SAXSdb — 7ffn

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein

Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Low-density lipoprotein receptor class A domain-containing protein 3 × 1 （Q86YD5） CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLS_EEVV8
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 4, 5
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–275； UniProt 1–275 作者链 L； PDB构建体 1–59； UniProt 276–334 作者链 N； PDB构建体 1–423； UniProt 335–757 作者链 O； PDB构建体 1–442； UniProt 813–1254

Low-density lipoprotein receptor class A domain-containing protein 3

Homo sapiens

UniProt Q86YD5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Capsid protein × 1 （P05674） assembly protein E3 × 1 （P05674） Spike glycoprotein E2 × 1 （P05674） Spike glycoprotein E1 × 1 （P05674） CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LRAD3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–70； UniProt 1–70

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ffn
沉积日期 deposition_date	2021-07-23
结构标题 title	Cryo-EM structure of VEEV VLP-LDLRAD3-D1 complex at the 5-fold axes
关键词 keywords	Virus, Receptor, Complex, VIRUS LIKE PARTICLE, VIRUS LIKE PARTICLE-PROTEIN BINDING complex; VIRUS LIKE PARTICLE/PROTEIN BINDING
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7ffn__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7ffn__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7ffn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	54.35 Å
Rg（电子密度）	55.17 Å
总 Rg	55.25 Å
原子数	8589
残基数	1112
排除体积	152590 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7ffn__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein
分子量 formula_weight	30980.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.90
突变 mutation	K64N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K
原子数 atom_count	8589

MFPFQPMYPMQPMPYRNPFAAPRRPWFPRTDPFLAMQVQELTRSMANLTFKQRRDAPPEGPSANKPKKEASQKQKGGGQGKKKKNQGKKKAKTGPPNPKAQNGNKKKTNKKPGKRQRMVMKLESDKTFPIMLEGKINGYACVVGGKLFRPMHVEGKIDNDVLAALKTKKASKYDLEYADVPQNMRADTFKYTHEKPQGYYSWHHGAVQYENGRFTVPKGVGAKGDSGRPILDNQGRVVAIVLGGVNEGSRTALSVVMWNEKGVTVKYTPENCEQW

来源 Source

来源生物 organism	Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83)
通用名 common_name	VEEV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11037
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	assembly protein E3
分子量 formula_weight	6488.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

SLVTTMCLLANVTFPCAQPPICYDRKPAETLAMLSVNVDNPGYDELLEAAVKCPGRKRR

来源 Source

来源生物 organism	Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83)
通用名 common_name	VEEV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11037
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Low-density lipoprotein receptor class A domain-containing protein 3
分子量 formula_weight	8652.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MWLLGPLCLLLSSAAESQLLPGNNFTNECNIPGNFMCSNGRCIPGAWQCDGLPDCFDKSDEKECPKAKSKGPLEVLFQGP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Spike glycoprotein E2
分子量 formula_weight	47113.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

STEELFNEYKLTRPYMARCIRCAVGSCHSPIAIEAVKSDGHDGYVRLQTSSQYGLDSSGNLKGRTMRYDMHGTIKEIPLHQVSLYTSRPCHIVDGHGYFLLARCPAGDSITMEFKKDSVRHSCSVPYEVKFNPVGRELYTHPPEHGVEQACQVYAHDAQNRGAYVEMHLPGSEVDSSLVSLSGSSVTVTPPDGTSALVECECGGTKISETINKTKQFSQCTKKEQCRAYRLQNDKWVYNSDKLPKAAGATLKGKLHVPFLLADGKCTVPLAPEPMITFGFRSVSLKLHPKNPTYLITRQLADEPHYTHELISEPAVRNFTVTEKGWEFVWGNHPPKRFWAQETAPGNPHGLPHEVITHYYHRYPMSTILGLSICAAIATVSVAASTWLFCRSRVACLTPYRLTPNARIPFCLAVLCCARTARA

来源 Source

来源生物 organism	Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83)
通用名 common_name	VEEV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11037
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Spike glycoprotein E1
分子量 formula_weight	47952.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

YEHATTMPSQAGISYNTIVNRAGYAPLPISITPTKIKLIPTVNLEYVTCHYKTGMDSPAIKCCGSQECTPTYRPDEQCKVFTGVYPFMWGGAYCFCDTENTQVSKAYVMKSDDCLADHAEAYKAHTASVQAFLNITVGEHSIVTTVYVNGETPVNFNGVKITAGPLSTAWTPFDRKIVQYAGEIYNYDFPEYGAGQPGAFGDIQSRTVSSSDLYANTNLVLQRPKAGAIHVPYTQAPSGFEQWKKDKAPSLKFTAPFGCEIYTNPIRAENCAVGSIPLAFDIPDALFTRVSETPTLSAAECTLNECVYSSDFGGIATVKYSASKSGKCAVHVPSGTATLKEAAVELTEQGSATIHFSTANIHPEFRLQICTSYVTCKGDCHPPKDHIVTHPQYHAQTFTAAVSKTAWTWLTSLLGGSAVIIIIGLVLATIVAMYVLTNQKHN

来源 Source

来源生物 organism	Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83)
通用名 common_name	VEEV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11037
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	7ffnN01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3200 — Alphavirus E2 glycoprotein, A domain

结构域编号 domain_id	7ffnO01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 —

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分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	726076

Cryo-EM structure of VEEV VLP-LDLRAD3-D1 complex at the 5-fold axes

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Low-density lipoprotein receptor class A domain-containing protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7ffn__assembly_1__model_1

7ffn__assembly_1__model_1 | I(q)

7ffn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of VEEV VLP-LDLRAD3-D1 complex at the 5-fold axes

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Low-density lipoprotein receptor class A domain-containing protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7ffn__assembly_1__model_1

7ffn__assembly_1__model_1 | I(q)

7ffn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)