SAXSdb — 6zhs

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-activating enzyme E1 1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–1024	未记录	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 13 × 2 （P52490） SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；273 K；ammonium sulfate, HEPES, PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6ZHS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3CMM Crystal Structure of the Uba1-Ubiquitin Complex 提交 2008-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 10–1024（1015 aa）片段：Residues 10-1024	未记录	PRO PROLINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；L-proline, PEG 5000 MME, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.247
3CMM Crystal Structure of the Uba1-Ubiquitin Complex 提交 2008-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 10–1024（1015 aa）片段：Residues 10-1024	未记录	PRO PROLINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；L-proline, PEG 5000 MME, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.247
4NNJ Crystal structure of Uba1 in complex with ubiquitin-AMP and thioesterified ubiquitin 提交 2013-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 9–1024（1016 aa）片段：UNP residues 9-1024 链 C 9–1024（1016 aa）片段：UNP residues 9-1024	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 29 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；15% (w/v) polyethylene glycol 3350, 100mM lithium sulfate and 100mM BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.201
5L6H Uba1 in complex with Ub-ABPA3 covalent adduct 提交 2016-05-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1024（1024 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 7 6O2 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[6-[(3-ethynylphenyl)amino]purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl sulfamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.218
5L6H Uba1 in complex with Ub-ABPA3 covalent adduct 提交 2016-05-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–1024（1024 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 6O2 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[6-[(3-ethynylphenyl)amino]purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl sulfamate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.218
5L6I Uba1 in complex with Ub-MLN4924 covalent adduct 提交 2016-05-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1024（1024 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 8 GOL GLYCEROL × 9 B39 [(1S,2S,4R)-4-{4-[(1S)-2,3-dihydro-1H-inden-1-ylamino]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl}-2-hydroxycyclopentyl]methyl sulfamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350	分辨率 2.76 Å R-free 0.220
5L6I Uba1 in complex with Ub-MLN4924 covalent adduct 提交 2016-05-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–1024（1024 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 8 GOL GLYCEROL × 7 B39 [(1S,2S,4R)-4-{4-[(1S)-2,3-dihydro-1H-inden-1-ylamino]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl}-2-hydroxycyclopentyl]methyl sulfamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350	分辨率 2.76 Å R-free 0.220
5L6J Uba1 in complex with Ub-MLN7243 covalent adduct 提交 2016-05-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1024（1024 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 7 61T [(1~{R},2~{R},3~{S},4~{R})-2,3-bis(oxidanyl)-4-[[2-[3-(trifluoromethylsulfanyl)phenyl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl]amino]cyclopentyl]methyl sulfamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350	分辨率 2.68 Å R-free 0.224
5L6J Uba1 in complex with Ub-MLN7243 covalent adduct 提交 2016-05-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–1024（1024 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 9 61T [(1~{R},2~{R},3~{S},4~{R})-2,3-bis(oxidanyl)-4-[[2-[3-(trifluoromethylsulfanyl)phenyl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl]amino]cyclopentyl]methyl sulfamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350	分辨率 2.68 Å R-free 0.224
5TR4 Structure of Ubiquitin activating enzyme (Uba1) in complex with ubiquitin and TAK-243 提交 2016-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 9–1024（1016 aa）片段：residues 9-1024	突变：N471M, K519R	61T [(1~{R},2~{R},3~{S},4~{R})-2,3-bis(oxidanyl)-4-[[2-[3-(trifluoromethylsulfanyl)phenyl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl]amino]cyclopentyl]methyl sulfamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；70 mM Na malonate pH 6.0, 70 mM malic acid, 70 mM Na citrate, 10-15% peg-3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.256
5TR4 Structure of Ubiquitin activating enzyme (Uba1) in complex with ubiquitin and TAK-243 提交 2016-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 9–1024（1016 aa）片段：residues 9-1024	突变：N471M, K519R	61T [(1~{R},2~{R},3~{S},4~{R})-2,3-bis(oxidanyl)-4-[[2-[3-(trifluoromethylsulfanyl)phenyl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl]amino]cyclopentyl]methyl sulfamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；70 mM Na malonate pH 6.0, 70 mM malic acid, 70 mM Na citrate, 10-15% peg-3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.256
6NYA Crystal Structure of ubiquitin E1 (Uba1) in complex with Ubc3 (Cdc34) and ubiquitin 提交 2019-02-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 11–1024（1014 aa）片段：residues 11-1024	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG 3,350, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5	分辨率 2.06 Å R-free 0.217
6NYA Crystal Structure of ubiquitin E1 (Uba1) in complex with Ubc3 (Cdc34) and ubiquitin 提交 2019-02-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 11–1024（1014 aa）片段：residues 11-1024	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG 3,350, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5	分辨率 2.06 Å R-free 0.217
6ZHT Uba1-Ubc13 disulfide mediated complex 提交 2020-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 25–1024（1000 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 12 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；273 K；ammonium nitrate, CHES, PEG 4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.263
6ZHU Yeast Uba1 in complex with Ubc3 and ATP 提交 2020-06-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1024（1024 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium chloride, PEG 3350	分辨率 3.18 Å R-free 0.263
6ZHU Yeast Uba1 in complex with Ubc3 and ATP 提交 2020-06-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–1024（1024 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium chloride, PEG 3350	分辨率 3.18 Å R-free 0.263
6ZHU Yeast Uba1 in complex with Ubc3 and ATP 提交 2020-06-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–1024（1024 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium chloride, PEG 3350	分辨率 3.18 Å R-free 0.263
6ZHU Yeast Uba1 in complex with Ubc3 and ATP 提交 2020-06-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–1024（1024 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium chloride, PEG 3350	分辨率 3.18 Å R-free 0.263
6ZQH Yeast Uba1 in complex with ubiquitin 提交 2020-07-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1024（1024 aa）	未记录	BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium formate, PEG 3350	分辨率 2.03 Å R-free 0.227
6ZQH Yeast Uba1 in complex with ubiquitin 提交 2020-07-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–1024（1024 aa）	未记录	BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 GOL GLYCEROL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium formate, PEG 3350	分辨率 2.03 Å R-free 0.227
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 11–1024（1014 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8	分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 11–1024（1014 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8	分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 11–1024（1014 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8	分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 11–1024（1014 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8	分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 11–1024（1014 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8	分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 U 11–1024（1014 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8	分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 11–1024（1014 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8	分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 11–1024（1014 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8	分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7ZH9 Uba1 in complex with ATP 提交 2022-04-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1024（1024 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 10 K POTASSIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% PEG 3350	分辨率 1.72 Å R-free 0.206

共 12 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBA1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1024； UniProt 1–1024

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 13

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P52490

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–153 链 C； UniProt 1–153	未记录	Ubiquitin-activating enzyme E1 1 × 1 （P22515） SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；273 K；ammonium sulfate, HEPES, PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6ZHS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1JAT Mms2/Ubc13 Ubiquitin Conjugating Enzyme Complex 提交 2001-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–153（152 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG 1000, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.239
1JBB Ubiquitin Conjugating Enzyme, Ubc13 提交 2001-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–153（153 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 5000-MME, ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.255
1JBB Ubiquitin Conjugating Enzyme, Ubc13 提交 2001-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–153（153 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 5000-MME, ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.255
2GMI Mms2/Ubc13~Ubiquitin 提交 2006-04-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–152（152 aa）	突变：C87S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；17% PEG 1000, 100 mM Na/K phosphate, pH 6.2, 25 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268
4FH1 S. cerevisiae Ubc13-N79A 提交 2012-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–153（153 aa）	突变：N79A, C87S	NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.3；296 K；0.1 M CHES, pH 10.3, 20% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.61 Å R-free 0.246
5OJW S. cerevisiae UBC13 - MMs2 complex 提交 2017-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–152（152 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；292 K；0.1M Bis-Tris Propane / Citric Acid Buffer, pH 7.6, 20% PEG3000	分辨率 2.00 Å R-free 0.205
6ZHT Uba1-Ubc13 disulfide mediated complex 提交 2020-06-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–152（152 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 12 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；273 K；ammonium nitrate, CHES, PEG 4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.263
9GLT Crystal Structure of Yeast Ubc13 C87E 提交 2024-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–153（153 aa）	突变：C87E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 25% PEG 4000	分辨率 1.45 Å R-free 0.228
9GLT Crystal Structure of Yeast Ubc13 C87E 提交 2024-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 BBB 1–153（153 aa）	突变：C87E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 25% PEG 4000	分辨率 1.45 Å R-free 0.228

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBC13_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–154； UniProt 1–153 作者链 C； PDB构建体 2–154； UniProt 1–153

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6zhs
沉积日期 deposition_date	2020-06-23
结构标题 title	Uba1 bound to two E2 (Ubc13) molecules
关键词 keywords	Ubiquitin, E1, Ubc13, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.93 Å
零角强度 I(0) i0	317680000.00
分子量 molecular_weight	146450.0 kDa
排除体积 excluded_volume	184470 Å³
包络体积 envelope_volume	239980 Å³
水化壳体积 shell_volume	57013 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.8 Å
壳层 Rg shell_rg	42.21 Å
包络 Rg envelope_rg	33.49 Å
形状 Rg shape_rg	33.93 Å
总 Rg total_rg	34.54 Å
总原子数 total_atoms	20597
残基数 n_residues	1297
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.8 Å
Rg (实空间) rg_real	34.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1770e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.7920e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	317700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7086
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.153
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.467
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	63410000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.186; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.925

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin-activating enzyme E1 1
分子量 formula_weight	114393.8 kDa
EC 编号 ec_number	6.2.1.45
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	21003

MSSNNSGLSAAGEIDESLYSRQLYVLGKEAMLKMQTSNVLILGLKGLGVEIAKNVVLAGVKSMTVFDPEPVQLADLSTQFFLTEKDIGQKRGDVTRAKLAELNAYVPVNVLDSLDDVTQLSQFQVVVATDTVSLEDKVKINEFCHSSGIRFISSETRGLFGNTFVDLGDEFTVLDPTGEEPRTGMVSDIEPDGTVTMLDDNRHGLEDGNFVRFSEVEGLDKLNDGTLFKVEVLGPFAFRIGSVKEYGEYKKGGIFTEVKVPRKISFKSLKQQLSNPEFVFSDFAKFDRAAQLHLGFQALHQFAVRHNGELPRTMNDEDANELIKLVTDLSVQQPEVLGEGVDVNEDLIKELSYQARGDIPGVVAFFGGLVAQEVLKACSGKFTPLKQFMYFDSLESLPDPKNFPRNEKTTQPVNSRYDNQIAVFGLDFQKKIANSKVFLVGSGAIGCEMLKNWALLGLGSGSDGYIVVTDNDSIEKSNLNRQFLFRPKDVGKNKSEVAAEAVCAMNPDLKGKINAKIDKVGPETEEIFNDSFWESLDFVTNALDNVDARTYVDRRCVFYRKPLLESGTLGTKGNTQVIIPRLTESYSSSRDPPEKSIPLCTLRSFPNKIDHTIAWAKSLFQGYFTDSAENVNMYLTQPNFVEQTLKQSGDVKGVLESISDSLSSKPHNFEDCIKWARLEFEKKFNHDIKQLLFNFPKDAKTSNGEPFWSGAKRAPTPLEFDIYNNDHFHFVVAGASLRAYNYGIKSDDSNSKPNVDEYKSVIDHMIIPEFTPNANLKIQVNDDDPDPNANAANGSDEIDQLVSSLPDPSTLAGFKLEPVDFEKDDDTNHHIEFITACSNCRAQNYFIETADRQKTKFIAGRIIPAIATTTSLVTGLVNLELYKLIDNKTDIEQYKNGFVNLALPFFGFSEPIASPKGEYNNKKYDKIWDRFDIKGDIKLSDLIEHFEKDEGLEITMLSYGVSLLYASFFPPKKLKERLNLPITQLVKLVTKKDIPAHVSTMILEICADDKEGEDVEVPFITIHL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 13
分子量 formula_weight	17547.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.23
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

GMASLPKRIIKETEKLVSDPVPGITAEPHDDNLRYFQVTIEGPEQSPYEDGIFELELYLPDDYPMEAPKVRFLTKIYHPNIDRLGRICLDVLKTNWSPALQIRTVLLSIQALLASPNPNDPLANDVAEDWIKNEQGAKAKAREWTKLYAKKKPE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	307

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6zhsA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain

结构域编号 domain_id	6zhsA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	290 — Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Ubiquitin-activating enzyme E1, UFD domain

结构域编号 domain_id	6zhsB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	6zhsC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	177.710 Å
晶胞边长 b length_b	72.900 Å
晶胞边长 c length_c	139.520 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.43 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	24.920 Å
R 因子 r_factor	0.2188
R_work r_work	0.2157
R_free r_free	0.2749

fit	/app/data/saxs_computation/zh/6zhs/6zhs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zh/6zhs/6zhs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zh/6zhs/6zhs.dat

Uba1 bound to two E2 (Ubc13) molecules

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-activating enzyme E1 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 13

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)