7a8u

Crystal structure of sarcomeric protein FATZ-1 (d91-FATZ-1 construct) in complex with rod domain of alpha-actinin-2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 229.0 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-actinin-2

Homo sapiens

UniProt P35609

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 274–746 未记录 Myozenin-1 × 2 (Q9NP98) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;295 K;100 mM Tris-HCl (pH 8.5), 200 mM trimethylamine N-oxide, 20% w/v polyethylene glycol 2,000 methyl ether 分辨率 3.80 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACTN2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–476; UniProt 274–746

Myozenin-1

Homo sapiens

UniProt Q9NP98

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 92–299 未记录 Alpha-actinin-2 × 2 (P35609) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;295 K;100 mM Tris-HCl (pH 8.5), 200 mM trimethylamine N-oxide, 20% w/v polyethylene glycol 2,000 methyl ether 分辨率 3.80 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MYOZ1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–209; UniProt 92–299

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7a8u

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7a8u
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7a8u
沉积日期 deposition_date2020-08-31
结构标题 titleCrystal structure of sarcomeric protein FATZ-1 (d91-FATZ-1 construct) in complex with rod domain of alpha-actinin-2
关键词 keywordsZ-disk complex, F-actin crosslinking protein, scaffolding protein, fuzzy complex, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier66.45
回转半径 Rg (电子) rg_electron70.74
零角强度 I(0) i052685600.00
分子量 molecular_weight57318.0 kDa
排除体积 excluded_volume71057 ų
包络体积 envelope_volume108420 ų
水化壳体积 shell_volume19287 ų
包络直径 envelope_diameter253.3
壳层 Rg shell_rg38.29
包络 Rg envelope_rg70.83
形状 Rg shape_rg70.70
总 Rg total_rg69.54
总原子数 total_atoms4031
残基数 n_residues485
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax229.0
Rg (实空间) rg_real69.10
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.75
I(0) (实空间) i0_real5.2630e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0900e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal63.90
I(0) (倒空间) i0_reciprocal52170000.0000
解质量估计 total_estimate0.5832
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.1
偏度 Skewness skewness0.631
峰度 Kurtosis kurtosis-0.506
角度范围 angular_range— – 0.1200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0012
最高正则化参数 α highest_alpha2247000.0000
实空间数据点数 n_real_points25
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.006; Stabil: 0.994; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.030; Smooth: 0.543

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)