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6tz9

CryoEM reconstruction of membrane-bound ESCRT-III filament composed of CHMP1B only

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 567.1 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Charged multivesicular body protein 1b

Homo sapiens

UniProt Q7LBR1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 26 PDB 声明：26-meric（26） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–199 链 AA； UniProt 1–199 链 B； UniProt 1–199 链 C； UniProt 1–199 链 D； UniProt 1–199 链 E； UniProt 1–199 链 F； UniProt 1–199 链 G； UniProt 1–199 链 H； UniProt 1–199 链 I； UniProt 1–199 链 J； UniProt 1–199 链 K； UniProt 1–199 链 L； UniProt 1–199 链 M； UniProt 1–199 链 N； UniProt 1–199 链 O； UniProt 1–199 链 P； UniProt 1–199 链 Q； UniProt 1–199 链 R； UniProt 1–199 链 S； UniProt 1–199 链 T； UniProt 1–199 链 V； UniProt 1–199 链 W； UniProt 1–199 链 X； UniProt 1–199 链 Y； UniProt 1–199 链 Z； UniProt 1–199 突变：K37E 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted with Whatman No. 1 filter paper for 4-8 seconds with a 0 mm offset at 19C and 100 percent humidity before plunging into liquid ethane 分辨率 6.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6TZ9 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3JC1 Electron cryo-microscopy of the IST1-CHMP1B ESCRT-III copolymer 提交 2015-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：68-meric
链 Ab 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Ad 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Af 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Ah 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Aj 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Al 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 An 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Ap 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Ar 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 At 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Av 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Ax 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Az 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Bb 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Bd 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Bf 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Bh 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Bj 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Bl 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Bn 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Bp 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Br 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Bt 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Bv 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Bx 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Bz 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Cb 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Cd 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Cf 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Ch 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Cj 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Cl 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Cn 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
链 Cp 4–163（160 aa） 片段：UNP residues 4-163
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 mM Tris, pH 8.0, 25 mM sodium chloride；pH 8；25 mM Tris, pH 8.0, 25 mM sodium chloride
cryo-EM玻璃化条件 Deposited 3.5 uL sample, blotted 3-6 seconds (0 mm offset)；冷冻剂 ETHANE；Deposited 3.5 uL sample, blotted 3-6 seconds (0 mm offset), and plunged into liquid ethane (VITROBOT MARK III).
分辨率 4.00 Å
4TXQ Crystal structure of LIP5 N-terminal domain complexed with CHMP1B MIM 提交 2014-07-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 176–199（24 aa） 片段：UNP residues 176-199
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277.15 K；Protein mixture was added in 1:1 ratio with a solution of 16% MPD, 0.1 M Tris and equilibrated against a mother liquid of 8% MPD, 0.1 M Tris
分辨率 2.21 Å R-free 0.227
4TXQ Crystal structure of LIP5 N-terminal domain complexed with CHMP1B MIM 提交 2014-07-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 176–199（24 aa） 片段：UNP residues 176-199
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277.15 K；Protein mixture was added in 1:1 ratio with a solution of 16% MPD, 0.1 M Tris and equilibrated against a mother liquid of 8% MPD, 0.1 M Tris
分辨率 2.21 Å R-free 0.227
4TXR Crystal structure of LIP5 N-terminal domain complexed with CHMP1B MIM and CHMP5 MIM 提交 2014-07-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 176–199（24 aa） 片段：UNP residues 176-199
未记录 ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277.15 K；19% PEG 4000, 0.025 M sodium acetate
分辨率 1.00 Å R-free 0.180
6E8G CryoEM reconstruction of IST1-CHMP1B copolymer filament bound to ssDNA at 2.9 Angstrom resolution 提交 2018-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric
链 AA 1–199（199 aa）
链 AB 1–199（199 aa）
链 B 1–199（199 aa）
链 CA 1–199（199 aa）
链 CB 1–199（199 aa）
链 D 1–199（199 aa）
链 EA 1–199（199 aa）
链 EB 1–199（199 aa）
链 F 1–199（199 aa）
链 GA 1–199（199 aa）
链 GB 1–199（199 aa）
链 H 1–199（199 aa）
链 IA 1–199（199 aa）
链 IB 1–199（199 aa）
链 J 1–199（199 aa）
链 KA 1–199（199 aa）
链 KB 1–199（199 aa）
链 L 1–199（199 aa）
链 MA 1–199（199 aa）
链 MB 1–199（199 aa）
链 N 1–199（199 aa）
链 OA 1–199（199 aa）
链 OB 1–199（199 aa）
链 P 1–199（199 aa）
链 QA 1–199（199 aa）
链 QB 1–199（199 aa）
链 R 1–199（199 aa）
链 SA 1–199（199 aa）
链 SB 1–199（199 aa）
链 T 1–199（199 aa）
链 UA 1–199（199 aa）
链 UB 1–199（199 aa）
链 W 1–199（199 aa）
链 WA 1–199（199 aa）
链 Y 1–199（199 aa）
链 YA 1–199（199 aa）
突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；0 mm offset with 10 sec wait time and 2-4 sec blot
分辨率 2.90 Å
6TZ4 CryoEM reconstruction of membrane-bound ESCRT-III filament composed of CHMP1B+IST1 (right-handed) 提交 2019-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric
链 02 1–199（199 aa）
链 A 1–199（199 aa）
链 BA 1–199（199 aa）
链 BB 1–199（199 aa）
链 C 1–199（199 aa）
链 DA 1–199（199 aa）
链 DB 1–199（199 aa）
链 E 1–199（199 aa）
链 FA 1–199（199 aa）
链 FB 1–199（199 aa）
链 G 1–199（199 aa）
链 HA 1–199（199 aa）
链 HB 1–199（199 aa）
链 I 1–199（199 aa）
链 JA 1–199（199 aa）
链 JB 1–199（199 aa）
链 K 1–199（199 aa）
链 LA 1–199（199 aa）
链 LB 1–199（199 aa）
链 M 1–199（199 aa）
链 NA 1–199（199 aa）
链 NB 1–199（199 aa）
链 O 1–199（199 aa）
链 PA 1–199（199 aa）
链 PB 1–199（199 aa）
链 Q 1–199（199 aa）
链 RA 1–199（199 aa）
链 RB 1–199（199 aa）
链 S 1–199（199 aa）
链 TA 1–199（199 aa）
链 V 1–199（199 aa）
链 VA 1–199（199 aa）
链 X 1–199（199 aa）
链 XA 1–199（199 aa）
链 Z 1–199（199 aa）
链 ZA 1–199（199 aa）
突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted with Whatman No. 1 filter paper for 4-8 seconds with a 0 mm offset at 19C and 100 percent humidity before plunging into liquid ethane
分辨率 3.20 Å
6TZ5 CryoEM reconstruction of membrane-bound ESCRT-III filament composed of CHMP1B+IST1 (left-handed) 提交 2019-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：68-meric
链 AA 1–199（199 aa）
链 AB 1–199（199 aa）
链 B 1–199（199 aa）
链 CA 1–199（199 aa）
链 CB 1–199（199 aa）
链 D 1–199（199 aa）
链 EA 1–199（199 aa）
链 EB 1–199（199 aa）
链 F 1–199（199 aa）
链 GA 1–199（199 aa）
链 GB 1–199（199 aa）
链 H 1–199（199 aa）
链 IA 1–199（199 aa）
链 IB 1–199（199 aa）
链 J 1–199（199 aa）
链 KA 1–199（199 aa）
链 KB 1–199（199 aa）
链 L 1–199（199 aa）
链 MA 1–199（199 aa）
链 MB 1–199（199 aa）
链 N 1–199（199 aa）
链 OA 1–199（199 aa）
链 OB 1–199（199 aa）
链 P 1–199（199 aa）
链 QA 1–199（199 aa）
链 QB 1–199（199 aa）
链 R 1–199（199 aa）
链 SA 1–199（199 aa）
链 T 1–199（199 aa）
链 UA 1–199（199 aa）
链 W 1–199（199 aa）
链 WA 1–199（199 aa）
链 Y 1–199（199 aa）
链 YA 1–199（199 aa）
突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted with Whatman No. 1 filter paper for 4-8 seconds with a 0 mm offset at 19C and 100 percent humidity before plunging into liquid ethane
分辨率 3.10 Å
8V2Q CHMP1B/IST1 ssRNA bound copolymer 提交 2023-11-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 182 PDB 声明：182-meric
链 A 1–199（199 aa）
突变：M136V 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
8V2R CryoEM of ssDNA bound CHMP1B/IST1 copolymer assembly 提交 2023-11-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 192 PDB 声明：192-meric
链 A 1–199（199 aa）
突变：M136V 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.01 Å
8V2S CHMP1B/IST1 dsDNA bound copolymer 提交 2023-11-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 192 PDB 声明：192-meric
链 A 1–199（199 aa）
突变：M136V 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.72 Å

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CHM1B_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199 作者链 AA； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199 作者链 B； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199 作者链 C； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199 作者链 D； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199 作者链 E； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199 作者链 F； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199 作者链 G； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199 作者链 H； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199 作者链 I； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199 作者链 J； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199 作者链 K； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199 作者链 L； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199 作者链 M； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199 作者链 N； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199 作者链 O； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199 作者链 P； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199 作者链 Q； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199 作者链 R； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199 作者链 S； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199 作者链 T； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199 作者链 V； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199 作者链 W； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199 作者链 X； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199 作者链 Y； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199 作者链 Z； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6tz9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6tz9
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6tz9
沉积日期 deposition_date2019-08-11
结构标题 titleCryoEM reconstruction of membrane-bound ESCRT-III filament composed of CHMP1B only
关键词 keywordsmembrane remodeling, membrane-bound protein filament, ESCRT-III, LIPID BINDING PROTEIN; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron121.50 Å
零角强度 I(0) i03296640000.00
分子量 molecular_weight473440.0 kDa
排除体积 excluded_volume587450 ų
包络体积 envelope_volume2049700 ų
水化壳体积 shell_volume145200 ų
包络直径 envelope_diameter277.0 Å
壳层 Rg shell_rg132.00 Å
包络 Rg envelope_rg101.10 Å
形状 Rg shape_rg121.50 Å
总 Rg total_rg121.60 Å
总原子数 total_atoms32890
残基数 n_residues4238
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax567.1 Å
Rg (实空间) rg_real125.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error14.98 Å
I(0) (实空间) i0_real3.3140e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0610e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal120.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3250000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7268
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks5
主峰位置 r_peak_primary218.1 Å
偏度 Skewness skewness0.241
峰度 Kurtosis kurtosis1.037
角度范围 angular_range— – 0.0650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0841
最高正则化参数 α highest_alpha97920000.0000
实空间数据点数 n_real_points14
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.017; Oscil: 0.000; Stabil: 0.851; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.907; Smooth: 0.991
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▶

8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)