7b5m

Ubiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 super-assembly: CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-p27~Ub~ARIH1. Transition State 2

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cullin-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1 × 1 （Q9Y4X5） S-phase kinase-associated protein 2 × 1 （Q13309） Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 × 1 （P61024） S-phase kinase-associated protein 1 × 1 （P63208） Polyubiquitin-C × 1 （P0CG48） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 × 1 （P62877） Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B × 1 （P46527） ZINC ION × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	CUL1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–776； UniProt 1–776

E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1

Homo sapiens

UniProt Q9Y4X5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Cullin-1 × 1 （Q13616） S-phase kinase-associated protein 2 × 1 （Q13309） Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 × 1 （P61024） S-phase kinase-associated protein 1 × 1 （P63208） Polyubiquitin-C × 1 （P0CG48） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 × 1 （P62877） Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B × 1 （P46527） ZINC ION × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ARI1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–557； UniProt 1–557

S-phase kinase-associated protein 2

Homo sapiens

UniProt Q13309

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Cullin-1 × 1 （Q13616） E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1 × 1 （Q9Y4X5） Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 × 1 （P61024） S-phase kinase-associated protein 1 × 1 （P63208） Polyubiquitin-C × 1 （P0CG48） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 × 1 （P62877） Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B × 1 （P46527） ZINC ION × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SKP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 T； PDB构建体 1–424； UniProt 1–424

Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1

Homo sapiens

UniProt P61024

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Cullin-1 × 1 （Q13616） E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1 × 1 （Q9Y4X5） S-phase kinase-associated protein 2 × 1 （Q13309） S-phase kinase-associated protein 1 × 1 （P63208） Polyubiquitin-C × 1 （P0CG48） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 × 1 （P62877） Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B × 1 （P46527） ZINC ION × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	CKS1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–79； UniProt 1–79

S-phase kinase-associated protein 1

Homo sapiens

UniProt P63208

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Cullin-1 × 1 （Q13616） E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1 × 1 （Q9Y4X5） S-phase kinase-associated protein 2 × 1 （Q13309） Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 × 1 （P61024） Polyubiquitin-C × 1 （P0CG48） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 × 1 （P62877） Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B × 1 （P46527） ZINC ION × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SKP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163

Polyubiquitin-C

Homo sapiens

UniProt P0CG48

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Cullin-1 × 1 （Q13616） E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1 × 1 （Q9Y4X5） S-phase kinase-associated protein 2 × 1 （Q13309） Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 × 1 （P61024） S-phase kinase-associated protein 1 × 1 （P63208） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 × 1 （P62877） Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B × 1 （P46527） ZINC ION × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	UBC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–75； UniProt 1–75

E3 ubiquitin-protein ligase RBX1

Homo sapiens

UniProt P62877

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Cullin-1 × 1 （Q13616） E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1 × 1 （Q9Y4X5） S-phase kinase-associated protein 2 × 1 （Q13309） Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 × 1 （P61024） S-phase kinase-associated protein 1 × 1 （P63208） Polyubiquitin-C × 1 （P0CG48） Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B × 1 （P46527） ZINC ION × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RBX1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108

Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B

Homo sapiens

UniProt P46527

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Cullin-1 × 1 （Q13616） E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1 × 1 （Q9Y4X5） S-phase kinase-associated protein 2 × 1 （Q13309） Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 × 1 （P61024） S-phase kinase-associated protein 1 × 1 （P63208） Polyubiquitin-C × 1 （P0CG48） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 × 1 （P62877） ZINC ION × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	CDN1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–198； UniProt 1–198

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7b5m
沉积日期 deposition_date	2020-12-05
结构标题 title	Ubiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 super-assembly: CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-p27~Ub~ARIH1. Transition State 2
关键词 keywords	;ubiquitin, ubiquitin ligase, E3 ligase, F-box protein, RBR ligase, Cullin-RING-Ligase, CRL, SCF, NEDD8, Post-translational modification, ubiquitylation, LIGASE ;; LIGASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7b5m__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7b5m__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7b5m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	53.35 Å
Rg（电子密度）	53.56 Å
总 Rg	53.67 Å
原子数	12530
残基数	1559
排除体积	223020 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7b5m__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cullin-1
分子量 formula_weight	89800.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	12530

MSSTRSQNPHGLKQIGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMELYTHVYNYCTSVHQSNQARGAGVPPSKSKKGQTPGGAQFVGLELYKRLKEFLKNYLTNLLKDGEDLMDESVLKFYTQQWEDYRFSSKVLNGICAYLNRHWVRRECDEGRKGIYEIYSLALVTWRDCLFRPLNKQVTNAVLKLIEKERNGETINTRLISGVVQSYVELGLNEDDAFAKGPTLTVYKESFESQFLADTERFYTRESTEFLQQNPVTEYMKKAEARLLEEQRRVQVYLHESTQDELARKCEQVLIEKHLEIFHTEFQNLLDADKNEDLGRMYNLVSRIQDGLGELKKLLETHIHNQGLAAIEKCGEAALNDPKMYVQTVLDVHKKYNALVMSAFNNDAGFVAALDKACGRFINNNAVTKMAQSSSKSPELLARYCDSLLKKSSKNPEEAELEDTLNQVMVVFKYIEDKDVFQKFYAKMLAKRLVHQNSASDDAEASMISKLKQACGFEYTSKLQRMFQDIGVSKDLNEQFKKHLTNSEPLDLDFSIQVLSSGSWPFQQSCTFALPSELERSYQRFTAFYASRHSGRKLTWLYQLSKGELVTNCFKNRYTLQASTFQMAILLQYNTEDAYTVQQLTDSTQIKMDILAQVLQILLKSKLLVLEDENANVDEVELKPDTLIKLYLGYKNKKLRVNINVPMKTEQKQEQETTHKNIEEDRKLLIQAAIVRIMKMRKVLKHQQLLGEVLTQLSSRFKPRVPVIKKCIDILIEKEYLERVDGEKDTYSYLA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1
分子量 formula_weight	64005.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.31
突变 mutation	F430A, E431A, E503A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MDSDEGYNYEFDEDEECSEEDSGAEEEEDEDDDEPDDDTLDLGEVELVEPGLGVGGERDGLLCGETGGGGGSALGPGGGGGGGGGGGGGGPGHEQEEDYRYEVLTAEQILQHMVECIREVNEVIQNPATITRILLSHFNWDKEKLMERYFDGNLEKLFAECHVINPSKKSRTRQMNTRSSAQDMPCQICYLNYPNSYFTGLECGHKFCMQCWSEYLTTKIMEEGMGQTISCPAHGCDILVDDNTVMRLITDSKVKLKYQHLITNSFVECNRLLKWCPAPDCHHVVKVQYPDAKPVRCKCGRQFCFNCGENWHDPVKCKWLKKWIKKCDDDSETSNWIAANTKECPKCHVTIEKDGGCNHMVCRNQNCKAEFCWVCLGPWEPHGSAWYNCNRYNEDDAKAARDAQERSRAALQRYLFYCNRYMNHMQSLRAAHKLYAQVKQKMEEMQQHNMSWIEVQFLKKAVDVLCQCRATLMYTYVFAFYLKKNNQSIIFENNQADLENATAVLSGYLERDISQDSLQDIKQKVQDKYRYCESRRRVLLQHVHEGYEKDLWEYIED

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	S-phase kinase-associated protein 2
分子量 formula_weight	47817.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MHRKHLQEIPDLSSNVATSFTWGWDSSKTSELLSGMGVSALEKEEPDSENIPQELLSNLGHPESPPRKRLKSKGSDKDFVIVRRPKLNRENFPGVSWDSLPDELLLGIFSCLCLPELLKVSGVCKRWYRLASDESLWQTLDLTGKNLHPDVTGRLLSQGVIAFRCPRSFMDQPLAEHFSPFRVQHMDLSNSVIEVSTLHGILSQCSKLQNLSLEGLRLSDPIVNTLAKNSNLVRLNLSGCSGFSEFALQTLLSSCSRLDELNLSWCFDFTEKHVQVAVAHVSETITQLNLSGYRKNLQKSDLSTLVRRCPNLVHLDLSDSVMLKNDCFQEFFQLNYLQHLSLSRCYDIIPETLLELGEIPTLKTLQVFGIVPDGTLQLLKEALPHLQINCSHFTTIARPTIGNKKNQEIWGIKCRLTLQKPSCL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1
分子量 formula_weight	9679.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MSHKQIYYSDKYDDEEFEYRHVMLPKDIAKLVPKTHLMSESEWRNLGVQQSQGWVHYMIHEPEPHILLFRRPLPKKPKK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	S-phase kinase-associated protein 1
分子量 formula_weight	18680.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MPSIKLQSSDGEIFEVDVEIAKQSVTIKTMLEDLGMDDEGDDDPVPLPNVNAAILKKVIQWCTHHKDDPPPPEDDENKEKRTDDIPVWDQEFLKVDQGTLFELILAANYLDIKGLLDVTCKTVANMIKGKTPEEIRKTFNIKNDFTEEEEAQVRKENQWCEEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Polyubiquitin-C
分子量 formula_weight	8519.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
分子量 formula_weight	12290.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27,2.3.2.32
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MAAAMDVDTPSGTNSGAGKKRFEVKKWNAVALWAWDIVVDNCAICRNHIMDLCIECQANQASATSEECTVAWGVCNHAFHFHCISRWLKTRQVCPLDNREWEFQKYGH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B
分子量 formula_weight	22185.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MSNVRVSNGSPSLERMDARQAEHPKPSACRNLFGPVDHEELTRDLEKHCRDMEEASQRKWNFDFQNHKPLEGKYEWQEVEKGSLPEFYYRPPRPPKGACKVPAQESQDVSGSRPAAPLIGAPANSEDTHLVDPKTDPSDSQTGLAEQCAGIRKRPATDDSSTSNKRANRTEENVSDGSPNAGSVEQTPRRPGLRRRQT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	synthetic construct

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	7b5mC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1310 — 5 helical Cullin repeat like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cullin Repeats

结构域编号 domain_id	7b5mU01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.91 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	759489

Ubiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 super-assembly: CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-p27~Ub~ARIH1. Transition State 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cullin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

S-phase kinase-associated protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

S-phase kinase-associated protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polyubiquitin-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

E3 ubiquitin-protein ligase RBX1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7b5m__assembly_1__model_1

7b5m__assembly_1__model_1 | I(q)

7b5m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer