7aeb

Cryo-EM structure of an extracellular contractile injection system in marine bacterium Algoriphagus machipongonensis, the baseplate complex in extended state applied 6-fold symmetry.

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

baseplate protein (Algo12)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 42	Baseplate_J domain-containing protein × 6 （A3HTB4） LysM domain-containing protein × 6 （A3HTB8） Putative tail lysozyme × 6 （A3HTB5） Phospholipid/glycerol acyltransferase × 6 （A3HTC0） Putative phage tail sheath protein FI × 6 （A3HTC2） Phage tail protein × 6 （A3HTC1）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A3HTB3_9BACT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–933； UniProt 1–933 作者链 B； PDB构建体 1–933； UniProt 1–933 作者链 C； PDB构建体 1–933； UniProt 1–933 作者链 D； PDB构建体 1–933； UniProt 1–933 作者链 E； PDB构建体 1–933； UniProt 1–933 作者链 F； PDB构建体 1–933； UniProt 1–933

Baseplate_J domain-containing protein

物种未注明

UniProt A3HTB4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 42	baseplate protein (Algo12) × 6 （A3HTB3） LysM domain-containing protein × 6 （A3HTB8） Putative tail lysozyme × 6 （A3HTB5） Phospholipid/glycerol acyltransferase × 6 （A3HTC0） Putative phage tail sheath protein FI × 6 （A3HTC2） Phage tail protein × 6 （A3HTC1）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A3HTB4_9BACT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–1050； UniProt 1–1050 作者链 H； PDB构建体 1–1050； UniProt 1–1050 作者链 I； PDB构建体 1–1050； UniProt 1–1050 作者链 J； PDB构建体 1–1050； UniProt 1–1050 作者链 K； PDB构建体 1–1050； UniProt 1–1050 作者链 L； PDB构建体 1–1050； UniProt 1–1050

LysM domain-containing protein

物种未注明

UniProt A3HTB8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 42	baseplate protein (Algo12) × 6 （A3HTB3） Baseplate_J domain-containing protein × 6 （A3HTB4） Putative tail lysozyme × 6 （A3HTB5） Phospholipid/glycerol acyltransferase × 6 （A3HTC0） Putative phage tail sheath protein FI × 6 （A3HTC2） Phage tail protein × 6 （A3HTC1）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A3HTB8_9BACT
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228 作者链 N； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228 作者链 O； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228 作者链 P； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228 作者链 Q； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228 作者链 R； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228

Putative tail lysozyme

物种未注明

UniProt A3HTB5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 42	baseplate protein (Algo12) × 6 （A3HTB3） Baseplate_J domain-containing protein × 6 （A3HTB4） LysM domain-containing protein × 6 （A3HTB8） Phospholipid/glycerol acyltransferase × 6 （A3HTC0） Putative phage tail sheath protein FI × 6 （A3HTC2） Phage tail protein × 6 （A3HTC1）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A3HTB5_9BACT
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–137； UniProt 1–137 作者链 T； PDB构建体 1–137； UniProt 1–137 作者链 U； PDB构建体 1–137； UniProt 1–137 作者链 V； PDB构建体 1–137； UniProt 1–137 作者链 W； PDB构建体 1–137； UniProt 1–137 作者链 X； PDB构建体 1–137； UniProt 1–137

Phospholipid/glycerol acyltransferase

物种未注明

UniProt A3HTC0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 42	baseplate protein (Algo12) × 6 （A3HTB3） Baseplate_J domain-containing protein × 6 （A3HTB4） LysM domain-containing protein × 6 （A3HTB8） Putative tail lysozyme × 6 （A3HTB5） Putative phage tail sheath protein FI × 6 （A3HTC2） Phage tail protein × 6 （A3HTC1）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A3HTC0_9BACT
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 Y； PDB构建体 1–147； UniProt 1–147 作者链 Z； PDB构建体 1–147； UniProt 1–147 作者链 a； PDB构建体 1–147； UniProt 1–147 作者链 b； PDB构建体 1–147； UniProt 1–147 作者链 c； PDB构建体 1–147； UniProt 1–147 作者链 d； PDB构建体 1–147； UniProt 1–147

Putative phage tail sheath protein FI

物种未注明

UniProt A3HTC2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 42	baseplate protein (Algo12) × 6 （A3HTB3） Baseplate_J domain-containing protein × 6 （A3HTB4） LysM domain-containing protein × 6 （A3HTB8） Putative tail lysozyme × 6 （A3HTB5） Phospholipid/glycerol acyltransferase × 6 （A3HTC0） Phage tail protein × 6 （A3HTC1）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A3HTC2_9BACT
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 e； PDB构建体 1–692； UniProt 1–692 作者链 f； PDB构建体 1–692； UniProt 1–692 作者链 g； PDB构建体 1–692； UniProt 1–692 作者链 h； PDB构建体 1–692； UniProt 1–692 作者链 i； PDB构建体 1–692； UniProt 1–692 作者链 j； PDB构建体 1–692； UniProt 1–692

Phage tail protein

物种未注明

UniProt A3HTC1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 42	baseplate protein (Algo12) × 6 （A3HTB3） Baseplate_J domain-containing protein × 6 （A3HTB4） LysM domain-containing protein × 6 （A3HTB8） Putative tail lysozyme × 6 （A3HTB5） Phospholipid/glycerol acyltransferase × 6 （A3HTC0） Putative phage tail sheath protein FI × 6 （A3HTC2）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A3HTC1_9BACT
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 k； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142 作者链 l； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142 作者链 m； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142 作者链 n； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142 作者链 o； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142 作者链 p； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7aeb
沉积日期 deposition_date	2020-09-17
结构标题 title	Cryo-EM structure of an extracellular contractile injection system in marine bacterium Algoriphagus machipongonensis, the baseplate complex in extended state applied 6-fold symmetry.
关键词 keywords	extracellular contractile injection system, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7aeb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7aeb__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7aeb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	95.35 Å
Rg（电子密度）	94.42 Å
总 Rg	94.51 Å
原子数	135156
残基数	17154
排除体积	2404400 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7aeb__assembly_1__model_1`	42-meric （42）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	baseplate protein (Algo12)
分子量 formula_weight	107771.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	135156

MSTLNKHISIPKDMSSKDDLDFHFLREEGIRYIKELGSNFWTDYNTHDPGITMLEVLCYAISDLGNRINIPIEDLIANEEGGVKGQFYKVQEILPSAPTSELDLRKLFIDIEGIKNCWIKRERVTVFADLKNQKLSYEKTIWEDLKENQKAQFDLKGLYRILVETEDADKVLSESLEKAVFTKFHANRNLCEDLIKVEKVATEPISVCANVEVAPEADEELIHAQILIAIEDYLAPSPRHYSLKQMVDKGYTMDEIFEGPFLENGFIDTVELKASELRKEVRLSDIINIIMSIDGVKIVKEITLGNCDENDGIENNQWVICIPENKKPKLCKKTTINYFKGILPINLNPVRVDNHKSKILASRLENDLKAKDDLEPAIPQGTFADWGEYSSIQHEFPETYGISDIGLPPKLGVKRAVLARQLKGYLLFFDQILASYFEHLSKIKSLLSLDQGPSFTYFTQAIKDIKDVEELFKDPTLLENDEELTKSLIGKLDDTIERRNQLMDHLIARFAENFSSYAFLMKFLYGESTDEIVLQDKQSFLREYKEISRERGEGFNFYEQSNDNLWDTLNVSGAQKRISKLVGVKDYSRRNLSDTAVEIYRYEHVDGNWVYRWRIRDENGKVLLSATTSYPTYNSAGNEMYFAILKILETPLSDLEKLLEVNFRNENEAGSFHFHKAATSNKFSFDIINPVIDSESSSDFIVAKQYTYYPDRTQAVLGAISLLNFIKYTFTEEGIYLVEHILLRPSPLDPEYLAMQTDAGKEYIEGNFLPFCSDDYENCKMIDPYSFRVSIVLPGFTYRFANKDFRDYLENLIREELPAHIVAKICWIGYRKGEEPELFQEDVENPETPIFKENQLEIFEKAYKNYLFELTDIHKRKGFIASMNKYNQVLNEMTSSLTGLHTIYPTGRLYDCEDEEEELDGKLILGKTNLGTL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Baseplate_J domain-containing protein
分子量 formula_weight	119379.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J,K,L

MSENCNHIVTTLKRDGTGRRDLLDPKLAPESVQLQDFELSDWLIFALNFARKIHFFPSDLANEPLGDWRNFFSTIVSDKTLISDIENLDDFEKLRGNIEEFLAAYDQSGKLTPHLTLFVSFLKLLETSKKRFNQLTKRHLDFYYQEILHLEKQALSPDHVFLIFELAKNVSQEKLDEGTEVDGGKDDTGKKNTYLTSFETVLNKTKVGQLKSLYNEISVEKEEIKELNTPISTGTFVMAPMANSFDGLGEDFPKGSEKWWPFGYTKICNASTVLPALPKARLGCSISSKLLKLSEGTRDIILEFTFNKPILPNGEDYTALNKAMSIELTGEKGWIAGLPMTLKSDSGINSGSKKMKLSLTLDSEQPAVVPYQTELHEGSYEVDEPLLRVLFKTNEKEGYNLYRLFNENVLTDLKITVEVSDITSVQLENDLGVLNPQKPFFPFGPRPIKGSSFIVKYPEAMEKPVTAISYQMDYLNLPENLVNHYSAYTIGDDEPLVSDMDYFSVKSFPKSSNDSDQLFSEKSGGGYESDFEFQIENGVWESGLKKELKISLERSFLHEKYAHYFTLVAISKDTDPTIELLPNEPYAPLAENLVLGYTAISSIDFSSSSSENQVSLIHEMPFGFQQVFTPGDTDNSLYLVPDYCHGGELYIGLENGKNLQQVTLLLQFLEGSENPDITDIFTGNQKIKWQYLSQNQWQDFQSGEIIQNQTPRFLKSGIFQFSIPKQANLDNTVLPPGYHWIKASMVKPFDVVSQLINIHAQAVEAVFEDQGSSGNHLEKGLPAETISKLQERLSWIKSIQQPYPSTKGKAQESDEDYYRRVSERLRHKKRAITLWDYEHLILQKFPKVYKVKCLNHTCSSSFQSPGNATLILVPDTVQQSVFDIYQPRVSQGTLNDVAAFVNELNSFHVQAKVINPNYEEVKVDVKVKFREGLDVSFYLTKVKEDIKKFLSPWAYDQESSVEFGVTLHRSQMIHYLEQLTYVDYITDLRLLKRQAGSSPCNPIFIETTEKEYIQPSNPKSILVSAKEHLVTPITQNCSSISLNNEEECQH

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	LysM domain-containing protein
分子量 formula_weight	26571.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O,P,Q,R

MSEGKLEKLRIVAYKDSKFSDEVENGEFITLLNPEKYKFQYRVEQNEDQASGTSSAPIRFNKILPQTLEFDFLFDRTGVIAGYEVTEDGIINDIDHFKKVVYDYNGEKHKPNYLMITWGSLLFKGYLKEMDIEYKLFRPDGTPIRAMATTKIGEFVEEELRTAQENNQSPDMSHYRTVKEGDTLPLMTYRIYGDSKYYLEVAKANGLTNFRRLKTGTELIFPPLQKQK

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Putative tail lysozyme
分子量 formula_weight	15762.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,T,U,V,W,X

MMEKSKDFLGTGWGFPPEFETSIGQVKTTSGVEDIQKSLEILFSTKIGERIMQPTYGCNLDELLFSPINRTLKTYVIELIKNAILYHEPRIDPEKIDITQGNEIEGELLIHLQYIVRATNSRKNMVYPFYLEEGTNI

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Phospholipid/glycerol acyltransferase
分子量 formula_weight	17063.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,Z,a,b,c,d

MATYYPPSSFHFLVEFTGIDAKNNDHEFQSVSGLSVDIDTEEFAEGGENRFKHKFPVKTKYPNLVLKRGVLVDSKVISWCRDAIEDFEFKPIDLTVKLLNEEHQPLMTWNVVHAYPVKWSVEDFNAQESKMAIESVELSYNYFKTIV

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Putative phage tail sheath protein FI
分子量 formula_weight	76319.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e,f,g,h,i,j

MATYKTPGVYIEEITKFPPSVAQVETAIPAFIGYTQFARTKPSVDSDDLILKPKRISSLLDFTTYYGGAQNEQGITVKLTDTLIEGAENRTINVPEPTFKSPYLMFYSLQMYFANGGGPCYIVSTGVYDDWSDSETPPTINFSDLESGLAVIRKEDEPTLLLFPDATNLPTDDEFYSLYNSALMQCNDLQDRFTILDTYSDQTYNDGVEDLDPIPALRNGINLTKDYLKYGAAYYPFVQTILNYQYSADEIVIQHLSYNPNAIATALDNLNAVNGPTFIDAILDDLRDLSLPDISGEISDAVGFMYDDVDGFDIDGTFTTNSVKVANFASLVESVLSTLNELIDAKEEINKDVNSAIASSEEDNAIKTAISDALDVFNEDFEGADKIESVAKNLSDLLIKIKQADTNTKVENVLSINALNFSAEFEKLLTYDVNTGLTASVTLDLFANIGTRLDDIIAAVSAAEPIDVNNGKLNGRLLSDIEPLDNATYNTILLEINSHKVTLPPSSSMAGAYARVDNDRGVWKSPANIGLNYVSKPSVTVSHEEQESMNVHGTGKSVNAIRSFVGKGTLVWGARTLAGNDNEWRYISVRRFFNMAEESIKKATEQFVFEPNDGNTWVRVRAMIENFLILQWRAGALAGAKPEHAFYVKVGLGQTMTAQDILEGNMNVEIGLAVVRPAEFIILKFSHKMQES

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Phage tail protein
分子量 formula_weight	16375.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	k,l,m,n,o,p

MSYPLSKFHFSVEWGGTKIGFTEVSGLDLETEIIEYRHGASPEYSKIKMPGMQKFSNITLKRGTFKSDNEYFQWYNTINLNKVERRDLTISLLNEEHEPVVTWKVKNAWPLKVQSTDLKGDGNEVAIESMELAHEGLVIQNE

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分辨率 resolution	2.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	82969

Cryo-EM structure of an extracellular contractile injection system in marine bacterium Algoriphagus machipongonensis, the baseplate complex in extended state applied 6-fold symmetry.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

baseplate protein (Algo12)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Baseplate_J domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

LysM domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Putative tail lysozyme

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phospholipid/glycerol acyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Putative phage tail sheath protein FI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phage tail protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7aeb__assembly_1__model_1

7aeb__assembly_1__model_1 | I(q)

7aeb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer