6yn1

Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H2A

Xenopus laevis

UniProt Q6AZJ8

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 10 Histone H2B × 2 (A0A1L8FQA5) Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H4 × 2 (P62799) Aprataxin and PNK-like factor × 2 (Q8IW19) GLYCEROL × 3 CHLORIDE ION × 1 water × 10 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 10 Histone H2B × 2 (A0A1L8FQA5) Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H4 × 2 (P62799) Aprataxin and PNK-like factor × 2 (Q8IW19) GLYCEROL × 4 water × 9 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 10 Histone H2B × 2 (A0A1L8FQA5) Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H4 × 2 (P62799) Aprataxin and PNK-like factor × 2 (Q8IW19) GLYCEROL × 3 water × 10 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 10 Histone H2B × 2 (A0A1L8FQA5) Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H4 × 2 (P62799) Aprataxin and PNK-like factor × 2 (Q8IW19) GLYCEROL × 4 water × 9 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 Q6AZJ8_XENLA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–107; UniProt 14–119 作者链 F; PDB构建体 2–107; UniProt 14–119 作者链 K; PDB构建体 2–107; UniProt 14–119 作者链 P; PDB构建体 2–107; UniProt 14–119 作者链 U; PDB构建体 2–107; UniProt 14–119 作者链 Z; PDB构建体 2–107; UniProt 14–119 作者链 e; PDB构建体 2–107; UniProt 14–119 作者链 j; PDB构建体 2–107; UniProt 14–119

Histone H2B

Xenopus laevis

UniProt A0A1L8FQA5

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 10 Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H4 × 2 (P62799) Aprataxin and PNK-like factor × 2 (Q8IW19) GLYCEROL × 3 CHLORIDE ION × 1 water × 10 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 10 Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H4 × 2 (P62799) Aprataxin and PNK-like factor × 2 (Q8IW19) GLYCEROL × 4 water × 9 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 10 Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H4 × 2 (P62799) Aprataxin and PNK-like factor × 2 (Q8IW19) GLYCEROL × 3 water × 10 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 10 Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H4 × 2 (P62799) Aprataxin and PNK-like factor × 2 (Q8IW19) GLYCEROL × 4 water × 9 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 A0A1L8FQA5_XENLA
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–100; UniProt 28–126 作者链 G; PDB构建体 2–100; UniProt 28–126 作者链 L; PDB构建体 2–100; UniProt 28–126 作者链 Q; PDB构建体 2–100; UniProt 28–126 作者链 V; PDB构建体 2–100; UniProt 28–126 作者链 a; PDB构建体 2–100; UniProt 28–126 作者链 f; PDB构建体 2–100; UniProt 28–126 作者链 k; PDB构建体 2–100; UniProt 28–126

Histone H3

Xenopus laevis

UniProt A0A310TTQ1

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 10 Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H2B × 2 (A0A1L8FQA5) Histone H4 × 2 (P62799) Aprataxin and PNK-like factor × 2 (Q8IW19) GLYCEROL × 3 CHLORIDE ION × 1 water × 10 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 10 Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H2B × 2 (A0A1L8FQA5) Histone H4 × 2 (P62799) Aprataxin and PNK-like factor × 2 (Q8IW19) GLYCEROL × 4 water × 9 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 10 Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H2B × 2 (A0A1L8FQA5) Histone H4 × 2 (P62799) Aprataxin and PNK-like factor × 2 (Q8IW19) GLYCEROL × 3 water × 10 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 10 Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H2B × 2 (A0A1L8FQA5) Histone H4 × 2 (P62799) Aprataxin and PNK-like factor × 2 (Q8IW19) GLYCEROL × 4 water × 9 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 A0A310TTQ1_XENLA
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 2–99; UniProt 39–136 作者链 H; PDB构建体 2–99; UniProt 39–136 作者链 M; PDB构建体 2–99; UniProt 39–136 作者链 R; PDB构建体 2–99; UniProt 39–136 作者链 W; PDB构建体 2–99; UniProt 39–136 作者链 b; PDB构建体 2–99; UniProt 39–136 作者链 g; PDB构建体 2–99; UniProt 39–136 作者链 l; PDB构建体 2–99; UniProt 39–136

Histone H4

Xenopus laevis

UniProt P62799

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 10 Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H2B × 2 (A0A1L8FQA5) Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Aprataxin and PNK-like factor × 2 (Q8IW19) GLYCEROL × 3 CHLORIDE ION × 1 water × 10 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 10 Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H2B × 2 (A0A1L8FQA5) Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Aprataxin and PNK-like factor × 2 (Q8IW19) GLYCEROL × 4 water × 9 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 10 Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H2B × 2 (A0A1L8FQA5) Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Aprataxin and PNK-like factor × 2 (Q8IW19) GLYCEROL × 3 water × 10 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 10 Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H2B × 2 (A0A1L8FQA5) Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Aprataxin and PNK-like factor × 2 (Q8IW19) GLYCEROL × 4 water × 9 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 H4_XENLA
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 2–84; UniProt 21–103 作者链 I; PDB构建体 2–84; UniProt 21–103 作者链 N; PDB构建体 2–84; UniProt 21–103 作者链 S; PDB构建体 2–84; UniProt 21–103 作者链 X; PDB构建体 2–84; UniProt 21–103 作者链 c; PDB构建体 2–84; UniProt 21–103 作者链 h; PDB构建体 2–84; UniProt 21–103 作者链 m; PDB构建体 2–84; UniProt 21–103

Aprataxin and PNK-like factor

Homo sapiens

UniProt Q8IW19

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 10 Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H2B × 2 (A0A1L8FQA5) Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H4 × 2 (P62799) GLYCEROL × 3 CHLORIDE ION × 1 water × 10 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 10 Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H2B × 2 (A0A1L8FQA5) Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H4 × 2 (P62799) GLYCEROL × 4 water × 9 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 10 Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H2B × 2 (A0A1L8FQA5) Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H4 × 2 (P62799) GLYCEROL × 3 water × 10 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 10 Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H2B × 2 (A0A1L8FQA5) Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H4 × 2 (P62799) GLYCEROL × 4 water × 9 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 APLF_HUMAN
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 2–43; UniProt 449–490 作者链 J; PDB构建体 2–43; UniProt 449–490 作者链 O; PDB构建体 2–43; UniProt 449–490 作者链 T; PDB构建体 2–43; UniProt 449–490 作者链 Y; PDB构建体 2–43; UniProt 449–490 作者链 d; PDB构建体 2–43; UniProt 449–490 作者链 i; PDB构建体 2–43; UniProt 449–490 作者链 n; PDB构建体 2–43; UniProt 449–490

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6yn1
沉积日期 deposition_date2020-04-10
结构标题 titleCrystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer
关键词 keywordsOctamer, aplf, chaperone, histone; CHAPERONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6yn1__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6yn1__assembly_4__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

6yn1__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)28.53 Å
Rg(电子密度)27.29 Å
总 Rg28.22 Å
原子数6072
残基数760
排除体积108650 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 6yn1__assembly_1__model_1 decameric (10) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 6yn1__assembly_2__model_1 decameric (10) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 6yn1__assembly_3__model_1 decameric (10) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 6yn1__assembly_4__model_1 decameric (10) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id6yn1B01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id6yn1C01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id6yn1G01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id6yn1H01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id6yn1L01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id6yn1M01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id6yn1Q01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id6yn1R01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id6yn1V01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id6yn1W01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id6yn1X01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id6yn1a01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id6yn1b01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id6yn1c01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id6yn1f01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id6yn1g01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id6yn1k01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id6yn1l01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
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7. 引用文献 (1)