8deq

Cryo-EM local refinement of antibody SKV09 in complex with VEEV alphavirus spike glycoprotein

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 214.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8deq
沉积日期 deposition_date	2022-06-21
结构标题 title	Cryo-EM local refinement of antibody SKV09 in complex with VEEV alphavirus spike glycoprotein
关键词 keywords	antibody alphavirus VEEV spike trimer glycoprotein, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	78.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	79.57 Å
零角强度 I(0) i0	1153790000.00
分子量 molecular_weight	275680.0 kDa
排除体积 excluded_volume	340320 Å³
包络体积 envelope_volume	590700 Å³
水化壳体积 shell_volume	72764 Å³
包络直径 envelope_diameter	289.3 Å
壳层 Rg shell_rg	57.98 Å
包络 Rg envelope_rg	78.54 Å
形状 Rg shape_rg	79.45 Å
总 Rg total_rg	79.55 Å
总原子数 total_atoms	19400
残基数 n_residues	2632
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	214.6 Å
Rg (实空间) rg_real	75.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.15 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1330e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3870e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	76.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1148000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8613
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	96.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.279
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.553
角度范围 angular_range	— – 0.1000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0502
最高正则化参数 α highest_alpha	40440000.0000
实空间数据点数 n_real_points	21
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.982; Stabil: 0.976; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.102

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Spike glycoprotein E1
分子量 formula_weight	43669.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	19400

YEHATTMPSQAGISYNTIVNRAGYAPLPISITPTKIKLIPTVNLEYVTCHYKTGMDSPAIKCCGSQECTPTYRPDEQCKVFTGVYPFMWGGAYCFCDTENTQVSKAYVMKSDDCLADHAEAYKAHTASVQAFLNITVGEHSIVTTVYVNGETPVNFNGVKITAGPLSTAWTPFDRKIVQYAGEIYNYDFPEYGAGQPGAFGDIQSRTVSSSDLYANTNLVLQRPKAGAIHVPYTQAPSGFEQWKKDKAPSLKFTAPFGCEIYTNPIRAENCAVGSIPLAFDIPDALFTRVSETPTLSAAECTLNECVYSSDFGGIATVKYSASKSGKCAVHVPSGTATLKEAAVELTEQGSATIHFSTANIHPEFRLQICTSYVTCKGDCHPPKDHIVTHPQYHAQTFTAAV

来源 Source

来源生物 organism	Venezuelan equine encephalitis virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11036
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	SKV09 Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	13095.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSISGYYWNWIRQSPGKGLEWIGNMYDSTGDTNYNPSLKSRVTLSIDTSKNQFSMKLNSVTAADTAVYFCASGSGDWFGYFYRWGQGVLVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Macaca
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9539
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	SKV09 Fab Light Chain
分子量 formula_weight	11761.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIQMTQSPSSLSASVGDTVTITCRASQSISSWLAWYQQKPGKAPNLLIYKASSLQTGVPSRFSGSGSETHFTLTISSLQSEDFATYYCQQYISRPWTFGQGTKVEIK

来源 Source

来源生物 organism	Macaca
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9539
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	6.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	83637

fit	/app/data/saxs_computation/de/8deq/8deq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/de/8deq/8deq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/de/8deq/8deq.dat

Cryo-EM local refinement of antibody SKV09 in complex with VEEV alphavirus spike glycoprotein

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)