SAXSdb — 7fbs

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Sodium channel protein type 5 subunit alpha,Sodium channel protein type 5 subunit alpha,Sodium channel protein type 5 subunit alpha,G protein/GFP fusion protein ;

Recombinant vesicular stomatitis Indiana virus rVSV-G/GFP

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 11 1-[2-[(2R)-2-oxidanyl-3-(propylamino)propoxy]phenyl]-3-phenyl-propan-1-one × 1 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B7UCZ6_9RHAB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1590–1828； UniProt 512–750

;Sodium channel protein type 5 subunit alpha,Sodium channel protein type 5 subunit alpha,Sodium channel protein type 5 subunit alpha,G protein/GFP fusion protein ;

Recombinant vesicular stomatitis Indiana virus rVSV-G/GFP

UniProt P15389

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 11 1-[2-[(2R)-2-oxidanyl-3-(propylamino)propoxy]phenyl]-3-phenyl-propan-1-one × 1 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SCN5A_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–461； UniProt 1–461 作者链 A； PDB构建体 462–871； UniProt 659–1068 作者链 A； PDB构建体 872–1580； UniProt 1190–1898

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7fbs
沉积日期 deposition_date	2021-07-12
结构标题 title	structure of a channel
关键词 keywords	ion channel, four-domain, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7fbs__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7fbs__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7fbs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.52 Å
Rg（电子密度）	34.60 Å
总 Rg	35.08 Å
原子数	9274
残基数	1118
排除体积	170710 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7fbs__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;Sodium channel protein type 5 subunit alpha,Sodium channel protein type 5 subunit alpha,Sodium channel protein type 5 subunit alpha,G protein/GFP fusion protein ;
分子量 formula_weight	209030.6 kDa
突变 mutation	I1487Q,F1488Q,M1489Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9274

MANLLLPRGTSSFRRFTRESLAAIEKRMAEKQARGGSATSQESREGLQEEEAPRPQLDLQASKKLPDLYGNPPRELIGEPLEDLDPFYSTQKTFIVLNKGKTIFRFSATNALYVLSPFHPVRRAAVKILVHSLFSMLIMCTILTNCVFMAQHDPPPWTKYVEYTFTAIYTFESLVKILARGFCLHAFTFLRDPWNWLDFSVIVMAYTTEFVDLGNVSALRTFRVLRALKTISVISGLKTIVGALIQSVKKLADVMVLTVFCLSVFALIGLQLFMGNLRHKCVRNFTELNGTNGSVEADGLVWNSLDVYLNDPANYLLKNGTTDVLLCGNSSDAGTCPEGYRCLKAGENPDHGYTSFDSFAWAFLALFRLMTQDCWERLYQQTLRSAGKIYMIFFMLVIFLGSFYLVNLILAVVAMAYEEQNQATIAETEEKEKRFQEAMEMLKKEHEALTIRGVDTVSRSSARQRALSAVSVLTSALEELEESHRKCPPCWNRFAQHYLIWECCPLWMSIKQKVKFVVMDPFADLTITMCIVLNTLFMALEHYNMTAEFEEMLQVGNLVFTGIFTAEMTFKIIALDPYYYFQQGWNIFDSIIVILSLMELGLSRMGNLSVLRSFRLLRVFKLAKSWPTLNTLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLFGKNYSELRHRISDSGLLPRWHMMDFFHAFLIIFRILCGEWIETMWDCMEVSGQSLCLLVFLLVMVIGNLVVLNLFLALLLSSFSADNLTAPDEDGEMNNLQLALARIQRGLRFVKRTTWDFCCGILRRRPKKPAALATHSQLPSCITAPRSPPPPEVEKVPPARKETRFEEDKRPGQGTPGDSEPVCVPIAVAESDTEDQEEDEENGKVWWRLRKTCYRIVEHSWFETFIIFMILLSSGALAFEDIYLEERKTIKVLLEYADKMFTYVFVLEMLLKWVAYGFKKYFTNAWCWLDFLIVDVSLVSLVANTLGFAEMGPIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALVGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKFGRCINQTEGDLPLNYTIVNNKSECESFNVTGELYWTKVKVNFDNVGAGYLALLQVATFKGWMDIMYAAVDSRGYEEQPQWEDNLYMYIYFVVFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKLGGQDQQQTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPLNKYQGFIFDIVTKQAFDVTIMFLICLNMVTMMVETDDQSPEKVNILAKINLLFVAIFTGECIVKMAALRHYYFTNSWNIFDFVVVILSIVGTVLSDIIQKYFFSPTLFRVIRLARIGRILRLIRGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYSIFGMANFAYVKWEAGIDDMFNFQTFANSMLCLFQITTSAGWDGLLSPILNTGPPYCDPNLPNSNGSRGNCGSPAVGILFFTTYIIISFLIVVNMYIAIILENFSVATEESTEPLSEDDFDMFYEIWEKFDPEATQFIEYLALSDFADALSEPLRIAKPNQISLINMDLPMVSGDRIHCMDILFAFTKRVLGESGEMDALKIQMEEKFMAANPSKISYEPITTTLEVLFQGPGSMVSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTLTYGVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHNVYIMADKQKNGIKVNFKIRHNIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSALSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITLGMDELYKGSDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Recombinant vesicular stomatitis Indiana virus rVSV-G/GFP
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	582817
宿主生物 host_organism	Mammalian 1 orthobornavirus

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	[(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	718.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1-[2-[(2R)-2-oxidanyl-3-(propylamino)propoxy]phenyl]-3-phenyl-propan-1-one
分子量 formula_weight	341.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	(3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
分子量 formula_weight	544.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7fbsA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 — Voltage-gated potassium channels. Chain C

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	287306

structure of a channel

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Sodium channel protein type 5 subunit alpha,Sodium channel protein type 5 subunit alpha,Sodium channel protein type 5 subunit alpha,G protein/GFP fusion protein ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;Sodium channel protein type 5 subunit alpha,Sodium channel protein type 5 subunit alpha,Sodium channel protein type 5 subunit alpha,G protein/GFP fusion protein ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7fbs__assembly_1__model_1

7fbs__assembly_1__model_1 | I(q)

7fbs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

structure of a channel

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Sodium channel protein type 5 subunit alpha,Sodium channel protein type 5 subunit alpha,Sodium channel protein type 5 subunit alpha,G protein/GFP fusion protein ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;Sodium channel protein type 5 subunit alpha,Sodium channel protein type 5 subunit alpha,Sodium channel protein type 5 subunit alpha,G protein/GFP fusion protein ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7fbs__assembly_1__model_1

7fbs__assembly_1__model_1 | I(q)

7fbs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)