← 返回搜索
6xdc

Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 ORF3a

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 83.4 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ORF3a protein

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

UniProt P0DTC3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–275 链 B； UniProt 1–275 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；1 blot force, 5 second wait time, 3 second blot time 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6XDC Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7KJR Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 ORF3a 提交 2020-10-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–275（275 aa）
链 B 1–275（275 aa）
未记录 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；1 blot force 5 second wait time 3 second blot time
分辨率 2.08 Å
8EQJ Structure of SARS-CoV-2 Orf3a in late endosome/lysosome-like membrane environment, MSP1D1 nanodisc 提交 2022-10-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–275（275 aa）
链 B 1–275（275 aa）
未记录 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8EQT Structure of SARS-CoV-2 Orf3a in plasma membrane-like environment, MSP1D1 nanodisc 提交 2022-10-09 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–275（275 aa）
链 B 1–275（275 aa）
未记录 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8EQU Structure of SARS-CoV-2 Orf3a in late endosome/lysosome-like environment, Saposin A nanodisc 提交 2022-10-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–275（275 aa）
链 B 1–275（275 aa）
未记录 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8T5P SARS-CoV-2 ORF3a peptide in complex with TRAF3 TRAF domain 提交 2023-06-14 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 G 36–40（5 aa） 片段：UNP residues 36-40
链 H 36–40（5 aa） 片段：UNP residues 36-40
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；13% PEG3350, 0.1 M Tris, pH 8.0, 0.25 M ammonium sulfate
分辨率 2.50 Å R-free 0.242
8T5P SARS-CoV-2 ORF3a peptide in complex with TRAF3 TRAF domain 提交 2023-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 36–40（5 aa） 片段：UNP residues 36-40
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；13% PEG3350, 0.1 M Tris, pH 8.0, 0.25 M ammonium sulfate
分辨率 2.50 Å R-free 0.242
8T5Q SARS-CoV-2 ORF3a peptide in complex with TRAF2 TRAF domain 提交 2023-06-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 G 36–40（5 aa） 片段：UNP residues 36-40
链 H 36–40（5 aa） 片段：UNP residues 36-40
未记录 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277.15 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.0, 20% w/v PEG8000
分辨率 1.90 Å R-free 0.240
8T5Q SARS-CoV-2 ORF3a peptide in complex with TRAF2 TRAF domain 提交 2023-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 36–40（5 aa） 片段：UNP residues 36-40
未记录 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277.15 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.0, 20% w/v PEG8000
分辨率 1.90 Å R-free 0.240
9RU5 Cryo-EM structure of TCRpub/pMHC 提交 2025-07-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 P 207–215（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH 7.4, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.26 Å

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AP3A_SARS2
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–275； UniProt 1–275 作者链 B； PDB构建体 1–275； UniProt 1–275

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6xdc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6xdc
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6xdc
沉积日期 deposition_date2020-06-10
结构标题 titleCryo-EM structure of SARS-CoV-2 ORF3a
关键词 keywordsSARS-CoV-2, coronavirus, viroporin, ion channel, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.38 Å
零角强度 I(0) i028248000.00
分子量 molecular_weight44476.0 kDa
排除体积 excluded_volume57149 ų
包络体积 envelope_volume70096 ų
水化壳体积 shell_volume25126 ų
包络直径 envelope_diameter85.3 Å
壳层 Rg shell_rg30.38 Å
包络 Rg envelope_rg24.37 Å
形状 Rg shape_rg24.41 Å
总 Rg total_rg25.08 Å
总原子数 total_atoms3150
残基数 n_residues386
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax83.4 Å
Rg (实空间) rg_real24.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real2.8250e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1910e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal28250000.0000
解质量估计 total_estimate0.8613
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.5 Å
偏度 Skewness skewness0.521
峰度 Kurtosis kurtosis-0.135
角度范围 angular_range— – 0.3250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5973000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.777; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.904; Smooth: 0.957
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▶

8. 引用文献 (2)

▶

9. 文件与曲线 (10)