6zeg

Structure of PP1-IRSp53 chimera [PP1(7-304) + linker (G/S)x9 + IRSp53(449-465)] bound to Phactr1 (516-580)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 99.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit,Brain-specific angiogenesis inhibitor 1-associated protein 2

Homo sapiens

UniProt P62136

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 7–304 突变:N-terminal Vector derived sequence GHMGS Phosphatase and actin regulator × 1 (Q4VY12) MN MANGANESE (II) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;20% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2 M KSCN and 0.1 M BIS-Tris propane pH 8.5 分辨率 1.09 Å R-free 0.140
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 7–304 突变:N-terminal Vector derived sequence GHMGS Phosphatase and actin regulator × 1 (Q4VY12) MN MANGANESE (II) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 16P 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;20% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2 M KSCN and 0.1 M BIS-Tris propane pH 8.5 分辨率 1.09 Å R-free 0.140

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 45 个其他 PDB 条目、87 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP1A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–303; UniProt 7–304 作者链 B; PDB构建体 6–303; UniProt 7–304

Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit,Brain-specific angiogenesis inhibitor 1-associated protein 2

Homo sapiens

UniProt Q9UQB8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 448–464 突变:N-terminal Vector derived sequence GHMGS Phosphatase and actin regulator × 1 (Q4VY12) MN MANGANESE (II) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;20% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2 M KSCN and 0.1 M BIS-Tris propane pH 8.5 分辨率 1.09 Å R-free 0.140
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 448–464 突变:N-terminal Vector derived sequence GHMGS Phosphatase and actin regulator × 1 (Q4VY12) MN MANGANESE (II) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 16P 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;20% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2 M KSCN and 0.1 M BIS-Tris propane pH 8.5 分辨率 1.09 Å R-free 0.140

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BAIP2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 322–338; UniProt 448–464 作者链 B; PDB构建体 322–338; UniProt 448–464

Phosphatase and actin regulator

Homo sapiens

UniProt Q4VY12

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 80–144 突变:N-terminal Vector derived sequence GPLGS Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit,Brain-specific angiogenesis inhibitor 1-associated protein 2 × 1 (P62136,Q9UQB8) MN MANGANESE (II) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;20% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2 M KSCN and 0.1 M BIS-Tris propane pH 8.5 分辨率 1.09 Å R-free 0.140
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 80–144 突变:N-terminal Vector derived sequence GPLGS Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit,Brain-specific angiogenesis inhibitor 1-associated protein 2 × 1 (P62136,Q9UQB8) MN MANGANESE (II) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 16P 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;20% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2 M KSCN and 0.1 M BIS-Tris propane pH 8.5 分辨率 1.09 Å R-free 0.140

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q4VY12_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 6–70; UniProt 80–144 作者链 D; PDB构建体 6–70; UniProt 80–144

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6zeg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6zeg
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6zeg
沉积日期 deposition_date2020-06-16
结构标题 titleStructure of PP1-IRSp53 chimera [PP1(7-304) + linker (G/S)x9 + IRSp53(449-465)] bound to Phactr1 (516-580)
关键词 keywordsPP1, Phosphatase, Phactr, RPEL, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.73
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.79
零角强度 I(0) i0119174000.00
分子量 molecular_weight86156.0 kDa
排除体积 excluded_volume107530 ų
包络体积 envelope_volume127490 ų
水化壳体积 shell_volume35652 ų
包络直径 envelope_diameter105.6
壳层 Rg shell_rg36.89
包络 Rg envelope_rg29.99
形状 Rg shape_rg29.80
总 Rg total_rg30.36
总原子数 total_atoms11956
残基数 n_residues750
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax99.1
Rg (实空间) rg_real30.81
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.78
I(0) (实空间) i0_real1.1920e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.78
I(0) (倒空间) i0_reciprocal119200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8768
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.5
偏度 Skewness skewness0.369
峰度 Kurtosis kurtosis-0.569
角度范围 angular_range— – 0.2600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha54880000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.863; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.942; Smooth: 0.863

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6zegA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)