7b1f

Orthorhombic P212121 Structure of Human Mad1 C-terminal Domain in Complex with Phosphorylated Bub1 CD1 Domain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 83.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD1

Homo sapiens

UniProt Q9Y6D9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 597–718 链 B; UniProt 597–718 未记录 Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 × 2 (O43683) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;20% PEG 4000, 0.1 M Hepes pH 7.5, 10% isopropanol 分辨率 1.75 Å R-free 0.287

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MD1L1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–122; UniProt 597–718 作者链 B; PDB构建体 1–122; UniProt 597–718

Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1

物种未注明

UniProt O43683

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 455–479 链 D; UniProt 455–479 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD1 × 2 (Q9Y6D9) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;20% PEG 4000, 0.1 M Hepes pH 7.5, 10% isopropanol 分辨率 1.75 Å R-free 0.287

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BUB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–25; UniProt 455–479 作者链 D; PDB构建体 1–25; UniProt 455–479

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7b1f

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7b1f
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7b1f
沉积日期 deposition_date2020-11-24
结构标题 titleOrthorhombic P212121 Structure of Human Mad1 C-terminal Domain in Complex with Phosphorylated Bub1 CD1 Domain
关键词 keywordsmad1, bub1, mitotic checkpoint complex, spindle assembly checkpoint, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.41
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.69
零角强度 I(0) i018390500.00
分子量 molecular_weight32362.0 kDa
排除体积 excluded_volume40512 ų
包络体积 envelope_volume51234 ų
水化壳体积 shell_volume20228 ų
包络直径 envelope_diameter84.4
壳层 Rg shell_rg27.61
包络 Rg envelope_rg23.36
形状 Rg shape_rg22.65
总 Rg total_rg23.47
总原子数 total_atoms2269
残基数 n_residues278
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax83.6
Rg (实空间) rg_real23.59
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.98
I(0) (实空间) i0_real1.8390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1440e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.54
I(0) (倒空间) i0_reciprocal18390000.0000
解质量估计 total_estimate0.8300
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.1
偏度 Skewness skewness0.599
峰度 Kurtosis kurtosis0.057
角度范围 angular_range— – 0.3400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3314000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.655; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.839; Smooth: 0.988

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)