SAXSdb — 7ddz

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Human Neuropeptide Y Y2 Receptor fusion protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	~{N}-[4-[4-[(1~{S})-2-(diethylamino)-2-oxidanylidene-1-phenyl-ethyl]piperazin-1-yl]-3-fluoranyl-phenyl]-2-pyridin-3-yl-benzamide × 1 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A097J809_BPT4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–163； UniProt 2–161

Human Neuropeptide Y Y2 Receptor fusion protein

Homo sapiens

UniProt P00323

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	~{N}-[4-[4-[(1~{S})-2-(diethylamino)-2-oxidanylidene-1-phenyl-ethyl]piperazin-1-yl]-3-fluoranyl-phenyl]-2-pyridin-3-yl-benzamide × 1 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FLAV_DESVH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 415–560； UniProt 3–148

Human Neuropeptide Y Y2 Receptor fusion protein

Homo sapiens

UniProt P49146

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	~{N}-[4-[4-[(1~{S})-2-(diethylamino)-2-oxidanylidene-1-phenyl-ethyl]piperazin-1-yl]-3-fluoranyl-phenyl]-2-pyridin-3-yl-benzamide × 1 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NPY2R_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 164–413； UniProt 1–250 作者链 A； PDB构建体 561–657； UniProt 257–353

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ddz
沉积日期 deposition_date	2020-10-30
结构标题 title	The Crystal Structure of Human Neuropeptide Y Y2 Receptor with JNJ-31020028
关键词 keywords	neuropeptide Y Y2 receptor, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7ddz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7ddz__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7ddz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.59 Å
Rg（电子密度）	29.24 Å
总 Rg	29.53 Å
原子数	3487
残基数	437
排除体积	63016 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7ddz__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Human Neuropeptide Y Y2 Receptor fusion protein
分子量 formula_weight	74285.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.17
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3487

GAPNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYMGPIGAEADENQTVEEMKVEQYGPQTTPRGELVPDPEPELIDSTKLIEVQVVLILAYCSIILLGVIGNSLVIHVVIKFKSMRTVTNFFIANLAVADLLVNTLCLPFTLTYTLMGEWKMGPVLCHLVPYAQGLAVQVSTITLTVIALDRYRCIVYHLESKISKRISFLIIGLAWGISALLASPLAIFREYSLIEIIPDFEIVACTEKWPGEEKSIYGTVYSLSSLLILYVLPLGIISFSYTRIWSKLKNHVAKALIVYGSTTGNTEYTAETIARELADAGYEVDSRDAASVEAGGLFEGFDLVLLGCSTWGDDSIELQDDFIPLFDSLEETGAQGRKVACFGCGDSSWEYFCGAVDAIEEKLKNLGAEIVQDGLRIDGDPRAARDDIVGWAHDVRGAIDHYHQRRQKTTKMLVCVVVVFAVCWLPLHAFQLAVDIDSQVLDLKEYKLIFTVFHIIAMCSTFANPLLYGWMNSNYRKAFLSAFRCEQRLDAIHSEVEFLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pUltraBac-1

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	~{N}-[4-[4-[(1~{S})-2-(diethylamino)-2-oxidanylidene-1-phenyl-ethyl]piperazin-1-yl]-3-fluoranyl-phenyl]-2-pyridin-3-yl-benzamide
分子量 formula_weight	565.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	96.420 Å
晶胞边长 b length_b	50.863 Å
晶胞边长 c length_c	184.629 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.67 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	37.740 Å
R 因子 r_factor	0.2581
R_work r_work	0.2548
R_free r_free	0.2891

The Crystal Structure of Human Neuropeptide Y Y2 Receptor with JNJ-31020028

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Human Neuropeptide Y Y2 Receptor fusion protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Human Neuropeptide Y Y2 Receptor fusion protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Human Neuropeptide Y Y2 Receptor fusion protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7ddz__assembly_1__model_1

7ddz__assembly_1__model_1 | I(q)

7ddz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

The Crystal Structure of Human Neuropeptide Y Y2 Receptor with JNJ-31020028

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Human Neuropeptide Y Y2 Receptor fusion protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Human Neuropeptide Y Y2 Receptor fusion protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Human Neuropeptide Y Y2 Receptor fusion protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7ddz__assembly_1__model_1

7ddz__assembly_1__model_1 | I(q)

7ddz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)