SAXSdb — 1o6k

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1o6k
沉积日期 deposition_date	2002-10-08
结构标题 title	Structure of activated form of PKB kinase domain S474D with GSK3 peptide and AMP-PNP
关键词 keywords	PROTEIN KINASE, TRANSFERASE, SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.44 Å
零角强度 I(0) i0	25584300.00
分子量 molecular_weight	38480.0 kDa
排除体积 excluded_volume	48037 Å³
包络体积 envelope_volume	56051 Å³
水化壳体积 shell_volume	23247 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.8 Å
壳层 Rg shell_rg	26.70 Å
包络 Rg envelope_rg	19.85 Å
形状 Rg shape_rg	19.45 Å
总 Rg total_rg	20.37 Å
总原子数 total_atoms	2701
残基数 n_residues	327
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.8 Å
Rg (实空间) rg_real	20.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5580e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9410e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	25580000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8035
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	26.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.202
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.348
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8588000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.816; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	RAC-BETA SERINE/THREONINE PROTEIN KINASE
分子量 formula_weight	39121.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.-
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2982

KVTMNDFDYLKLLGKGTFGKVILVREKATGRYYAMKILRKEVIIAKDEVAHTVTESRVLQNTRHPFLTALKYAFQTHDRLCFVMEYANGGELFFHLSRERVFTEERARFYGAEIVSALEYLHSRDVVYRDIKLENLMLDKDGHIKITDFGLCKEGISDGATMKTFCGTPEYLAPEVLEDNDYGRAVDWWGLGVVMYEMMCGRLPFYNQDHERLFELILMEEIRFPRTLSPEAKSLLAGLLKKDPKQRLGGGPSDAKEVMEHRFFLSINWQDVVQKKLLPPFKPQVTSEVDTRYFDDEFTAQSITITPPDRYDSLGLLELDQRTHFPQFDYSASIRE

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	SPODOPTERA FRUGIPERDA

Entity 2 polymer

描述 description	GLYCOGEN SYNTHASE KINASE-3 BETA
分子量 formula_weight	1123.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.37
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GRPRTTSFAE

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	SPODOPTERA FRUGIPERDA

Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	281

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1o6ka_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1o6kA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	1o6kA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	44.906 Å
晶胞边长 b length_b	60.998 Å
晶胞边长 c length_c	129.410 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	36.890 Å
R 因子 r_factor	0.2050
R_work r_work	0.2050
R_free r_free	0.2340

fit	/app/data/saxs_computation/o6/1o6k/1o6k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o6/1o6k/1o6k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o6/1o6k/1o6k.dat

Structure of activated form of PKB kinase domain S474D with GSK3 peptide and AMP-PNP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)