6sjv

Structure of HPV18 E6 oncoprotein in complex with mutant E6AP LxxLL motif

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 96.1 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltodextrin-binding protein,Protein E6,Ubiquitin-protein ligase E3A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足同源多聚体蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 27–392	突变：;K84A,K240A,E360A,K363A,D364A,F1049R,L2386F,E2393R,K84A,K240A,E360A,K363A,D364A,F1049R,L2386F,E2393R,K84A,K240A,E360A,K363A,D364A,F1049R,L2386F,E2393R ;	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 6.5；298 K；Sodium Cacodylate 100 mM pH 6.5, PEG 8000 5%, 2-methyl-2,4-pentanediol 40%	分辨率 2.03 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6SJV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6I4Y X-ray structure of the human mitochondrial PRELID3b-TRIAP1 complex 提交 2018-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 27–393（367 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；Tacsimate (60% v/v) pH 7	分辨率 2.91 Å R-free 0.296
6QF7 Crystal structures of the recombinant beta-Factor XIIa protease with bound Thr-Arg and Pro-Arg substrate mimetics 提交 2019-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–393（368 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；292 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.6 with 10% PEG 4000 and 0.15 M MgCl2	分辨率 4.00 Å R-free 0.356
6QF7 Crystal structures of the recombinant beta-Factor XIIa protease with bound Thr-Arg and Pro-Arg substrate mimetics 提交 2019-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 26–393（368 aa）	未记录	0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；292 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.6 with 10% PEG 4000 and 0.15 M MgCl2	分辨率 4.00 Å R-free 0.356
6QUG GHK tagged MBP-Nup98(1-29) 提交 2019-02-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–392（366 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG550, PEG20,000, MOPS, HEPES, sodium Phosphate, sodium nitrate, ammonium sulphate	分辨率 2.70 Å R-free 0.226
6QUG GHK tagged MBP-Nup98(1-29) 提交 2019-02-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 J 27–392（366 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG550, PEG20,000, MOPS, HEPES, sodium Phosphate, sodium nitrate, ammonium sulphate	分辨率 2.70 Å R-free 0.226
6QUG GHK tagged MBP-Nup98(1-29) 提交 2019-02-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 K 27–392（366 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG550, PEG20,000, MOPS, HEPES, sodium Phosphate, sodium nitrate, ammonium sulphate	分辨率 2.70 Å R-free 0.226
6QUG GHK tagged MBP-Nup98(1-29) 提交 2019-02-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 L 27–392（366 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG550, PEG20,000, MOPS, HEPES, sodium Phosphate, sodium nitrate, ammonium sulphate	分辨率 2.70 Å R-free 0.226
6QUG GHK tagged MBP-Nup98(1-29) 提交 2019-02-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 27–392（366 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG550, PEG20,000, MOPS, HEPES, sodium Phosphate, sodium nitrate, ammonium sulphate	分辨率 2.70 Å R-free 0.226
6QUG GHK tagged MBP-Nup98(1-29) 提交 2019-02-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 27–392（366 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG550, PEG20,000, MOPS, HEPES, sodium Phosphate, sodium nitrate, ammonium sulphate	分辨率 2.70 Å R-free 0.226
6QUG GHK tagged MBP-Nup98(1-29) 提交 2019-02-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 27–392（366 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG550, PEG20,000, MOPS, HEPES, sodium Phosphate, sodium nitrate, ammonium sulphate	分辨率 2.70 Å R-free 0.226
6QUG GHK tagged MBP-Nup98(1-29) 提交 2019-02-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 27–392（366 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG550, PEG20,000, MOPS, HEPES, sodium Phosphate, sodium nitrate, ammonium sulphate	分辨率 2.70 Å R-free 0.226
6QUG GHK tagged MBP-Nup98(1-29) 提交 2019-02-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 27–392（366 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG550, PEG20,000, MOPS, HEPES, sodium Phosphate, sodium nitrate, ammonium sulphate	分辨率 2.70 Å R-free 0.226
6QUG GHK tagged MBP-Nup98(1-29) 提交 2019-02-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 27–392（366 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG550, PEG20,000, MOPS, HEPES, sodium Phosphate, sodium nitrate, ammonium sulphate	分辨率 2.70 Å R-free 0.226
6QUG GHK tagged MBP-Nup98(1-29) 提交 2019-02-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 27–392（366 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG550, PEG20,000, MOPS, HEPES, sodium Phosphate, sodium nitrate, ammonium sulphate	分辨率 2.70 Å R-free 0.226
6QUG GHK tagged MBP-Nup98(1-29) 提交 2019-02-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 27–392（366 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG550, PEG20,000, MOPS, HEPES, sodium Phosphate, sodium nitrate, ammonium sulphate	分辨率 2.70 Å R-free 0.226
6WBH Crystal structure of mRECK(CC4) in fusion with engineered MBP at medium resolution 提交 2020-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–392（364 aa）	突变：D84A,K85A,E174A,N175A,A217H,K221H,K241A,A314V,I319V,E361A,K364A,D365A	CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；293 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 25% PEG 4000	分辨率 2.46 Å R-free 0.220
6WBJ High resolution crystal structure of mRECK(CC4) in fusion with engineered MBP 提交 2020-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–392（364 aa）	突变：D84A,K85A,E174A,N175A,A217H,K221H,K241A,A314V,I319V,E361A,K364A,D365A	SO4 SULFATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；293 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 25% PEG 4000	分辨率 1.65 Å R-free 0.177
7B01 ADAMTS13-CUB12 提交 2020-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–387（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；21% (v/v) PEG1500, 100 mM Sodium propionate, sodium cacodylate trihydrate, 200 mM MnCl2, Bis-Tris propane, pH 5	分辨率 2.80 Å R-free 0.292
7CY5 Crystal Structure of CMD1 in complex with vitamin C 提交 2020-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–392（366 aa）片段：dioxygenase,dioxygenase	突变：D108A, K109A, E198A, N199A, E385A, K388A, D389A	FE FE (III) ION × 1 ASC ASCORBIC ACID × 1 CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.6；290 K；2% Tacsimate, 0.1M CIT pH 5.6, 16% PEG 3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.221
7CY6 Crystal Structure of CMD1 in complex with 5mC-DNA 提交 2020-09-03	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 27–392（366 aa）	突变：D108A, K109A, E198A, N199A, E385A, K388A, D389A	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 13 FE2 FE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；290 K；15% (v/v) 2-propanol, 0.1 M sodium citrate, pH 5.0, and 10% (w/v) PEG 10000	分辨率 2.10 Å R-free 0.227
7CY7 Crystal Structure of CMD1 in complex with DNA 提交 2020-09-03	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 27–392（366 aa）	突变：D108A, K109A, E198A, N199A, E385A, K388A, D389A	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 FE2 FE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；290 K；15% (v/v) 2-propanol, 0.1 M sodium citrate, pH 5.0, and 10% (w/v) PEG 10000	分辨率 2.15 Å R-free 0.221
7CY8 Crystal Structure of CMD1 in complex with 5mC-DNA and vitamin C 提交 2020-09-03	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 27–392（366 aa）	突变：D108A, K109A, E198A, N199A, E385A, K388A, D389A	ASC ASCORBIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 FE2 FE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；290 K；15% (v/v) 2-propanol, 0.1 M sodium citrate, pH 5.0, and 10% (w/v) PEG 10000	分辨率 2.40 Å R-free 0.235
7U0G structure of LIN28b nucleosome bound 3 OCT4 提交 2022-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric	链 K 26–392（367 aa）链 L 26–392（367 aa）链 M 26–392（367 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
7U0I Structure of LIN28b nucleosome bound 2 OCT4 提交 2022-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric	链 L 26–392（367 aa）链 M 26–392（367 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
7XMN Structure of SARS-CoV-2 ORF8 提交 2022-04-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 27–392（366 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NNH NOR-N-OMEGA-HYDROXY-L-ARGININE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M MES pH6.1, 2%Polyethylene glycol 400, 2.1 M Ammonium sulfate	分辨率 2.30 Å R-free 0.245
8CDY N-terminal domain of human apolipoprotein E 提交 2023-02-01	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–392（366 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；HEPES, PEG 6000	分辨率 1.90 Å R-free 0.231
8CE0 N-terminal domain of human apolipoprotein E 提交 2023-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–396（373 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；NaCl, Hepes, PEG 8000	分辨率 1.75 Å R-free 0.215
8D9X Cryo-EM structure of human DELE1 in oligomeric form 提交 2022-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 27–387（361 aa）链 B 27–387（361 aa）链 C 27–387（361 aa）链 D 27–387（361 aa）链 E 27–387（361 aa）链 F 27–387（361 aa）链 G 27–387（361 aa）链 H 27–387（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8JYX Crystal structure of the gasdermin-like protein RCD-1-1 from Neurospora crassa 提交 2023-07-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–392（366 aa）	突变：D108A, K109A, E198A, N199A, K265A, K388A, D389A, K174A, K175A, K176A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；291 K；0.1 M Bicine pH 7.4, 11% PEG 3350, 3% (w/v) D(+)-Glucose monohydrate	分辨率 2.35 Å R-free 0.248
8JYX Crystal structure of the gasdermin-like protein RCD-1-1 from Neurospora crassa 提交 2023-07-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 27–392（366 aa）	突变：D108A, K109A, E198A, N199A, K265A, K388A, D389A, K174A, K175A, K176A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；291 K；0.1 M Bicine pH 7.4, 11% PEG 3350, 3% (w/v) D(+)-Glucose monohydrate	分辨率 2.35 Å R-free 0.248
8SPS High resolution structure of ESRRB nucleosome bound OCT4 at site a and site b 提交 2023-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric	链 L 26–387（362 aa）链 M 26–387（362 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8SPU Structure of ESRRB nucleosome bound OCT4 at site c 提交 2023-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric	链 L 26–387（362 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å

共 19 个其他 PDB 条目、32 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A376KDN7_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–367； UniProt 27–392

Maltodextrin-binding protein,Protein E6,Ubiquitin-protein ligase E3A

Homo sapiens

UniProt P06463

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足同源多聚体蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–152	突变：;K84A,K240A,E360A,K363A,D364A,F1049R,L2386F,E2393R,K84A,K240A,E360A,K363A,D364A,F1049R,L2386F,E2393R,K84A,K240A,E360A,K363A,D364A,F1049R,L2386F,E2393R ;	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 6.5；298 K；Sodium Cacodylate 100 mM pH 6.5, PEG 8000 5%, 2-methyl-2,4-pentanediol 40%	分辨率 2.03 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6SJV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2I04 X-ray crystal structure of MAGI-1 PDZ1 bound to the C-terminal peptide of HPV18 E6 提交 2006-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 152–158（7 aa）链 D 152–158（7 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；291 K；PEG2000, 0.1 M Na Acetate , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 2.15 Å R-free 0.269
2I0I X-ray crystal structure of Sap97 PDZ3 bound to the C-terminal peptide of HPV18 E6 提交 2006-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 152–158（7 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；291 K；PEG4000, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.289
2I0I X-ray crystal structure of Sap97 PDZ3 bound to the C-terminal peptide of HPV18 E6 提交 2006-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 152–158（7 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；291 K；PEG4000, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.289
2I0I X-ray crystal structure of Sap97 PDZ3 bound to the C-terminal peptide of HPV18 E6 提交 2006-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 152–158（7 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；291 K；PEG4000, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.289
2I0L X-ray crystal structure of Sap97 PDZ2 bound to the C-terminal peptide of HPV18 E6. 提交 2006-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 152–158（7 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；291 K；2M Ammonium Sulfate, 0.1M sodium citrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 2.31 Å R-free 0.302
2I0L X-ray crystal structure of Sap97 PDZ2 bound to the C-terminal peptide of HPV18 E6. 提交 2006-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 152–158（7 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；291 K；2M Ammonium Sulfate, 0.1M sodium citrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 2.31 Å R-free 0.302
4JOR CFTR Associated Ligand (CAL) PDZ domain bound to HPV18 E6 oncoprotein C-terminal peptide (RLQRRRETQV) 提交 2013-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 149–158（10 aa）片段：HPV18 E6 peptide	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；29% (w/v) polyethylene glycol (PEG), 0.075 M sodium chloride, 0.1 M tris(hydroxymethyl)aminomethane (Tris), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.34 Å R-free 0.181
4JOR CFTR Associated Ligand (CAL) PDZ domain bound to HPV18 E6 oncoprotein C-terminal peptide (RLQRRRETQV) 提交 2013-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 149–158（10 aa）片段：HPV18 E6 peptide	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；29% (w/v) polyethylene glycol (PEG), 0.075 M sodium chloride, 0.1 M tris(hydroxymethyl)aminomethane (Tris), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.34 Å R-free 0.181
5K4F CAL PDZ mutant C319A with a peptide 提交 2016-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 149–158（10 aa）片段：UNP residues 149-158	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；31% PEG3350, 125mM NaCl, 0.1M Tris7.5	分辨率 1.36 Å R-free 0.183
5K4F CAL PDZ mutant C319A with a peptide 提交 2016-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 149–158（10 aa）片段：UNP residues 149-158	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；31% PEG3350, 125mM NaCl, 0.1M Tris7.5	分辨率 1.36 Å R-free 0.183
6ZFD 14-3-3 zeta bound to the phosphorylated 18E6 C-terminus 提交 2020-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 152–158（7 aa）链 B 152–158（7 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；19% PEG4000, 0.1M cacodylate, 20%glycerol as a cryoprotectant	分辨率 1.90 Å R-free 0.207
6ZFG 14-3-3 zeta chimera with 18E6 and fusicoccin 提交 2020-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 152–158（7 aa）链 B 152–158（7 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1 FSC FUSICOCCIN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；19% PEG4000, 0.1M cacodylate, 20%glycerol as a cryoprotectant	分辨率 1.85 Å R-free 0.219
8B82 Crystal structure of Scribble PDZ1 with human papillomavirus strain 16 E6 peptide 提交 2022-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 149–158（10 aa）链 D 149–158（10 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；15% PEG 4000, 0.05 M Ammonium Sulfate	分辨率 2.80 Å R-free 0.278
8OEP Crystal structure of the PTPN3 PDZ domain bound to the HPV18 E6 oncoprotein C-terminal peptide 提交 2023-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 146–158（13 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；20% w/v PEG 3350, 0.2 M NaI at pH 7;	分辨率 1.87 Å R-free 0.249
8OEP Crystal structure of the PTPN3 PDZ domain bound to the HPV18 E6 oncoprotein C-terminal peptide 提交 2023-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 146–158（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；20% w/v PEG 3350, 0.2 M NaI at pH 7;	分辨率 1.87 Å R-free 0.249

共 9 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	VE6_HPV18
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 372–523； UniProt 1–152

Maltodextrin-binding protein,Protein E6,Ubiquitin-protein ligase E3A

Homo sapiens

UniProt Q05086

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足同源多聚体蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 403–417	突变：;K84A,K240A,E360A,K363A,D364A,F1049R,L2386F,E2393R,K84A,K240A,E360A,K363A,D364A,F1049R,L2386F,E2393R,K84A,K240A,E360A,K363A,D364A,F1049R,L2386F,E2393R ;	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 6.5；298 K；Sodium Cacodylate 100 mM pH 6.5, PEG 8000 5%, 2-methyl-2,4-pentanediol 40%	分辨率 2.03 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6SJV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C4Z STRUCTURE OF AN E6AP-UBCH7 COMPLEX: INSIGHTS INTO THE UBIQUITINATION PATHWAY 提交 1999-10-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 518–875（358 aa）片段：HECT CATALYTIC DOMAIN 链 B 518–875（358 aa）片段：HECT CATALYTIC DOMAIN 链 C 518–875（358 aa）片段：HECT CATALYTIC DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG1500, MAGNESIUM CHLORIDE, MES-NA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.60 Å R-free 0.290
1D5F STRUCTURE OF E6AP: INSIGHTS INTO UBIQUITINATION PATHWAY 提交 1999-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 495–852（358 aa）链 B 495–852（358 aa）链 C 495–852（358 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG1500, AMMONIUM ACETATE,SODIUM CHLORIDE, HEPES-NA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.80 Å R-free 0.283
1EQX SOLUTION STRUCTURE DETERMINATION AND MUTATIONAL ANALYSIS OF THE PAPILLOMAVIRUS E6-INTERACTING PEPTIDE OF E6AP 提交 2000-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 401–418（18 aa）片段：E6-INTERACTING PEPTIDE	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；288 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM Na3PO4；压力 ambient NMR样品组成 2 mM E6ap; 10 mM phosphate buffer; 40% TFE, 60% H2O \| 40% TFE, 60% H2O	分辨率未提供
4GIZ Crystal structure of full-length human papillomavirus oncoprotein E6 in complex with LXXLL peptide of ubiquitin ligase E6AP at 2.55 A resolution 提交 2012-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 403–414（12 aa）片段：unp residues 27-392/403-414	突变：D83A,K84A,K240A,E360A,D364A,K363A	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；290 K；10% peg8000, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K	分辨率 2.55 Å R-free 0.196
4GIZ Crystal structure of full-length human papillomavirus oncoprotein E6 in complex with LXXLL peptide of ubiquitin ligase E6AP at 2.55 A resolution 提交 2012-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 403–414（12 aa）片段：unp residues 27-392/403-414	突变：D83A,K84A,K240A,E360A,D364A,K363A	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；290 K；10% peg8000, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K	分辨率 2.55 Å R-free 0.196
6SLM Crystal structure of full-length HPV31 E6 oncoprotein in complex with LXXLL peptide of ubiquitin ligase E6AP 提交 2019-08-20	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 403–417（15 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；200mM tri-lithium citrate, 20% PEG 33350 protein concentration: 30mg/ml cryo condition: 35% glycerol	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
6TGK Domain swapped E6AP C-lobe dimer 提交 2019-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 765–869（105 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.1 M CaCl 0.1 M Sodiumacetat 30% PEG400	分辨率 1.30 Å R-free 0.207
6U19 Solution Structure of the RAZUL domain from 26S proteasome subunit hRpn10/S5a complexed with the AZUL domain from E3 ligase E6AP/UBE3A 提交 2019-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–87（64 aa）片段：UNP Residues 24-87	未记录	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-35% 2H] 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 (305-377), 0.75 mM Ubiquitin-protein ligase E3A (24-87), 10 mM MOPS, 50 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 10 uM zinc sulphate, 0.1 % sodium azide, 1 mM pefabloc, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-35% 2H] 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 (305-377), 0.75 mM Ubiquitin-protein ligase E3A (24-87), 10 mM MOPS, 50 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 10 uM zinc sulphate, 0.1 % sodium azide, 1 mM pefabloc, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin-protein ligase E3A (24-87), 0.75 mM 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 (305-377), 10 mM MOPS, 50 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 10 uM zinc sulphate, 0.1 % sodium azide, 1 mM pefabloc, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin-protein ligase E3A (24-87), 0.75 mM 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 (305-377), 10 mM MOPS, 50 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 10 uM zinc sulphate, 0.1 % sodium azide, 1 mM pefabloc, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
7QPB Catalytic C-lobe of the HECT-type ubiquitin ligase E6AP in complex with a hybrid foldamer-peptide macrocycle 提交 2022-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 741–852（112 aa）链 C 741–852（112 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；12% PEG 8000, 0.1 M sodium cacodylate, 0.1 M calcium acetate pH 5.5	分辨率 2.34 Å R-free 0.263
7QPB Catalytic C-lobe of the HECT-type ubiquitin ligase E6AP in complex with a hybrid foldamer-peptide macrocycle 提交 2022-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 741–852（112 aa）链 C 741–852（112 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；12% PEG 8000, 0.1 M sodium cacodylate, 0.1 M calcium acetate pH 5.5	分辨率 2.34 Å R-free 0.263
7QPB Catalytic C-lobe of the HECT-type ubiquitin ligase E6AP in complex with a hybrid foldamer-peptide macrocycle 提交 2022-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 741–852（112 aa）链 D 741–852（112 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；12% PEG 8000, 0.1 M sodium cacodylate, 0.1 M calcium acetate pH 5.5	分辨率 2.34 Å R-free 0.263
7QPB Catalytic C-lobe of the HECT-type ubiquitin ligase E6AP in complex with a hybrid foldamer-peptide macrocycle 提交 2022-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 741–852（112 aa）链 D 741–852（112 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；12% PEG 8000, 0.1 M sodium cacodylate, 0.1 M calcium acetate pH 5.5	分辨率 2.34 Å R-free 0.263
8ENP UBE3A isoform 3 AZUL 提交 2022-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–84（84 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）450；压力 1 NMR样品组成 1.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] UBE3A iso 3 AZUL, 10 mM MOPS, 450 mM sodium chloride, 10 mM beta-mercaptoethanol, 10 uM zinc sulfate, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
8EPT UBE3A isoform 2 AZUL domain 提交 2022-10-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）450；压力 1 NMR样品组成 1.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] UBE3A iso2 AZUL, 10 mM MOPS, 450 mM sodium chloride, 10 mM beta-mercaptoethanol, 10 uM zinc sulfate, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
8GCR HPV16 E6-E6AP-p53 complex 提交 2023-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 1–875（875 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å
8JRN Structure of E6AP-E6 complex in Att1 state 提交 2023-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–875（875 aa）链 C 1–875（875 aa）	突变：C843A 突变：C843A	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
8JRO Structure of E6AP-E6 complex in Att2 state 提交 2023-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–875（875 aa）链 C 1–875（875 aa）	突变：C843A 突变：C843A	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
8JRP Structure of E6AP-E6 complex in Att3 state 提交 2023-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–875（875 aa）链 C 1–875（875 aa）	突变：C843A 突变：C843A	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.58 Å
8JRQ Structure of E6AP-E6 complex in Det1 state 提交 2023-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–875（875 aa）链 C 1–875（875 aa）	突变：C843A 突变：C843A	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.15 Å
8JRR Structure of E6AP-E6 complex in Det2 state 提交 2023-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–875（875 aa）链 C 1–875（875 aa）	突变：T798A/D799A/C843A 突变：T798A/D799A/C843A	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.35 Å
8R1F Monomeric E6AP-E6-p53 ternary complex 提交 2023-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–875（875 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.67 Å
8R1G Dimeric ternary structure of E6AP-E6-p53 提交 2023-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–875（875 aa）链 D 1–875（875 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.99 Å
9CHT Human E3 ligase E6AP in complex with HPV16-E6 and p53 提交 2024-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–875（875 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.54 Å
9L3L Crystal structure of the C lobe of E6AP in complex with K48-linked diUb 提交 2024-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 765–872（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5, 30% v/v Polyethylene glycol 400	分辨率 2.59 Å R-free 0.269
9VG5 NMR Solution Structure of the Monomeric Catalytic C-terminal Lobe of the E6AP HECT E3 Ubiquitin Ligase 提交 2025-06-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 762–875（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 AMBIENT NMR样品组成 20 mM NaPi, 100 mM NaCl, 0.15 mM DSS, 5 mM DTT, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供

共 21 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBE3A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 529–543； UniProt 403–417

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6sjv
沉积日期 deposition_date	2019-08-14
结构标题 title	Structure of HPV18 E6 oncoprotein in complex with mutant E6AP LxxLL motif
关键词 keywords	HPV18 E6 protein, E6AP, LxxLL motif, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.60 Å
零角强度 I(0) i0	56468400.00
分子量 molecular_weight	59413.0 kDa
排除体积 excluded_volume	74573 Å³
包络体积 envelope_volume	97502 Å³
水化壳体积 shell_volume	29606 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.1 Å
壳层 Rg shell_rg	34.30 Å
包络 Rg envelope_rg	29.17 Å
形状 Rg shape_rg	28.58 Å
总 Rg total_rg	29.21 Å
总原子数 total_atoms	4182
残基数 n_residues	529
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.1 Å
Rg (实空间) rg_real	29.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.6470e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.9630e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	56470000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6831
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.381
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.486
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8942000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.899; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.092; Positv: 1.000; Valcen: 0.955; Smooth: 0.948

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Maltodextrin-binding protein,Protein E6,Ubiquitin-protein ligase E3A
分子量 formula_weight	60651.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.26
突变 mutation	;K84A,K240A,E360A,K363A,D364A,F1049R,L2386F,E2393R,K84A,K240A,E360A,K363A,D364A,F1049R,L2386F,E2393R,K84A,K240A,E360A,K363A,D364A,F1049R,L2386F,E2393R ;
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4307

MKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAMARFEDPTRRPYKLPDLCTELNTSLQDIEITCVYCKTVLELTEVFEFARKDLFVVYRDSIPHAACHKCIDFYSRIRELRHYSDSVYGDTLEKLTNTGLYNLLIRCLRCQKPLNPAEKLRHLNEKRRFHNIAGHYRGQCHSCCNRARQERLQRGSAAAESSELTFQELLGERR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	121

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6sjvA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	106.825 Å
晶胞边长 b length_b	106.825 Å
晶胞边长 c length_c	100.377 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	2.029 Å
最低分辨率 resolution_low	19.792 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2032
R_free r_free	0.2424

fit	/app/data/saxs_computation/sj/6sjv/6sjv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sj/6sjv/6sjv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sj/6sjv/6sjv.dat

Structure of HPV18 E6 oncoprotein in complex with mutant E6AP LxxLL motif

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltodextrin-binding protein,Protein E6,Ubiquitin-protein ligase E3A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Maltodextrin-binding protein,Protein E6,Ubiquitin-protein ligase E3A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Maltodextrin-binding protein,Protein E6,Ubiquitin-protein ligase E3A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)