Ubiquitin
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白拷贝数一致 | 链 E； UniProt 1–76 链 F； UniProt 1–76 链 G； UniProt 1–76 链 H； UniProt 1–76 链 I； UniProt 1–76 链 J； UniProt 1–76 链 K； UniProt 1–76 链 L； UniProt 1–76 | 未记录 | Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1 × 4 （Q9BYX4） Mitochondrial antiviral-signaling protein × 4 （Q7Z434） | ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 | 分辨率 3.20 Å |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 7DNI | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2MBB Solution Structure of the human Polymerase iota UBM1-Ubiquitin Complex 提交 2013-07-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
片段：UNP P0CG47 residues 1-76
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient
NMR样品组成
3 mM [U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
3 mM GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2MRO Structure of the complex of ubiquitin and the UBA domain from DNA-damage-inducible 1 protein (Ddi1) 提交 2014-07-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–76（76 aa）
片段：Human Ubiquitin
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.8；298.2 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM [U-100% 15N] Ub-1, 20 mM sodium phosphate-2, 7 % [U-99% 2H] D2O-3, 93 % H2O-4, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-100% 15N] UBA-5, 20 mM sodium phosphate-6, 7 % [U-99% 2H] D2O-7, 93 % H2O-8, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2MSG Solid-state NMR structure of ubiquitin 提交 2014-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
7–78（72 aa）
片段：UNP residuse 1-72
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLID-STATE NMR
NMR测量条件
273 K；压力 ambient
NMR样品组成
20 mg [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin, 30 mg [1-glucose 13C,U-100% 15N] Ubiquitin, 40 mg [2-glucose 13C,U-100% 15N] Ubiquitin, 40 % v/v MPD, 0.2 M CdCl2, 1 mg DSS, 100% H20 | 100% H20
|
分辨率未提供 |
| 2N13 Complex structure of MyUb (1080-1122) of human Myosin VI with K63-diUb 提交 2015-03-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
1–76（76 aa）
链 C
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.5；283 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR样品组成
0.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2Y5B Structure of USP21 in complex with linear diubiquitin-aldehyde 提交 2011-01-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–152（152 aa）
片段：LINEAR DIUBIQUITIN ALDEHYDE, RESIDUES 1-152
|
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.4；15% PEG8000, 0.2 M NH4SO4, pH 7.4
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.279 |
| 2Y5B Structure of USP21 in complex with linear diubiquitin-aldehyde 提交 2011-01-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
1–152（152 aa）
片段：LINEAR DIUBIQUITIN ALDEHYDE, RESIDUES 1-152
|
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.4；15% PEG8000, 0.2 M NH4SO4, pH 7.4
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.279 |
| 3O65 Crystal structure of a Josephin-ubiquitin complex: Evolutionary restraints on ataxin-3 deubiquitinating activity 提交 2010-07-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；291 K；The protein complex was at 8 mg/ml in 10 mM Tris pH 7,5mm DTT. 2 microlitres drops were set up under paraffin oil. To 1.1 microlitres of precipitant (1.6 M sodium citrate pH 6.5, pH adjusted with HCl) 0.9 microlitres of protein was added, the final concentration of precipitant was therefore 0.88 M sodium citrate. For cryo crystals were passed through the 1.6 M sodium citrate pH 6.5 preciptant solution and then flash frozen in liquid nitrogen, microbatch under paraffin oil, temperature 291K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.224 |
| 3O65 Crystal structure of a Josephin-ubiquitin complex: Evolutionary restraints on ataxin-3 deubiquitinating activity 提交 2010-07-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；291 K；The protein complex was at 8 mg/ml in 10 mM Tris pH 7,5mm DTT. 2 microlitres drops were set up under paraffin oil. To 1.1 microlitres of precipitant (1.6 M sodium citrate pH 6.5, pH adjusted with HCl) 0.9 microlitres of protein was added, the final concentration of precipitant was therefore 0.88 M sodium citrate. For cryo crystals were passed through the 1.6 M sodium citrate pH 6.5 preciptant solution and then flash frozen in liquid nitrogen, microbatch under paraffin oil, temperature 291K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.224 |
| 3O65 Crystal structure of a Josephin-ubiquitin complex: Evolutionary restraints on ataxin-3 deubiquitinating activity 提交 2010-07-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；291 K；The protein complex was at 8 mg/ml in 10 mM Tris pH 7,5mm DTT. 2 microlitres drops were set up under paraffin oil. To 1.1 microlitres of precipitant (1.6 M sodium citrate pH 6.5, pH adjusted with HCl) 0.9 microlitres of protein was added, the final concentration of precipitant was therefore 0.88 M sodium citrate. For cryo crystals were passed through the 1.6 M sodium citrate pH 6.5 preciptant solution and then flash frozen in liquid nitrogen, microbatch under paraffin oil, temperature 291K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.224 |
| 3O65 Crystal structure of a Josephin-ubiquitin complex: Evolutionary restraints on ataxin-3 deubiquitinating activity 提交 2010-07-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 H
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；291 K；The protein complex was at 8 mg/ml in 10 mM Tris pH 7,5mm DTT. 2 microlitres drops were set up under paraffin oil. To 1.1 microlitres of precipitant (1.6 M sodium citrate pH 6.5, pH adjusted with HCl) 0.9 microlitres of protein was added, the final concentration of precipitant was therefore 0.88 M sodium citrate. For cryo crystals were passed through the 1.6 M sodium citrate pH 6.5 preciptant solution and then flash frozen in liquid nitrogen, microbatch under paraffin oil, temperature 291K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.224 |
| 3O65 Crystal structure of a Josephin-ubiquitin complex: Evolutionary restraints on ataxin-3 deubiquitinating activity 提交 2010-07-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric |
链 B
1–76（76 aa）
链 D
1–76（76 aa）
链 F
1–76（76 aa）
链 H
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NA SODIUM ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；291 K；The protein complex was at 8 mg/ml in 10 mM Tris pH 7,5mm DTT. 2 microlitres drops were set up under paraffin oil. To 1.1 microlitres of precipitant (1.6 M sodium citrate pH 6.5, pH adjusted with HCl) 0.9 microlitres of protein was added, the final concentration of precipitant was therefore 0.88 M sodium citrate. For cryo crystals were passed through the 1.6 M sodium citrate pH 6.5 preciptant solution and then flash frozen in liquid nitrogen, microbatch under paraffin oil, temperature 291K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.224 |
| 3O65 Crystal structure of a Josephin-ubiquitin complex: Evolutionary restraints on ataxin-3 deubiquitinating activity 提交 2010-07-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 B
1–76（76 aa）
链 D
1–76（76 aa）
链 F
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；291 K；The protein complex was at 8 mg/ml in 10 mM Tris pH 7,5mm DTT. 2 microlitres drops were set up under paraffin oil. To 1.1 microlitres of precipitant (1.6 M sodium citrate pH 6.5, pH adjusted with HCl) 0.9 microlitres of protein was added, the final concentration of precipitant was therefore 0.88 M sodium citrate. For cryo crystals were passed through the 1.6 M sodium citrate pH 6.5 preciptant solution and then flash frozen in liquid nitrogen, microbatch under paraffin oil, temperature 291K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.224 |
| 3OJ3 Crystal structure of the A20 ZnF4 and ubiquitin complex 提交 2010-08-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–76（76 aa）
片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5 and 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.226 |
| 3OJ3 Crystal structure of the A20 ZnF4 and ubiquitin complex 提交 2010-08-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5 and 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.226 |
| 3OJ3 Crystal structure of the A20 ZnF4 and ubiquitin complex 提交 2010-08-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–76（76 aa）
片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5 and 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.226 |
| 3OJ3 Crystal structure of the A20 ZnF4 and ubiquitin complex 提交 2010-08-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–76（76 aa）
片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5 and 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.226 |
| 3OJ3 Crystal structure of the A20 ZnF4 and ubiquitin complex 提交 2010-08-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
1–76（76 aa）
片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5 and 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.226 |
| 3OJ3 Crystal structure of the A20 ZnF4 and ubiquitin complex 提交 2010-08-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
1–76（76 aa）
片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5 and 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.226 |
| 3OJ3 Crystal structure of the A20 ZnF4 and ubiquitin complex 提交 2010-08-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
1–76（76 aa）
片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5 and 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.226 |
| 3OJ3 Crystal structure of the A20 ZnF4 and ubiquitin complex 提交 2010-08-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 H
1–76（76 aa）
片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5 and 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.226 |
| 3OJ3 Crystal structure of the A20 ZnF4 and ubiquitin complex 提交 2010-08-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 9 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–76（76 aa）
片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
链 C
1–76（76 aa）
片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
链 D
1–76（76 aa）
片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5 and 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.226 |
| 3OJ4 Crystal structure of the A20 ZnF4, ubiquitin and UbcH5A complex 提交 2010-08-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–76（76 aa）
片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.1；292 K；0.1 M HEPES pH 7.1 and 1.85 M Na Malonate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.319 |
| 3OJ4 Crystal structure of the A20 ZnF4, ubiquitin and UbcH5A complex 提交 2010-08-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
1–76（76 aa）
片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.1；292 K；0.1 M HEPES pH 7.1 and 1.85 M Na Malonate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.319 |
| 3ONS Crystal structure of Human Ubiquitin in a new crystal form 提交 2010-08-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–72（72 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；277 K；2 ul of a 10 mg/ml protein solution was mixed with 2 ul of the reservoir solution (50-56 % MPD and 8-18 % (v/v) glycerol solution in 27mM sodium citrate (pH 4.0-4.2) buffer), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.211 |
| 3PTF X-ray structure of the non-covalent complex between UbcH5A and Ubiquitin 提交 2010-12-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–76（76 aa）
片段：Ubiquitin
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；292 K；Crystals of the complex were grown by hanging-drop vapor diffusion at 19 C by combining 1.5 ul of protein solution (20 mM MES pH 6.0, 150 mM NaCl and 0.5 mM
TCEP) at 20 mg/ml with 1.5 ul of reservoir solution (0.1 M Tris pH 8.5 and 24% PEG 10,000), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.275 |
| 3PTF X-ray structure of the non-covalent complex between UbcH5A and Ubiquitin 提交 2010-12-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–76（76 aa）
片段：Ubiquitin
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；292 K；Crystals of the complex were grown by hanging-drop vapor diffusion at 19 C by combining 1.5 ul of protein solution (20 mM MES pH 6.0, 150 mM NaCl and 0.5 mM
TCEP) at 20 mg/ml with 1.5 ul of reservoir solution (0.1 M Tris pH 8.5 and 24% PEG 10,000), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.275 |
| 3ZLZ Lys6-linked tri-ubiquitin 提交 2013-02-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–76（76 aa）
链 B
1–76（76 aa）
|
突变：YES 突变：YES | ZN ZINC ION × 7 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.4；20% (V/V) PEG3350 AND 0.2 M ZINC ACETATE, pH 7.4
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.288 |
| 3ZLZ Lys6-linked tri-ubiquitin 提交 2013-02-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–76（76 aa）
|
突变：YES | ZN ZINC ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.4；20% (V/V) PEG3350 AND 0.2 M ZINC ACETATE, pH 7.4
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.288 |
| 3ZLZ Lys6-linked tri-ubiquitin 提交 2013-02-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
突变：YES | ZN ZINC ION × 9 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.4；20% (V/V) PEG3350 AND 0.2 M ZINC ACETATE, pH 7.4
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.288 |
| 3ZNH Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus OTU domain in complex with ubiquitin-propargyl. 提交 2013-02-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；20-30% PEG 8000, 100 MM NA CACODYLATE PH 6.5, 100 MM MG ACETATE, AND 2% N-OCTYL-BETA-D-GLUCOSIDE.
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.275 |
| 4UEL UCH-L5 in complex with ubiquitin-propargyl bound to the RPN13 DEUBAD domain 提交 2014-12-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
277 K；100 MM BIS-TRIS-PROPANE PH 5.8, 300 MM NABR, 21% PEG3350. 4 DEGREES CELSIUS
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.234 |
| 4UF6 UCH-L5 in complex with ubiquitin-propargyl bound to an activating fragment of INO80G 提交 2014-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
277 K；100 MM MIB PH 5.0, 250 MM AMMONIUM ACETATE, 25% PEG 3350. 4 DEGREES CELSIUS
|
分辨率 3.69 Å R-free 0.269 |
| 4UF6 UCH-L5 in complex with ubiquitin-propargyl bound to an activating fragment of INO80G 提交 2014-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
277 K；100 MM MIB PH 5.0, 250 MM AMMONIUM ACETATE, 25% PEG 3350. 4 DEGREES CELSIUS
|
分辨率 3.69 Å R-free 0.269 |
| 4UF6 UCH-L5 in complex with ubiquitin-propargyl bound to an activating fragment of INO80G 提交 2014-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
277 K；100 MM MIB PH 5.0, 250 MM AMMONIUM ACETATE, 25% PEG 3350. 4 DEGREES CELSIUS
|
分辨率 3.69 Å R-free 0.269 |
| 4UF6 UCH-L5 in complex with ubiquitin-propargyl bound to an activating fragment of INO80G 提交 2014-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 K
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
277 K；100 MM MIB PH 5.0, 250 MM AMMONIUM ACETATE, 25% PEG 3350. 4 DEGREES CELSIUS
|
分辨率 3.69 Å R-free 0.269 |
| 4WHV E3 ubiquitin-protein ligase RNF8 in complex with Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N and Polyubiquitin-B 提交 2014-09-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–76（76 aa）
片段：unp residues 1-76
链 F
1–76（76 aa）
片段：unp residues 1-76
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；1.04 M (NH4)2HPO4
|
分辨率 8.30 Å R-free 0.337 |
| 4WHV E3 ubiquitin-protein ligase RNF8 in complex with Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N and Polyubiquitin-B 提交 2014-09-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 G
1–76（76 aa）
片段：unp residues 1-76
链 L
1–76（76 aa）
片段：unp residues 1-76
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；1.04 M (NH4)2HPO4
|
分辨率 8.30 Å R-free 0.337 |
| 4WLR Crystal Structure of mUCH37-hRPN13 CTD-hUb complex 提交 2014-10-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；277 K；25% PEG 3350, 220 mM MgCl2,100 mM Bis-Tris
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.227 |
| 4WUR The crystal structure of the MERS-CoV papain-like protease (C111S) with human ubiquitin 提交 2014-11-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
未记录 | IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；291 K；22% w/v PEG 4000, 15% v/v 2-propanol, 0.1M tri-sodium citrate pH 4.8 and 10% glycerol
|
分辨率 3.16 Å R-free 0.252 |
| 4WZP Ser65 phosphorylated ubiquitin, major conformation 提交 2014-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；30% (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.237 |
| 4WZP Ser65 phosphorylated ubiquitin, major conformation 提交 2014-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；30% (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.237 |
| 4WZP Ser65 phosphorylated ubiquitin, major conformation 提交 2014-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；30% (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.237 |
| 4WZP Ser65 phosphorylated ubiquitin, major conformation 提交 2014-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；30% (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.237 |
| 4WZP Ser65 phosphorylated ubiquitin, major conformation 提交 2014-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 E
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；30% (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.237 |
| 4WZP Ser65 phosphorylated ubiquitin, major conformation 提交 2014-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 F
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；30% (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.237 |
| 4WZP Ser65 phosphorylated ubiquitin, major conformation 提交 2014-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 G
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；30% (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.237 |
| 4WZP Ser65 phosphorylated ubiquitin, major conformation 提交 2014-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 H
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；30% (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.237 |
| 4XOF Observing the overall rocking motion of a protein in a crystal - Orthorhombic Ubiquitin crystals without Zinc. 提交 2015-01-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% (w/v) PEG 1450, 50mM HEPES pH 7.0
|
分辨率 1.15 Å R-free 0.171 |
| 4ZFR Catalytic domain of Sst2 F403A mutant bound to ubiquitin 提交 2015-04-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
77–152（76 aa）
片段：unp residues 77-152
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M sodium citrate tribasic diehydrate, 0.1M HEPES sodium, 20% v/v 2-propanol
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.237 |
| 4ZFT Catalytic domain of Sst2 F403W mutant bound to ubiquitin 提交 2015-04-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
77–152（76 aa）
片段：unp residues 77-152
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；293 K；(0.04 M Citric acid, 0.06 M BIS-TRIS propane), 20% w/v PEG 3,350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.235 |
| 4ZFT Catalytic domain of Sst2 F403W mutant bound to ubiquitin 提交 2015-04-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
77–152（76 aa）
片段：unp residues 77-152
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；293 K；(0.04 M Citric acid, 0.06 M BIS-TRIS propane), 20% w/v PEG 3,350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.235 |
| 4ZPZ Crystal Structure of Semi-synthetic Ubiquitin with Phospho-Ser65 and Ala46Cys 提交 2015-05-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–73（73 aa）
片段：ubiquitin, UNP residues 1-73
链 B
1–73（73 aa）
片段：ubiquitin, UNP residues 1-73
|
突变：A46C, Phospho-Ser65 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：A46C, Phospho-Ser65 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；50 mM sodium cacodylate, 25% PEG 4000
|
分辨率 1.54 Å R-free 0.173 |
| 4ZUX SAGA DUB module Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 bound to ubiqitinated nucleosome 提交 2015-05-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric |
链 X
1–76（76 aa）
链 c
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 16 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50 mM Tris-acetate pH 7.4, 50 mM sodium acetate, 5 mM Mg-acetate, 5% sucrose and 5% 2-propanol
|
分辨率 3.82 Å R-free 0.256 |
| 4ZUX SAGA DUB module Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 bound to ubiqitinated nucleosome 提交 2015-05-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric |
链 h
1–76（76 aa）
链 m
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 16 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50 mM Tris-acetate pH 7.4, 50 mM sodium acetate, 5 mM Mg-acetate, 5% sucrose and 5% 2-propanol
|
分辨率 3.82 Å R-free 0.256 |
| 5BNB Crystal structure of a Ube2S-ubiquitin conjugate 提交 2015-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
1–76（76 aa）
|
突变：G76C | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris, 20% PEG 4000
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.304 |
| 5BNB Crystal structure of a Ube2S-ubiquitin conjugate 提交 2015-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 I
1–76（76 aa）
|
突变：G76C | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris, 20% PEG 4000
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.304 |
| 5BNB Crystal structure of a Ube2S-ubiquitin conjugate 提交 2015-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
1–76（76 aa）
|
突变：G76C | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris, 20% PEG 4000
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.304 |
| 5BNB Crystal structure of a Ube2S-ubiquitin conjugate 提交 2015-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
1–76（76 aa）
|
突变：G76C | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris, 20% PEG 4000
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.304 |
| 5CAW Structure of Pediculus humanus Parkin bound to phospho-ubiquitin 提交 2015-06-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
突变：G76 exchanged to chemical probe 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 8 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；2% (v/v) PEG400, 2 M NH4SO4, 0.1 M HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.260 |
| 5CAW Structure of Pediculus humanus Parkin bound to phospho-ubiquitin 提交 2015-06-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–76（76 aa）
|
突变：G76 exchanged to chemical probe 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 8 SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；2% (v/v) PEG400, 2 M NH4SO4, 0.1 M HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.260 |
| 5CRA Structure of the SdeA DUB Domain 提交 2015-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–75（75 aa）
片段：UNP residues 1-75
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 6 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris:HCl, 3.0 M Sodium Chloride
|
分辨率 2.64 Å R-free 0.236 |
| 5CRA Structure of the SdeA DUB Domain 提交 2015-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–75（75 aa）
片段：UNP residues 1-75
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris:HCl, 3.0 M Sodium Chloride
|
分辨率 2.64 Å R-free 0.236 |
| 5CVM USP46~ubiquitin BEA covalent complex 提交 2015-07-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–59（59 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；3.6 M sodium formate
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.197 |
| 5CVN WDR48 (2-580):USP46~ubiquitin ternary complex 提交 2015-07-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；292 K；0.1 M sodium chloride, 5% ethanol, 15% MPD, 0.1 M Tris pH 8.8
|
分辨率 3.36 Å R-free 0.222 |
| 5CVO WDR48:USP46~ubiquitin ternary complex 提交 2015-07-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；15% MPD, 0.1 M NaCl, 0.1 M HEPES, pH 7.0
|
分辨率 3.88 Å R-free 0.275 |
| 5CVO WDR48:USP46~ubiquitin ternary complex 提交 2015-07-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；15% MPD, 0.1 M NaCl, 0.1 M HEPES, pH 7.0
|
分辨率 3.88 Å R-free 0.275 |
| 5D0K Structure of UbE2D2:RNF165:Ub complex 提交 2015-08-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；MES, sodium chloride, PEG 6000
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.238 |
| 5D0K Structure of UbE2D2:RNF165:Ub complex 提交 2015-08-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；MES, sodium chloride, PEG 6000
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.238 |
| 5D0K Structure of UbE2D2:RNF165:Ub complex 提交 2015-08-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；MES, sodium chloride, PEG 6000
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.238 |
| 5D0K Structure of UbE2D2:RNF165:Ub complex 提交 2015-08-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 K
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；MES, sodium chloride, PEG 6000
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.238 |
| 5D0M Structure of UbE2D2:RNF165:Ub complex 提交 2015-08-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；SPG buffer, PEG 1500
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.213 |
| 5DFL Crystal structure of Ube2K~Ubiquitin conjugate 提交 2015-08-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M di-ammonium citrate pH 5.0, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.235 |
| 5DK8 Human ubiquitin in the P1 space group 提交 2015-09-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–75（74 aa）
片段：Ubiquitin, UNP residues 2-75
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；288 K；0.2M magnesium chloride hexahydrate, 30% w/v PEG 4000, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.32 Å R-free 0.201 |
| 5DK8 Human ubiquitin in the P1 space group 提交 2015-09-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
2–75（74 aa）
片段：Ubiquitin, UNP residues 2-75
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；288 K；0.2M magnesium chloride hexahydrate, 30% w/v PEG 4000, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.32 Å R-free 0.201 |
| 5E6J Structure of SARS PLpro bound to a Lys48-linked di-ubiquitin activity based probe 提交 2015-10-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1–75（75 aa）
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；285 K；0.1 M MES, 0.1 M lithium acetate, 17% PEG 6000
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.264 |
| 5E6J Structure of SARS PLpro bound to a Lys48-linked di-ubiquitin activity based probe 提交 2015-10-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
1–75（75 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；285 K；0.1 M MES, 0.1 M lithium acetate, 17% PEG 6000
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.264 |
| 5EDV Structure of the HOIP-RBR/UbcH5B~ubiquitin transfer complex 提交 2015-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 E
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
链 G
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；285 K；0.06M Tris, 0.04M Bicine, 0.02 M 1,6-Hexanediol, 0.02 M 1-Butanol, 0.02 M 1,2-
Propanediol (racemic), 0.02 M 2-Propanol, 0.02 M 1,4-Butanediol, 0.02 M 1,3-Propanediol, 20% PEG550MME, 10% PEG20K, 8% glycerol
|
分辨率 3.48 Å R-free 0.303 |
| 5EDV Structure of the HOIP-RBR/UbcH5B~ubiquitin transfer complex 提交 2015-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 E
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
链 F
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
链 G
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
链 H
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
未记录 | ZN ZINC ION × 16 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；285 K；0.06M Tris, 0.04M Bicine, 0.02 M 1,6-Hexanediol, 0.02 M 1-Butanol, 0.02 M 1,2-
Propanediol (racemic), 0.02 M 2-Propanol, 0.02 M 1,4-Butanediol, 0.02 M 1,3-Propanediol, 20% PEG550MME, 10% PEG20K, 8% glycerol
|
分辨率 3.48 Å R-free 0.303 |
| 5EDV Structure of the HOIP-RBR/UbcH5B~ubiquitin transfer complex 提交 2015-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 F
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
链 H
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；285 K；0.06M Tris, 0.04M Bicine, 0.02 M 1,6-Hexanediol, 0.02 M 1-Butanol, 0.02 M 1,2-
Propanediol (racemic), 0.02 M 2-Propanol, 0.02 M 1,4-Butanediol, 0.02 M 1,3-Propanediol, 20% PEG550MME, 10% PEG20K, 8% glycerol
|
分辨率 3.48 Å R-free 0.303 |
| 5EMZ Crystal structure of K48-linked diubiquitin with F45W mutation in the proximal unit 提交 2015-11-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–76（76 aa）
链 B
1–76（76 aa）
|
突变：F45W | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；LiSO
Tris
PEG-3350
|
分辨率 1.66 Å R-free 0.209 |
| 5EMZ Crystal structure of K48-linked diubiquitin with F45W mutation in the proximal unit 提交 2015-11-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–76（76 aa）
链 D
1–76（76 aa）
|
突变：F45W | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；LiSO
Tris
PEG-3350
|
分辨率 1.66 Å R-free 0.209 |
| 5EMZ Crystal structure of K48-linked diubiquitin with F45W mutation in the proximal unit 提交 2015-11-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
1–76（76 aa）
链 F
1–76（76 aa）
|
突变：F45W | SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；LiSO
Tris
PEG-3350
|
分辨率 1.66 Å R-free 0.209 |
| 5EYA TRIM25 RING domain in complex with Ubc13-Ub conjugate 提交 2015-11-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 C
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
链 D
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Li citrate, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.228 |
| 5GJQ Structure of the human 26S proteasome bound to USP14-UbAl 提交 2016-07-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric |
链 y
1–76（76 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-76
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging
|
分辨率 4.35 Å |
| 5GO7 Linear tri-ubiquitin 提交 2016-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；289 K；0.2M sodium dihydrogen phosphate, 20% PEG 3350, PH 6.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.310 |
| 5GO8 Linear tetra-ubiquitin 提交 2016-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；0.2M Sodium acetate trihydrate, 20% PEG 3350, PH8.0
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.322 |
| 5GOB Lys6-linked di-ubiquitin 提交 2016-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；289 K；0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 20% PEG 3350, PH5.9
|
分辨率 1.15 Å R-free 0.229 |
| 5GOC Lys11-linked diubiquitin 提交 2016-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M Li2SO4, 0.1M tris 8.5, 30% PEG 4000
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.235 |
| 5GOD Lys27-linked di-ubiquitin 提交 2016-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–76（76 aa）
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.1M Sodium cacodylate trihydrate PH6.5, 20% PEG 8000
|
分辨率 1.15 Å R-free 0.222 |
| 5GOG Lys29-linked di-ubiquitin 提交 2016-07-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M Potassium sulfate, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.330 |
| 5GOH Lys33-linked di-ubiquitin 提交 2016-07-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M Magnesium sulfate heptahydrate, 20% peg 3350
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.271 |
| 5GOI Lys48-linked di-ubiquitin 提交 2016-07-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–76（76 aa）
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1M Sodium citrate tribasic dehydrate PH5.6, 20% 2-Propanol, 20%PEG 4000
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.311 |
| 5GOJ Lys63-linked di-ubiquitin 提交 2016-07-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1M TRIS hydrochloride PH8.5, 2.0M Ammonium phosphate monobasic
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.253 |
| 5GOK K11/K63-branched tri-Ubiquitin 提交 2016-07-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；289 K；0.2M MgSO4, 20% PEG 3350, 4mM CdCl2, PH6.0
|
分辨率 1.84 Å R-free 0.245 |
| 5H7S Structural basis of the flanking zinc-finger motifs crucial for the E3 ligase activity of the LNX1 RING domain 提交 2016-11-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 E
1–76（76 aa）
链 F
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；0.04 M Citric acid, 0.06 M BIS-TRIS propane, pH 6.4, 20% w/v polyethylene glycol 3350
|
分辨率 3.49 Å R-free 0.286 |
| 5IBK Skp1-F-box in complex with a ubiquitin variant 提交 2016-02-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
75–150（76 aa）
片段：UNP residues 75-150
|
突变：L8G, T9A, G10R, K11T, T12A, R42I, A46S, G47R, Q49L, Q62H, K63R, H68R, R72I, L73F | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；100 mM Acetate pH 4.5, 12% PEG 4000, 15% glyerol
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.240 |
| 5IBK Skp1-F-box in complex with a ubiquitin variant 提交 2016-02-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
75–150（76 aa）
片段：UNP residues 75-150
|
突变：L8G, T9A, G10R, K11T, T12A, R42I, A46S, G47R, Q49L, Q62H, K63R, H68R, R72I, L73F | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；100 mM Acetate pH 4.5, 12% PEG 4000, 15% glyerol
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.240 |
| 5IFR Structure of the stable UBE2D3-UbDha conjugate 提交 2016-02-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；200mM tripotassium citrate, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.243 |
| 5J8P Lys27-linked diubiquitin 提交 2016-04-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–76（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.2M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 20% PEG 8000
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.295 |
| 5JBV Lys27-linked triubiquitin 提交 2016-04-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–76（76 aa）
|
未记录 | NO3 NITRATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；291 K；20% (w/v) PEG 3350, 4mM CdCl2, pH 5.9, 200mM Mg(NO3)2
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.306 |
| 5JBY Lys27-linked triubiquitin 提交 2016-04-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–76（76 aa）
链 C
1–76（76 aa）
链 E
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% (w/v) PEG 3350, 4mM CdCl2, pH 5.9, 200mM Mg(NO3)2
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.308 |
| 5JG6 APC11-Ubv shows role of noncovalent RING-Ubiquitin interactions in processive multiubiquitination and Ubiquitin chain elongation by APC/C 提交 2016-04-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
76–154（79 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 33% PEG4000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.220 |
| 5JG6 APC11-Ubv shows role of noncovalent RING-Ubiquitin interactions in processive multiubiquitination and Ubiquitin chain elongation by APC/C 提交 2016-04-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
76–154（79 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 33% PEG4000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.220 |
| 5JP3 Structure of Xanthomonas campestris effector protein XopD bound to ubiquitin 提交 2016-05-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–75（75 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M CHES (pH 9.5)
1.0M sodium citrate
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.285 |
| 5JP3 Structure of Xanthomonas campestris effector protein XopD bound to ubiquitin 提交 2016-05-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–75（75 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M CHES (pH 9.5)
1.0M sodium citrate
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.285 |
| 5JP3 Structure of Xanthomonas campestris effector protein XopD bound to ubiquitin 提交 2016-05-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
1–75（75 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M CHES (pH 9.5)
1.0M sodium citrate
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.285 |
| 5JP3 Structure of Xanthomonas campestris effector protein XopD bound to ubiquitin 提交 2016-05-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 H
1–75（75 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M CHES (pH 9.5)
1.0M sodium citrate
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.285 |
| 5JTJ USP7CD-CTP in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；0.05 M Calcium chloride, 0.1 M MES pH 6.0 and 45% PEG 200
|
分辨率 3.32 Å R-free 0.209 |
| 5JTJ USP7CD-CTP in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；0.05 M Calcium chloride, 0.1 M MES pH 6.0 and 45% PEG 200
|
分辨率 3.32 Å R-free 0.209 |
| 5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
|
分辨率 3.31 Å R-free 0.269 |
| 5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
|
分辨率 3.31 Å R-free 0.269 |
| 5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
|
分辨率 3.31 Å R-free 0.269 |
| 5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 H
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
|
分辨率 3.31 Å R-free 0.269 |
| 5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
1–76（76 aa）
链 F
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
|
分辨率 3.31 Å R-free 0.269 |
| 5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 B
1–76（76 aa）
链 D
1–76（76 aa）
链 F
1–76（76 aa）
链 H
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
|
分辨率 3.31 Å R-free 0.269 |
| 5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 D
1–76（76 aa）
链 H
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
|
分辨率 3.31 Å R-free 0.269 |
| 5K9P Ser20 phosphorylated ubiquitin 提交 2016-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；45% (w/v) PEG 400, 100 mM tris-HCl
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.219 |
| 5KGF Structural model of 53BP1 bound to a ubiquitylated and methylated nucleosome, at 4.5 A resolution 提交 2016-06-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 M
1–76（76 aa）
链 O
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；High concentration NCP-ubme/GST-53BP1 complex at 200 mM salt was diluted just prior to grid freezing.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Plunged into liquid ethane-propane (FEI VITROBOT MARK III)
|
分辨率 4.54 Å |
| 5KHY Crystal structure of oxime-linked K6 diubiquitin 提交 2016-06-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–73（73 aa）
链 B
1–75（75 aa）
|
突变：Unnatural aminoxylysine amino acid at position 6 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：unnatural residue 76 oxime linked to chain A | ZN ZINC ION × 10 ETA ETHANOLAMINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；PEG 3350, Zinc acetate
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.331 |
| 5KYC Crystal structure of USP7 catalytic domain [V302K] mutant in complex with ubiquitin (malonate bound) 提交 2016-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
未记录 | MLA MALONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；292 K；8% tacsimate pH 4.0, 20% PEG3350
|
分辨率 1.43 Å R-free 0.192 |
| 5KYD Crystal structure of USP7 catalytic domain [V302K] mutant in complex with ubiquitin 提交 2016-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；0.2M Ammonium fluoride, 20% PEG3350
|
分辨率 1.62 Å R-free 0.213 |
| 5KYE Crystal structure of USP7 catalytic domain [H294E] mutant in complex with ubiquitin 提交 2016-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
未记录 | EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.1M HEPES pH 7.5, 25% PEG3350, 0.2M Ammonium acetate
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.223 |
| 5KYE Crystal structure of USP7 catalytic domain [H294E] mutant in complex with ubiquitin 提交 2016-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.1M HEPES pH 7.5, 25% PEG3350, 0.2M Ammonium acetate
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.223 |
| 5KYF Crystal structure of USP7 catalytic domain [L299A] mutant in complex with ubiquitin 提交 2016-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.1M HEPES pH 7.5, 25% PEG3350
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.185 |
| 5L8H Structure of USP46-UbVME 提交 2016-06-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.96M Sodium Citrate pH7.5 and 0.1mM zinc chloride
Cryo - 20% Glycerol
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.194 |
| 5L8W Structure of USP12-UB-PRG/UAF1 提交 2016-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1–75（75 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；3.2% PEG4000, 0.1mM MMT pH6.5, 0.1 mM TCEP.
Cryo- 30% Glycerol
|
分辨率 2.79 Å R-free 0.259 |
| 5L9T Model of human Anaphase-promoting complex/Cyclosome (APC/C-CDH1) with E2 UBE2S poised for polyubiquitination where UBE2S, APC2, and APC11 are modeled into low resolution density 提交 2016-06-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：22-meric |
链 S
77–153（77 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.40 Å |
| 5LN1 STRUCTURE OF UBIQUITYLATED-RPN10 FROM YEAST; 提交 2016-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 U
77–152（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION, RECRYSTALLIZATION；pH 6.5；292 K；12% (W/V) PEG 20000, 0.1M MES PH 6.5,
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 292K
|
分辨率 3.14 Å R-free 0.248 |
| 5LRV Structure of Cezanne/OTUD7B OTU domain bound to Lys11-linked diubiquitin 提交 2016-08-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–76（76 aa）
链 C
1–75（75 aa）
|
突变：K11X 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：G76X 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M phosphate citrate (pH 4.2), 20% (w/v) PEG 8K, 0.2 M sodium chloride
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.244 |
| 5LRW Structure of Cezanne/OTUD7B OTU domain bound to ubiquitin 提交 2016-08-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–75（75 aa）
|
突变：G76X 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M sodium acetate (pH 4.8), 6% (w/v) PEG 6K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.217 |
| 5LRW Structure of Cezanne/OTUD7B OTU domain bound to ubiquitin 提交 2016-08-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–75（75 aa）
|
突变：G76X 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M sodium acetate (pH 4.8), 6% (w/v) PEG 6K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.217 |
| 5LRX Structure of A20 OTU domain bound to ubiquitin 提交 2016-08-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
突变：G76X 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；287 K；0.1 M MES/imidazole (pH 6.5), 7% (w/v) PEG 8K, 20% ethylene glycol
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.246 |
| 5LRX Structure of A20 OTU domain bound to ubiquitin 提交 2016-08-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–76（76 aa）
|
突变：G76X 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；287 K；0.1 M MES/imidazole (pH 6.5), 7% (w/v) PEG 8K, 20% ethylene glycol
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.246 |
| 5M93 Crystal structure of SdeA-modified ubiquitin. 提交 2016-10-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
76–152（77 aa）
|
突变：M1S | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M sodium acetate pH 4 - 5.5, 0.2M lithium sulfate and 30% PEG 8000
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.231 |
| 5M93 Crystal structure of SdeA-modified ubiquitin. 提交 2016-10-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
76–152（77 aa）
|
突变：M1S | SO4 SULFATE ION × 1 RIB alpha-D-ribofuranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M sodium acetate pH 4 - 5.5, 0.2M lithium sulfate and 30% PEG 8000
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.231 |
| 5M93 Crystal structure of SdeA-modified ubiquitin. 提交 2016-10-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
76–152（77 aa）
|
突变：M1S | RIB alpha-D-ribofuranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M sodium acetate pH 4 - 5.5, 0.2M lithium sulfate and 30% PEG 8000
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.231 |
| 5MNJ Structure of MDM2-MDMX-UbcH5B-ubiquitin complex 提交 2016-12-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
77–152（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 0.175 M Li2SO4 and 16-20 %(v/v) PEG 3350
|
分辨率 2.16 Å R-free 0.231 |
| 5MNJ Structure of MDM2-MDMX-UbcH5B-ubiquitin complex 提交 2016-12-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 F
77–152（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 0.175 M Li2SO4 and 16-20 %(v/v) PEG 3350
|
分辨率 2.16 Å R-free 0.231 |
| 5N2W WT-Parkin and pUB complex 提交 2017-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 8 CL CHLORIDE ION × 1 TMO trimethylamine oxide × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100mM Tris pH 8.5, 200mM TMAO, PEG MME 2000
|
分辨率 2.68 Å R-free 0.243 |
| 5N38 S65DParkin and pUB complex 提交 2017-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100mM Tris pH 8.5, 200mM TMAO, PEG MME 2000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.236 |
| 5NL5 Crystal structure of Zn1.7-E16V human ubiquitin (hUb) mutant adduct, from a solution 70 mM zinc acetate/1.3 mM E16V hUb 提交 2017-04-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–76（76 aa）
|
突变：E16V | ZN ZINC ION × 3 ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES pH 6.5-7.0, 70 mM Zn(CH3COO)2
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.237 |
| 5NL5 Crystal structure of Zn1.7-E16V human ubiquitin (hUb) mutant adduct, from a solution 70 mM zinc acetate/1.3 mM E16V hUb 提交 2017-04-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
突变：E16V | ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES pH 6.5-7.0, 70 mM Zn(CH3COO)2
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.237 |
| 5NL5 Crystal structure of Zn1.7-E16V human ubiquitin (hUb) mutant adduct, from a solution 70 mM zinc acetate/1.3 mM E16V hUb 提交 2017-04-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–76（76 aa）
|
突变：E16V | ACT ACETATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES pH 6.5-7.0, 70 mM Zn(CH3COO)2
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.237 |
| 5NLJ Crystal structure of Zn3-E16V human ubiquitin (hUb) mutant adduct, from a solution 70 mM zinc acetate/20% v/v TFE/1.3 mM E16V hUb 提交 2017-04-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–76（76 aa）
|
突变：E16V | ACT ACETATE ION × 4 ZN ZINC ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES, 70 mM Zn(CH3COO)2 and 20% v/v TFE.
|
分辨率 1.53 Å R-free 0.240 |
| 5NLJ Crystal structure of Zn3-E16V human ubiquitin (hUb) mutant adduct, from a solution 70 mM zinc acetate/20% v/v TFE/1.3 mM E16V hUb 提交 2017-04-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
突变：E16V | ACT ACETATE ION × 1 ZN ZINC ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ETF TRIFLUOROETHANOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES, 70 mM Zn(CH3COO)2 and 20% v/v TFE.
|
分辨率 1.53 Å R-free 0.240 |
| 5NLJ Crystal structure of Zn3-E16V human ubiquitin (hUb) mutant adduct, from a solution 70 mM zinc acetate/20% v/v TFE/1.3 mM E16V hUb 提交 2017-04-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–76（76 aa）
|
突变：E16V | ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES, 70 mM Zn(CH3COO)2 and 20% v/v TFE.
|
分辨率 1.53 Å R-free 0.240 |
| 5NVG Thr12 Phosphorylated Ubiquitin 提交 2017-05-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PO4 PHOSPHATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；291.15 K；20% (v/v) ethanol, 20% (w/v) PEG-1000, 0.1M Phosphate-citrate pH 4.2
|
分辨率 1.07 Å R-free 0.167 |
| 5O44 Crystal structure of unbranched mixed tri-Ubiquitin chain containing K48 and K63 linkages. 提交 2017-05-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 B
1–74（74 aa）
链 C
1–74（74 aa）
链 D
1–76（76 aa）
链 F
1–76（76 aa）
|
突变：Deleted for Gly 75 and Gly 76 突变：Deleted for Gly 75 and Gly 76 突变：K48R 突变：K48R | SO4 SULFATE ION × 18 MG MAGNESIUM ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.3M MgSo4 and 100mM MES monohydrate pH 6.5
|
分辨率 3.14 Å R-free 0.254 |
| 5O6T BIRC4 RING in complex with dimeric ubiquitin variant 提交 2017-06-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
75–150（76 aa）
链 D
75–150（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；291 K；0.1 M NaHEPES pH 7.5, 1.4 M tri-Na citrate
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.183 |
| 5OHK Crystal structure of USP30 in covalent complex with ubiquitin propargylamide (high resolution) 提交 2017-07-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；291 K；10% (w/v) PEG 20000, 0.1 M sodium citrate pH 5.4, 0.2 M lithium sulfate
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.261 |
| 5OHL K6-specific affimer bound to K6 diUb 提交 2017-07-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 J
1–76（76 aa）
链 K
1–76（76 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；32.5%PEG 2K MME
200mM Ammonium Acetate
0.1M Tris pH 8.5
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.227 |
| 5OHL K6-specific affimer bound to K6 diUb 提交 2017-07-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 J
1–76（76 aa）
链 K
1–76（76 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；32.5%PEG 2K MME
200mM Ammonium Acetate
0.1M Tris pH 8.5
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.227 |
| 5OHL K6-specific affimer bound to K6 diUb 提交 2017-07-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 L
1–76（76 aa）
链 N
1–76（76 aa）
|
未记录 | 15P POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；32.5%PEG 2K MME
200mM Ammonium Acetate
0.1M Tris pH 8.5
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.227 |
| 5OHL K6-specific affimer bound to K6 diUb 提交 2017-07-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 L
1–76（76 aa）
链 N
1–76（76 aa）
|
未记录 | 15P POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；32.5%PEG 2K MME
200mM Ammonium Acetate
0.1M Tris pH 8.5
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.227 |
| 5OHL K6-specific affimer bound to K6 diUb 提交 2017-07-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 I
1–76（76 aa）
链 M
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；32.5%PEG 2K MME
200mM Ammonium Acetate
0.1M Tris pH 8.5
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.227 |
| 5OHL K6-specific affimer bound to K6 diUb 提交 2017-07-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 I
1–76（76 aa）
链 M
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；32.5%PEG 2K MME
200mM Ammonium Acetate
0.1M Tris pH 8.5
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.227 |
| 5OHL K6-specific affimer bound to K6 diUb 提交 2017-07-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 O
1–76（76 aa）
链 P
1–76（76 aa）
|
未记录 | 15P POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；32.5%PEG 2K MME
200mM Ammonium Acetate
0.1M Tris pH 8.5
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.227 |
| 5OHN Crystal structure of USP30 in covalent complex with ubiquitin propargylamide (low resolution) 提交 2017-07-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；20% (w/v) PAA 5100 Na, 100 mM Hepes pH 8.0, 2.5% (v/v) glycerol
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.253 |
| 5OHN Crystal structure of USP30 in covalent complex with ubiquitin propargylamide (low resolution) 提交 2017-07-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；20% (w/v) PAA 5100 Na, 100 mM Hepes pH 8.0, 2.5% (v/v) glycerol
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.253 |
| 5OHP Crystal structure of USP30 (C77A) in complex with Lys6-linked diubiquitin 提交 2017-07-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–76（76 aa）
链 C
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.73 M sodium citrate, 0.1 M Hepes pH 7.0
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.249 |
| 5TOF Room temperature structure of ubiquitin variant u7ub25 提交 2016-10-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
75–152（78 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1ul protein solution at 20 mg/ml (20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl), 1ul crystallization solution (0.1 M citric acid pH 4.6, 2.6 M ammonium sulfate)
|
分辨率 1.12 Å R-free 0.175 |
| 5TOG Room temperature structure of ubiquitin variant u7ub25.2540 提交 2016-10-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
75–152（78 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1ul protein solution at 10 mg/ml (20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl), 1ul crystallization solution (0.1 M citric acid pH 4.2, 2.2 M ammonium sulfate)
|
分辨率 1.08 Å R-free 0.121 |
| 5TOG Room temperature structure of ubiquitin variant u7ub25.2540 提交 2016-10-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
75–152（78 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1ul protein solution at 10 mg/ml (20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl), 1ul crystallization solution (0.1 M citric acid pH 4.2, 2.2 M ammonium sulfate)
|
分辨率 1.08 Å R-free 0.121 |
| 5TUT UbcH5a-Ub isopeptide conjugate 提交 2016-11-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；Hampton PEG/Ion F10
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.243 |
| 5UJL Representative 1-conformer ensembles of K27-linked Ub2 from RDC data 提交 2017-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–76（76 aa）
片段：residues 1-76
链 B
1–76（76 aa）
片段：residues 1-76
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.8；296 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1
NMR测量条件
pH 6.8；296 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1
NMR样品组成
150 uM [U-99% 15N] K27-diubiquitin, Distal Ub is 15N-labelled Proximal Ub is not enriched, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
150 uM [U-99% 15N] K27-diubiquitin, Distal Ub is not enriched Proximal Ub is 15N-labelled, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 5UJN Representative 2-conformer ensembles of K27-linked Ub2 from RDC data 提交 2017-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–76（76 aa）
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.8；296 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1
NMR样品组成
150 uM [U-99% 15N] distal K27-Ub2, 20 mM NaPhosphate, 0.02 % NaN3, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
150 uM [U-99% 15N] proximal K27-Ub2, 20 mM NaPhosphate, 0.02 % NaN3, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 5ULF Crystal Structure of a UbcH5b~Ub conjugate 提交 2017-01-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；100 mM bis-Tris pH 5.5, 150 mM ammonium sulfate, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.261 |
| 5ULF Crystal Structure of a UbcH5b~Ub conjugate 提交 2017-01-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–76（76 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；100 mM bis-Tris pH 5.5, 150 mM ammonium sulfate, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.261 |
| 5ULH Structure of RNF165 in complex with a UbcH5b~Ub conjugate 提交 2017-01-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 SCN THIOCYANATE ION × 2 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；200 mM potassium thiocyanate, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.217 |
| 5ULK Crystal Structure of RNF165 in complex with a UbcH5b~Ub conjugate 提交 2017-01-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；200 mM ammonium nitrate, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.267 |
| 5V1Y Crystal structure of the ternary RPN13 PRU-RPN2 (940-953)-ubiquitin complex 提交 2017-03-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；277 K；0.1 M citric acid, pH 4.6, 20% PEG6000
|
分辨率 1.42 Å R-free 0.175 |
| 5V1Y Crystal structure of the ternary RPN13 PRU-RPN2 (940-953)-ubiquitin complex 提交 2017-03-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；277 K；0.1 M citric acid, pH 4.6, 20% PEG6000
|
分辨率 1.42 Å R-free 0.175 |
| 5V1Z Crystal structure of the RPN13 PRU-RPN2 (932-953)-ubiquitin complex 提交 2017-03-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 22.5% PEG3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.182 |
| 5V1Z Crystal structure of the RPN13 PRU-RPN2 (932-953)-ubiquitin complex 提交 2017-03-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 22.5% PEG3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.182 |
| 5VEY Solution NMR structure of histone H2A-H2B mono-ubiquitylated at H2A Lys15 in complex with RNF169 (653-708) 提交 2017-04-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM KCl；压力 1
NMR测量条件
pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM KCl；压力 1
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 5VF0 Solution NMR structure of human RAD18 (198-240) in complex with ubiquitin 提交 2017-04-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM KCl；压力 1
NMR样品组成
0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RAD18, 3 mM Ubiquitin, 25 mM MES-Bis-TRIS, 50 mM KCl, 10 uM ZnCl2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
3 mM RAD18, 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin, 25 mM MES-Bis-TRIS, 50 mM KCl, 10 uM ZnCl2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.9 mM [U-15N] RAD18, 25 mM MES-Bis-TRIS, 50 mM KCl, 10 uM ZnCl2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RAD18, 25 mM MES-Bis-TRIS, 50 mM KCl, 10 uM ZnCl2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.2 mM [U-100% 15N] RAD18, 1.0 mM Ubiquitin, 25 mM MES-Bis-TRIS, 50 mM KCl, 10 uM ZnCl2, 5 % Alkyl-polyethylene glycol (C12E5)/n-hexanol mixture, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1.0 mM RAD18, 0.2 mM [U-100% 15N] Ubiquitin, 25 mM MES-Bis-TRIS, 50 mM KCl, 10 uM ZnCl2, 5 % Alkyl-polyethylene glycol (C12E5)/n-hexanol mixture, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 5VNZ Structure of a TRAF6-Ubc13~Ub complex 提交 2017-05-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 C
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；289 K；0.05-0.3 mM sodium citrate, 100 mM bBis-Tris propane, and 17-23% PEG 3350
|
分辨率 3.41 Å R-free 0.294 |
| 5VNZ Structure of a TRAF6-Ubc13~Ub complex 提交 2017-05-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 F
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；289 K；0.05-0.3 mM sodium citrate, 100 mM bBis-Tris propane, and 17-23% PEG 3350
|
分辨率 3.41 Å R-free 0.294 |
| 5VO0 Structure of a TRAF6-Ubc13~Ub complex 提交 2017-05-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 C
1–76（76 aa）
链 F
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 K POTASSIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；100-200 mM Na/K tartrate, 11-15% PEG 3350 and 100 mM bis-Tris propane pH 7.5
|
分辨率 3.90 Å R-free 0.299 |
| 5VZM Solution NMR structure of human Rev1 (932-1039) in complex with ubiquitin 提交 2017-05-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM sodium phosphate；压力 1
NMR测量条件
pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM sodium phosphate；压力 1
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin, 20 mM Sodium phosphate buffer, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rev1, 3 mM Ubiquitin, 50 mM Sodium phosphate buffer, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
3 mM Rev1, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin, 50 mM Sodium phosphate buffer, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 5VZW TRIM23 RING domain in complex with UbcH5-Ub 提交 2017-05-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 C
1–76（76 aa）
链 D
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 0.2 M calcium chloride, 17% w/v PEG3350
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.237 |
| 5W46 Structure of S65D Phosphomimetic Ubiquitin Refined at 1.2 Angstroms Resolution 提交 2017-06-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–76（76 aa）
|
突变：S65D | MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；295 K；Tris pH 8.0, magnesium chloride, PEG 3350, Hepes
|
分辨率 1.18 Å R-free 0.190 |
| 5W46 Structure of S65D Phosphomimetic Ubiquitin Refined at 1.2 Angstroms Resolution 提交 2017-06-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
突变：S65D | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；295 K；Tris pH 8.0, magnesium chloride, PEG 3350, Hepes
|
分辨率 1.18 Å R-free 0.190 |
| 5WFI X-ray structure of MHV PLP2 (Cys1716Ser) catalytic mutant in complex with free ubiquitin 提交 2017-07-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–76（76 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 5 FMT FORMIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；50 mM Tris, pH 7.5, 100 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 0.2 M potassium formate, 20% PEG3350
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.197 |
| 5WFI X-ray structure of MHV PLP2 (Cys1716Ser) catalytic mutant in complex with free ubiquitin 提交 2017-07-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–76（76 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 5 FMT FORMIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；50 mM Tris, pH 7.5, 100 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 0.2 M potassium formate, 20% PEG3350
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.197 |
| 5X3M crystal structure of p-Ub-S65-NH2 提交 2017-02-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES pH 7.5, 25%(w/v) Polyethylene Glycol 3350
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.271 |
| 5X3N Crystal structure of DiUb-K6 提交 2017-02-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M Magnesium formate dihydrate, 20%(w/v) Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.276 |
| 5X3O Crystal structure of p-DiUb-S65-COOH 提交 2017-02-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M Ammonium phosphate monobasic, 20%(w/v) Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.315 |
| 5XBO Lanthanoid tagging via an unnatural amino acid for protein structure characterization 提交 2017-03-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
未记录 | TB TERBIUM(III) ION × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 760
NMR样品组成
20mM HEPES, 100mM sodium chloride, 10% D2O, 0.2mM [U-99% 15N] ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
20mM HEPES, 100mM sodium chloride, 0.1mM [U-99% 15N] HHR23A UBA1 Domain, 0.1 mM ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 5XDP K11/48-branched teraubiquitin 提交 2017-03-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；289 K；0.2M Potassium nitrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.271 |
| 5XK4 Retracted state of S65-phosphorylated ubiquitin 提交 2017-05-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 760
NMR样品组成
0.8 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] phosphorylated ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 5XK5 Relaxed state of S65-phosphorylated ubiquitin 提交 2017-05-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 760
NMR样品组成
0.8 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] relaxed pUb, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 5XPK Crystal structure of ubiquitin-k6mimic 提交 2017-06-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Ammonium formate, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.310 |
| 5YIJ Structure of a Legionella effector with substrates 提交 2017-10-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 C
1–76（76 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-76
链 D
1–76（76 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-76
链 G
1–76（76 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-76
|
未记录 | NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；PEG 1000, Tris
|
分辨率 3.18 Å R-free 0.275 |
| 5YIK Structure of a Legionella effector with its substrate 提交 2017-10-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 C
1–76（76 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-76
链 D
1–76（76 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-76
链 F
1–76（76 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-76
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；PEG 1000, Tris
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.279 |
| 5YMY The structure of the complex between Rpn13 and K48-diUb 提交 2017-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–76（76 aa）
链 B
1–76（76 aa）
|
突变：K48R | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 760
NMR样品组成
0.58 mM [U-13C; U-15N; U-2H] Rpn13, 20 mM MES, 0.15 M sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 5YT6 Crystal structure of TAX1BP1 UBZ2 in complex with mono-ubiquitin 提交 2017-11-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
77–152（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Ammonium sulfate, BIS TRIS propane
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.225 |
| 5YT6 Crystal structure of TAX1BP1 UBZ2 in complex with mono-ubiquitin 提交 2017-11-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
77–152（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Ammonium sulfate, BIS TRIS propane
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.225 |
| 5YT6 Crystal structure of TAX1BP1 UBZ2 in complex with mono-ubiquitin 提交 2017-11-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
77–152（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Ammonium sulfate, BIS TRIS propane
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.225 |
| 5YT6 Crystal structure of TAX1BP1 UBZ2 in complex with mono-ubiquitin 提交 2017-11-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
77–152（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Ammonium sulfate, BIS TRIS propane
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.225 |
| 5ZBU Crystal Structure of PA-TM-RING E3 ligase RNF13 RING domain in complex with E2~Ub 提交 2018-02-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1M MES monohydrate, 14% PEG 4000
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.262 |
| 5ZD0 Solution structure of human ubiquitin with three alanine mutations in living eukaryotic cells by in-cell NMR spectroscopy 提交 2018-02-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–76（76 aa）
|
突变：L8A,I44A,V70A | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 0；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 AMBIENT
NMR测量条件
pH 0；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 AMBIENT
NMR样品组成
50 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] human ubiquitin with three alanine mutations 1, 50 uM [U-100% 15N] human ubiquitin with three alanine mutations 2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6A6I Crystal structure of the winged-helix domain of Cockayne syndrome group B protein in complex with ubiquitin 提交 2018-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
突变：K48R | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；28% PEG1000, 10% glycerol, 0.1 M tricine (pH 8.0), and 350 mM MgCl2.
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.236 |
| 6A6I Crystal structure of the winged-helix domain of Cockayne syndrome group B protein in complex with ubiquitin 提交 2018-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
突变：K48R | GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；28% PEG1000, 10% glycerol, 0.1 M tricine (pH 8.0), and 350 mM MgCl2.
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.236 |
| 6A6I Crystal structure of the winged-helix domain of Cockayne syndrome group B protein in complex with ubiquitin 提交 2018-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
1–77（77 aa）
片段：UNP residues 1-77
|
突变：M77D | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；28% PEG1000, 10% glycerol, 0.1 M tricine (pH 8.0), and 350 mM MgCl2.
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.236 |
| 6A6I Crystal structure of the winged-helix domain of Cockayne syndrome group B protein in complex with ubiquitin 提交 2018-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 H
1–77（77 aa）
片段：UNP residues 1-77
|
突变：M77D | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；28% PEG1000, 10% glycerol, 0.1 M tricine (pH 8.0), and 350 mM MgCl2.
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.236 |
| 6ASR REV1 UBM2 domain complex with ubiquitin 提交 2017-08-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–76（76 aa）
片段：residues 1-76
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；0.1 M MES pH 6.0, 10 % PEG 8000
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.229 |
| 6ASR REV1 UBM2 domain complex with ubiquitin 提交 2017-08-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–76（76 aa）
片段：residues 1-76
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；0.1 M MES pH 6.0, 10 % PEG 8000
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.229 |
| 6BVA Ubiquitin Variant (UbV.Fl10.1) bound to a human Skp1-Fbl10 fragment complex. 提交 2017-12-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
76–152（77 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Hepes pH 7.5, 0.2 M calcium chloride, 18% (w/v) PEG 6000
|
分辨率 2.66 Å R-free 0.263 |
| 6BVA Ubiquitin Variant (UbV.Fl10.1) bound to a human Skp1-Fbl10 fragment complex. 提交 2017-12-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
76–152（77 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Hepes pH 7.5, 0.2 M calcium chloride, 18% (w/v) PEG 6000
|
分辨率 2.66 Å R-free 0.263 |
| 6BYH Ubiquitin Variant (UbV.Fl11.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2017-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
76–152（77 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M PCTP buffer pH6, 25% (w/v) PEG 1500
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.294 |
| 6BYH Ubiquitin Variant (UbV.Fl11.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2017-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
76–152（77 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M PCTP buffer pH6, 25% (w/v) PEG 1500
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.294 |
| 6BYH Ubiquitin Variant (UbV.Fl11.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2017-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
76–152（77 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M PCTP buffer pH6, 25% (w/v) PEG 1500
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.294 |
| 6C16 Ubiquitin variant (UbV.Fbl10.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2018-01-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
77–152（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1 M malic acid pH 4.5, 0.15 M sodium chloride, 27% (w/v) PEG3350
|
分辨率 3.27 Å R-free 0.317 |
| 6C16 Ubiquitin variant (UbV.Fbl10.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2018-01-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
77–152（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1 M malic acid pH 4.5, 0.15 M sodium chloride, 27% (w/v) PEG3350
|
分辨率 3.27 Å R-free 0.317 |
| 6CP2 SidC in complex with UbcH7~Ub 提交 2018-03-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
75–152（78 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；16% PEG 3000, 0.1 M Tris pH 9.0
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.288 |
| 6DGF Ubiquitin Variant bound to USP2 提交 2018-05-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
153–226（74 aa）
|
突变：Q2C, K6C, K11R, T12C | ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1 M MES buffer pH 6, 12% (w/v) PEG3350, 0.2M sodium sulfate
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.224 |
| 6EI1 Crystal structure of the covalent complex between deubiquitinase ZUFSP (ZUP1) and Ubiquitin-PA 提交 2017-09-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–75（75 aa）
|
未记录 | AYE prop-2-en-1-amine × 1 GOL GLYCEROL × 1 MLI MALONATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5；277 K；0.2 M sodium malonate pH 5, 20 % PEG 3350
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.203 |
| 6FDK Structure of Chlamydia trachomatis effector protein Cdu1 bound to ubiquitin 提交 2017-12-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–75（75 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M MES pH 6.5, 12% PEG 20000
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.203 |
| 6FGE Crystal structure of human ZUFSP/ZUP1 in complex with ubiquitin 提交 2018-01-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MLI MALONATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 2 FMT FORMIC ACID × 7 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 NH4 AMMONIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；4% v/v Tacsimate pH 5.0 and 12% w/v Polyethylene glycol 3,350.
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.209 |
| 6FTX Structure of the chromatin remodelling enzyme Chd1 bound to a ubiquitinylated nucleosome 提交 2018-02-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 N
1–76（76 aa）
链 O
1–76（76 aa）
|
未记录 | BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 6FX4 Disulfide between E3 HECT ligase Smurf2 and Ubiquitin G76C 提交 2018-03-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
突变：G76C | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；1.36M tri-Sodium citrat pH6.5, 15% (v/v) Glycerol
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.239 |
| 6FX4 Disulfide between E3 HECT ligase Smurf2 and Ubiquitin G76C 提交 2018-03-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–76（76 aa）
|
突变：G76C | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；1.36M tri-Sodium citrat pH6.5, 15% (v/v) Glycerol
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.239 |
| 6FYH Disulfide between ubiquitin G76C and the E3 HECT ligase Huwe1 提交 2018-03-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
突变：G76C | SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.8M Zn SO4 0.1M Na Acetat pH 4.0
|
分辨率 2.91 Å R-free 0.266 |
| 6GLC Structure of phospho-Parkin bound to phospho-ubiquitin 提交 2018-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 6 GOL GLYCEROL × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) MPD, 0.03 M of each sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, ammonium sulphate, 0.1 M MOPS/HEPES-Na (pH 7.5)
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.205 |
| 6GZS Structure of Chlamydia trachomatis effector protein ChlaDUB1 bound to ubiquitin 提交 2018-07-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–75（75 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M MES (pH 6.0), 20% PEG 6000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.213 |
| 6H4H Usp28 catalytic domain variant E593D in complex with UbPA 提交 2018-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 C
1–75（75 aa）
链 D
1–75（75 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；273 K；0.1 M Citrate pH 5.0
0.8 M Ammonium Sulfate
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.280 |
| 6HEI Structure of the catalytic domain of USP28 (insertion deleted) bound to Ubiquitin-PA 提交 2018-08-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
77–151（75 aa）
|
突变：residue 76 replaced with PA warhead 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；22% (w/v) PEG 3350, 300 mM potassium sodium tartrate
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.214 |
| 6HEK Structure of human USP28 bound to Ubiquitin-PA 提交 2018-08-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
77–152（76 aa）
链 D
77–152（76 aa）
|
突变：residue 76 replaced with PA warhead 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：residue 76 replaced with PA warhead 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；291 K；8% (w/v) PEG 3350, 200 mM ammonium acetate and 100 mM sodium citrate pH 5.4
|
分辨率 3.03 Å R-free 0.237 |
| 6HPR Crystal structure of cIAP1 RING domain bound to UbcH5B-Ub and a non-covalent Ub 提交 2018-09-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
75–152（78 aa）
链 D
75–152（78 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M ammonium fluoride and 15% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.197 |
| 6IF1 Crystal structure of Ube2K and K48-linked di-ubiquitin complex 提交 2018-09-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；293 K；Tris-HCl,
polyethylene glycol 3350,
ammonium acetate.
|
分辨率 2.47 Å R-free 0.236 |
| 6IF1 Crystal structure of Ube2K and K48-linked di-ubiquitin complex 提交 2018-09-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；293 K；Tris-HCl,
polyethylene glycol 3350,
ammonium acetate.
|
分辨率 2.47 Å R-free 0.236 |
| 6ISU Crystal structure of Lys27-linked di-ubiquitin in complex with its selective interacting protein UCHL3 提交 2018-11-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–76（76 aa）
链 C
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；18% PEG 3350 (w/v), 400 mM Ca(AC)2
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.264 |
| 6JB6 Crystal structure of Ub-conjugated Ube2K C92K&K97A mutant (isopeptide linkage), 2.7 A resolution 提交 2019-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, PEG 400, magnesium chloride
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.284 |
| 6JB7 Crystal structure of Ub-conjugated Ube2K C92K&K97A mutant (isopeptide linkage), 2.1 A resolution 提交 2019-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, PEG 400, magnesium chloride
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.250 |
| 6JMA cryo-EM structure of DOT1L bound to H2B ubiquitinated nucleosome 提交 2019-03-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 Y
1–76（76 aa）
|
未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.80 Å |
| 6K9P Structure of Deubiquitinase 提交 2019-06-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；291 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.210 |
| 6LP2 Structure of Lpg2148/UBE2N-Ub complex 提交 2020-01-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG 3350, potassium citrate
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.233 |
| 6MSB Cryo-EM structures and dynamics of substrate-engaged human 26S proteasome 提交 2018-10-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric |
链 u
1–76（76 aa）
链 w
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 6MSD Cryo-EM structures and dynamics of substrate-engaged human 26S proteasome 提交 2018-10-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric |
链 u
1–76（76 aa）
链 w
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6MSE Cryo-EM structures and dynamics of substrate-engaged human 26S proteasome 提交 2018-10-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric |
链 u
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 6MSG Cryo-EM structures and dynamics of substrate-engaged human 26S proteasome 提交 2018-10-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric |
链 u
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6N13 UbcH7-Ub Complex with R0RBR Parkin and phosphoubiquitin 提交 2018-11-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 D
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR样品组成
0.11 mM [U-13C; U-15N; U-2H] UbcH7, 0.11 mM [U-13C; U-15N; U-2H] ubiquitin, 0.11 mM [U-2H] Parkin -residues 144-465 comprising the RING0-RING1-IBR and RING2(Rcat) domains, 0.11 mM [U-2H] phosphorylated ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6NJ9 Active state Dot1L bound to the H2B-Ubiquitinated nucleosome, 2-to-1 complex 提交 2019-01-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 L
1–76（76 aa）
链 N
1–76（76 aa）
|
突变：G76C 突变：G76C | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solutions were prepared on the day of freezing and filtered though a 0.2 um filter prior to use.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot once for 3.5 seconds before freezing.
|
分辨率 2.96 Å |
| 6OQ1 Crystal Structure of Branched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin 提交 2019-04-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–76（76 aa）
链 C
1–76（76 aa）
链 F
1–77（77 aa）
|
突变：K11R, K48C, K63R 突变：K48R 突变：M77D | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；bis-tris, sodium chloride, PEG 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.230 |
| 6OQ1 Crystal Structure of Branched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin 提交 2019-04-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–76（76 aa）
链 D
1–76（76 aa）
链 E
1–77（77 aa）
|
突变：K11R, K48C, K63R 突变：K48R 突变：M77D | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；bis-tris, sodium chloride, PEG 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.230 |
| 6OQ2 NMR Structure of Branched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin 提交 2019-04-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–76（76 aa）
链 D
1–76（76 aa）
链 E
1–77（77 aa）
|
突变：K11R, K48R, K63R 突变：K48R 突变：M77D | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1
NMR样品组成
120 uM [U-15N-distal11] Branched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
100 uM [U-15N-distal48] Branched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
60 uM [U-15N-distal11] Branched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
110 uM [U-15N-distal48] Branched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6PGV Human Josephin-2 in complex with ubiquitin 提交 2019-06-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–75（75 aa）
|
未记录 | NEH ETHANAMINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 4.6；293 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 0.2 M CaCl2, 22.5% (w/v) PEG 6000; microbatch under Al's Oil
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.224 |
| 6QK9 A dimeric ubiquitin formed by a single amino acid substitution 提交 2019-01-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
77–150（74 aa）
链 B
77–150（74 aa）
|
突变：G10V 突变：G10V | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.06 M Divalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate, 0.3M Calcium chloride
dihydrate), 50% Precipitation mix 1 (40% v/v PEG 500 MME, 20 % w/v PEG 20000), 0.1 M MES pH 6.5
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.281 |
| 6QK9 A dimeric ubiquitin formed by a single amino acid substitution 提交 2019-01-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
77–150（74 aa）
链 D
77–150（74 aa）
|
突变：G10V 突变：G10V | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.06 M Divalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate, 0.3M Calcium chloride
dihydrate), 50% Precipitation mix 1 (40% v/v PEG 500 MME, 20 % w/v PEG 20000), 0.1 M MES pH 6.5
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.281 |
| 6QK9 A dimeric ubiquitin formed by a single amino acid substitution 提交 2019-01-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
77–150（74 aa）
链 F
77–150（74 aa）
|
突变：G10V 突变：G10V | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.06 M Divalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate, 0.3M Calcium chloride
dihydrate), 50% Precipitation mix 1 (40% v/v PEG 500 MME, 20 % w/v PEG 20000), 0.1 M MES pH 6.5
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.281 |
| 6QK9 A dimeric ubiquitin formed by a single amino acid substitution 提交 2019-01-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
77–150（74 aa）
链 H
77–150（74 aa）
|
突变：G10V 突变：G10V | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.06 M Divalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate, 0.3M Calcium chloride
dihydrate), 50% Precipitation mix 1 (40% v/v PEG 500 MME, 20 % w/v PEG 20000), 0.1 M MES pH 6.5
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.281 |
| 6QK9 A dimeric ubiquitin formed by a single amino acid substitution 提交 2019-01-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 I
77–150（74 aa）
链 J
77–150（74 aa）
|
突变：G10V 突变：G10V | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.06 M Divalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate, 0.3M Calcium chloride
dihydrate), 50% Precipitation mix 1 (40% v/v PEG 500 MME, 20 % w/v PEG 20000), 0.1 M MES pH 6.5
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.281 |
| 6QK9 A dimeric ubiquitin formed by a single amino acid substitution 提交 2019-01-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 K
77–150（74 aa）
链 L
77–150（74 aa）
|
突变：G10V 突变：G10V | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.06 M Divalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate, 0.3M Calcium chloride
dihydrate), 50% Precipitation mix 1 (40% v/v PEG 500 MME, 20 % w/v PEG 20000), 0.1 M MES pH 6.5
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.281 |
| 6QML UCHL3 in complex with synthetic, K27-linked diubiquitin 提交 2019-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
突变：M1(NLE) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | K POTASSIUM ION × 2 BR BROMIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298.15 K；Drops set up in MRC 2 well, 96 well plate using a Mosquito crystallization robot. 100+100 nl drops.
Best crystals:
21% PEG 3350
0.15M KBr
0.1M Bis-Tris pH 5.5
Crystals grow also in KCl and AmSO4 (0.2 M), or with PEG 200 MME. Crystals can be obtained at 4C as well.
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.233 |
| 6QML UCHL3 in complex with synthetic, K27-linked diubiquitin 提交 2019-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
1–76（76 aa）
|
突变：M1(NLE) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | K POTASSIUM ION × 3 BR BROMIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298.15 K；Drops set up in MRC 2 well, 96 well plate using a Mosquito crystallization robot. 100+100 nl drops.
Best crystals:
21% PEG 3350
0.15M KBr
0.1M Bis-Tris pH 5.5
Crystals grow also in KCl and AmSO4 (0.2 M), or with PEG 200 MME. Crystals can be obtained at 4C as well.
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.233 |
| 6UD0 Solution-state NMR structural ensemble of human Tsg101 UEV in complex with K63-linked diubiquitin 提交 2019-09-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–76（76 aa）
链 B
1–77（77 aa）
|
突变：K63R 突变：+D77 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 5.8；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 1
NMR样品组成
200 uM [U-98% 15N] Tsg101 UEV domain, 200 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 200 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成
200 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 200 uM [U-98% 15N] K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成
200 uM Tsg101 UEV domain, 200 uM [U-98% 15N] K63-linked diubiquitin, distal domain, 200 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成
200 uM Tsg101 UEV domain, 200 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 200 uM [U-98% 15N] K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成
125 uM [U-98% 15N] Tsg101 UEV domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成
125 uM [U-98% 15N] Tsg101 UEV domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成
125 uM [U-98% 15N] Tsg101 UEV domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成
125 uM [U-98% 15N] Tsg101 UEV domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成
200 uM [U-98% 15N] Tsg101 UEV domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成
200 uM [U-98% 15N] K63-linked diubiquitin, distal domain, 200 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6UYI hRpn13:hRpn2:K48-diubiquitin 提交 2019-11-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 C
1–77（77 aa）
链 D
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.5；298.15 K；离子强度（mmCIF原始值）0.11；压力 ambient
NMR样品组成
0.6 mM [U-13C] Rpn13, 0.6 mM Rpn2, 0.72 mM [U-13C] proximal ubiquitin, 0.72 mM distal ubiquitin, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
0.6 mM [U-13C] Rpn13, 0.6 mM Rpn2, 0.72 mM proximal ubiquitin, 0.72 mM [U-13C] distal ubiquitin, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6UYJ hRpn13:hRpn2:K48-diubiquitin 提交 2019-11-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 C
1–77（77 aa）
链 D
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.5；298.15 K；离子强度（mmCIF原始值）0.11；压力 ambient
NMR样品组成
0.6 mM [U-13C] Rpn13, 0.6 mM Rpn2, 0.72 mM [U-13C] proximal ubiquitin, 0.72 mM distal ubiquitin, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
0.6 mM [U-13C] Rpn13, 0.6 mM Rpn2, 0.72 mM [U-13C] proximal ubiquitin, 0.72 mM distal ubiquitin, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6XZ1 Conjugate of the HECT domain of HUWE1 with ubiquitin 提交 2020-01-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–75（75 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 2 AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.65 M Sodium phosphate monobasic, potassium phosphate dibasic, 0.1 M HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.255 |
| 6XZ1 Conjugate of the HECT domain of HUWE1 with ubiquitin 提交 2020-01-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–75（75 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 3 AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.65 M Sodium phosphate monobasic, potassium phosphate dibasic, 0.1 M HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.255 |
| 7AHZ Crystal structure of Western clawed frog MDM2 RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub 提交 2020-09-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 CCC
75–152（78 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；0.1 M HEPES, 10 % w/v PEG 20000
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.231 |
| 7AHZ Crystal structure of Western clawed frog MDM2 RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub 提交 2020-09-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 FFF
75–152（78 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；0.1 M HEPES, 10 % w/v PEG 20000
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.231 |
| 7AHZ Crystal structure of Western clawed frog MDM2 RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub 提交 2020-09-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 III
75–152（78 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；0.1 M HEPES, 10 % w/v PEG 20000
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.231 |
| 7AHZ Crystal structure of Western clawed frog MDM2 RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub 提交 2020-09-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 LLL
75–152（78 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；0.1 M HEPES, 10 % w/v PEG 20000
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.231 |
| 7AI0 Crystal structure of human MDM2-G443T RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub (Crystal form 1) 提交 2020-09-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 CCC
75–152（78 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；0.1 M Tris, 0.075 M NaOAc, 0.1 M NaCl, 15 % w/v PEG Smear Medium
|
分辨率 1.56 Å R-free 0.185 |
| 7AI0 Crystal structure of human MDM2-G443T RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub (Crystal form 1) 提交 2020-09-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 FFF
75–152（78 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；0.1 M Tris, 0.075 M NaOAc, 0.1 M NaCl, 15 % w/v PEG Smear Medium
|
分辨率 1.56 Å R-free 0.185 |
| 7AI1 Crystal structure of human MDM2-G443T RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub (Crystal form 2) 提交 2020-09-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 CCC
75–152（78 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M HEPES, 0.2 M NH4NO3, 20 % w/v PEG Smear Broad
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.266 |
| 7AI1 Crystal structure of human MDM2-G443T RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub (Crystal form 2) 提交 2020-09-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 FFF
75–152（78 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M HEPES, 0.2 M NH4NO3, 20 % w/v PEG Smear Broad
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.266 |
| 7AY2 Crystal structure of truncated USP1-UAF1 reacted with ubiquitin-prg 提交 2020-11-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1–75（75 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；8-13% w/v PEG3350, 0.1 M citric acid/Bis-Tris propane pH 4.1
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.234 |
| 7AY2 Crystal structure of truncated USP1-UAF1 reacted with ubiquitin-prg 提交 2020-11-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
1–75（75 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；8-13% w/v PEG3350, 0.1 M citric acid/Bis-Tris propane pH 4.1
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.234 |
| 7CAP Cyclic Lys48-linked triubiquitin 提交 2020-06-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–76（76 aa）
链 B
1–76（76 aa）
链 C
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；293 K；20% PEG 3350, 200 mM zinc acetate
|
分辨率 1.33 Å R-free 0.174 |
| 7DNJ K63-polyUb MDA5CARDs complex 提交 2020-12-09 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 E
1–76（76 aa）
链 F
1–76（76 aa）
链 G
1–76（76 aa）
链 H
1–76（76 aa）
链 I
1–76（76 aa）
链 J
1–76（76 aa）
链 K
1–76（76 aa）
链 L
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.30 Å |
| 7F7X Protein complex between phosphorylated ubiquitin and Ubqln2 UBA 提交 2021-06-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1
NMR样品组成
20 mM HEPES, 0.15 M sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7JMS Structure of the Hazara virus OTU bound to ubiquitin 提交 2020-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–75（75 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 AYE prop-2-en-1-amine × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.3 M calcium chloride, 20% PEG 4000
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.273 |
| 7JMS Structure of the Hazara virus OTU bound to ubiquitin 提交 2020-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–75（75 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 AYE prop-2-en-1-amine × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.3 M calcium chloride, 20% PEG 4000
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.273 |
| 7JMS Structure of the Hazara virus OTU bound to ubiquitin 提交 2020-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
1–75（75 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.3 M calcium chloride, 20% PEG 4000
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.273 |
| 7JMS Structure of the Hazara virus OTU bound to ubiquitin 提交 2020-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 H
1–75（75 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.3 M calcium chloride, 20% PEG 4000
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.273 |
| 7LYC Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A Lys13 and Lys15 in complex with BARD1 (residues 415-777) 提交 2021-03-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 K
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.94 Å |
| 7M2K CDC34A-Ubiquitin-2ab inhibitor complex 提交 2021-03-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | GZM 4-[(3',5'-dichloro[1,1'-biphenyl]-4-yl)methyl]-N-ethyl-1-(methoxyacetyl)piperidine-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH 7.0
29% PEG3350
40 mM DL-Malic acid
5 mM DTT
|
分辨率 2.47 Å R-free 0.276 |
| 7M2K CDC34A-Ubiquitin-2ab inhibitor complex 提交 2021-03-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–76（76 aa）
|
未记录 | GZM 4-[(3',5'-dichloro[1,1'-biphenyl]-4-yl)methyl]-N-ethyl-1-(methoxyacetyl)piperidine-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH 7.0
29% PEG3350
40 mM DL-Malic acid
5 mM DTT
|
分辨率 2.47 Å R-free 0.276 |
| 7M2K CDC34A-Ubiquitin-2ab inhibitor complex 提交 2021-03-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
1–76（76 aa）
|
未记录 | GZM 4-[(3',5'-dichloro[1,1'-biphenyl]-4-yl)methyl]-N-ethyl-1-(methoxyacetyl)piperidine-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH 7.0
29% PEG3350
40 mM DL-Malic acid
5 mM DTT
|
分辨率 2.47 Å R-free 0.276 |
| 7M2K CDC34A-Ubiquitin-2ab inhibitor complex 提交 2021-03-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 H
1–76（76 aa）
|
未记录 | GZM 4-[(3',5'-dichloro[1,1'-biphenyl]-4-yl)methyl]-N-ethyl-1-(methoxyacetyl)piperidine-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH 7.0
29% PEG3350
40 mM DL-Malic acid
5 mM DTT
|
分辨率 2.47 Å R-free 0.276 |
| 7MC9 X-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA 提交 2021-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–75（75 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.30M MgCl2, 0.1M Tris, and 16% PEG 4k
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.257 |
| 7MC9 X-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA 提交 2021-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–75（75 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.30M MgCl2, 0.1M Tris, and 16% PEG 4k
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.257 |
| 7MC9 X-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA 提交 2021-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
1–75（75 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.30M MgCl2, 0.1M Tris, and 16% PEG 4k
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.257 |
| 7MC9 X-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA 提交 2021-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 H
1–75（75 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.30M MgCl2, 0.1M Tris, and 16% PEG 4k
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.257 |
| 7MC9 X-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA 提交 2021-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 J
1–75（75 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.30M MgCl2, 0.1M Tris, and 16% PEG 4k
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.257 |
| 7MC9 X-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA 提交 2021-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 L
1–75（75 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.30M MgCl2, 0.1M Tris, and 16% PEG 4k
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.257 |
| 7MC9 X-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA 提交 2021-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 N
1–75（75 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.30M MgCl2, 0.1M Tris, and 16% PEG 4k
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.257 |
| 7MC9 X-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA 提交 2021-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 P
1–75（75 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.30M MgCl2, 0.1M Tris, and 16% PEG 4k
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.257 |
| 7MEY Structure of yeast Ubr1 in complex with Ubc2 and monoubiquitinated N-degron 提交 2021-04-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
1–75（75 aa）
片段：K48C
链 D
1–75（75 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 Z3V 2-(ethylamino)ethane-1-thiol × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.67 Å |
| 7MYF Ubiquitin variant UbV.k.1 in complex with Ube2k 提交 2021-05-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–75（75 aa）
|
突变：Q31F, G21R, T23Y, A57S, K59Q, K74E, E75F, T77F, V81I, L82S | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2-0.3 M ammonium citrate dibasic, 20-25% PEG3350
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.293 |
| 7MYH Ubiquitin variant UbV.k.2 in complex with Ube2k 提交 2021-05-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–75（75 aa）
|
突变：K6S, L8F, T9V, K11L, T14M, K63N, E64D, T66I, H68R, L71I, G76L | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；0.2 M sodium citrate tribasic trihydrate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.5, 20% PEG3350
|
分辨率 2.39 Å R-free 0.249 |
| 7OJE Crystal structure of the covalent complex between Tribolium castaneum deubiquitinase ZUP and Ubiquitin-PA 提交 2021-05-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CIT CITRIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；8 % (v/v) Tacsimate pH 7; 22 %PEG3350
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.219 |
| 7OJE Crystal structure of the covalent complex between Tribolium castaneum deubiquitinase ZUP and Ubiquitin-PA 提交 2021-05-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CIT CITRIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；8 % (v/v) Tacsimate pH 7; 22 %PEG3350
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.219 |
| 7OJX E2 UBE2K covalently linked to donor Ub, acceptor di-Ub, and RING E3 primed for K48-linked Ub chain synthesis 提交 2021-05-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
1–76（76 aa）
链 D
1–76（76 aa）
链 E
1–76（76 aa）
|
突变：K48C | ZN ZINC ION × 2 ME7 1,1'-ethane-1,2-diylbis(1H-pyrrole-2,5-dione) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；Crystals were grown in: 0.2 M sodium citrate, 0.1 M Bis Tris propane 7.5 and 20 % (w/v) PEG 3350. The crystallization drops were set as a 1:1 mixture of the protein complex solution and the precipitant solution.
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.236 |
| 7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric |
链 9
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.00 Å |
| 7RBR The crystal structure of Papain-Like Protease of SARS CoV-2, C111S mutant, in complex with a Lys48-linked di-ubiquitin 提交 2021-07-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–77（77 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；280 K；0.2 M di-sodium tartrate, 20% PEG-3350,
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.228 |
| 7RMA Structure of the fourth UIM (Ubiquitin Interacting Motif) of ANKRD13D in complex with a high affinity UbV (Ubiquitin Variant) 提交 2021-07-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–79（79 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；0.1M Li2SO4, 0.1M sodium acetate pH 4.5 and 50% PEG 400. Crystals were cryoprotected in this buffer plus 20% ethylene glycol
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.246 |
| 7S6O The crystal structure of Lys48-linked di-ubiquitin 提交 2021-09-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–76（76 aa）
链 B
1–76（76 aa）
|
突变：K48R 突变：Aspartic acid residue added to C terminus (D77) | ACT ACETATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；289 K；50 mM acetate, 8.6% PEG2000 MME, 17.1% PEG400
|
分辨率 1.25 Å R-free 0.175 |
| 7UV5 The crystal structure of Papain-Like Protease of SARS CoV-2, C111S/D286N mutant, in complex with a Lys48-linked di-ubiquitin 提交 2022-04-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1–76（76 aa）
|
突变：K48R | ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；0.2 M sodium tartrate, 15% PEG3350
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.179 |
| 7W38 Structure of USP14-bound human 26S proteasome in state EA2.0_UBL 提交 2021-11-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric |
链 u
1–76（76 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7W39 Structure of USP14-bound human 26S proteasome in state EA2.1_UBL 提交 2021-11-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric |
链 u
1–76（76 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7W3A Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED4_USP14 提交 2021-11-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric |
链 y
1–76（76 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7W3B Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED5_USP14 提交 2021-11-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric |
链 y
1–76（76 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7W3C Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED0_USP14 提交 2021-11-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric |
链 y
1–76（76 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7W3F Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED1_USP14 提交 2021-11-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric |
链 y
1–76（76 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7W3G Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED2.0_USP14 提交 2021-11-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric |
链 y
1–76（76 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7W3H Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED2.1_USP14 提交 2021-11-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric |
链 y
1–76（76 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7W3I Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-inhibited state SB_USP14 提交 2021-11-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric |
链 y
1–76（76 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7W3J Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-inhibited state SC_USP14 提交 2021-11-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric |
链 y
1–76（76 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7W3K Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-inhibited state SD4_USP14 提交 2021-11-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric |
链 y
1–76（76 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7W3M Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-inhibited state SD5_USP14 提交 2021-11-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric |
链 y
1–76（76 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7XCR Cryo-EM structure of Dot1L and H2BK34ub-H3K79Nle nucleosome 1:1 complex 提交 2022-03-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 L
1–76（76 aa）
|
未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.57 Å |
| 7XCT Cryo-EM structure of Dot1L and H2BK34ub-H3K79Nle nucleosome 2:1 complex 提交 2022-03-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 L
1–76（76 aa）
链 N
1–76（76 aa）
|
未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.72 Å |
| 8BS9 Structure of USP36 in complex with Ubiquitin-PA 提交 2022-11-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–75（75 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 AYE prop-2-en-1-amine × 1 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；0.3 M potassium formate, 14% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.209 |
| 8BS9 Structure of USP36 in complex with Ubiquitin-PA 提交 2022-11-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–75（75 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 AYE prop-2-en-1-amine × 1 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；0.3 M potassium formate, 14% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.209 |
| 8C07 Structure of HECT E3 UBR5 forming K48 linked Ubiquitin chains 提交 2022-12-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 I
1–76（76 aa）
链 K
1–76（76 aa）
|
未记录 | SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8C61 Structure of USP54 in complex with Lys63-linked diUbiquitin-PA 提交 2023-01-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 B
1–75（75 aa）
链 C
1–76（76 aa）
链 E
1–75（75 aa）
链 F
1–76（76 aa）
|
突变：K63R 突变：K63R | ZN ZINC ION × 6 AYE prop-2-en-1-amine × 2 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；27.2 % (v/v) PEG 400, 0.1 M HEPES, 0.2 M calcium chloride
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.243 |
| 8C61 Structure of USP54 in complex with Lys63-linked diUbiquitin-PA 提交 2023-01-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 H
1–75（75 aa）
链 I
1–76（76 aa）
链 K
1–75（75 aa）
链 L
1–76（76 aa）
|
突变：K63R 突变：K63R | ZN ZINC ION × 6 AYE prop-2-en-1-amine × 2 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；27.2 % (v/v) PEG 400, 0.1 M HEPES, 0.2 M calcium chloride
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.243 |
| 8DMQ Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain MavL in complex with ubiquitin vinyl methyl ester 提交 2022-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–75（75 aa）
|
未记录 | FLC CITRATE ANION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.209 |
| 8DMQ Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain MavL in complex with ubiquitin vinyl methyl ester 提交 2022-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–75（75 aa）
|
未记录 | FLC CITRATE ANION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.209 |
| 8DMS Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain MavL in complex with ubiquitin vinyl methyl ester soaked with ADP-ribose 提交 2022-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–75（75 aa）
|
未记录 | 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.207 |
| 8DMS Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain MavL in complex with ubiquitin vinyl methyl ester soaked with ADP-ribose 提交 2022-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–75（75 aa）
|
未记录 | AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 FLC CITRATE ANION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.207 |
| 8EFW Structure of SdeA DUB Domain disulfide crosslinked with Ubiquitin 提交 2022-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–76（76 aa）
|
突变：G76C | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；2.8M sodium acetate: HCl pH7
|
分辨率 2.81 Å |
| 8EFX Structure of OtDUB DUB Domain disulfide crosslinked with Ubiquitin 提交 2022-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
突变：G76C | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.16M Magnesium chloride, 0.08M Tris at pH 8.5, 24% PEG 8000 and 20% glycerol
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.229 |
| 8EHO PRRSV-1 PLP2 domain bound to ubiquitin 提交 2022-09-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–75（75 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 3CN 3-AMINOPROPANE × 1 NO3 NITRATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% PEG 3350, 0.2M Mg(NO3)2
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.247 |
| 8EHO PRRSV-1 PLP2 domain bound to ubiquitin 提交 2022-09-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–75（75 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 3CN 3-AMINOPROPANE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% PEG 3350, 0.2M Mg(NO3)2
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.247 |
| 8EHO PRRSV-1 PLP2 domain bound to ubiquitin 提交 2022-09-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
1–75（75 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 3CN 3-AMINOPROPANE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% PEG 3350, 0.2M Mg(NO3)2
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.247 |
| 8F1F Structure of K48-linked tri-ubiquitin in complex with cyclic peptide 提交 2022-11-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–76（76 aa）
链 B
1–76（76 aa）
链 C
1–76（76 aa）
|
突变：D77 added to the C-terminus 突变：K48R | GOL GLYCEROL × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Droplets were formed by mixing equal volumes of Ub3:Ub4a complex (8 mg/ml) and the crystallization solution containing 0.15 M NaCl, 23% (w/v) PEG 3350 and 0.1 M HEPES (pH 7.5)
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.298 |
| 8F1F Structure of K48-linked tri-ubiquitin in complex with cyclic peptide 提交 2022-11-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 a
1–76（76 aa）
链 b
1–76（76 aa）
链 c
1–76（76 aa）
|
突变：D77 added to the C-terminus 突变：K48R | EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Droplets were formed by mixing equal volumes of Ub3:Ub4a complex (8 mg/ml) and the crystallization solution containing 0.15 M NaCl, 23% (w/v) PEG 3350 and 0.1 M HEPES (pH 7.5)
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.298 |
| 8G6G H2BK120ub+H3K79me2-modified nucleosome ubiquitin position 5 提交 2023-02-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 K
1–76（76 aa）
|
突变：G76C | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.93 Å |
| 8G6H H2BK120ub+H3K79me2-modified nucleosome ubiquitin position 6 提交 2023-02-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 K
1–76（76 aa）
|
突变：G76C | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.06 Å |
| 8G6Q H2AK119ub-modified nucleosome ubiquitin position 1 提交 2023-02-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 K
1–76（76 aa）
|
突变：G76C | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.41 Å |
| 8G6S H2AK119ub-modified nucleosome ubiquitin position 2 提交 2023-02-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 K
1–76（76 aa）
|
突变：G76C | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.47 Å |
| 8GRM Cryo-EM structure of PRC1 bound to H2AK119-UbcH5b-Ub nucleosome 提交 2022-09-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 O
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å |
| 8H1T Cryo-EM structure of BAP1-ASXL1 bound to chromatosome 提交 2022-10-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 M
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8IC9 Lys48-linked K48C-diubiquitin 提交 2023-02-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–76（76 aa）
链 B
1–76（76 aa）
|
突变：K48C | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；38% 2-methyl-2,4-pentanediol and 50 mM sodium citrate (pH 4.0)
|
分辨率 1.25 Å R-free 0.219 |
| 8IC9 Lys48-linked K48C-diubiquitin 提交 2023-02-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–76（76 aa）
链 D
1–76（76 aa）
|
突变：K48C | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；38% 2-methyl-2,4-pentanediol and 50 mM sodium citrate (pH 4.0)
|
分辨率 1.25 Å R-free 0.219 |
| 8ITP Crystal structure of USP47 catalytic domain complex with ubiquitin 提交 2023-03-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM bis-Tris (pH 5.5),
25% PEG 3350,
50 mM MgCl2
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.284 |
| 8ITP Crystal structure of USP47 catalytic domain complex with ubiquitin 提交 2023-03-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM bis-Tris (pH 5.5),
25% PEG 3350,
50 mM MgCl2
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.284 |
| 8J1P Cryo-EM structure of Ufd4 in complex with K29/48 triUb 提交 2023-04-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 C
1–76（76 aa）
链 D
1–76（76 aa）
链 E
1–76（76 aa）
|
突变：K29C | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.31 Å |
| 8JRT Cryo-EM structure of human 26S proteasomal RP subcomplex (Ea state) bound to K11/K48-branched ubiquitin (Ub) chain composed of three Ub. 提交 2023-06-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric |
链 u
77–152（76 aa）
链 v
77–152（76 aa）
链 w
77–152（76 aa）
|
突变：K63R 突变：K63R 突变：K63R | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；incubation time= 3 s
blotting time= 2.5 s
|
分辨率 3.60 Å |
| 8JTI Cryo-EM structure of human 26S RP (Eb state) bound to K11/K48-branched ubiquitin (Ub) chain composed of four Ub. 提交 2023-06-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：29-meric |
链 u
77–152（76 aa）
链 v
77–152（76 aa）
链 w
77–152（76 aa）
链 x
77–152（76 aa）
|
突变：K63R 突变：K63R 突变：K63R 突变：K63R | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；incubation time= 3 s
blotting time= 2.5 s
|
分辨率 3.80 Å |
| 8K0G Cryo-EM structure of human 26S RP (Ed state) bound to K11/K48-branched ubiquitin (Ub) chain composed of four Ub. 提交 2023-07-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric |
链 u
77–152（76 aa）
链 v
77–152（76 aa）
链 w
77–152（76 aa）
链 x
77–152（76 aa）
|
突变：K63R 突变：K63R 突变：K63R 突变：K63R | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；incubation time= 3 s
blotting time= 2.5 s
|
分辨率 3.80 Å |
| 8K6F LnaB-Actin-PRUb ternary complex 提交 2023-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 E
1–76（76 aa）
链 F
1–76（76 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；289 K；PEG8000, Sodium Choride, Sodium HEPES
|
分辨率 3.41 Å R-free 0.243 |
| 8K6R LnaB-Actin-PRUb ternary complex in the presence of AMPPNP 提交 2023-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1–76（76 aa）
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；289 K；Sodium Chloride, Sodium HEPES, PEG8000
|
分辨率 2.76 Å R-free 0.261 |
| 8K6V LnaB-Actin-PRUb ternary complex 提交 2023-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1–76（76 aa）
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；289 K；Magnesium acetate, MOPS, PEG8000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.307 |
| 8OYP Crystal structure of Ubiquitin specific protease 11 (USP11) in complex with a substrate mimetic 提交 2023-05-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–76（76 aa）
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NO3 NITRATE ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；100 mM Tris/Bicine pH 8.5, 30 mM sodium nitrate, 30 mM sodium phosphate dibasic, 30 mM ammonium sulphate, 11.25% v/v MPD; 11.25% PEG 1000; 11.25% w/v PEG 3350 with 5 mM CdCl2
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.235 |
| 8OYP Crystal structure of Ubiquitin specific protease 11 (USP11) in complex with a substrate mimetic 提交 2023-05-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–76（76 aa）
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NO3 NITRATE ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；100 mM Tris/Bicine pH 8.5, 30 mM sodium nitrate, 30 mM sodium phosphate dibasic, 30 mM ammonium sulphate, 11.25% v/v MPD; 11.25% PEG 1000; 11.25% w/v PEG 3350 with 5 mM CdCl2
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.235 |
| 8Q00 TssM-Ub-PA complex - A USP-like DUB from B. pseudomallei (193-430) reacted with Ub-PA 提交 2023-07-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | FLC CITRATE ANION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M ammonium citrate dibasic and 22 % w/v PEG 3350; 1:2, 1:1, 2:1 protein:reservoir ration; cryoprotected with reservoir + 25% ethylene glycol
|
分辨率 1.62 Å R-free 0.198 |
| 8Q00 TssM-Ub-PA complex - A USP-like DUB from B. pseudomallei (193-430) reacted with Ub-PA 提交 2023-07-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M ammonium citrate dibasic and 22 % w/v PEG 3350; 1:2, 1:1, 2:1 protein:reservoir ration; cryoprotected with reservoir + 25% ethylene glycol
|
分辨率 1.62 Å R-free 0.198 |
| 8RQI Structure of Rhizobium NopD with ubiquitin 提交 2024-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–75（75 aa）
|
未记录 | AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M imidazole 8.0 and 10% PEG8000
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.199 |
| 8RX0 (NEDD8)-CRL2VHL-MZ1-Brd4BD2-Ub(G76S, K48C)-UBE2R1(C93K, S138C, C191S, C223S)-Ub 提交 2024-02-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 U
1–76（76 aa）
|
未记录 | 759 (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8SN3 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 1) 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 M
18–76（59 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8SN4 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 2) 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 M
18–76（59 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8SN5 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 3) 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 M
18–76（59 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8SN6 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 4) 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 M
18–76（59 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8SN7 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 5) 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 M
18–76（59 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8SN8 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 6) 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 M
18–76（59 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8SN9 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c with backside ubiquitin (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 1) 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 M
18–76（59 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8SNA Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c with backside ubiquitin (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 2) 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 M
18–76（59 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8TXV Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A K15 in complex with RNF168 (Class 1) 提交 2023-08-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 M
18–76（59 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8TXW Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A K15 in complex with RNF168 (Class 2) 提交 2023-08-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 M
18–76（59 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8TXX Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A K15 in complex with RNF168 (Class 3) 提交 2023-08-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 M
18–76（59 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8V25 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 1 提交 2023-11-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 K
1–76（76 aa）
|
突变：G76C | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.32 Å |
| 8V26 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 2 提交 2023-11-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 K
1–76（76 aa）
|
突变：G76C | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.33 Å |
| 8V27 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 3 提交 2023-11-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 K
1–76（76 aa）
|
突变：G76C | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.34 Å |
| 8V28 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 4 提交 2023-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 K
1–76（76 aa）
|
突变：G76C | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.36 Å |
| 8W31 Crystal structure of parkin (R0RB):2pUb with activator compound 提交 2024-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–75（75 aa）
片段：residues 1-75
链 C
1–75（75 aa）
片段：residues 1-75
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 6 A1AE9 (S)-1-(6-benzyl-3-(4-(1,2,3,4-tetrahydroquinoline-1-carbonyl)phenyl)-6,7-dihydropyrazolo[1,5-a]pyrazin-5(4H)-yl)ethan-1-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.2 M Sodium Chloride, 0.1M HEPES pH 7.5, 25% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.294 |
| 8XEP Crystal structure of a Legionella pneumophila type IV effector in complex with ubiquitin 提交 2023-12-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
1–76（76 aa）
链 C
1–76（76 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；100 mM sodium acetate, pH 6.0, 160 mM ammonium sulfate, 21% PEG 4000, 20% glycerol
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.228 |
| 9AVT Structure of TAB2 NZF domain bound to K6 / Lys6-linked diubiquitin 提交 2024-03-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–76（76 aa）
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.2 M ammonium sulphate
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.203 |
| 9AVW Structure of TAB2 NZF domain bound to K6 / Lys6-linked diubiquitin 提交 2024-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–152（152 aa）
链 B
1–152（152 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 6 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；2.2 M ammonium sulphate, 20% glycerol
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.222 |
| 9AZJ Structure of ubiquitinated NEMO UBAN K285C-Ub G76C bound to HOIP NZF1 提交 2024-03-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 F
1–76（76 aa）
链 S
1–76（76 aa）
链 Z
1–76（76 aa）
|
突变：G76C 突变：G76C 突变：G76C | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.6；293 K；150nl protein + 50 nl mother liquor: 0.1 M Tris/Bicine pH 8.6, 24.2% PEG 500 MME, 8% PEG 20K, 0.03 M each of NaI, NaBr, and NaF. Cryoprotected in mother liquor containing 20% glycerol
|
分辨率 3.32 Å R-free 0.285 |
| 9B0Z Structure of Optineurin bound to HOIP NZF1 domain and M1-linked diubiquitin, crystal form 2 提交 2024-03-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 C
1–152（152 aa）
链 D
1–152（152 aa）
链 G
1–152（152 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；20% PEG 2K MME, 0.2 M TAO and 0.1 M Tris pH 8.5. Cryoprotected in mother liquor containing 20% glycerol
|
分辨率 2.41 Å R-free 0.270 |
| 9B12 Structure of Optineurin bound to HOIP NZF1 domain and M1-linked diubiquitin, crystal form 1 提交 2024-03-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 B
1–152（152 aa）
|
未记录 | PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；3:1 with reservoir solution containing 50% PEG 200 and 0.1 M HEPES pH 7.5
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.269 |
| 9B12 Structure of Optineurin bound to HOIP NZF1 domain and M1-linked diubiquitin, crystal form 1 提交 2024-03-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–152（152 aa）
|
未记录 | PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 3 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；3:1 with reservoir solution containing 50% PEG 200 and 0.1 M HEPES pH 7.5
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.269 |
| 9C5E Covalent Complex Between Parkin Catalytic (Rcat) Domain and Ubiquitin 提交 2024-06-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–75（75 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成
300 uM [U-13C; U-15N] Rcat domain from Parkin, 300 uM Ubiquitin G75-C3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
800 uM [U-13C; U-15N] Rcat domain from Parkin, 800 uM Ubiquitin G75-C3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
300 uM [U-13C; U-15N] Ubiquitin G75-C3, 300 uM Rcat domain from Parkin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
300 uM [U-13C; U-15N] Rcat domain from Parkin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
500 uM [U-13C; U-15N] Ubiquitin G75-C3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 9D1I Structure of Ubiquitin bound to KLHDC3-EloB/C 提交 2024-08-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 D
1–76（76 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；10%PEG5KMME,
0.1M HEPES pH=7.0,
5% Tascsimate pH=7.0
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.189 |
| 9DBY ncPRC1RYBP bound to singly modified H2AK119Ub nucleosome 提交 2024-08-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric |
链 N
1–76（76 aa）
|
突变：G76C | ZN ZINC ION × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9DDE ncPRC1RYBP bound to H2AK119Ub/H1.4 chromatosome 提交 2024-08-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric |
链 N
1–76（76 aa）
|
突变：G76C | ZN ZINC ION × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9DG3 ncPRC1RYBP Delta-linker mutant bound to singly modified H2AK119Ub nucleosome 提交 2024-09-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric |
链 N
1–76（76 aa）
|
突变：G76C | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.46 Å |
| 9EBS Cryo-EM structure of USP1-UAF1-Ubiquitin in complex with TNG348 提交 2024-11-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1–75（75 aa）
|
未记录 | A1A4Y 3-(methanesulfonyl)propan-1-amine × 1 ZN ZINC ION × 1 A1BHF 2-(4-cyclopropyl-6-methoxypyrimidin-5-yl)-9-({4-[1-methyl-4-(trifluoromethyl)-1H-imidazol-2-yl]phenyl}methyl)-7-(2,2,2-trifluoroethyl)-7,9-dihydro-8H-purin-8-imine × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9EMK DupA from legionella covalently bound to ubiquitin-based probe 提交 2024-03-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | A1H50 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S})-5-[(1-ethyl-1,2,3-triazol-4-yl)methoxy]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl ethanesulfonate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；20% PEG 6000
0.1 M HEPES pH7
0.2 M MgCl2
|
分辨率 2.17 Å R-free 0.239 |
| 9EMK DupA from legionella covalently bound to ubiquitin-based probe 提交 2024-03-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | A1H50 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S})-5-[(1-ethyl-1,2,3-triazol-4-yl)methoxy]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl ethanesulfonate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；20% PEG 6000
0.1 M HEPES pH7
0.2 M MgCl2
|
分辨率 2.17 Å R-free 0.239 |
| 9EMK DupA from legionella covalently bound to ubiquitin-based probe 提交 2024-03-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | A1H50 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S})-5-[(1-ethyl-1,2,3-triazol-4-yl)methoxy]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl ethanesulfonate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；20% PEG 6000
0.1 M HEPES pH7
0.2 M MgCl2
|
分辨率 2.17 Å R-free 0.239 |
| 9F5T Ubiquitin C-terminal clippase BpJOS 提交 2024-04-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–152（152 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.1 M CHES pH 9.5; 22 % PEG 8000; 1:2 protein reservoir drop ration; cryoprotected with reservoir + 20% Glycerol
|
分辨率 2.56 Å R-free 0.253 |
| 9F5T Ubiquitin C-terminal clippase BpJOS 提交 2024-04-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–152（152 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.1 M CHES pH 9.5; 22 % PEG 8000; 1:2 protein reservoir drop ration; cryoprotected with reservoir + 20% Glycerol
|
分辨率 2.56 Å R-free 0.253 |
| 9F6G Human USP30 chimera bound to Ubiquitin-PA 提交 2024-05-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–75（75 aa）
|
未记录 | AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.56 M sodium citrate pH 7.0
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.211 |
| 9FN4 DUBS Parachlamydia sp. PcJOS 提交 2024-06-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–152（152 aa）
|
未记录 | TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Molecular Dimensions Morpheus B7, 298 K.
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.201 |
| 9FPA DUBS Parachlamydia sp. PcJOS orthorhombic crystal form 提交 2024-06-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–152（152 aa）
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Midas G6. 35 % v/v glycerol ethoxylate, 0.2 M lithium citrate
|
分辨率 2.18 Å R-free 0.212 |
| 9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–75（75 aa）
|
未记录 | AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.231 |
| 9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 10 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 T
1–75（75 aa）
|
未记录 | AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.231 |
| 9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 11 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 V
1–75（75 aa）
|
未记录 | AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.231 |
| 9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 12 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 X
1–75（75 aa）
|
未记录 | AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.231 |
| 9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–75（75 aa）
|
未记录 | AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.231 |
| 9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
1–75（75 aa）
|
未记录 | AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.231 |
| 9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 H
1–75（75 aa）
|
未记录 | AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.231 |
| 9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 J
1–75（75 aa）
|
未记录 | AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.231 |
| 9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 L
1–75（75 aa）
|
未记录 | AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.231 |
| 9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 N
1–75（75 aa）
|
未记录 | AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.231 |
| 9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 P
1–75（75 aa）
|
未记录 | AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.231 |
| 9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 9 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 R
1–75（75 aa）
|
未记录 | AYE prop-2-en-1-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.231 |
| 9GKM Structure of HECT E3 TRIP12 forming K29/K48-branched Ubiquitin chains 提交 2024-08-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 D
1–76（76 aa）
|
突变：K48R | SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.69 Å |
| 9HNW USP1-UAF1 bound to Lys63-linked diubiquitin 提交 2024-12-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 C
1–75（75 aa）
链 D
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K63(DAB) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.04 Å |
| 9ISZ Structure of Clr4 catalyzing K14-ubiquitinated histone H3 K9 methylation 提交 2024-07-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 C
153–228（76 aa）
链 D
153–228（76 aa）
|
突变：G76C 突变：G76C | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 ZN ZINC ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；18-20% PEG1000, 100 mM Imidazole, 200 mM CaAc2, pH 7.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.274 |
| 9ISZ Structure of Clr4 catalyzing K14-ubiquitinated histone H3 K9 methylation 提交 2024-07-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
153–228（76 aa）
|
突变：G76C | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；18-20% PEG1000, 100 mM Imidazole, 200 mM CaAc2, pH 7.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.274 |
| 9ISZ Structure of Clr4 catalyzing K14-ubiquitinated histone H3 K9 methylation 提交 2024-07-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
153–228（76 aa）
|
突变：G76C | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；18-20% PEG1000, 100 mM Imidazole, 200 mM CaAc2, pH 7.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.274 |
| 9MC6 Cryo-EM structure of Human UBA1-UBE2O-Ub -Transthiolation state 2 提交 2025-03-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1–76（76 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.32 Å |
| 9MC7 Cryo-EM structure of Human UBA1-UBE2O-Ub -Recruitment state 4 提交 2025-03-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1–76（76 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.34 Å |
| 9MC9 Cryo-EM structure of Human UBA1-UBE2O-Ub -Transthiolation state 1 提交 2025-03-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1–76（76 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.37 Å |
| 9MCB Cryo-EM structure of Human UBA1-UBE2O-Ub -Recruitment state 1 提交 2025-03-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1–76（76 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.42 Å |
| 9QHI Structure of UBA6-UbDha-BIRC6 trapped ternary complex (cluster 0) 提交 2025-03-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 C
1–76（76 aa）
链 E
1–76（76 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.27 Å |
| 9QUG Structure of a UBC-Ubiquitin conjugate 提交 2025-04-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–76（76 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 4 P4K polyethylene glycol × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Trimethylamine N-oxide dihydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% (w/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.192 |
| 9V33 Calypso/Asx/NCP-ub complex 提交 2025-05-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric |
链 M
77–151（75 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 5.90 Å |
| 9V9Q Cryo-EM structure of the cPRC1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric |
链 O
153–228（76 aa）
|
突变：G76C | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å |
| 9V9R Cryo-EM structure of the ncPRC1.1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric |
链 O
153–228（76 aa）
|
突变：G76C | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.20 Å |
| 9V9S Cryo-EM structure of the ncPRC1.1 complex bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 K
153–228（76 aa）
链 O
153–228（76 aa）
|
突变：G76C 突变：G76C | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.80 Å |
| 9V9T Cryo-EM structure of the ncPRC1.6 complex bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 K
153–228（76 aa）
链 O
153–228（76 aa）
|
突变：G76C 突变：G76C | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å |
| 9V9U Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RNF2-BMI1 bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric |
链 O
153–228（76 aa）
链 P
153–228（76 aa）
|
突变：G76C 突变：G76C | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.70 Å |
| 9V9V Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric |
链 K
153–228（76 aa）
链 O
153–228（76 aa）
|
突变：G76C 突变：G76C | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.80 Å |
| 9V9W Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 K
153–228（76 aa）
链 O
153–228（76 aa）
|
突变：G76C 突变：G76C | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.00 Å |
| 9V9Y Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 K
153–228（76 aa）
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突变：G76C | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.20 Å |
| 9V9Z Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 O
153–228（76 aa）
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突变：G76C | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.00 Å |
| 9YL3 State 1 MLL4FC bound to a nucleosome premodified with H2BK120ub and H4K16ac 提交 2025-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric |
链 O
1–76（76 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.50 Å |
| 9YLE State 3 MLL4FC bound to a nucleosome premodified with H2BK120ub and H4K16ac 提交 2025-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric |
链 O
1–76（76 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.63 Å |
| 9YM8 State 2 focused on PHD FYR of MLL4FC bound to a nucleosome premodified with H2BK120ub and H4K16ac 提交 2025-10-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric |
链 O
1–76（76 aa）
链 U
1–76（76 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.43 Å |
| 9YMF State 2 focused on H3 N terminal tail of MLL4FC bound to a nucleosome premodified with H2BK120ub and H4K16ac 提交 2025-10-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric |
链 O
1–76（76 aa）
链 U
1–76（76 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.45 Å |
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查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | UBB_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 E； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 F； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 G； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 H； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 I； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 J； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 K； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 L； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 |
