SAXSdb — 7faw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription elongation factor S-II

Saccharomyces cerevisiae S288C

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–73	片段：LW domain	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Tris, pH 8.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.44 Å R-free 0.240
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–73	片段：LW domain	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Tris, pH 8.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.44 Å R-free 0.240
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–73	片段：LW domain	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Tris, pH 8.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.44 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7FAW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ENW ELONGATION FACTOR TFIIS DOMAIN II 提交 2000-03-21	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 131–240（110 aa）片段：DOMAIN II (RESIDUES 131-240)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；270 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM；压力 ambient NMR样品组成 2 mM TFIIS; 5mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2 mM TFIIS; 5mM phosphate buffer; 99.996% D2O \| 99.996% D2O	分辨率未提供
1EO0 CONSERVED DOMAIN COMMON TO TRANSCRIPTION FACTORS TFIIS, ELONGIN A, CRSP70 提交 2000-03-21	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–77（77 aa）片段：DOMAIN I	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；273 K；离子强度（mmCIF原始值）300 mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 2 mM TFIIS1-111; 10 mM phosphate buffer; 90% H2O, 10%D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1PQV RNA polymerase II-TFIIS complex 提交 2003-06-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 S 1–309（309 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；sodium-ammonium tartrate, Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.80 Å
1Y1V Refined RNA Polymerase II-TFIIS complex 提交 2004-11-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 S 131–309（179 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.80 Å R-free 0.294
1Y1Y RNA Polymerase II-TFIIS-DNA/RNA complex 提交 2004-11-19	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric	链 S 131–309（179 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.00 Å
3GTM Co-complex of Backtracked RNA polymerase II with TFIIS 提交 2009-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tetradecameric	链 S 147–306（160 aa）片段：Transcription Factor IIS E291H mutation, UNP residues 147-309	突变：E291H	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.0, 50mM Dioxane, 10mM DTT, 9-11% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.80 Å R-free 0.289
3PO3 Arrested RNA Polymerase II reactivation intermediate 提交 2010-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric	链 S 132–309（178 aa）	突变：D290A	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；4-7% PEG6000, 50mM HEPES pH 7.0, 200mM AMMONIUM ACETATE, 300mM SODIUM ACETATE, 5mM TCEP , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.189
5FMF the P-lobe of RNA polymerase II pre-initiation complex 提交 2015-11-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：27-meric	链 2 136–309（174 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20 MM HEPES (PH7.6), 5 MM DTT, 2 MM MG(OAC)2,AND 40 MM KOAC；pH 7.6；20 MM HEPES (PH7.6), 5 MM DTT, 2 MM MG(OAC)2,AND 40 MM KOAC cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III,	分辨率 6.00 Å
7UI9 Core Mediator-PICearly (Copy A) 提交 2022-03-28	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 S 1–309（309 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7UIF Mediator-PIC Early (Core B) 提交 2022-03-29	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 S 1–309（309 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
7UIO Mediator-PIC Early (Composite Model) 提交 2022-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：80-meric	链 AS 1–309（309 aa）链 BS 1–309（309 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 THR THREONINE × 1 ALA ALANINE × 1 ASP ASPARTIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8UOQ Composite map of PIC_delta_TFIIK form2 提交 2023-10-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 S 1–309（309 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8UOT Composite map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 S 1–309（309 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TFS2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–73； UniProt 1–73 作者链 B； PDB构建体 1–73； UniProt 1–73 作者链 C； PDB构建体 1–73； UniProt 1–73

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7faw
沉积日期 deposition_date	2021-07-07
结构标题 title	Structure of LW domain from Yeast
关键词 keywords	LW, Transcription, Paf1C; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.75 Å
零角强度 I(0) i0	12948100.00
分子量 molecular_weight	28075.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35673 Å³
包络体积 envelope_volume	43053 Å³
水化壳体积 shell_volume	17804 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.7 Å
壳层 Rg shell_rg	26.97 Å
包络 Rg envelope_rg	22.18 Å
形状 Rg shape_rg	21.79 Å
总 Rg total_rg	22.38 Å
总原子数 total_atoms	1977
残基数 n_residues	252
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.0 Å
Rg (实空间) rg_real	22.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2950e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9380e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12950000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7526
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.400
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.336
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3692000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.708; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.654; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	7fawA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	930 — Transcription Elongation Factor S-II; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Conserved domain common to transcription factors TFIIS, elongin A, CRSP70

结构域编号 domain_id	7fawB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	930 — Transcription Elongation Factor S-II; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Conserved domain common to transcription factors TFIIS, elongin A, CRSP70

结构域编号 domain_id	7fawC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	930 — Transcription Elongation Factor S-II; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Conserved domain common to transcription factors TFIIS, elongin A, CRSP70

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	32.014 Å
晶胞边长 b length_b	91.568 Å
晶胞边长 c length_c	118.068 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.438 Å
最低分辨率 resolution_low	36.179 Å
R 因子 r_factor	0.2054
R_work r_work	0.2016
R_free r_free	0.2398

描述 description	Transcription elongation factor S-II
分子量 formula_weight	9800.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	2015

Structure of LW domain from Yeast

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription elongation factor S-II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	38

fit	/app/data/saxs_computation/fa/7faw/7faw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fa/7faw/7faw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fa/7faw/7faw.dat