8egn

;Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase (UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase, MurC) Pseudomonas aeruginosa in complex with ligand AZ-13643701 ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 89.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8egn
沉积日期 deposition_date	2022-09-12
结构标题 title	;Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase (UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase, MurC) Pseudomonas aeruginosa in complex with ligand AZ-13643701 ;
关键词 keywords	;SSGCID, murC, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase, Cell wall biogenesis, peptidoglycan biosynthesis, Structural Genomics, Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease, LIGASE ;; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.02 Å
零角强度 I(0) i0	70641700.00
分子量 molecular_weight	64780.0 kDa
排除体积 excluded_volume	80710 Å³
包络体积 envelope_volume	96155 Å³
水化壳体积 shell_volume	30620 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.1 Å
壳层 Rg shell_rg	33.42 Å
包络 Rg envelope_rg	26.14 Å
形状 Rg shape_rg	26.02 Å
总 Rg total_rg	26.78 Å
总原子数 total_atoms	4559
残基数 n_residues	608
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.8 Å
Rg (实空间) rg_real	26.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0640e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.5610e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	70640000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8896
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.241
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.401
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25410000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.867; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.975

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
分子量 formula_weight	33976.6 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4881

MAHHHHHHMRRIHFVGIGGAGMCGIAEVLLNLGYEVSGSDLKASAVTERLEKFGAQIFIGHQAENADGADVLVVSSAINRANPEVASALERRIPVVPRAEMLAELMRYRHGIAVAGTHGKTTTTSLIASVFAAGGLDPTFVIGGRLNAAGTNAQLGASRYLVAEADESDASFLHLQPMVAVVTNIDADHMATYGGDFNKLKKTFVEFLHNLPFYGLAVMCVDDPVVREILPQIARPTVTYGLSEDADVRAINIRQEGMRTWFTVLRPEREPLDVSVNMPGLHNVLNSLATIVIATDEGISDEAIVQGLSGFQGVGR

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	(1R,2S)-1-({4-[(5-tert-butyl-1-methyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-6-yl}amino)-2,3-dihydro-1H-inden-2-ol
分子量 formula_weight	418.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	281

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	71.690 Å
晶胞边长 b length_b	75.160 Å
晶胞边长 c length_c	109.790 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	37.700 Å
R 因子 r_factor	0.1812
R_work r_work	0.1794
R_free r_free	0.2193

fit	/app/data/saxs_computation/eg/8egn/8egn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eg/8egn/8egn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eg/8egn/8egn.dat

;Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase (UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase, MurC) Pseudomonas aeruginosa in complex with ligand AZ-13643701 ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction