7d7d

CryoEM structure of gp45-dependent transcription activation complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 198.1 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 10 DNA 2 PDB 声明：dodecameric（12）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–329 链 B； UniProt 1–329	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A080FHH4） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （D7Y6A2） DNA (template strand) × 1 gp55 × 1 DNA (nontemplate strand) × 1 RNA polymerase-associated protein Gp33 × 1 （P13338） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A070UPX4） DNA polymerase clamp × 3 （P04525） MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7D7D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7CHW Cryo-EM structure of an Escherichia coli RNAP-promoter open complex (RPo) 提交 2020-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 A 1–329（329 aa）链 B 1–329（329 aa）链 K 1–329（329 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9	分辨率 3.58 Å
7D7C CryoEM structure of gp55-dependent RNA polymerase-promoter open complex 提交 2020-10-03	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 A 1–329（329 aa）链 B 1–329（329 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

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UniProt名称	U9ZUN7_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–329； UniProt 1–329 作者链 B； PDB构建体 1–329； UniProt 1–329

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Escherichia coli 1-392-07_S4_C3

UniProt A0A080FHH4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 10 DNA 2 PDB 声明：dodecameric（12）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 1–1342	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （U9ZUN7） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （D7Y6A2） DNA (template strand) × 1 gp55 × 1 DNA (nontemplate strand) × 1 RNA polymerase-associated protein Gp33 × 1 （P13338） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A070UPX4） DNA polymerase clamp × 3 （P04525） MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7D7D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7D7C CryoEM structure of gp55-dependent RNA polymerase-promoter open complex 提交 2020-10-03	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 C 1–1342（1342 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

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UniProt名称	A0A080FHH4_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–1342； UniProt 1–1342

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

Escherichia coli

UniProt D7Y6A2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 10 DNA 2 PDB 声明：dodecameric（12）与全部聚合物数一致	链 D； UniProt 1–1407	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （U9ZUN7） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A080FHH4） DNA (template strand) × 1 gp55 × 1 DNA (nontemplate strand) × 1 RNA polymerase-associated protein Gp33 × 1 （P13338） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A070UPX4） DNA polymerase clamp × 3 （P04525） MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7D7D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7CHW Cryo-EM structure of an Escherichia coli RNAP-promoter open complex (RPo) 提交 2020-07-06	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 D 1–1407（1407 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9	分辨率 3.58 Å
7D7C CryoEM structure of gp55-dependent RNA polymerase-promoter open complex 提交 2020-10-03	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 D 1–1407（1407 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

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UniProt名称	D7Y6A2_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–1407； UniProt 1–1407

RNA polymerase-associated protein Gp33

Enterobacteria phage T4

UniProt P13338

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 10 DNA 2 PDB 声明：dodecameric（12）与全部聚合物数一致	链 K； UniProt 1–112	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （U9ZUN7） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A080FHH4） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （D7Y6A2） DNA (template strand) × 1 gp55 × 1 DNA (nontemplate strand) × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A070UPX4） DNA polymerase clamp × 3 （P04525） MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7D7D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3TBI Crystal structure of T4 gp33 bound to E. coli RNAP beta-flap domain 提交 2011-08-06	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–112（112 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；295 K；0.1 M triethylamine N-oxide, 20% PEG2000 MME, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 3.00 Å R-free 0.295

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UniProt名称	VG33_BPT4
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 21–132； UniProt 1–112

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

Escherichia coli

UniProt A0A070UPX4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 10 DNA 2 PDB 声明：dodecameric（12）与全部聚合物数一致	链 E； UniProt 1–91	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （U9ZUN7） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A080FHH4） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （D7Y6A2） DNA (template strand) × 1 gp55 × 1 DNA (nontemplate strand) × 1 RNA polymerase-associated protein Gp33 × 1 （P13338） DNA polymerase clamp × 3 （P04525） MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7D7D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6VYU Escherichia coli transcription-translation complex C2 (TTC-C2) containing a 27 nt long mRNA spacer 提交 2020-02-27	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：65-meric	链 AF 1–91（91 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.00 Å
7CHW Cryo-EM structure of an Escherichia coli RNAP-promoter open complex (RPo) 提交 2020-07-06	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 E 1–91（91 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9	分辨率 3.58 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	A0A070UPX4_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91

DNA polymerase clamp

Enterobacteria phage T4

UniProt P04525

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 10 DNA 2 PDB 声明：dodecameric（12）与全部聚合物数一致	链 G； UniProt 1–228 链 H； UniProt 1–228 链 I； UniProt 1–228	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （U9ZUN7） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A080FHH4） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （D7Y6A2） DNA (template strand) × 1 gp55 × 1 DNA (nontemplate strand) × 1 RNA polymerase-associated protein Gp33 × 1 （P13338） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A070UPX4） MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7D7D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CZD CRYSTAL STRUCTURE OF THE PROCESSIVITY CLAMP GP45 FROM BACTERIOPHAGE T4 提交 1999-09-02	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–228（228 aa）链 B 1–228（228 aa）链 C 1–228（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；277 K；60 mM PIPES 200 mM CASO4 0.1 % 1,4 Dioxane 15% Glycerol 15% PEG MME 5000, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.259
3U5Z Structure of T4 Bacteriophage clamp loader bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2011-10-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 F 1–228（228 aa）链 G 1–228（228 aa）链 H 1–228（228 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；9% PEG4k, 0.1M MES pH 6.5, 50mM NaCl, 25mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 3.50 Å R-free 0.279
3U5Z Structure of T4 Bacteriophage clamp loader bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2011-10-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 P 1–228（228 aa）链 Q 1–228（228 aa）链 R 1–228（228 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；9% PEG4k, 0.1M MES pH 6.5, 50mM NaCl, 25mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 3.50 Å R-free 0.279
3U60 Structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader Bound To Open Clamp, DNA and ATP Analog 提交 2011-10-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 F 1–228（228 aa）链 G 1–228（228 aa）链 H 1–228（228 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；295 K；20% PEG4k, 0.1M Tris pH7.5, 10mM MgCl2, 20mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 3.34 Å R-free 0.282
3U61 Structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader Bound To Closed Clamp, DNA and ATP Analog and ADP 提交 2011-10-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 F 1–228（228 aa）链 G 1–228（228 aa）链 H 1–228（228 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；10% PEG4k, 0.1M MES pH 6.5, 20mM NaCl, 10mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.305
6DRT Crystal structure of the processivity clamp GP45 complexed with recognition peptide of ligase from bacteriophage T4 提交 2018-06-13	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–228（228 aa）链 B 1–228（228 aa）链 C 1–228（228 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；PEG3350	分辨率 2.12 Å R-free 0.240
8UH7 Structure of T4 Bacteriophage clamp loader bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2023-10-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 F 1–228（228 aa）链 G 1–228（228 aa）链 H 1–228（228 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；295 K；20% PEG4k, 0.1M Tris pH7.5, 10mM MgCl2, 20mM NaCl	分辨率 2.63 Å R-free 0.244
8UK9 Structure of T4 Bacteriophage clamp loader mutant D110C bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2023-10-12	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 F 1–228（228 aa）链 G 1–228（228 aa）链 H 1–228（228 aa）	未记录	AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；298 K；0.1M MES pH 6.5, 9% PEG MME 5000, 6% 1-Propanol	分辨率 3.10 Å R-free 0.265
8UK9 Structure of T4 Bacteriophage clamp loader mutant D110C bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2023-10-12	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 R 1–228（228 aa）链 S 1–228（228 aa）链 T 1–228（228 aa）	未记录	AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；298 K；0.1M MES pH 6.5, 9% PEG MME 5000, 6% 1-Propanol	分辨率 3.10 Å R-free 0.265
8UNF Cryo-EM structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader with Sliding Clamp and DNA 提交 2023-10-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 F 1–228（228 aa）链 G 1–228（228 aa）链 H 1–228（228 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
8UNH Cryo-EM structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader with Sliding Clamp 提交 2023-10-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 F 1–228（228 aa）链 G 1–228（228 aa）链 H 1–228（228 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.21 Å
9E5Y T4 Bacteriophage Replicative Polymerase Captured in Polymerase Exchange State 1 提交 2024-10-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 B 1–228（228 aa）链 D 1–228（228 aa）链 E 1–228（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.57 Å
9EA2 T4 Bacteriophage Replicative Polymerase Captured in Polymerase Exchange State 2 提交 2024-11-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 B 1–228（228 aa）链 D 1–228（228 aa）链 E 1–228（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9EA3 T4 bacteriophage replicative holoenzyme containing triple mutations D75R, Q430E, and K432E in the exonuclease-deficient polymerase 提交 2024-11-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 B 1–228（228 aa）链 D 1–228（228 aa）链 E 1–228（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.99 Å
9EA6 T4 Bacteriophage Replicative Polymerase Captured in Polymerase Exchange State 3 提交 2024-11-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 B 1–228（228 aa）链 D 1–228（228 aa）链 E 1–228（228 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.74 Å

共 13 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	DPA5_BPT4
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228 作者链 H； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228 作者链 I； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7d7d
沉积日期 deposition_date	2020-10-03
结构标题 title	CryoEM structure of gp45-dependent transcription activation complex
关键词 keywords	Transcription, RNA polymerase; TRANSCRIPTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	57.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	57.37 Å
零角强度 I(0) i0	3571790000.00
分子量 molecular_weight	482100.0 kDa
排除体积 excluded_volume	595930 Å³
包络体积 envelope_volume	921780 Å³
水化壳体积 shell_volume	132150 Å³
包络直径 envelope_diameter	196.8 Å
壳层 Rg shell_rg	61.07 Å
包络 Rg envelope_rg	56.50 Å
形状 Rg shape_rg	57.39 Å
总 Rg total_rg	57.39 Å
总原子数 total_atoms	33755
残基数 n_residues	4170
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	198.1 Å
Rg (实空间) rg_real	57.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5720e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.7310e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	57.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3573000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8633
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	66.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.313
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.330
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	463400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.797; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.830

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	36558.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	33755

MQGSVTEFLKPRLVDIEQVSSTHAKVTLEPLERGFGHTLGNALRRILLSSMPGCAVTEVEIDGVLHEYSTKEGVQEDILEILLNLKGLAVRVQGKDEVILTLNKSGIGPVTAADITHDGDVEIVKPQHVICHLTDENASISMRIKVQRGRGYVPASTRIHSEEDERPIGRLLVDACYSPVERIAYNVEAARVEQRTDLDKLVIEMETNGTIDPEEAIRRAATILAEQLEAFVDLRDVRQPEVKEEKPEFDPILLRPVDDLELTVRSANCLKAEAIHYIGDLVQRTEVELLKTPNLGKKSLTEIKDVLASRGLSLGMRLENWPPASIADE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	150820.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MVYSYTEKKRIRKDFGKRPQVLDVPYLLSIQLDSFQKFIEQDPEGQYGLEAAFRSVFPIQSYSGNSELQYVSYRLGEPVFDVQECQIRGVTYSAPLRVKLRLVIYEREAPEGTVKDIKEQEVYMGEIPLMTDNGTFVINGTERVIVSQLHRSPGVFFDSDKGKTHSSGKVLYNARIIPYRGSWLDFEFDPKDNLFVRIDRRRKLPATIILRALNYTTEQILDLFFEKVIFEIRDNKLQMELVPERLRGETASFDIEANGKVYVEKGRRITARHIRQLEKDDVKLIEVPVEYIAGKVVAKDYIDESTGELICAANMELSLDLLAKLSQSGHKRIETLFTNDLDHGPYISETLRVDPTNDRLSALVEIYRMMRPGEPPTREAAESLFENLFFSEDRYDLSAVGRMKFNRSLLREEIEGSGILSKDDIIDVMKKLIDIRNGKGEVDDIDHLGNRRIRSVGEMAENQFRVGLVRVERAVKERLSLGDLDTLMPQDMINAKPISAAVKEFFGSSQLSQFMDQNNPLSEITHKRRISALGPGGLTRERAGFEVRDVHPTHYGRVCPIETPEGPNIGLINSLSVYAQTNEYGFLETPYRKVTDGVVTDEIHYLSAIEEGNYVIAQANSNLDEEGHFVEDLVTCRSKGESSLFSRDQVDYMDVSTQQVVSVGASLIPFLEHDDANRALMGANMQRQAVPTLRADKPLVGTGMERAVAVDSGVTAVAKRGGVVQYVDASRIVIKVNEDEMYPGEAGIDIYNLTKYTRSNQNTCINQMPCVSLGEPVERGDVLADGPSTDLGELALGQNMRVAFMPWNGYNFEDSILVSERVVQEDRFTTIHIQELACVSRDTKLGPEEITADIPNVGEAALSKLDESGIVYIGAEVTGGDILVGKVTPKGETQLTPEEKLLRAIFGEKASDVKDSSLRVPNGVSGTVIDVQVFTRDGVEKDKRALEIEEMQLKQAKKDLSEELQILEAGLFSRIRAVLVAGGVEAEKLDKLPRDRWLELGLTDEEKQNQLEQLAEQYDELKHEFEKKLEAKRRKITQGDDLAPGVLKIVKVYLAVKRRIQPGDKMAGRHGNKGVISKINPIEDMPYDENGTPVDIVLNPLGVPSRMNIGQILETHLGMAAKGIGDKINAMLKQQQEVAKLREFIQRAYDLGADVRQKVDLSTFSDEEVMRLAENLRKGMPIATPVFDGAKEAEIKELLKLGDLPTSGQIRLYDGRTGEQFERPVTVGYMYMLKLNHLVDDKMHARSTGSYSLVTQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEAYGAAYTLQEMLTVKSDDVNGRTKMYKNIVDGNHQMEPGMPESFNVLLKEIRSLGINIELEDE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli 1-392-07_S4_C3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1444275
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;
分子量 formula_weight	155366.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MKDLLKFLKAQTKTEEFDAIKIALASPDMIRSWSFGEVKKPETINYRTFKPERDGLFCARIFGPVKDYECLCGKYKRLKHRGVICEKCGVEVTQTKVRRERMGHIELASPTAHIWFLKSLPSRIGLLLDMPLRDIERVLYFESYVVIEGGMTNLERQQILTEEQYLDALEEFGDEFDAKMGAEAIQALLKSMDLEQECEQLREELNETNSETKRKKLTKRIKLLEAFVQSGNKPEWMILTVLPVLPPDLRPLVPLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLLDLAAPDIIVRNEKRMLQEAVDALLDNGRRGRAITGSNKRPLKSLADMIKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVITVGPYLRLHQCGLPKKMALELFKPFIYGKLELRGLATTIKAAKKMVEREEAVVWDILDEVIREHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPVLIEGKAIQLHPLVCAAYNADFDGDQMAVHVPLTLEAQLEARALMMSTNNILSPANGEPIIVPSQDVVLGLYYMTRDCVNAKGEGMVLTGPKEAERLYRSGLASLHARVKVRITEYEKDANGELVAKTSLKDTTVGRAILWMIVPKGLPYSIVNQALGKKAISKMLNTCYRILGLKPTVIFADQIMYTGFAYAARSGASVGIDDMVIPEKKHEIISEAEAEVAEIQEQFQSGLVTAGERYNKVIDIWAAANDRVSKAMMDNLQTETVINRDGQEEKQVSFNSIYMMADSGARGSAAQIRQLAGMRGLMAKPDGSIIETPITANFREGLNVLQYFISTHGARKGLADTALKTANSGYLTRRLVDVAQDLVVTEDDCGTHEGIMMTPVIEGGDVKEPLRDRVLGRVTAEDVLKPGTADILVPRNTLLHEQWCDLLEENSVDAVKVRSVVSCDTDFGVCAHCYGRDLARGHIINKGEAIGVIAAQSIGEPGTQLTMRTFHIGGAASRAAAESSIQVKNKGSIKLSNVKSVVNSSGKLVITSRNTELKLIDEFGRTKESYKVPYGAVLAKGDGEQVAGGETVANWDPHTMPVITEVSGFVRFTDMIDGQTITRQTDELTGLSSLVVLDSAERTAGGKDLRPALKIVDAQGNDVLIPGTDMPAQYFLPGKAIVQLEDGVQISSGDTLARIPQESGGTKDITGGLPRVADLFEARRPKEPAILAEISGIVSFGKETKGKRRLVITPVDGSDPYEEMIPKWRQLNVFEGERVERGDVISDGPEAPHDILRLRGVHAVTRYIVNEVQDVYRLQGVKINDKHIEVIVRQMLRKATIVNAGSSDFLEGEQVEYSRVKIANRELEANGKVGATYSRDLLGITKASLATESFISAASFQETTRVLTEAAVAGKRDELRGLKENVIVGRLIPAGTGYAYHQDRMRRRAAGEAPAAPQVTAEDASASLAELLNAGLGGSDNE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA (template strand)
分子量 formula_weight	18203.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

GGCTGCTTCAGTATCAGGAGTATTTATACTCTCAGTAATAGTGCTGAGCTCTTTATTAG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia virus T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10665
宿主生物 host_organism	Escherichia virus T4

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	gp55
分子量 formula_weight	21565.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MSETKPKYNYVNNKELLQAIIDWKTELANNKDPNKVVRQNDTIGLAIMLIAEGLSKRFNFSGYTQSWKQEMIADGIEASIKGLHNFDETKYKNPHAYITQACFNAFVQRIKKERKEVAKKYSYFVHNVYDSRDDDMVALVDETFIQDIYDKMTHYEESTYRTPGAEKKSVVDDSPSLDFLYEAND

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia virus T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10665
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (nontemplate strand)
分子量 formula_weight	18155.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	N

CTAATAAAGAGCTCAGCACTATTACTGAGAGTATAAATACTCCTGATACTGAAGCAGCC

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	RNA polymerase-associated protein Gp33
分子量 formula_weight	15014.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMTQFSLNDIRPVDETGLSEKELSIKKEKDEIAKLLDRQENGFIIEKMVEEFGMSYLEATTAFLEENSIPETQFAKFIPSGIIEKIQSEAIDENLLRPSVVRCEKTNTLDFLL

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10665
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit omega
分子量 formula_weight	10249.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MARVTVQDAVEKIGNRFDLVLVAARRARQMQVGGKDPLVPEENDKTTVIALREIEEGLINNQILDVRERQEQQEQEAAELQAVTAIAEGRR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	DNA polymerase clamp
分子量 formula_weight	25952.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I

MKLSKDTTALLKNFATINSGIMLKSGQFIMTRAVNGTTYAEANISDVIDFDVAIYDLNGFLGILSLVNDDAEISQSEDGNIKIADARSTIFWPAADPSTVVAPNKPIPFPVASAVTEIKAEDLQQLLRVSRGLQIDTIAITVKEGKIVINGFNKVEDSALTRVKYSLTLGDYDGENTFNFIINMANMKMQPGNYKLLLWAKGKQGAAKFEGEHANYVVALEADSTHDFLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10665
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	8981

fit	/app/data/saxs_computation/d7/7d7d/7d7d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d7/7d7d/7d7d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d7/7d7d/7d7d.dat

CryoEM structure of gp45-dependent transcription activation complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RNA polymerase-associated protein Gp33

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA polymerase clamp

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)