6tcu

Glycogen synthase kinase-3 beta (GSK3b) in complex with ligand 1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 72.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycogen synthase kinase-3 beta

Homo sapiens

UniProt P49841

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 35–386 片段:KINASE DOMAIN 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) N1Q 5-[2,3-bis(fluoranyl)phenyl]-~{N}-[[1-(2-methoxyethyl)piperidin-4-yl]methyl]-1~{H}-indazole-3-carboxamide × 1 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;18% (w/v) PEG8000 0.13 M NaCl 0.1 M Tris Acetate pH 8.0 分辨率 2.14 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 114 个其他 PDB 条目、177 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GSK3B_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–355; UniProt 35–386

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6tcu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6tcu
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6tcu
沉积日期 deposition_date2019-11-06
结构标题 titleGlycogen synthase kinase-3 beta (GSK3b) in complex with ligand 1
关键词 keywordsGSK3BETA KINASE, TRANSFERASE, INHIBITOR, PROTEROS; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.40
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.29
零角强度 I(0) i026370800.00
分子量 molecular_weight40371.0 kDa
排除体积 excluded_volume51089 ų
包络体积 envelope_volume61964 ų
水化壳体积 shell_volume23992 ų
包络直径 envelope_diameter74.2
壳层 Rg shell_rg28.57
包络 Rg envelope_rg21.85
形状 Rg shape_rg21.27
总 Rg total_rg22.32
总原子数 total_atoms2847
残基数 n_residues349
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax72.3
Rg (实空间) rg_real22.32
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.31
I(0) (实空间) i0_real2.6370e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1170e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.34
I(0) (倒空间) i0_reciprocal26370000.0000
解质量估计 total_estimate0.8950
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.3
偏度 Skewness skewness0.252
峰度 Kurtosis kurtosis-0.360
角度范围 angular_range— – 0.3550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha7436000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.878; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.998

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6tcua_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)