峰度 Kurtosis kurtosis0.126
角度范围 angular_range— – 0.4350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1368000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.477; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.648; Smooth: 0.967

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6r74a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family familyb.2.3.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6r74a2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)