7b57

Crystal structure of CaMKII-actinin complex bound to ADP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 69.3 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha

Mus musculus

UniProt P11798

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–315 未记录 Alpha-actinin-2 × 1 (P35609) MG MAGNESIUM ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;0.1 M MES pH 6.0, 20% w/v PEG4000, 0.2 M Lithium Sulfate 分辨率 1.95 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCC2A_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 3–317; UniProt 1–315

Alpha-actinin-2

Homo sapiens

UniProt P35609

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 825–894 未记录 Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha × 1 (P11798) MG MAGNESIUM ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;0.1 M MES pH 6.0, 20% w/v PEG4000, 0.2 M Lithium Sulfate 分辨率 1.95 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACTN2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–73; UniProt 825–894

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7b57

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7b57
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7b57
沉积日期 deposition_date2020-12-03
结构标题 titleCrystal structure of CaMKII-actinin complex bound to ADP
关键词 keywordsCaMKII, actinin, dendritic spine, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.45
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.44
零角强度 I(0) i028415900.00
分子量 molecular_weight41251.0 kDa
排除体积 excluded_volume51775 ų
包络体积 envelope_volume60905 ų
水化壳体积 shell_volume23755 ų
包络直径 envelope_diameter71.3
壳层 Rg shell_rg28.26
包络 Rg envelope_rg21.43
形状 Rg shape_rg21.44
总 Rg total_rg22.29
总原子数 total_atoms2905
残基数 n_residues366
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax69.3
Rg (实空间) rg_real22.34
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30
I(0) (实空间) i0_real2.8420e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.6420e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.37
I(0) (倒空间) i0_reciprocal28420000.0000
解质量估计 total_estimate0.9097
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.4
偏度 Skewness skewness0.129
峰度 Kurtosis kurtosis-0.541
角度范围 angular_range— – 0.3550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7510000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.943; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.998

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)