6uph

Structure of a Yeast Centromeric Nucleosome at 2.7 Angstrom resolution

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 115.2 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3-like centromeric protein CSE4

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–229 链 E； UniProt 1–229	未记录	Histone H4 × 2 （Q6CMU6） Histone H2A × 2 （Q6CK59） Histone H2B.1 × 2 （Q6CK60） DNA (119-MER) × 1 DNA (119-MER) × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6UPH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2L5A Structural basis for recognition of centromere specific histone H3 variant by nonhistone Scm3 提交 2010-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 151–228（78 aa）片段：Cse4(151-228), Scm3(93-172), H4(42-103)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.4；308 K；离子强度（mmCIF原始值）0.00；压力 ambient NMR样品组成 0.8-1.0 mM [U-100% 15N] scCSH-1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8-0.85 mM [U-100% 15N] scCSH-2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8-0.85 mM [U-13C methyl; U-15N; U-2H] scCSH-3, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8-0.85 mM [U-13C ; U-15N; 35%-2H] scCSH-4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8-0.85 mM [U-13C ; U-15N] scCSH-5, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.8-0.85 mM scCSH-6, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
6QLD Structure of inner kinetochore CCAN-Cenp-A complex 提交 2019-01-31	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 a 137–226（90 aa）链 e 112–226（115 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.15 Å
8OW0 Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to a centromeric CENP-A nucleosome 提交 2023-04-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric	链 a 1–229（229 aa）链 e 1–229（229 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8OW1 Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome. 提交 2023-04-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric	链 a 1–229（229 aa）链 e 1–229（229 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8T0P Structure of Cse4 bound to Ame1 and Okp1 提交 2023-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 32–49（18 aa）片段：residues 32-49	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；19% PEG 8000, 0.55 M Lithium sulfate	分辨率 1.73 Å R-free 0.236

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CENPA_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–229； UniProt 1–229 作者链 E； PDB构建体 1–229； UniProt 1–229

Histone H4

Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)

UniProt Q6CMU6

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–103 链 F； UniProt 1–103	未记录	Histone H3-like centromeric protein CSE4 × 2 （P36012） Histone H2A × 2 （Q6CK59） Histone H2B.1 × 2 （Q6CK60） DNA (119-MER) × 1 DNA (119-MER) × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6UPH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2YFV The heterotrimeric complex of Kluyveromyces lactis Scm3, Cse4 and H4 提交 2011-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 25–98（74 aa）片段：RESIDUES 25-98	未记录	IOD IODIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；0.1 M SODIUM CITRATE, PH4.5, 6% PEG 4000, AND 0.1 M SODIUM IODIDE	分辨率 2.32 Å R-free 0.257
2YFW Heterotetramer structure of Kluyveromyces lactis Cse4,H4 提交 2011-04-08	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–103（103 aa）链 H 1–103（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL, PH8.5, 0.2 M NACL, AND 25% PEG 3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2YFW Heterotetramer structure of Kluyveromyces lactis Cse4,H4 提交 2011-04-08	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–103（103 aa）链 F 1–103（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL, PH8.5, 0.2 M NACL, AND 25% PEG 3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.276

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6CMU6_KLULA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 16–118； UniProt 1–103 作者链 F； PDB构建体 16–118； UniProt 1–103

Histone H2A

Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)

UniProt Q6CK59

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 1–130 链 G； UniProt 1–130	未记录	Histone H3-like centromeric protein CSE4 × 2 （P36012） Histone H4 × 2 （Q6CMU6） Histone H2B.1 × 2 （Q6CK60） DNA (119-MER) × 1 DNA (119-MER) × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A_KLULA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 16–145； UniProt 1–130 作者链 G； PDB构建体 16–145； UniProt 1–130

Histone H2B.1

Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)

UniProt Q6CK60

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10）与全部聚合物数一致	链 D； UniProt 1–132 链 H； UniProt 1–132	未记录	Histone H3-like centromeric protein CSE4 × 2 （P36012） Histone H4 × 2 （Q6CMU6） Histone H2A × 2 （Q6CK59） DNA (119-MER) × 1 DNA (119-MER) × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B1_KLULA
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 16–147； UniProt 1–132 作者链 H； PDB构建体 16–147； UniProt 1–132

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6uph
沉积日期 deposition_date	2019-10-17
结构标题 title	Structure of a Yeast Centromeric Nucleosome at 2.7 Angstrom resolution
关键词 keywords	Histones, Nucleosome, Centromere, Kinetochore, Yeast, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.46 Å
零角强度 I(0) i0	635210000.00
分子量 molecular_weight	156110.0 kDa
排除体积 excluded_volume	174960 Å³
包络体积 envelope_volume	267260 Å³
水化壳体积 shell_volume	60137 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.7 Å
壳层 Rg shell_rg	43.76 Å
包络 Rg envelope_rg	35.61 Å
形状 Rg shape_rg	36.28 Å
总 Rg total_rg	37.24 Å
总原子数 total_atoms	10677
残基数 n_residues	970
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.2 Å
Rg (实空间) rg_real	39.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3520e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0350e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	635300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8941
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.089
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.647
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	37280000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.982; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.695

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3-like centromeric protein CSE4
分子量 formula_weight	26885.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	10677

MSSKQQWVSSAIQSDSSGRSLSNVNRLAGDQQSINDRALSLLQRTRATKNLFPRREERRRYESSKSDLDIETDYEDQAGNLEIETENEEEAEMETEVPAPVRTHSYALDRYVRQKRREKQRKQSLKRVEKKYTPSELALYEIRKYQRSTDLLISKIPFARLVKEVTDEFTTKDQDLRWQSMAIMALQEASEAYLVGLLEHTNLLALHAKRITIMKKDMQLARRIRGQFI

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	13332.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

HHHHHHENLYFQSNAMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKILRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEEVRNVLKTFLESVIRDAVTYTEHAKRKTVTSLDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)
通用名 common_name	Yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284590
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A
分子量 formula_weight	15739.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

HHHHHHENLYFQSNAMSGKGGKAGSAAKASQSRSAKAGLTFPVGRVHRLLRKGNYAQRIGSGAPVYLTAVLEYLAAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDDELNKLLGNVTIAQGGVLPNIHQNLLPKKSSKAKASQEL

来源 Source

来源生物 organism	Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)
通用名 common_name	Yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284590
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B.1
分子量 formula_weight	16219.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

HHHHHHENLYFQSNAMSAKASKAPASKAPAEKKPAAKKTSSSTDPSKKRTKARKETYSSYIYKVLKQTHPDTGISQKSMSILNSFVNDIFERIATESSKLAAYNKKSTISAREIQTAVRLILPGELAKHAVSEGTRAVTKYSSSTQA

来源 Source

来源生物 organism	Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)
通用名 common_name	Yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284590
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (119-MER)
分子量 formula_weight	45138.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

ATCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCGAT

来源 Source

来源生物 organism	unidentified
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32644
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (119-MER)
分子量 formula_weight	45610.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

ATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGAT

来源 Source

来源生物 organism	unidentified
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32644
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d6upha_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d6uphb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d6uphc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d6uphd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d6uphe_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d6uphf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d6uphg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d6uphh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	6uphA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6uphB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6uphC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6uphD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6uphE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6uphF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6uphG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6uphH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	265380

fit	/app/data/saxs_computation/up/6uph/6uph.fit
pddf	/app/data/pr_computation/up/6uph/6uph.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/up/6uph/6uph.dat

Structure of a Yeast Centromeric Nucleosome at 2.7 Angstrom resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3-like centromeric protein CSE4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H2B.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)