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6wvj

Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNA Polymerase elongation complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 148.5 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

Bacillus subtilis (strain 168)

UniProt P20429

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–314 链 B； UniProt 1–314 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A2J0WBQ0） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A063XB23） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A063XI46） ;DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*GP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(P*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*CP*A)-3') ; × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification. 分辨率 3.36 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6WVJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1Z3E Crystal Structure of Spx in Complex with the C-terminal Domain of the RNA Polymerase Alpha Subunit 提交 2005-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 245–314（70 aa） 片段：c-terminal domain of RNA polymerase alpha subunit
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；273 K；lithium sulfate, ammonium sulfate, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 273K
分辨率 1.50 Å R-free 0.220
3GFK Crystal structure of Bacillus subtilis Spx/RNA polymerase alpha subunit C-terminal domain complex 提交 2009-02-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 240–314（75 aa） 片段：Alpha C-terminal domain (alpha-CTD)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；295 K；vapor diffusion against 6% (w/v) PEG 6000, 100 mM sodium acetate, pH 5.0, 10 micromolar CuCl2, protein concentration 11.5 mg/mL, temperature 295K
分辨率 2.30 Å R-free 0.282
3IHQ Crystal Structure of Reduced C10S Spx in Complex with the Alpha C-terminal Domain of RNA Polymeras 提交 2009-07-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 245–314（70 aa） 片段：UNP residues 245-314
未记录 IMD IMIDAZOLE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；273 K；25-30% PEG 4000, 0.1 M sodium citrate, 0.1 M magnesium chloride, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K
分辨率 1.90 Å R-free 0.278
6WVK Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNA Polymerase in complex with HelD 提交 2020-05-06 聚集状态不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 1–314（314 aa）
链 B 1–314（314 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification.
分辨率 3.36 Å
7CKQ The cryo-EM structure of B. subtilis BmrR transcription activation complex 提交 2020-07-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 1–314（314 aa）
链 B 1–314（314 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 P4P TETRAPHENYLPHOSPHONIUM × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
7F75 Cryo-EM structure of Spx-dependent transcription activation complex 提交 2021-06-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–314（314 aa）
链 B 1–314（314 aa）
链 I 1–314（314 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
8XA6 Cryo-EM structure of Bacillus RNAP and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–314（314 aa）
链 B 1–314（314 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.02 Å
8XA7 Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNAP,sigA and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 1–314（314 aa）
链 B 1–314（314 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
8XA8 Cryo-EM structure of Bacillus RNAP and HelD complex 提交 2023-12-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–314（314 aa）
链 B 1–314（314 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.19 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOA_BACSU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–314； UniProt 1–314 作者链 B； PDB构建体 1–314； UniProt 1–314

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Bacillus subtilis

UniProt A0A2J0WBQ0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物数一致 链 C； UniProt 1–1193 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （P20429） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A063XB23） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A063XI46） ;DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*GP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(P*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*CP*A)-3') ; × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification. 分辨率 3.36 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6WVJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6ZCA Structure of the B. subtilis RNA POLYMERASE in complex with HelD (monomer) 提交 2020-06-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 X 1–1193（1193 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6ZFB Structure of the B. subtilis RNA POLYMERASE in complex with HelD (dimer) 提交 2020-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 X 1–1193（1193 aa）
链 x 1–1193（1193 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A2J0WBQ0_BACIU
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–1193； UniProt 1–1193

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

Bacillus subtilis

UniProt A0A063XB23

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物数一致 链 D； UniProt 1–1199 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （P20429） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A2J0WBQ0） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A063XI46） ;DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*GP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(P*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*CP*A)-3') ; × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification. 分辨率 3.36 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6WVJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6ZCA Structure of the B. subtilis RNA POLYMERASE in complex with HelD (monomer) 提交 2020-06-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 Y 1–1199（1199 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6ZFB Structure of the B. subtilis RNA POLYMERASE in complex with HelD (dimer) 提交 2020-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 Y 1–1199（1199 aa）
链 y 1–1199（1199 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A063XB23_BACIU
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–1199； UniProt 1–1199

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

Bacillus subtilis

UniProt A0A063XI46

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物数一致 链 F； UniProt 1–67 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （P20429） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A2J0WBQ0） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A063XB23） ;DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*GP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(P*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*CP*A)-3') ; × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification. 分辨率 3.36 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A063XI46_BACIU
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 F； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6wvj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6wvj
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6wvj
沉积日期 deposition_date2020-05-06
结构标题 titleCryo-EM structure of Bacillus subtilis RNA Polymerase elongation complex
关键词 keywordsDNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE, TRANSCRIPTION, TRANSCRIPTION-DNA-RNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA/RNA
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier45.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron45.19 Å
零角强度 I(0) i01545060000.00
分子量 molecular_weight318660.0 kDa
排除体积 excluded_volume396130 ų
包络体积 envelope_volume551160 ų
水化壳体积 shell_volume97333 ų
包络直径 envelope_diameter160.9 Å
壳层 Rg shell_rg53.03 Å
包络 Rg envelope_rg44.64 Å
形状 Rg shape_rg45.23 Å
总 Rg total_rg45.35 Å
总原子数 total_atoms22367
残基数 n_residues2839
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax148.5 Å
Rg (实空间) rg_real45.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.05 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5450e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6880e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal45.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1545000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6438
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary55.1 Å
偏度 Skewness skewness0.283
峰度 Kurtosis kurtosis-0.207
角度范围 angular_range— – 0.1750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha314400000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.822; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.010; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.883
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id6wvjC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain
结构域编号 domain_id6wvjD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology274 — Enzyme I; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — RNA polymerase Rpb1, domain 3
结构域编号 domain_id6wvjD02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — RNA polymerase Rpb1 funnel domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)