8jce

Cryo-EM Structure of Chikungunya Virus Nonstructural Protein 1 with m7GpppAmU

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 202.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8jce

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8jce
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8jce
沉积日期 deposition_date2023-05-11
结构标题 titleCryo-EM Structure of Chikungunya Virus Nonstructural Protein 1 with m7GpppAmU
关键词 keywordsnonstructural protein, Chikungunya virus, RNA cap, replication, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier72.31
回转半径 Rg (电子) rg_electron72.05
零角强度 I(0) i05651250000.00
分子量 molecular_weight624210.0 kDa
排除体积 excluded_volume774710 ų
包络体积 envelope_volume1274300 ų
水化壳体积 shell_volume138980 ų
包络直径 envelope_diameter198.8
壳层 Rg shell_rg85.95
包络 Rg envelope_rg67.49
形状 Rg shape_rg72.04
总 Rg total_rg72.23
总原子数 total_atoms43644
残基数 n_residues5436
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax202.8
Rg (实空间) rg_real72.04
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.24
I(0) (实空间) i0_real5.6510e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1070e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal73.01
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5661000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8149
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary119.8
偏度 Skewness skewness-0.134
峰度 Kurtosis kurtosis-0.966
角度范围 angular_range— – 0.1100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0004
最高正则化参数 α highest_alpha256400000.0000
实空间数据点数 n_real_points23
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.909; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.863; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (6)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)