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6ve1

Crystal structure of endo-beta-N-acetylglucosaminidase H at high pH

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 93.9 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endo-beta-N-acetylglucosaminidase H

Streptomyces plicatus

UniProt P04067

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 47–313 链 D； UniProt 47–313 片段：UNP residues 47-313 MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：BATCH MODE；pH 9；295 K；PEG20000, magnesium nitrate, TAPS, pH 9.0 分辨率 2.10 Å R-free 0.258
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 47–313 链 C； UniProt 47–313 片段：UNP residues 47-313 MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：BATCH MODE；pH 9；295 K；PEG20000, magnesium nitrate, TAPS, pH 9.0 分辨率 2.10 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6VE1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1C3F Endo-Beta-N-Acetylglucosaminidase H, D130N Mutant 提交 1999-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 48–312（265 aa）
突变：D130N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；17% PEG8000, 200 MM ZINC ACETATE 100 MM CACODYLATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.K
分辨率 2.10 Å
1C8X Endo-Beta-N-Acetylglucosaminidase H, D130E Mutant 提交 1999-07-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 48–312（265 aa）
突变：D130E PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；30% PEG1000, 100 MM CACODYLATE, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.K
分辨率 2.00 Å
1C8Y Endo-Beta-N-Acetylglucosaminidase H, D130A Mutant 提交 1999-07-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 48–312（265 aa）
突变：D130A ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；25% PEG1000, 100 MM ZN(AC)2, 100 MM CACODYLATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.00 Å
1C90 Endo-Beta-N-Acetylglucosaminidase H, E132Q Mutant 提交 1999-07-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 48–312（265 aa）
突变：E132Q 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；19% PEG1000, 100 MM ZN(AC)2 100 MM CACODYLATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å
1C90 Endo-Beta-N-Acetylglucosaminidase H, E132Q Mutant 提交 1999-07-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 48–312（265 aa）
突变：E132Q 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；19% PEG1000, 100 MM ZN(AC)2 100 MM CACODYLATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å
1C91 Endo-Beta-N-Acetylglucosaminidase H, E132D 提交 1999-07-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 48–312（265 aa）
突变：E132D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；15% PEG1000, 100 MM ZN(AC)2 100 MM CACODYLATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å
1C92 Endo-Beta-N-Acetylglucosaminidase H, E132A Mutant 提交 1999-07-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 48–312（265 aa）
突变：E132A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；24% PEG1500, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å
1C93 Endo-Beta-N-Acetylglucosaminidase H, D130N/E132Q Double Mutant 提交 1999-07-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 48–312（265 aa）
突变：D130N AND E132Q 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；34% PEG1500, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å
1EDT CRYSTAL STRUCTURE OF ENDO-BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE H AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION: ACTIVE SITE GEOMETRY AND SUBSTRATE RECOGNITION 提交 1995-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 43–313（271 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å
30ID Recombinant Streptomyces plicatus EndoH 提交 2026-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 48–312（265 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350 (Index H1)
分辨率 1.99 Å R-free 0.261
30ID Recombinant Streptomyces plicatus EndoH 提交 2026-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 48–312（265 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350 (Index H1)
分辨率 1.99 Å R-free 0.261
30ID Recombinant Streptomyces plicatus EndoH 提交 2026-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 48–312（265 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350 (Index H1)
分辨率 1.99 Å R-free 0.261
30ID Recombinant Streptomyces plicatus EndoH 提交 2026-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 48–312（265 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350 (Index H1)
分辨率 1.99 Å R-free 0.261

共 9 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EBAG_STRPL
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 9–275； UniProt 47–313 作者链 B； PDB构建体 9–275； UniProt 47–313 作者链 C； PDB构建体 9–275； UniProt 47–313 作者链 D； PDB构建体 9–275； UniProt 47–313

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6ve1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6ve1
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6ve1
沉积日期 deposition_date2019-12-28
结构标题 titleCrystal structure of endo-beta-N-acetylglucosaminidase H at high pH
关键词 keywordsenzyme, deglycosylase, post-translational modification, HYDROLASE, SUGAR BINDING PROTEIN; HYDROLASE, SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.93 Å
零角强度 I(0) i0214901000.00
分子量 molecular_weight114810.0 kDa
排除体积 excluded_volume142550 ų
包络体积 envelope_volume174390 ų
水化壳体积 shell_volume45532 ų
包络直径 envelope_diameter96.9 Å
壳层 Rg shell_rg39.45 Å
包络 Rg envelope_rg30.45 Å
形状 Rg shape_rg30.89 Å
总 Rg total_rg31.76 Å
总原子数 total_atoms15884
残基数 n_residues1069
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax93.9 Å
Rg (实空间) rg_real31.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real2.1490e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8220e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal214900000.0000
解质量估计 total_estimate0.9034
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary42.2 Å
偏度 Skewness skewness0.071
峰度 Kurtosis kurtosis-0.576
角度范围 angular_range— – 0.2450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha35210000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.975; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.833
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_idd6ve1a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family familyc.1.8.5 — Type II chitinase
结构域编号 domain_idd6ve1b1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family familyc.1.8.5 — Type II chitinase
结构域编号 domain_idd6ve1b2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd6ve1c1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family familyc.1.8.5 — Type II chitinase
结构域编号 domain_idd6ve1c2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd6ve1d1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family familyc.1.8.5 — Type II chitinase
结构域编号 domain_idd6ve1d2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)