SAXSdb — 6rml

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 2-binding protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–290 链 B； UniProt 1–290	未记录	53BP1 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；287.15 K；10% w/v PEG 20 000 20% v/v PEG MME 550 0.03 M of each ethylene glycol 0.1 M MES/imidazole pH 6.5	分辨率 2.81 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6RML	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1WF6 The third BRCA1 C-terminus (BRCT) domain of Similar to S.pombe rad4+/cut5+ product 提交 2004-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 354–472（119 aa）片段：BRCA1 C-turminus (BRCT) domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）220mM；压力 ambient NMR样品组成 1.06mM 13C/15N-labeled protein; 20mM d-TRIS, 200mM NaCl, 1mM d-DTT, and 0.02% NaN3 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2XNH Structure and function of the Rad9-binding region of the DNA damage checkpoint adaptor TopBP1 提交 2010-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–287（287 aa）片段：BRCT 0,1 AND 2, RESIDUES 1-287	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	IOD IODIDE ION × 17	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；0.1M TRIS-HCL PH 6.8, 0.5M KI, 5% (V/V) GLYCEROL, 22.5% (W/V), 10% PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.251
2XNK Structure and function of the Rad9-binding region of the DNA damage checkpoint adaptor TopBP1 提交 2010-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–290（290 aa）片段：BRCT 0,1 AND 2, RESIDUES 1-290	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M TRIS-HCL PH 7.5, 0.4 M MGCL2, 25% PEG 4000, 4% GLYCEROL, 0.01 M SPERMIDINE TETRA-HCL	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
2XNK Structure and function of the Rad9-binding region of the DNA damage checkpoint adaptor TopBP1 提交 2010-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–290（290 aa）片段：BRCT 0,1 AND 2, RESIDUES 1-290	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M TRIS-HCL PH 7.5, 0.4 M MGCL2, 25% PEG 4000, 4% GLYCEROL, 0.01 M SPERMIDINE TETRA-HCL	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
2XNK Structure and function of the Rad9-binding region of the DNA damage checkpoint adaptor TopBP1 提交 2010-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–290（290 aa）片段：BRCT 0,1 AND 2, RESIDUES 1-290	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M TRIS-HCL PH 7.5, 0.4 M MGCL2, 25% PEG 4000, 4% GLYCEROL, 0.01 M SPERMIDINE TETRA-HCL	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
2XNK Structure and function of the Rad9-binding region of the DNA damage checkpoint adaptor TopBP1 提交 2010-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–290（290 aa）片段：BRCT 0,1 AND 2, RESIDUES 1-290	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M TRIS-HCL PH 7.5, 0.4 M MGCL2, 25% PEG 4000, 4% GLYCEROL, 0.01 M SPERMIDINE TETRA-HCL	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
3AL2 Crystal Structure of TopBP1 BRCT7/8 提交 2010-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1264–1493（230 aa）片段：BRCT7 and BRCT8, UNP residues 1264-1493	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Li2SO4, Tris-HCl, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.204
3AL3 Crystal Structure of TopBP1 BRCT7/8-BACH1 peptide complex 提交 2010-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1264–1493（230 aa）片段：BRCT7 and BRCT8, UNP residues 1264-1493	未记录	FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Sodium formate, pH 8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.15 Å R-free 0.236
3JVE Crystal Structure of the Sixth BRCT Domain of TopBP1 提交 2009-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 893–996（104 aa）片段：C-terminus (BRCT) domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；0.1M Tris-HCl pH 6.8, PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.34 Å R-free 0.173
3OLC Crystal structure of the N-terminal region of TopBP1 提交 2010-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 1–290（290 aa）片段：N-terminal domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；0.1M MES, 11%(w/v) PEG3350, 0.85M sodium nitrate, 2mM EDTA, 4mM DTT, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.40 Å R-free 0.258
3PD7 Crystal Structure of the Sixth BRCT Domain of Human TopBP1 提交 2010-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 893–994（102 aa）片段：Sixth BRCT domain, UNP residues 893-994	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；295 K；20% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.26 Å R-free 0.144
3PD7 Crystal Structure of the Sixth BRCT Domain of Human TopBP1 提交 2010-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 893–994（102 aa）片段：Sixth BRCT domain, UNP residues 893-994	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；295 K；20% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.26 Å R-free 0.144
3UEN Crystal structure of TopBP1 BRCT4/5 domains 提交 2011-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 549–746（198 aa）片段：BRCT domain	未记录	SCN THIOCYANATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG 3350, NaSCN, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
3UEO Crystal structure of TopBP1 BRCT4/5 domains in complex with a phospho-peptide 提交 2011-10-31	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 549–746（198 aa）片段：BRCT domain 链 C 549–746（198 aa）片段：BRCT domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；PEG 10000, Ammonium acetate, bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.234
3UEO Crystal structure of TopBP1 BRCT4/5 domains in complex with a phospho-peptide 提交 2011-10-31	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 549–746（198 aa）片段：BRCT domain 链 D 549–746（198 aa）片段：BRCT domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；PEG 10000, Ammonium acetate, bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.234
6RMM Crystal structure of TOPBP1 BRCT4,5 in complex with a 53BP1 phosphopeptide 提交 2019-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 548–741（194 aa）链 B 548–741（194 aa）链 C 548–741（194 aa）链 D 548–741（194 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；287.15 K；10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol 0.02 M of each carboxylic acid 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5	分辨率 3.53 Å R-free 0.234
7CMZ Crystal Structure of BRCT7/8 in Complex with the APS Motif of PHF8 提交 2020-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1264–1493（230 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；289 K；Sodium phosphate monobasic monohydrate, Potassium phosphate dibasic	分辨率 1.70 Å R-free 0.215
9MAT TopBP1 BRCT 7-8 Domain 提交 2025-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1264–1493（230 aa）	未记录	MLA MALONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.3 M Sodium malonate pH 7.0, 20% w/v PEG 3350	分辨率 1.65 Å R-free 0.207
9MAW Crystal structure of TOPBP1BRCT7-8 domain in complex with 1-Adamantaneacetic acid 提交 2025-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1264–1491（228 aa）	未记录	A1ENP 1-Adamantylacetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M Citric acid, 2.4 M Ammonium sulfate pH 5.0	分辨率 2.45 Å R-free 0.237

共 14 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOPB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–292； UniProt 1–290 作者链 B； PDB构建体 3–292； UniProt 1–290

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6rml
沉积日期 deposition_date	2019-05-07
结构标题 title	Crystal structure of TOPBP1 BRCT0,1,2 in complex with a 53BP1 phosphopeptide
关键词 keywords	BRCT domain Phosphopeptide recognition, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.15 Å
零角强度 I(0) i0	67185500.00
分子量 molecular_weight	65629.0 kDa
排除体积 excluded_volume	82591 Å³
包络体积 envelope_volume	111180 Å³
水化壳体积 shell_volume	30907 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.2 Å
壳层 Rg shell_rg	36.71 Å
包络 Rg envelope_rg	30.96 Å
形状 Rg shape_rg	31.13 Å
总 Rg total_rg	31.76 Å
总原子数 total_atoms	4593
残基数 n_residues	564
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.1 Å
Rg (实空间) rg_real	31.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.7190e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.5410e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	67190000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9051
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.121
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.715
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10710000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.949; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.930

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA topoisomerase 2-binding protein 1
分子量 formula_weight	33891.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	4605

GPMSRNDKEPFFVKFLKSSDNSKCFFKALESIKEFQSEEYLQIITEEEALKIKENDRSLYICDPFSGVVFDHLKKLGCRIVGPQVVIFCMHHQRCVPRAEHPVYNMVMSDVTISCTSLEKEKREEVHKYVQMMGGRVYRDLNVSVTHLIAGEVGSKKYLVAANLKKPILLPSWIKTLWEKSQEKKITRYTDINMEDFKCPIFLGCIICVTGLCGLDRKEVQQLTVKHGGQYMGQLKMNECTHLIVQEPKGQKYECAKRWNVHCVTTQWFFDSIEKGFCQDESIYKTEPRPEA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	53BP1
分子量 formula_weight	1755.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

EVEEIPETPCESQGE

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6rmlA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10190 — BRCT domain

结构域编号 domain_id	6rmlA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10190 — BRCT domain

结构域编号 domain_id	6rmlB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10190 — BRCT domain

结构域编号 domain_id	6rmlB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10190 — BRCT domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	84.440 Å
晶胞边长 b length_b	84.440 Å
晶胞边长 c length_c	225.190 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.810 Å
最低分辨率 resolution_low	69.550 Å
R 因子 r_factor	0.2247
R_work r_work	0.2229
R_free r_free	0.2597

fit	/app/data/saxs_computation/rm/6rml/6rml.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rm/6rml/6rml.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rm/6rml/6rml.dat

Crystal structure of TOPBP1 BRCT0,1,2 in complex with a 53BP1 phosphopeptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 2-binding protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)