SAXSdb — 6vfo

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 303–380	未记录	ZN ZINC ION × 3	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.5；290 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1 NMR样品组成：200 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] PHD, 5 mM DTT, 2 mM beta-mercaptoethanol, 5 mM TCEP, 150 mM sodium chloride, 50 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6VFO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
12DL Native structure of the cytoplasmic lattice (CPL) asymmetric unit from mouse MII eggs 提交 2026-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 BA 1–782（782 aa）链 BB 1–782（782 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
24MC Structure of oocyte cytoplasmic lattices 提交 2026-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 b 1–782（782 aa）链 d 1–782（782 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
2ZKD Crystal structure of the SRA domain of mouse Np95 in complex with hemi-methylated CpG DNA 提交 2008-03-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 404–613（210 aa）片段：UNP residues 404-613	未记录	ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；0.1M sodium citrate (pH5.6), 0.2M sodium acetate, 30% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.185
2ZKD Crystal structure of the SRA domain of mouse Np95 in complex with hemi-methylated CpG DNA 提交 2008-03-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 404–613（210 aa）片段：UNP residues 404-613	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；0.1M sodium citrate (pH5.6), 0.2M sodium acetate, 30% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.185
2ZKE Crystal structure of the SRA domain of mouse Np95 in complex with hemi-methylated CpG DNA 提交 2008-03-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 404–613（210 aa）片段：UNP residues 404-613	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Bis-Tris-propane (pH7.5), 0.2M sodium fluoride, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.275
2ZKF Crystal structure of the SRA domain of mouse Np95 in complex with hemi-methylated CpG DNA 提交 2008-03-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 404–613（210 aa）片段：UNP residues 404-613	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Bis-Tris-propane (pH7.5), 0.2M sodium fluoride, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.55 Å R-free 0.275
2ZKG Crystal structure of unliganded SRA domain of mouse Np95 提交 2008-03-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 404–613（210 aa）片段：UNP residues 404-613	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1M Tris-HCl (pH8.0), 0.1M Sodium acetate, 12% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.77 Å R-free 0.217
2ZKG Crystal structure of unliganded SRA domain of mouse Np95 提交 2008-03-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 404–613（210 aa）片段：UNP residues 404-613	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1M Tris-HCl (pH8.0), 0.1M Sodium acetate, 12% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.77 Å R-free 0.217
2ZKG Crystal structure of unliganded SRA domain of mouse Np95 提交 2008-03-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 404–613（210 aa）片段：UNP residues 404-613	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1M Tris-HCl (pH8.0), 0.1M Sodium acetate, 12% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.77 Å R-free 0.217
2ZKG Crystal structure of unliganded SRA domain of mouse Np95 提交 2008-03-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 404–613（210 aa）片段：UNP residues 404-613	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1M Tris-HCl (pH8.0), 0.1M Sodium acetate, 12% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.77 Å R-free 0.217
2ZO0 mouse NP95 SRA domain DNA specific complex 1 提交 2008-05-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 419–628（210 aa）片段：SRA domain, residues 419-628	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；20% (v/v) polyethylene glycol 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.19 Å R-free 0.253
2ZO0 mouse NP95 SRA domain DNA specific complex 1 提交 2008-05-05	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 419–628（210 aa）片段：SRA domain, residues 419-628	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；20% (v/v) polyethylene glycol 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.19 Å R-free 0.253
2ZO1 Mouse NP95 SRA domain DNA specific complex 2 提交 2008-05-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 419–628（210 aa）片段：SRA domain, residues 419-628	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；20% (v/v) polyethylene glycol 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.96 Å R-free 0.246
2ZO1 Mouse NP95 SRA domain DNA specific complex 2 提交 2008-05-05	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 419–628（210 aa）片段：SRA domain, residues 419-628	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；20% (v/v) polyethylene glycol 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.96 Å R-free 0.246
2ZO2 Mouse NP95 SRA domain non-specific DNA complex 提交 2008-05-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 419–628（210 aa）片段：SRA domain, residues 419-628	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；20% (v/v) polyethylene glycol 3350 or 10000, 0.2-0.4M NaCl, 0.1M MES(pH 5.8-6.2), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 3.09 Å R-free 0.291
2ZO2 Mouse NP95 SRA domain non-specific DNA complex 提交 2008-05-05	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 419–628（210 aa）片段：SRA domain, residues 419-628	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；20% (v/v) polyethylene glycol 3350 or 10000, 0.2-0.4M NaCl, 0.1M MES(pH 5.8-6.2), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 3.09 Å R-free 0.291
2ZO2 Mouse NP95 SRA domain non-specific DNA complex 提交 2008-05-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 B 419–628（210 aa）片段：SRA domain, residues 419-628	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；20% (v/v) polyethylene glycol 3350 or 10000, 0.2-0.4M NaCl, 0.1M MES(pH 5.8-6.2), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 3.09 Å R-free 0.291
3F8I Mouse UHRF1 SRA domain bound with hemi-methylated CpG, crystal structure in space group P21 提交 2008-11-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 418–628（211 aa）片段：YDG domain: UNP residues 419-628	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；277 K；20% PEG 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.29 Å R-free 0.268
3F8I Mouse UHRF1 SRA domain bound with hemi-methylated CpG, crystal structure in space group P21 提交 2008-11-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 418–628（211 aa）片段：YDG domain: UNP residues 419-628	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；277 K；20% PEG 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.29 Å R-free 0.268
3F8J Mouse UHRF1 SRA domain bound with hemi-methylated CpG, crystal structure in space group C222(1) 提交 2008-11-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 417–628（212 aa）片段：YDG domain: UNP residues 417-628	未记录	GOL GLYCEROL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；277 K；20% PEG 3350, 0.4 M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 1.99 Å R-free 0.232
3FDE Mouse UHRF1 SRA domain bound with hemi-methylated CpG DNA, crystal structure in space group C222(1) at 1.4 A resolution 提交 2008-11-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 419–628（210 aa）片段：YDG domain: UNP residues 419-628	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 NA SODIUM ION × 2 UNL UNKNOWN LIGAND × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；20% PEG 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 1.41 Å R-free 0.186
3FDE Mouse UHRF1 SRA domain bound with hemi-methylated CpG DNA, crystal structure in space group C222(1) at 1.4 A resolution 提交 2008-11-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 419–628（210 aa）片段：YDG domain: UNP residues 419-628	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 NA SODIUM ION × 2 UNL UNKNOWN LIGAND × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；20% PEG 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 1.41 Å R-free 0.186
6M2V Crystal structure of UHRF1 SRA complexed with fully-mCHG DNA. 提交 2020-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 417–628（212 aa）链 B 417–628（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1M Bis-Tris, pH 8.0, 0.2M NaCl, 12% PEG 3,350	分辨率 3.00 Å R-free 0.276
6VEE Solution structure of the TTD and linker region of mouse UHRF1 (NP95) 提交 2019-12-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 122–305（184 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1 NMR样品组成 250 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] TTD-linker, 50 mM sodium phosphate, 5 mM DTT, 5 mM TCEP, 2 mM beta-mercaptoethanol, 150 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
7XGA NMR strucutre of chimeric protein for model of PHD-Stella complex 提交 2022-04-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 304–372（69 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 0.66 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PHD_Stella, 10 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.66 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PHD_Stella, 10 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
9SFP Native cytoplasmic lattices from mouse oocytes 提交 2025-08-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric	链 d 1–782（782 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.20 Å
9W2M Cryo-EM structure of the Cytoplasmic lattice(CPL) from mouse oocyte 提交 2025-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 P 1–782（782 aa）链 Q 1–782（782 aa）链 p 1–782（782 aa）链 q 1–782（782 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
9XRL Structure of mouse cytoplasmic lattice (CPL) repeating unit 提交 2025-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 73 PDB 声明：73-meric	链 AL 1–782（782 aa）链 AR 1–782（782 aa）链 x 1–782（782 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 13 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.74 Å

共 18 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UHRF1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–78； UniProt 303–380

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6vfo
沉积日期 deposition_date	2020-01-06
结构标题 title	Solution structure of the PHD of mouse UHRF1 (NP95)
关键词 keywords	Histone, Plant Homeodomain, NP95, H3K9me3, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.12 Å
零角强度 I(0) i0	558565000.00
分子量 molecular_weight	176840.0 kDa
排除体积 excluded_volume	211310 Å³
包络体积 envelope_volume	36819 Å³
水化壳体积 shell_volume	16974 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.2 Å
壳层 Rg shell_rg	24.67 Å
包络 Rg envelope_rg	19.50 Å
形状 Rg shape_rg	14.22 Å
总 Rg total_rg	14.09 Å
总原子数 total_atoms	23000
残基数 n_residues	1560
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.1 Å
Rg (实空间) rg_real	14.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5860e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.3820e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	558600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7285
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	15.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.490
峰度 Kurtosis kurtosis	0.063
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	139500.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.374; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.344; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d6vfoa_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.50 — FYVE/PHD zinc finger
超家族 Superfamily superfamily	g.50.1 — FYVE/PHD zinc finger
家族 Family family	g.50.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6vfoA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1150 —

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8. 引用文献 (1)

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描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
分子量 formula_weight	8693.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	23000

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

fit	/app/data/saxs_computation/vf/6vfo/6vfo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vf/6vfo/6vfo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vf/6vfo/6vfo.dat

Solution structure of the PHD of mouse UHRF1 (NP95)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)