7dxa

PSII intermediate Psb28-RC47

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosystem II reaction center Psb28 protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 14	Tsl0063 protein × 1 （Q8DMP8） Photosystem II protein D1 × 1 （P51765） Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （D0VWR1） Photosystem II D2 protein × 1 （D0VWR8） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P12238） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （P12239） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P19052） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P12240） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P12241） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P12312） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P12313） Photosystem II reaction center protein X × 1 （D0VWR4） unidentified transmembrane protein × 1 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 CHLOROPHYLL A × 22 PHEOPHYTIN A × 2 BETA-CAROTENE × 6 CHLORIDE ION × 1 (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE × 7 UNKNOWN LIGAND × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 FE (II) ION × 1 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE × 1 heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSB28_THEEB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–116； UniProt 1–116

Tsl0063 protein

物种未注明

UniProt Q8DMP8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 14	Photosystem II reaction center Psb28 protein × 1 （Q8DLJ8） Photosystem II protein D1 × 1 （P51765） Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （D0VWR1） Photosystem II D2 protein × 1 （D0VWR8） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P12238） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （P12239） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P19052） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P12240） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P12241） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P12312） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P12313） Photosystem II reaction center protein X × 1 （D0VWR4） unidentified transmembrane protein × 1 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 CHLOROPHYLL A × 22 PHEOPHYTIN A × 2 BETA-CAROTENE × 6 CHLORIDE ION × 1 (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE × 7 UNKNOWN LIGAND × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 FE (II) ION × 1 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE × 1 heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q8DMP8_THEEB
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–56； UniProt 1–56

Photosystem II protein D1

物种未注明

UniProt P51765

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 14	Photosystem II reaction center Psb28 protein × 1 （Q8DLJ8） Tsl0063 protein × 1 （Q8DMP8） Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （D0VWR1） Photosystem II D2 protein × 1 （D0VWR8） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P12238） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （P12239） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P19052） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P12240） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P12241） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P12312） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P12313） Photosystem II reaction center protein X × 1 （D0VWR4） unidentified transmembrane protein × 1 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 CHLOROPHYLL A × 22 PHEOPHYTIN A × 2 BETA-CAROTENE × 6 CHLORIDE ION × 1 (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE × 7 UNKNOWN LIGAND × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 FE (II) ION × 1 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE × 1 heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSBA_THEVL
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 a； PDB构建体 1–360； UniProt 1–360

Photosystem II CP47 reaction center protein

物种未注明

UniProt D0VWR1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 14	Photosystem II reaction center Psb28 protein × 1 （Q8DLJ8） Tsl0063 protein × 1 （Q8DMP8） Photosystem II protein D1 × 1 （P51765） Photosystem II D2 protein × 1 （D0VWR8） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P12238） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （P12239） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P19052） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P12240） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P12241） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P12312） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P12313） Photosystem II reaction center protein X × 1 （D0VWR4） unidentified transmembrane protein × 1 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 CHLOROPHYLL A × 22 PHEOPHYTIN A × 2 BETA-CAROTENE × 6 CHLORIDE ION × 1 (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE × 7 UNKNOWN LIGAND × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 FE (II) ION × 1 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE × 1 heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSBB_THEVL
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 b； PDB构建体 1–505； UniProt 1–505

Photosystem II D2 protein

物种未注明

UniProt D0VWR8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 14	Photosystem II reaction center Psb28 protein × 1 （Q8DLJ8） Tsl0063 protein × 1 （Q8DMP8） Photosystem II protein D1 × 1 （P51765） Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （D0VWR1） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P12238） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （P12239） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P19052） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P12240） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P12241） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P12312） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P12313） Photosystem II reaction center protein X × 1 （D0VWR4） unidentified transmembrane protein × 1 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 CHLOROPHYLL A × 22 PHEOPHYTIN A × 2 BETA-CAROTENE × 6 CHLORIDE ION × 1 (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE × 7 UNKNOWN LIGAND × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 FE (II) ION × 1 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE × 1 heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSBD_THEVL
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 d； PDB构建体 1–342； UniProt 1–342

Cytochrome b559 subunit alpha

物种未注明

UniProt P12238

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 14	Photosystem II reaction center Psb28 protein × 1 （Q8DLJ8） Tsl0063 protein × 1 （Q8DMP8） Photosystem II protein D1 × 1 （P51765） Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （D0VWR1） Photosystem II D2 protein × 1 （D0VWR8） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （P12239） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P19052） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P12240） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P12241） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P12312） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P12313） Photosystem II reaction center protein X × 1 （D0VWR4） unidentified transmembrane protein × 1 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 CHLOROPHYLL A × 22 PHEOPHYTIN A × 2 BETA-CAROTENE × 6 CHLORIDE ION × 1 (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE × 7 UNKNOWN LIGAND × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 FE (II) ION × 1 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE × 1 heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSBE_THEVL
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 e； PDB构建体 1–84； UniProt 1–84

Cytochrome b559 subunit beta

物种未注明

UniProt P12239

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 14	Photosystem II reaction center Psb28 protein × 1 （Q8DLJ8） Tsl0063 protein × 1 （Q8DMP8） Photosystem II protein D1 × 1 （P51765） Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （D0VWR1） Photosystem II D2 protein × 1 （D0VWR8） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P12238） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P19052） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P12240） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P12241） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P12312） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P12313） Photosystem II reaction center protein X × 1 （D0VWR4） unidentified transmembrane protein × 1 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 CHLOROPHYLL A × 22 PHEOPHYTIN A × 2 BETA-CAROTENE × 6 CHLORIDE ION × 1 (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE × 7 UNKNOWN LIGAND × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 FE (II) ION × 1 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE × 1 heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSBF_THEVL
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 f； PDB构建体 1–45； UniProt 1–45

Photosystem II reaction center protein H

物种未注明

UniProt P19052

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 14	Photosystem II reaction center Psb28 protein × 1 （Q8DLJ8） Tsl0063 protein × 1 （Q8DMP8） Photosystem II protein D1 × 1 （P51765） Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （D0VWR1） Photosystem II D2 protein × 1 （D0VWR8） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P12238） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （P12239） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P12240） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P12241） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P12312） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P12313） Photosystem II reaction center protein X × 1 （D0VWR4） unidentified transmembrane protein × 1 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 CHLOROPHYLL A × 22 PHEOPHYTIN A × 2 BETA-CAROTENE × 6 CHLORIDE ION × 1 (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE × 7 UNKNOWN LIGAND × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 FE (II) ION × 1 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE × 1 heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSBH_THEVL
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 h； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65

Photosystem II reaction center protein I

物种未注明

UniProt P12240

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 14	Photosystem II reaction center Psb28 protein × 1 （Q8DLJ8） Tsl0063 protein × 1 （Q8DMP8） Photosystem II protein D1 × 1 （P51765） Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （D0VWR1） Photosystem II D2 protein × 1 （D0VWR8） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P12238） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （P12239） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P19052） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P12241） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P12312） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P12313） Photosystem II reaction center protein X × 1 （D0VWR4） unidentified transmembrane protein × 1 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 CHLOROPHYLL A × 22 PHEOPHYTIN A × 2 BETA-CAROTENE × 6 CHLORIDE ION × 1 (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE × 7 UNKNOWN LIGAND × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 FE (II) ION × 1 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE × 1 heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSBI_THEVL
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 i； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38

Photosystem II reaction center protein L

物种未注明

UniProt P12241

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 14	Photosystem II reaction center Psb28 protein × 1 （Q8DLJ8） Tsl0063 protein × 1 （Q8DMP8） Photosystem II protein D1 × 1 （P51765） Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （D0VWR1） Photosystem II D2 protein × 1 （D0VWR8） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P12238） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （P12239） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P19052） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P12240） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P12312） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P12313） Photosystem II reaction center protein X × 1 （D0VWR4） unidentified transmembrane protein × 1 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 CHLOROPHYLL A × 22 PHEOPHYTIN A × 2 BETA-CAROTENE × 6 CHLORIDE ION × 1 (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE × 7 UNKNOWN LIGAND × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 FE (II) ION × 1 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE × 1 heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSBL_THEVL
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 l； PDB构建体 1–37； UniProt 1–37

Photosystem II reaction center protein M

物种未注明

UniProt P12312

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 14	Photosystem II reaction center Psb28 protein × 1 （Q8DLJ8） Tsl0063 protein × 1 （Q8DMP8） Photosystem II protein D1 × 1 （P51765） Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （D0VWR1） Photosystem II D2 protein × 1 （D0VWR8） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P12238） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （P12239） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P19052） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P12240） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P12241） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P12313） Photosystem II reaction center protein X × 1 （D0VWR4） unidentified transmembrane protein × 1 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 CHLOROPHYLL A × 22 PHEOPHYTIN A × 2 BETA-CAROTENE × 6 CHLORIDE ION × 1 (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE × 7 UNKNOWN LIGAND × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 FE (II) ION × 1 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE × 1 heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSBM_THEVL
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 m； PDB构建体 1–36； UniProt 1–36

Photosystem II reaction center protein T

物种未注明

UniProt P12313

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 14	Photosystem II reaction center Psb28 protein × 1 （Q8DLJ8） Tsl0063 protein × 1 （Q8DMP8） Photosystem II protein D1 × 1 （P51765） Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （D0VWR1） Photosystem II D2 protein × 1 （D0VWR8） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P12238） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （P12239） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P19052） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P12240） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P12241） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P12312） Photosystem II reaction center protein X × 1 （D0VWR4） unidentified transmembrane protein × 1 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 CHLOROPHYLL A × 22 PHEOPHYTIN A × 2 BETA-CAROTENE × 6 CHLORIDE ION × 1 (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE × 7 UNKNOWN LIGAND × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 FE (II) ION × 1 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE × 1 heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSBT_THEVL
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 t； PDB构建体 1–32； UniProt 1–32

Photosystem II reaction center protein X

物种未注明

UniProt D0VWR4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 14	Photosystem II reaction center Psb28 protein × 1 （Q8DLJ8） Tsl0063 protein × 1 （Q8DMP8） Photosystem II protein D1 × 1 （P51765） Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （D0VWR1） Photosystem II D2 protein × 1 （D0VWR8） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P12238） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （P12239） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P19052） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P12240） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P12241） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P12312） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P12313） unidentified transmembrane protein × 1 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 CHLOROPHYLL A × 22 PHEOPHYTIN A × 2 BETA-CAROTENE × 6 CHLORIDE ION × 1 (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE × 7 UNKNOWN LIGAND × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 FE (II) ION × 1 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE × 1 heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSBX_THEVL
Isoform	—
PDB实体	13
链与序列区间	作者链 x； PDB构建体 1–40； UniProt 1–40

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7dxa
沉积日期 deposition_date	2021-01-18
结构标题 title	PSII intermediate Psb28-RC47
关键词 keywords	Photosystem II; Cryo-EM; assembly; repair; Psb28; Tsl0063, PLANT PROTEIN; PLANT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7dxa__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7dxa__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7dxa__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.56 Å
Rg（电子密度）	35.74 Å
总 Rg	36.54 Å
原子数	15162
残基数	1629
排除体积	279890 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7dxa__assembly_1__model_1`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (27)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center Psb28 protein
分子量 formula_weight	13188.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	15162

MGAMAEIQFIRGINEEVVPDVRLTRARDGSSGQAMFYFDNPKIVQEGNLEVTGMYMVDEEGEIVTRDVNAKFINGQPVAIEATYTMRSPQEWDRFIRFMDRYAASHGLGFQKSENS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Tsl0063 protein
分子量 formula_weight	5943.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MRYTTDEGGRLNNFAIEPKVYQAQPWTPQQKVRAALLVGGGLLLVAGLVAIAVGVS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem II protein D1
分子量 formula_weight	39792.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a

MTTTLQRRESANLWERFCNWVTSTDNRLYVGWFGVIMIPTLLAATICFVIAFIAAPPVDIDGIREPVSGSLLYGNNIITGAVVPSSNAIGLHFYPIWEAASLDEWLYNGGPYQLIIFHFLLGASCYMGRQWELSYRLGMRPWICVAYSAPLASAFAVFLIYPIGQGSFSDGMPLGISGTFNFMIVFQAEHNILMHPFHQLGVAGVFGGALFCAMHGSLVTSSLIRETTETESANYGYKFGQEEETYNIVAAHGYFGRLIFQYASFNNSRSLHFFLAAWRVVGVWFAALGISTMAFNLNGFNFNHSVIDAKGNVINTWADIINRANLGMEVMHERNAHNFPLDLASAESAPVAMIAPSING

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem II CP47 reaction center protein
分子量 formula_weight	56068.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

GLPWYRVHTVLINDPGRLIAAHLMHTALVAGWAGSMALYELATFDPSDPVLNPMWRQGMFVLPFMARLGVTGSWSGWSITGETGIDPGFWSFEGVALAHIVLSGLLFLAACWHWVYWDLELFRDPRTGEPALDLPKMFGIHLFLAGLLCFGFGAFHLTGLFGPGMWVSDPYGLTGSVQPVAPEWGPDGFNPYNPGGVVAHHIAAGIVGIIAGLFHILVRPPQRLYKALRMGNIETVLSSSIAAVFFAAFVVAGTMWYGSATTPIELFGPTRYQWDSSYFQQEINRRVQASLASGATLEEAWSAIPEKLAFYDYIGNNPAKGGLFRTGPMNKGDGIAQAWKGHAVFRNKEGEELFVRRMPAFFESFPVILTDKNGVVKADIPFRRAESKYSFEQQGVTVSFYGGELNGQTFTDPPTVKSYARKAIFGEIFEFDTETLNSDGIFRTSPRGWFTFAHAVFALLFFFGHIWHGARTLFRDVFSGIDPELSPEQVEWGFYQKVGDVTTRK

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Photosystem II D2 protein
分子量 formula_weight	38404.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

ERGWFDILDDWLKRDRFVFVGWSGILLFPCAYLALGGWLTGTTFVTSWYTHGLASSYLEGCNFLTVAVSTPANSMGHSLLLLWGPEAQGDFTRWCQLGGLWTFIALHGAFGLIGFMLRQFEIARLVGVRPYNAIAFSAPIAVFVSVFLIYPLGQSSWFFAPSFGVAAIFRFLLFFQGFHNWTLNPFHMMGVAGVLGGALLCAIHGATVENTLFQDGEGASTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGIAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSAIGVVGLALNLRSYDFISQEIRAAEDPEFETFYTKNLLLNEGIRAWMAPQDQPHENFVFPEEVLPRGNAL

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit alpha
分子量 formula_weight	9580.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e

MAGTTGERPFSDIITSVRYWVIHSITIPALFIAGWLFVSTGLAYDVFGTPRPDSYYAQEQRSIPLVTDRFEAKQQVETFLEQLK

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit beta
分子量 formula_weight	5067.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	f

MTSNTPNQEPVSYPIFTVRWVAVHTLAVPTIFFLGAIAAMQFIQR

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein H
分子量 formula_weight	7227.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	h

ARRTWLGDILRPLNSEYGKVAPGWGTTPLMAVFMGLFLVFLLIILEIYNSTLILDGVNVSWKALG

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein I
分子量 formula_weight	4410.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	i

METLKITVYIVVTFFVLLFVFGFLSGDPARNPKRKDLE

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein L
分子量 formula_weight	4299.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	l

MEPNPNRQPVELNRTSLYLGLLLILVLALLFSSYFFN

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein M
分子量 formula_weight	4015.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	m

MEVNQLGFIATALFVLVPSVFLIILYVQTESQQKSS

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein T
分子量 formula_weight	3878.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	t

METITYVFIFACIIALFFFAIFFREPPRITKK

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein X
分子量 formula_weight	4191.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	x

TITPSLKGFFIGLLSGAVVLGLTFAVLIAISQIDKVQRSL

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	unidentified transmembrane protein
分子量 formula_weight	1652.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	PHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	871.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 18 Entity 18 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 19 Entity 19 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 20 Entity 20 non-polymer

描述 description	(1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE
分子量 formula_weight	689.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 21 Entity 21 non-polymer

描述 description	UNKNOWN LIGAND
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 22 Entity 22 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 23 Entity 23 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 24 Entity 24 non-polymer

描述 description	5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE
分子量 formula_weight	613.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 25 Entity 25 non-polymer

描述 description	heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	294.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 26 Entity 26 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 27 Entity 27 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (11 domains)

结构域编号 domain_id	d7dxaa_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.26 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.26.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
家族 Family family	f.26.1.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits

结构域编号 domain_id	d7dxab_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.55 — Photosystem II antenna protein-like
超家族 Superfamily superfamily	f.55.1 — Photosystem II antenna protein-like
家族 Family family	f.55.1.1 — Photosystem II antenna protein-like

结构域编号 domain_id	d7dxad_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.26 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.26.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
家族 Family family	f.26.1.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits

结构域编号 domain_id	d7dxae_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.38 — Cytochrome b559 subunits
家族 Family family	f.23.38.1 — Cytochrome b559 subunits

结构域编号 domain_id	d7dxaf_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.38 — Cytochrome b559 subunits
家族 Family family	f.23.38.1 — Cytochrome b559 subunits

结构域编号 domain_id	d7dxah_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.33 — Photosystem II 10 kDa phosphoprotein PsbH
家族 Family family	f.23.33.1 — PsbH-like

结构域编号 domain_id	d7dxai_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.37 — Photosystem II reaction center protein I, PsbI
家族 Family family	f.23.37.1 — PsbI-like

结构域编号 domain_id	d7dxal_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.31 — Photosystem II reaction center protein L, PsbL
家族 Family family	f.23.31.1 — PsbL-like

结构域编号 domain_id	d7dxam_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.35 — Photosystem II reaction center protein M, PsbM
家族 Family family	f.23.35.1 — PsbM-like

结构域编号 domain_id	d7dxat_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.34 — Photosystem II reaction center protein T, PsbT
家族 Family family	f.23.34.1 — PsbT-like

结构域编号 domain_id	d7dxax_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.40 — Photosystem II reaction center protein X, PsbX
家族 Family family	f.23.40.1 — PsbX-like

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.14 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	241790

PSII intermediate Psb28-RC47

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosystem II reaction center Psb28 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tsl0063 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem II protein D1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem II CP47 reaction center protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem II D2 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b559 subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b559 subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem II reaction center protein H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem II reaction center protein I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem II reaction center protein L

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体