6x9f

Pseudomonas aeruginosa MurC with AZ8074

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	[(2R)-1-{4-[(5-cyclopropyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]-2H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-6-yl}piperidin-2-yl]methanol × 1 1,2-ETHANEDIOL × 5 DIMETHYL SULFOXIDE × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	[(2R)-1-{4-[(5-cyclopropyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]-2H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-6-yl}piperidin-2-yl]methanol × 1 1,2-ETHANEDIOL × 6 DIMETHYL SULFOXIDE × 5 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	[(2R)-1-{4-[(5-cyclopropyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]-2H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-6-yl}piperidin-2-yl]methanol × 1 1,2-ETHANEDIOL × 5 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	[(2R)-1-{4-[(5-cyclopropyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]-2H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-6-yl}piperidin-2-yl]methanol × 1 1,2-ETHANEDIOL × 4 DIMETHYL SULFOXIDE × 2 CHLORIDE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	[(2R)-1-{4-[(5-cyclopropyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]-2H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-6-yl}piperidin-2-yl]methanol × 1 1,2-ETHANEDIOL × 4 DIMETHYL SULFOXIDE × 2 CHLORIDE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	[(2R)-1-{4-[(5-cyclopropyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]-2H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-6-yl}piperidin-2-yl]methanol × 1 1,2-ETHANEDIOL × 3 DIMETHYL SULFOXIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
7	蛋白单体	单体	蛋白 1	[(2R)-1-{4-[(5-cyclopropyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]-2H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-6-yl}piperidin-2-yl]methanol × 1 1,2-ETHANEDIOL × 2 DIMETHYL SULFOXIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
8	蛋白单体	单体	蛋白 1	[(2R)-1-{4-[(5-cyclopropyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]-2H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-6-yl}piperidin-2-yl]methanol × 1 1,2-ETHANEDIOL × 3 DIMETHYL SULFOXIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MURC_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–466； UniProt 16–480 作者链 B； PDB构建体 2–466； UniProt 16–480 作者链 C； PDB构建体 2–466； UniProt 16–480 作者链 D； PDB构建体 2–466； UniProt 16–480 作者链 E； PDB构建体 2–466； UniProt 16–480 作者链 F； PDB构建体 2–466； UniProt 16–480 作者链 G； PDB构建体 2–466； UniProt 16–480 作者链 H； PDB构建体 2–466； UniProt 16–480

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6x9f
沉积日期 deposition_date	2020-06-02
结构标题 title	Pseudomonas aeruginosa MurC with AZ8074
关键词 keywords	MurC, AZ8074, Structural Genomics, Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease, SSGCID, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6x9f__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6x9f__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6x9f__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.80 Å
Rg（电子密度）	20.83 Å
总 Rg	21.64 Å
原子数	2316
残基数	304
排除体积	41268 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6x9f__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6x9f__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6x9f__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6x9f__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`6x9f__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`6x9f__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`6x9f__assembly_7__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`6x9f__assembly_8__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
分子量 formula_weight	50404.4 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	18978

HRRIHFVGIGGAGMCGIAEVLLNLGYEVSGSDLKASAVTERLEKFGAQIFIGHQAENADGADVLVVSSAINRANPEVASALERRIPVVPRAEMLAELMRYRHGIAVAGTHGKTTTTSLIASVFAAGGLDPTFVIGGRLNAAGTNAQLGASRYLVAEADESDASFLHLQPMVAVVTNIDADHMATYGGDFNKLKKTFVEFLHNLPFYGLAVMCVDDPVVREILPQIARPTVTYGLSEDADVRAINIRQEGMRTWFTVLRPEREPLDVSVNMPGLHNVLNSLATIVIATDEGISDEAIVQGLSGFQGVGRRFQVYGELQVEGGSVMLVDDYGHHPREVAAVIKAIRGGWPERRLVMVYQPHRYTRTRDLYEDFVQVLGEANVLLLMEVYPAGEEPIPGADSRQLCHSIRQRGQLDPIYFERDADLAPLVKPLLRAGDILLCQGAGDVGGLAPQLIKNPLFAGKGGKGA

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	[(2R)-1-{4-[(5-cyclopropyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]-2H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-6-yl}piperidin-2-yl]methanol
分子量 formula_weight	354.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	32

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	586

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (24 domains)

结构域编号 domain_id	d6x9fa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.5 — MurCD N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.5.1 — MurCD N-terminal domain
家族 Family family	c.5.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6x9fa2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.72 — Ribokinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.72.2 — MurD-like peptide ligases, catalytic domain
家族 Family family	c.72.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6x9fa3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6x9fb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.5 — MurCD N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.5.1 — MurCD N-terminal domain
家族 Family family	c.5.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6x9fb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.72 — Ribokinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.72.2 — MurD-like peptide ligases, catalytic domain
家族 Family family	c.72.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6x9fb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6x9fc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.5 — MurCD N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.5.1 — MurCD N-terminal domain
家族 Family family	c.5.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6x9fc2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.72 — Ribokinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.72.2 — MurD-like peptide ligases, catalytic domain
家族 Family family	c.72.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6x9fc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6x9fd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.5 — MurCD N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.5.1 — MurCD N-terminal domain
家族 Family family	c.5.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6x9fd2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.72 — Ribokinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.72.2 — MurD-like peptide ligases, catalytic domain
家族 Family family	c.72.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6x9fd3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6x9fe1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.5 — MurCD N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.5.1 — MurCD N-terminal domain
家族 Family family	c.5.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6x9fe2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.72 — Ribokinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.72.2 — MurD-like peptide ligases, catalytic domain
家族 Family family	c.72.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6x9fe3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6x9ff1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.5 — MurCD N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.5.1 — MurCD N-terminal domain
家族 Family family	c.5.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6x9ff2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.72 — Ribokinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.72.2 — MurD-like peptide ligases, catalytic domain
家族 Family family	c.72.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6x9ff3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6x9fg1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.5 — MurCD N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.5.1 — MurCD N-terminal domain
家族 Family family	c.5.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6x9fg2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.72 — Ribokinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.72.2 — MurD-like peptide ligases, catalytic domain
家族 Family family	c.72.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6x9fg3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6x9fh1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.5 — MurCD N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.5.1 — MurCD N-terminal domain
家族 Family family	c.5.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6x9fh2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.72 — Ribokinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.72.2 — MurD-like peptide ligases, catalytic domain
家族 Family family	c.72.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6x9fh3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

▶

晶胞边长 a length_a	284.690 Å
晶胞边长 b length_b	109.050 Å
晶胞边长 c length_c	108.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.26 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	47.670 Å
R 因子 r_factor	0.1840
R_work r_work	0.1834
R_free r_free	0.2185

Pseudomonas aeruginosa MurC with AZ8074

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6x9f__assembly_2__model_1

6x9f__assembly_2__model_1 | I(q)

6x9f__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

Pseudomonas aeruginosa MurC with AZ8074

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6x9f__assembly_2__model_1

6x9f__assembly_2__model_1 | I(q)

6x9f__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (24 domains)

7. 引用文献 (1)