6rev

Cryo-EM structure of the N-terminal DC repeat (NDC) of human doublecortin (DCX) bound to 13-protofilament GDP-microtubule

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neuronal migration protein doublecortin

Homo sapiens

UniProt O43602

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 5 Tubulin beta-2B chain × 2 (Q6B856) Tubulin alpha-1B chain × 2 (P81947) GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DCX_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 N; PDB构建体 1–99; UniProt 44–142

Tubulin beta-2B chain

物种未注明

UniProt Q6B856

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 5 Neuronal migration protein doublecortin × 1 (O43602) Tubulin alpha-1B chain × 2 (P81947) GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBB2B_BOVIN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–429; UniProt 1–429 作者链 b; PDB构建体 1–429; UniProt 1–429

Tubulin alpha-1B chain

物种未注明

UniProt P81947

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 5 Neuronal migration protein doublecortin × 1 (O43602) Tubulin beta-2B chain × 2 (Q6B856) GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBA1B_BOVIN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–432; UniProt 1–441 作者链 a; PDB构建体 1–432; UniProt 1–441

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6rev
沉积日期 deposition_date2019-04-12
结构标题 titleCryo-EM structure of the N-terminal DC repeat (NDC) of human doublecortin (DCX) bound to 13-protofilament GDP-microtubule
关键词 keywordsMicrotubule-associated protein, neuronal migration protein, ubiquitin-like fold, CYTOSOLIC PROTEIN; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6rev__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6rev__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

6rev__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)40.27 Å
Rg(电子密度)39.71 Å
总 Rg40.07 Å
原子数14407
残基数1821
排除体积254360 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 6rev__assembly_1__model_1 pentameric (5) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

CATH v4.4 (13 domains)

结构域编号 domain_id6revA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id6revA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id6revA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id6revB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id6revB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id6revB03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id6revN00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily230 — Doublecortin domain
结构域编号 domain_id6reva01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id6reva02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id6reva03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id6revb01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id6revb02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id6revb03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
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7. 引用文献 (1)