6z0u

CryoEM structure of the Chikungunya virus nsP1 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 207.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polyprotein P1234

Chikungunya virus strain S27-African prototype

UniProt Q8JUX6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–472 链 BA; UniProt 1–472 链 C; UniProt 1–472 链 DA; UniProt 1–472 链 E; UniProt 1–472 链 FA; UniProt 1–472 链 G; UniProt 1–472 链 HA; UniProt 1–472 链 I; UniProt 1–472 链 JA; UniProt 1–472 链 K; UniProt 1–472 链 LA; UniProt 1–472 链 M; UniProt 1–472 链 NA; UniProt 1–472 链 O; UniProt 1–472 链 PA; UniProt 1–472 链 Q; UniProt 1–472 链 RA; UniProt 1–472 链 S; UniProt 1–472 链 TA; UniProt 1–472 链 V; UniProt 1–472 链 VA; UniProt 1–472 链 X; UniProt 1–472 链 Z; UniProt 1–472 未记录 ZN ZINC ION × 24 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE;3ul of sample was spotted onto the grid and hand blotted prior to plunge freezing. 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 163 个其他 PDB 条目、604 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLN_CHIKS
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472 作者链 BA; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472 作者链 C; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472 作者链 DA; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472 作者链 E; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472 作者链 FA; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472 作者链 G; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472 作者链 HA; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472 作者链 I; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472 作者链 JA; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472 作者链 K; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472 作者链 LA; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472 作者链 M; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472 作者链 NA; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472 作者链 O; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472 作者链 PA; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472 作者链 Q; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472 作者链 RA; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472 作者链 S; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472 作者链 TA; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472 作者链 V; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472 作者链 VA; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472 作者链 X; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472 作者链 Z; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6z0u

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6z0u
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6z0u
沉积日期 deposition_date2020-05-11
结构标题 titleCryoEM structure of the Chikungunya virus nsP1 complex
关键词 keywords;Capping enzyme, monotopic membrane complex, membrane bending, membrane pore, replication complex, scaffold, Spherule formation, viral factory., VIRAL PROTEIN ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier81.14
回转半径 Rg (电子) rg_electron80.61
零角强度 I(0) i020338600000.00
分子量 molecular_weight1208000.0 kDa
排除体积 excluded_volume1507800 ų
包络体积 envelope_volume2422000 ų
水化壳体积 shell_volume239470 ų
包络直径 envelope_diameter227.9
壳层 Rg shell_rg92.44
包络 Rg envelope_rg75.52
形状 Rg shape_rg80.60
总 Rg total_rg80.74
总原子数 total_atoms84552
残基数 n_residues10896
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax207.2
Rg (实空间) rg_real80.41
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.48
I(0) (实空间) i0_real2.0320e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4980e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal83.37
I(0) (倒空间) i0_reciprocal20470000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8310
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary119.9
偏度 Skewness skewness-0.197
峰度 Kurtosis kurtosis-0.484
角度范围 angular_range— – 0.0950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0060
最高正则化参数 α highest_alpha896500000.0000
实空间数据点数 n_real_points20
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.947; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)