SAXSdb — 7ewm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein THP3

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q12049

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Cop9 signalosome complex subunit 12 × 1 （P47130） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THP3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–289； UniProt 186–470

Cop9 signalosome complex subunit 12

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P47130

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Protein THP3 × 1 （Q12049） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CSN12_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–423； UniProt 1–423

26S proteasome complex subunit SEM1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt O94742

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Protein THP3 × 1 （Q12049） Cop9 signalosome complex subunit 12 × 1 （P47130） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEM1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ewm
沉积日期 deposition_date	2021-05-25
结构标题 title	Native crystal structure of S. cerevisiae Csn12 in complex with Thp3 and Sem1
关键词 keywords	Complex, Nucleic acid binding, Transcription, mRNA splicing; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7ewm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7ewm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7ewm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.55 Å
Rg（电子密度）	31.70 Å
总 Rg	32.41 Å
原子数	6106
残基数	739
排除体积	109330 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7ewm__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein THP3
分子量 formula_weight	33959.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6110

GSHMKIHVVGRCQTLEKSYLRLTSEPNPDLIRPPNILQKMYCLLMDKYQSKTATYTYLCDQFKSMRQDLRVQMIENSFTIKVYQTHARIALENGDLGEFNQCQNRIMALFENPTIPKKSYSEFICYSVLYSMLTEDYPSISHLKLKLIDDGSSEILEDEHVKMIFELSDMKLVGNYHYFMKNYLKLHKFEKCLINSFLNLEKLIFLTIICKSYNQVNLDFVKSEFNFNSIEETTNFLNEQNLTEFILNKQITDSNGKSSNIKILNTKGCRVQLIQNYMKSKKIDIKGQK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cop9 signalosome complex subunit 12
分子量 formula_weight	49558.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MDVDIGCYFEEKRYDDKLLDFIRYDVKTPKKTKYILQRPTATDEESVRLQRFYQLGVDLKLKYSKRRSLKKQGRIKNATEELLRLANEQLKLFNRIVERETNWIIYPLWVMAKQLIRLANESSELNKDSIEECGRTIHRSFTICLNDRNPRLNENKKIGCYMFANLEFSIYHRLSNKDMIKNLVKVLESRVNARDIPPLNKSLAMEHKSQVVLYNYYLGQYYGCLENDHERGFFHLNEALLQCPMLYVESTGKFVLQGQMEKIMILLVPLALLTKRLYPHWDHPVIAGVITRSKRLSQVYPTLVRSVISGNLSLYEATAASHERFFLSQGLHVVITLLREVVFTRLVQRCWQWGNDRKSIMPLKILLATKQHDSSANEDEEEQLDALECRLASAIASGLLRAYLSHSNRCIVFSKKEPFPHSK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	26S proteasome complex subunit SEM1
分子量 formula_weight	10397.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSTDVAAAQAQSKIDLTKKKNEEINKKSLEEDDEFEDFPIDTWANGETIKSNAVTQTNIWEENWDDVEVDDDFTNELKAELDRYKRENQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7ewmA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	990 —

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晶胞边长 a length_a	115.575 Å
晶胞边长 b length_b	115.575 Å
晶胞边长 c length_c	126.825 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	32.290 Å
R 因子 r_factor	0.2236
R_work r_work	0.2220
R_free r_free	0.2510

Native crystal structure of S. cerevisiae Csn12 in complex with Thp3 and Sem1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein THP3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cop9 signalosome complex subunit 12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

26S proteasome complex subunit SEM1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7ewm__assembly_1__model_1

7ewm__assembly_1__model_1 | I(q)

7ewm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Native crystal structure of S. cerevisiae Csn12 in complex with Thp3 and Sem1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein THP3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cop9 signalosome complex subunit 12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

26S proteasome complex subunit SEM1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7ewm__assembly_1__model_1

7ewm__assembly_1__model_1 | I(q)

7ewm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)