6vnf

JAK2 JH1 in complex with MA9-086

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 92.5 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase JAK2

Homo sapiens

UniProt O60674

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 840–1132 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) R6S N~4~-[1-(tert-butylsulfonyl)-2,3-dihydro-1H-indol-6-yl]-N~2~-[3-fluoro-4-(1-methylpiperidin-4-yl)phenyl]-5-methylpyrimidine-2,4-diamine × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;291 K;0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M NaCl, 25% PEG 3350 分辨率 2.06 Å R-free 0.222
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 840–1132 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) R6S N~4~-[1-(tert-butylsulfonyl)-2,3-dihydro-1H-indol-6-yl]-N~2~-[3-fluoro-4-(1-methylpiperidin-4-yl)phenyl]-5-methylpyrimidine-2,4-diamine × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;291 K;0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M NaCl, 25% PEG 3350 分辨率 2.06 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 161 个其他 PDB 条目、250 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 JAK2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 16–308; UniProt 840–1132 作者链 B; PDB构建体 16–308; UniProt 840–1132

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6vnf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6vnf
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6vnf
沉积日期 deposition_date2020-01-29
结构标题 titleJAK2 JH1 in complex with MA9-086
关键词 keywordsjanus associated kinase, JAK2, kinase domain, JH1, kinase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.11
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.12
零角强度 I(0) i080019300.00
分子量 molecular_weight70408.0 kDa
排除体积 excluded_volume88254 ų
包络体积 envelope_volume111370 ų
水化壳体积 shell_volume33059 ų
包络直径 envelope_diameter98.5
壳层 Rg shell_rg35.37
包络 Rg envelope_rg27.94
形状 Rg shape_rg28.10
总 Rg total_rg28.90
总原子数 total_atoms4952
残基数 n_residues587
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.5
Rg (实空间) rg_real29.06
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.60
I(0) (实空间) i0_real8.0020e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1490e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.08
I(0) (倒空间) i0_reciprocal80020000.0000
解质量估计 total_estimate0.9085
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.8
偏度 Skewness skewness0.245
峰度 Kurtosis kurtosis-0.590
角度范围 angular_range— – 0.2700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha27160000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.938; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.994

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd6vnfa1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6vnfa2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd6vnfb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)