SAXSdb — 9cht

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cht
沉积日期 deposition_date	2024-07-02
结构标题 title	Human E3 ligase E6AP in complex with HPV16-E6 and p53
关键词 keywords	Complex, Viral, Ubiquitination, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.55 Å
零角强度 I(0) i0	221872000.00
分子量 molecular_weight	120050.0 kDa
排除体积 excluded_volume	150290 Å³
包络体积 envelope_volume	208760 Å³
水化壳体积 shell_volume	48371 Å³
包络直径 envelope_diameter	129.4 Å
壳层 Rg shell_rg	41.99 Å
包络 Rg envelope_rg	36.32 Å
形状 Rg shape_rg	36.53 Å
总 Rg total_rg	36.99 Å
总原子数 total_atoms	8432
残基数 n_residues	1034
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	118.9 Å
Rg (实空间) rg_real	37.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7260e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	221900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8943
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	47.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.229
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.500
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	73370000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.822

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin-protein ligase E3A
分子量 formula_weight	102982.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.26
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8445

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMEKLHQCYWKSGEPQSDDIEASRMKRAAAKHLIERYYHQLTEGCGNEACTNEFCASCPTFLRMDNNAAAIKALELYKINAKLCDPHPSKKGASSAYLENSKGAPNNSCSEIKMNKKGARIDFKDVTYLTEEKVYEILELCREREDYSPLIRVIGRVFSSAEALVQSFRKVKQHTKEELKSLQAKDEDKDEDEKEKAACSAAAMEEDSEASSSRIGDSSQGDNNLQKLGPDDVSVDIDAIRRVYTRLLSNEKIETAFLNALVYLSPNVECDLTYHNVYSRDPNYLNLFIIVMENRNLHSPEYLEMALPLFCKAMSKLPLAAQGKLIRLWSKYNADQIRRMMETFQQLITYKVISNEFNSRNLVNDDDAIVAASKCLKMVYYANVVGGEVDTNHNEEDDEEPIPESSELTLQELLGEERRNKKGPRVDPLETELGVKTLDCRKPLIPFEEFINEPLNEVLEMDKDYTFFKVETENKFSFMTCPFILNAVTKNLGLYYDNRIRMYSERRITVLYSLVQGQQLNPYLRLKVRRDHIIDDALVRLEMIAMENPADLKKQLYVEFEGEQGVDEGGVSKEFFQLVVEEIFNPDIGMFTYDESTKLFWFNPSSFETEGQFTLIGIVLGLAIYNNCILDVHFPMVVYRKLMGKKGTFRDLGDSHPVLYQSLKDLLEYEGNVEDDMMITFQISQTDLFGNPMMYDLKENGDKIPITNENRKEFVNLYSDYILNKSVEKQFKAFRRGFHMVTNESPLKYLFRPEEIELLICGSRNLDFQALEETTEYDGGYTRDSVLIREFWEIVHSFTDEQKRLFLQFTTGTDRAPVGGLGKLKMIIAKNGPDTERLPTSHTCFNVLLLPEYSSKEKLKERLLKAITYAKGFGML

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Immunoglobulin G-binding protein G/Cellular tumor antigen p53 fusion protein
分子量 formula_weight	43801.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGHHHHHHSSGMTYKLILNGKTLKGETTTEAVDAATAEKVFKQYANDNGVDGEWTYDDATKTFTVTEEFSSGSSGENLYFQGSHMEEPQSDPSVEPPLSQETFSDLWKLLPENNVLSPLPSQAMDDLMLSPDDIEQWFTEDPGPDEAPRMPEAAPPVAPAPAAPTPAAPAPAPSWPLSSSVPSQKTYQGSYGFRLGFLHSGTAKSVTCTYSPALNKLFCQLAKTCPVQLWVDSTPPPGTRVRAMAIYKQSQHMTEVVRRCPHHERCSDSDGLAPPQHLIRVEGNLRAEYLDDRNTFRHSVVVPYEPPEVGSDCTTIHYNYMCYSSCMGGMNRRPILTIITLEDSSGNLLGRDSFEVRVCACPGRDRRTEEENLRKKGEPHHELPPGSTKRALPNNT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Protein E6
分子量 formula_weight	18365.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MFQDPQERPRKLPQLCTELQTTIHDIILECVYCKQQLLRREVYDFAFRDLCIVYRDGNPYAVCDKCLKFYSKISEYRHYCYSLYGTTLEQQYNKPLCDLLIRCINCQKPLCPEEKQRHLDKKQRFHNIRGRWTGRCMSCCRSSRTRRETQL

来源 Source

来源生物 organism	Human papillomavirus 16
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	333760
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.54 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	238679

fit	/app/data/saxs_computation/ch/9cht/9cht.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ch/9cht/9cht.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ch/9cht/9cht.dat

Human E3 ligase E6AP in complex with HPV16-E6 and p53

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)