6wjf

PKA RIIbeta holoenzyme with DnaJB1-PKAc fusion in fibrolamellar hepatoceullar carcinoma

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 124.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DnaJ homolog subfamily B member 1,cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha fusion

Homo sapiens

UniProt P17612

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 8–343 链 B; UniProt 8–343 未记录 cAMP-dependent protein kinase type II-beta regulatory subunit × 2 (P12369) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 5.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 53 个其他 PDB 条目、78 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KAPCA_HUMAN
Isoform P17612-2
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 70–405; UniProt 8–343 作者链 B; PDB构建体 70–405; UniProt 8–343

DnaJ homolog subfamily B member 1,cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha fusion

Homo sapiens

UniProt P25685

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–70 链 B; UniProt 2–70 未记录 cAMP-dependent protein kinase type II-beta regulatory subunit × 2 (P12369) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 5.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DNJB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–69; UniProt 2–70 作者链 B; PDB构建体 1–69; UniProt 2–70

cAMP-dependent protein kinase type II-beta regulatory subunit

Rattus norvegicus

UniProt P12369

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–416 链 D; UniProt 1–416 未记录 DnaJ homolog subfamily B member 1,cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha fusion × 2 (P25685,P17612) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 5.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KAP3_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–416; UniProt 1–416 作者链 D; PDB构建体 1–416; UniProt 1–416

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6wjf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6wjf
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6wjf
沉积日期 deposition_date2020-04-13
结构标题 titlePKA RIIbeta holoenzyme with DnaJB1-PKAc fusion in fibrolamellar hepatoceullar carcinoma
关键词 keywordsfibrolamellar hepatoceullar carcinoma, PKA, cAMP, Kinase, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.99
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.23
零角强度 I(0) i0275553000.00
分子量 molecular_weight135050.0 kDa
排除体积 excluded_volume169630 ų
包络体积 envelope_volume252780 ų
水化壳体积 shell_volume56353 ų
包络直径 envelope_diameter129.1
壳层 Rg shell_rg43.62
包络 Rg envelope_rg36.72
形状 Rg shape_rg37.20
总 Rg total_rg37.77
总原子数 total_atoms18962
残基数 n_residues1172
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax124.4
Rg (实空间) rg_real37.92
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.06
I(0) (实空间) i0_real2.7560e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.4200e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.97
I(0) (倒空间) i0_reciprocal275600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8895
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary44.4
偏度 Skewness skewness0.299
峰度 Kurtosis kurtosis-0.375
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha66820000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.890; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.892

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)