8egm

;Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase (UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase, MurC) Pseudomonas aeruginosa in complex with compound AZ13644908 ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 154.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8egm
沉积日期 deposition_date	2022-09-12
结构标题 title	;Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase (UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase, MurC) Pseudomonas aeruginosa in complex with compound AZ13644908 ;
关键词 keywords	;SSGCID, murC, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase, Cell wall biogenesis, peptidoglycan biosynthesis, Structural Genomics, Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease, LIGASE ;; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.03 Å
零角强度 I(0) i0	994212000.00
分子量 molecular_weight	258710.0 kDa
排除体积 excluded_volume	322830 Å³
包络体积 envelope_volume	434260 Å³
水化壳体积 shell_volume	77604 Å³
包络直径 envelope_diameter	152.0 Å
壳层 Rg shell_rg	51.07 Å
包络 Rg envelope_rg	45.53 Å
形状 Rg shape_rg	47.03 Å
总 Rg total_rg	47.18 Å
总原子数 total_atoms	18212
残基数 n_residues	2424
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	154.7 Å
Rg (实空间) rg_real	47.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.9420e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9290e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	994200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8740
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	51.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.337
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.524
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	95360000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.870; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.748

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
分子量 formula_weight	33976.6 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	19366

MAHHHHHHMRRIHFVGIGGAGMCGIAEVLLNLGYEVSGSDLKASAVTERLEKFGAQIFIGHQAENADGADVLVVSSAINRANPEVASALERRIPVVPRAEMLAELMRYRHGIAVAGTHGKTTTTSLIASVFAAGGLDPTFVIGGRLNAAGTNAQLGASRYLVAEADESDASFLHLQPMVAVVTNIDADHMATYGGDFNKLKKTFVEFLHNLPFYGLAVMCVDDPVVREILPQIARPTVTYGLSEDADVRAINIRQEGMRTWFTVLRPEREPLDVSVNMPGLHNVLNSLATIVIATDEGISDEAIVQGLSGFQGVGR

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa PAO1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	;(2R)-2-({4-[(5-tert-butyl-1-methyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-6-yl}amino)-2-phenylethyl (2-aminoethyl)carbamate ;
分子量 formula_weight	492.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	881

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	285.260 Å
晶胞边长 b length_b	109.200 Å
晶胞边长 c length_c	108.710 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.40 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	42.660 Å
R 因子 r_factor	0.1824
R_work r_work	0.1820
R_free r_free	0.2124

fit	/app/data/saxs_computation/eg/8egm/8egm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eg/8egm/8egm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eg/8egm/8egm.dat

;Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase (UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase, MurC) Pseudomonas aeruginosa in complex with compound AZ13644908 ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction