SAXSdb — 6uri

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AP-2 complex subunit alpha

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	AP-2 complex subunit sigma × 1 （P53680） Protein Nef × 1 （Q90VU7） AP-2 complex subunit beta × 1 （P63010） AP-2 complex subunit mu × 1 （Q96CW1） cDNA FLJ50658, highly similar to T-cell surface glycoprotein CD4 × 1 （B4DT49） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q66HM2_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 15–635； UniProt 1–621

AP-2 complex subunit sigma

Homo sapiens

UniProt P53680

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	AP-2 complex subunit alpha × 1 （Q66HM2） Protein Nef × 1 （Q90VU7） AP-2 complex subunit beta × 1 （P63010） AP-2 complex subunit mu × 1 （Q96CW1） cDNA FLJ50658, highly similar to T-cell surface glycoprotein CD4 × 1 （B4DT49） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AP2S1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142

Protein Nef

Human immunodeficiency virus 1

UniProt Q90VU7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	AP-2 complex subunit alpha × 1 （Q66HM2） AP-2 complex subunit sigma × 1 （P53680） AP-2 complex subunit beta × 1 （P63010） AP-2 complex subunit mu × 1 （Q96CW1） cDNA FLJ50658, highly similar to T-cell surface glycoprotein CD4 × 1 （B4DT49） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q90VU7_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 6–186； UniProt 26–206

AP-2 complex subunit beta

Homo sapiens

UniProt P63010

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	AP-2 complex subunit alpha × 1 （Q66HM2） AP-2 complex subunit sigma × 1 （P53680） Protein Nef × 1 （Q90VU7） AP-2 complex subunit mu × 1 （Q96CW1） cDNA FLJ50658, highly similar to T-cell surface glycoprotein CD4 × 1 （B4DT49） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AP2B1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 25–615； UniProt 1–591

AP-2 complex subunit mu

Homo sapiens

UniProt Q96CW1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	AP-2 complex subunit alpha × 1 （Q66HM2） AP-2 complex subunit sigma × 1 （P53680） Protein Nef × 1 （Q90VU7） AP-2 complex subunit beta × 1 （P63010） cDNA FLJ50658, highly similar to T-cell surface glycoprotein CD4 × 1 （B4DT49） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AP2M1_HUMAN
Isoform	Q96CW1-2
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–135； UniProt 1–135

cDNA FLJ50658, highly similar to T-cell surface glycoprotein CD4

Homo sapiens

UniProt B4DT49

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	AP-2 complex subunit alpha × 1 （Q66HM2） AP-2 complex subunit sigma × 1 （P53680） Protein Nef × 1 （Q90VU7） AP-2 complex subunit beta × 1 （P63010） AP-2 complex subunit mu × 1 （Q96CW1） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B4DT49_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 37–62； UniProt 146–171

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6uri
沉积日期 deposition_date	2019-10-23
结构标题 title	HIV-1 Nef in complex with the CD4 cytoplasmic domain and the AP2 clathrin adaptor complex
关键词 keywords	CD4, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6uri__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6uri__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6uri__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.51 Å
Rg（电子密度）	38.76 Å
总 Rg	39.26 Å
原子数	12261
残基数	1531
排除体积	219980 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6uri__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	AP-2 complex subunit alpha
分子量 formula_weight	72069.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	12263

MGSSHHHHHHSQDPMPAVSKGEGMRGLAVFISDIRNCKSKEAEIKRINKELANIRSKFKGDKALDGYSKKKYVCKLLFIFLLGHDIDFGHMEAVNLLSSNRYTEKQIGYLFISVLVNSNSELIRLINNAIKNDLASRNPTFMGLALHCIANVGSREMAEAFAGEIPKILVAGDTMDSVKQSAALCLLRLYRTSPDLVPMGDWTSRVVHLLNDQHLGVVTAATSLITTLAQKNPEEFKTSVSLAVSRLSRIVTSASTDLQDYTYYFVPAPWLSVKLLRLLQCYPPPEDPAVRGRLTECLETILNKAQEPPKSKKVQHSNAKNAVLFEAISLIIHHDSEPNLLVRACNQLGQFLQHRETNLRYLALESMCTLASSEFSHEAVKTHIETVINALKTERDVSVRQRAVDLLYAMCDRSNAQQIVAEMLSYLETADYSIREEIVLKVAILAEKYAVDYTWYVDTILNLIRIAGDYVSEEVWYRVIQIVINRDDVQGYAAKTVFEALQAPACHENLVKVGGYILGEFGNLIAGDPRSSPLIQFNLLHSKFHLCSVPTRALLLSTYIKFVNLFPEVKATIQDVLRSDSQLKNADVELQQRAVEYLRLSTVASTDILATVLEEMPPFPERESSILAKLKKKKGENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	AP-2 complex subunit sigma
分子量 formula_weight	17066.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MIRFILIQNRAGKTRLAKWYMQFDDDEKQKLIEEVHAVVTVRDARHTNFVEFRNFKIIYRRYAGLYFCICVDVNDNNLAYLEAIHNFVEVLNEYFHNVCELDLVFNFYKVYTVVDEMFLAGEIRETSQTKVLKQLLMLQSLE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein Nef
分子量 formula_weight	21032.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

AGFSMAADGVGAVSRDLEKHGAITSSNTAANNAACAWLEAQEEEEVGFPVTPQVPLRPMTYKAAVDLSHFLKEKGGLEGLIHSQRRQDILDLWIYHTQGYFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWCYKLVPVEPDKVEEANKGENTSLLHPVSLHGMDDPEREVLEWRFDSRLAFHHVARELHPEYFKNC

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	AP-2 complex subunit beta
分子量 formula_weight	69473.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGSSHHHHHHSQDPNSSSARLQVDMTDSKYFTTNKKGEISELKAELNNEKKEKRKEAVKKVIAAMTVGKDVSSLFPDVVNCMQTDNLELKKLVYLYLMNYAKSQPDMAIMAVNSFVKDCEDPNPLIRALAVRTMGCIRVDKITEYLCEPLRKCLKDEDPYVRKTAAVCVAKLHDINAQMVEDQGFLDSLRDLIADSNPMVVANAVAALSEISESHPNSNLLDLNPQNINKLLTALNECTEWGQIFILDCLSNYNPKDDREAQSICERVTPRLSHANSAVVLSAVKVLMKFLELLPKDSDYYNMLLKKLAPPLVTLLSGEPEVQYVALRNINLIVQKRPEILKQEIKVFFVKYNDPIYVKLEKLDIMIRLASQANIAQVLAELKEYATEVDVDFVRKAVRAIGRCAIKVEQSAERCVSTLLDLIQTKVNYVVQEAIVVIRDIFRKHPNKYESIIATLCGNLDSLDEPDARAAMIWIVGEYAERIDNADELLESFLEGFHDESTQVQLTLLTAIVKLFLKKPSETQELVQQVLSLATQDSDNPDLRDRGYIYWRLLSTDPVTAKEVVLSEKPLISEETDLIEPTLLDELICHIGSLASVYHKPPNAFVEGSHGIHRK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	AP-2 complex subunit mu
分子量 formula_weight	15518.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MIGGLFIYNHKGEVLISRVYRDDIGRNAVDAFRVNVIHARQQVRSPVTNIARTSFFHVKRSNIWLAAVTKQNVNAAMVFEFLYKMCDVMAAYFGKISEENIKNNFVLIYELLDEILDFGYPQNSETGALKTFITQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	cDNA FLJ50658, highly similar to T-cell surface glycoprotein CD4
分子量 formula_weight	6881.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GVDGSDEASELACPTPKEDGLAQQQTQLNLRGSGSGCVRCRHRRRQAERMSQIKRLLSEKKT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d6uria_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.10 — Clathrin adaptor core protein

结构域编号 domain_id	d6urib_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.10 — Clathrin adaptor core protein

结构域编号 domain_id	d6urim_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.110.4 — SNARE-like
家族 Family family	d.110.4.2 — Clathrin coat assembly domain

结构域编号 domain_id	d6uris_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.110.4 — SNARE-like
家族 Family family	d.110.4.2 — Clathrin coat assembly domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	6uriA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	6uriM01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	6uriN01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	62 — Nef Regulatory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nef Regulatory Factor

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晶胞边长 a length_a	109.154 Å
晶胞边长 b length_b	109.154 Å
晶胞边长 c length_c	178.915 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	48.820 Å
R 因子 r_factor	0.2419
R_work r_work	0.2410
R_free r_free	0.2768

HIV-1 Nef in complex with the CD4 cytoplasmic domain and the AP2 clathrin adaptor complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AP-2 complex subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AP-2 complex subunit sigma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein Nef

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AP-2 complex subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AP-2 complex subunit mu

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

cDNA FLJ50658, highly similar to T-cell surface glycoprotein CD4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6uri__assembly_1__model_1

6uri__assembly_1__model_1 | I(q)

6uri__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 water